9这些作者同等贡献 *通信：huangtao@sibs.ac.cn（T.H.）; liyang_fudan@fudan.edu.cn（l.y。）; gcyu1@smu.edu.cn（g.y。）; pdu@tju.edu.cn（p.d.）收到：2024年5月9日；接受：2024年7月21日；在线发布：2024年8月13日； https://doi.org/10.59717/j.xinn-life.2024.100083©2024作者。这是CC BY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放访问文章。引用：Ma X.-K.，Yu Y.，Huang T.等，（2024）。生物信息学软件开发：原理和未来方向。创新生活2（3）：100083。用于分析生物医学数据的生物信息学软件对于将原始数据转换为有意义的生物学见解至关重要。在这篇评论中，我们概述了使用ClusterProfiler和CirceXplorer2作为说明性示例的生物启动软件开发的关键阶段和注意事项。此外，我们研究了一些已建立的大规模生命科学平台，并总结了开放科学的大数据和人工智能时代（AI）时代的设计原理。未来的大规模平台有望提供图形编程语言，并从数据和代码共享到物理资源的平台。AI革命将改变生物信息学软件的景观，并重新定义生命科学的研究范式。