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生物信息学软件开发：原理和未来方向
9这些作者同等贡献 *通信：huangtao@sibs.ac.cn（T.H.）; liyang_fudan@fudan.edu.cn（l.y。）; gcyu1@smu.edu.cn（g.y。）; pdu@tju.edu.cn（p.d.）收到：2024年5月9日；接受：2024年7月21日；在线发布：2024年8月13日； https://doi.org/10.59717/j.xinn-life.2024.100083©2024作者。这是CC BY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放访问文章。引用：Ma X.-K.，Yu Y.，Huang T.等，（2024）。生物信息学软件开发：原理和未来方向。创新生活2（3）：100083。用于分析生物医学数据的生物信息学软件对于将原始数据转换为有意义的生物学见解至关重要。在这篇评论中，我们概述了使用ClusterProfiler和CirceXplorer2作为说明性示例的生物启动软件开发的关键阶段和注意事项。此外，我们研究了一些已建立的大规模生命科学平台，并总结了开放科学的大数据和人工智能时代（AI）时代的设计原理。未来的大规模平台有望提供图形编程语言，并从数据和代码共享到物理资源的平台。AI革命将改变生物信息学软件的景观，并重新定义生命科学的研究范式。
生物信息学和计算生物学（BCB）
BCB 5810-生物信息学座谈会0-1学分（可重复）学分（可重复）该课程通过教职员工，学生和受邀演讲者的演讲为学生提供有关生物信息学和计算生物学研究的最新信息。入学学分的学生必须在研讨会的一部分中进行20-30分钟的演讲，在展示技术内容的同时展示他们的口头沟通技巧。学生必须具有研究生身份或获得CAS Associate Dean的许可，并获得毕业生和讲师的认可。提供秋季和春季。限制：入学率仅限于具有生物信息学专业的学生的学生。
使用NextFlow和NF核心授权生物信息学社区
<巴塞罗那科学技术研究所的基因组法规（CRG）DIV，Aiguader 88博士，巴塞罗那08003，西班牙2 Med。University of évora, Polo da mitra, 7002-5554 Évora, Portugal 3 Center for Interdisciplinary Research in Animal Health (Ciisa), Faculty Medicine, University of Lisbon, 1300-477, Lisbon Portugal 4 center for integrative Genetics (Cgene), Faculty of Biosciences, Norwegian University of Life Sciences, 1430 Ås,挪威5功功能技术Högskolan，基因技术系化学，生物技术与健康学院，基因技术系INRAE，Agroparitych，Agroparitych，Gabi，Gabi，Gabi，Paris-Saclay大学，Jouy-en-en-Josas，Jouy-en-Josas，Jouy-en-Josas，F-78350，F-78350，F-78350，F-78350，F-78350，F-78350，F-78350，F-7 Sagenae，France 7 sagenae，France inrae，Jouy-jouy-enrae，Jouyy，农场动物生物学研究所（FBN），威廉·斯塔尔 - 阿利2号，18196年德国杜姆斯托夫，德国9罗斯林研究所和皇家研究所和兽医研究学院，爱丁堡大学，伊斯特堡大学，英国伊斯特灌木丛校园。10 Seqera，Carrer deMaràAguiló，28，巴塞罗那，08005，西班牙11 IRSD，Toulouse大学，INSERM，INRAE，INRAE，UNRAE，UNRAE，UNRAE III，Paulouse III- Paul Sabatier（UPS），图卢兹，图卢兹，法国，法国12 genphyse，derrancan，Inrae，Inrae，Inrae，3132663266326，考古学学院，麦克斯·普朗克进化人类学研究所，德意志。6，莱比锡，萨克森州，4103，德国14莱布尼兹自然产品研究与感染研究所，生物学研究与感染生物学研究所汉斯·诺尔研究所，阿道夫 - 里奇维因 - 斯特拉斯（Adolf-Reichwein-Straße）23，jena，jena，thuringia，thuringia，07745，德国0775研究所，阿道夫 - 里奇韦因斯特拉斯23，耶拿，图林雅，德国07745（当前地址）
第21届国际生物信息学研究研讨会...
论文提交请通过在线提交系统（https://easychair.org/conferences?conf=ISBRA2025提交扩展摘要（最多12页）。提交意味着至少一位作者愿意在研讨会上注册和出席。作者应选择以下曲目之一：曲目1：以（i）在Springer LNBI程序中发布扩展摘要的最多12页，以及（ii）邀请提交30％-50％ - 50％ - 延误版本，以提交ISBRA'24特殊问题。未决的批准期刊是计算生物学和生物信息学的IEEE/ACM交易，计算机科学技术杂志，Tsinghua科学技术，中国电子学杂志，《大数据挖掘与分析》或IEEE IEEE生物医学和健康信息学杂志。曲目2：以（i）在会议上的（i）演示和（ii）邀请提交全长纸向ISBRA'25特殊问题提交（i）的演示文稿的最多12页。未决的批准期刊是计算生物学，方法，跨学科科学及可生活科学，定量生物学，BMC生物信息学或BMC基因组学。重要日期
优化元基因组分析以早期检测结直肠癌：制定生物信息学方法和推进跨核心预测
预印本（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此版本的版权持有人于2025年2月27日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.22.639690 doi：Biorxiv Preprint
生物信息学：论文803（BIF 803）
此处发布的信息可能会发生变化，并且可以在此信息发布后修改。一般法规（G法规）适用于比勒陀利亚大学的所有学院。期望学生对这些法规以及一般规则部分中包含的信息很好地熟悉自己。关于这些法规和规则的无知将不会被视为任何违法行为的借口。
生物信息学（C004122）中的Capita Selecta
1本课程主要旨在表明学生表明生物信息学的领域是1个完整的开发中，它显示了不同的应用程序如何推动生物信息学中的基本研究，以及如何支持生物信息学来支持和1利用湿实验室研究。2对生物信息学应用领域的高级知识。3在生物信息学中识别重要的生物信息学方法。4理解英语的研讨会，用英语写报告。5了解寿命长期学习的重要性对于迅速发展的领域是一种生物信息学。6意识到与生物信息学有关的道德话题（例如合成1生物学，患者信息的机密性）。
通过培训促进生物信息学的可重复性
从多能干细胞（PSC）驱动有效和纯净的骨骼肌细胞分化一直在挑战。在这里，我们报告了一种优化的方案，该方案在短时间内生成具有较高效率和纯度的骨骼肌祖细胞。使用明显的和物种特异的方案将人类诱导的PSC（HIPSC）和鼠类胚胎干细胞（MESC）指定到中胚层肌原性命运中。我们使用了特定的成熟培养基来促进人和小鼠成肌细胞种群的终端分化，并生成与大量细胞周期停滞的PAX7 +细胞相关的肌管。我们还表明，肌管的成熟是通过塑性特性，细胞密度和肌源性祖细胞百分比来调节的。鉴于肌源祖细胞的产生和分化肌纤维的效率很高，该方案为组织工程，肌肉营养不良的建模以及评估体外的新治疗方法提供了有吸引力的策略。
生物信息学中的Chatgpt和DeepSeek -IJRPR
近年来，人工智能（AI）已成为各个领域的强大工具，生物信息学是其表现出变革性潜力的最杰出领域之一。生物信息学涉及大规模的生物学数据分析，包括基因组序列，蛋白质结构和临床数据。使用机器学习（ML），深度学习（DL）和自然语言处理（NLP）技术在理解复杂的生物学现象方面加速了进展，而在这项革命的最前沿，是OpenAI开发的大型语言模型。chatgpt建立在GPT（生成预审预测的变压器）等尖端神经网络体系结构上，在文本生成，数据解释甚至对话交流方面都表现出了非凡的功能。其在生物信息学中的实施可以导致更快，更有效的研究和更有效的临床决策。从协助基因组学到改善医学教育和增强药物发现，Chatgpt正在改变生物信息学家和医疗保健专业人员处理复杂问题的方式。但是，与任何技术进步一样，需要考虑的挑战。这些包括数据隐私问题，AI-I-Intent的道德含义以及AI模型在临床决策中的可靠性。本手稿旨在探索生物信息学中Chatgpt的潜力和局限性，从而概述其应用，道德考虑以及AI在生物医学科学中的未来方向。