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BAL的单细胞图集来自学龄前囊性纤维化揭示了CFTR调节剂ivacaftor在早期生活中修饰的关键炎症1途径
1计算生物学计划，彼得·马卡卢姆（Peter MacCallum）癌症中心，澳大利亚维克帕克维尔市7 2呼吸道疾病，默多克儿童研究所，澳大利亚帕克维尔，帕克维尔，澳大利亚帕克维尔8 3 3 3墨尔本大学，帕克维尔大学，帕克维尔大学，维克，维克，维克，维克，澳大利亚9 4呼吸和睡眠医院澳大利亚VIC帕克维尔12 6 6 6墨尔本大学医学生物学系，澳大利亚帕克维尔大学，澳大利亚帕克维尔13 7 Garvan-Weizmann蜂窝基因组学中心，加尔万医学研究所，新南威尔士州悉尼14号，澳大利亚悉尼14 15 8 8 8 UNW Cellular Genomics Futures Institute，New South Wales，New Southney，New Sydney，Newne of Melbcoltion of Mer Berimol，16澳大利亚爵士。帕克维尔，维克，18澳大利亚19 10 10数学与统计学院，墨尔本大学，帕克维尔，维克，澳大利亚20 21 *同等22＃通讯作者23
2025; 15（8）：3532-3550。 doi：10.7150/thno.103809研究论文M6A SOX18的修饰导致
理由：败血症诱导的心肌病（SIC）是一种迅速发展的疾病，在没有有效的治疗干预的情况下预后不良。心肌细胞凋亡是导致SIC心脏功能障碍的关键因素。目前，对此机制的研究尚不清楚。方法：我们进行了LPS诱导的原代小鼠心肌模型和小鼠SIC建模。通过mRNA-Seq，我们发现SIC小鼠心脏组织中明显的凋亡。 进一步的共聚焦显微镜和免疫沉淀结果证实，PTX3是心肌细胞凋亡的重要参与者。 然后，我们使用芯片和双酸酶报告基因测定法确认SOX18对PTX3产生转录抑制作用。 M6A-SEQ和RNA稳定性测定确认，RBM15/YTHDF2介导/识别的M6A修饰是SIC中Sox18变化的关键因素。 结果：我们的实验表明，SIC中异常升高的PTX3在介导流体吞噬作用中起关键作用。 在生理条件下，PTX3转录被SOX18抑制。 然而，在败血性心肌病期间，SOX18稳定性受到RBM15/YTHDF2介导的M6A修饰的损害，从而导致PTX3水平升高，并随后诱导心肌细胞凋亡。 结论：总而言之，我们已经描述了SIC中的RBM15/YTHDF2-SOX18-PTX3轴。 它为SIC中心肌细胞凋亡的治疗提供了一种新方法，以改善预后。通过mRNA-Seq，我们发现SIC小鼠心脏组织中明显的凋亡。进一步的共聚焦显微镜和免疫沉淀结果证实，PTX3是心肌细胞凋亡的重要参与者。然后，我们使用芯片和双酸酶报告基因测定法确认SOX18对PTX3产生转录抑制作用。M6A-SEQ和RNA稳定性测定确认，RBM15/YTHDF2介导/识别的M6A修饰是SIC中Sox18变化的关键因素。结果：我们的实验表明，SIC中异常升高的PTX3在介导流体吞噬作用中起关键作用。在生理条件下，PTX3转录被SOX18抑制。然而，在败血性心肌病期间，SOX18稳定性受到RBM15/YTHDF2介导的M6A修饰的损害，从而导致PTX3水平升高，并随后诱导心肌细胞凋亡。结论：总而言之，我们已经描述了SIC中的RBM15/YTHDF2-SOX18-PTX3轴。它为SIC中心肌细胞凋亡的治疗提供了一种新方法，以改善预后。
天然蛋白质组织的接近性分析揭示了自闭症和相关神经发育条件的小鼠模型中的表型修饰符
自闭症谱系障碍的主要驱动因素之一是数百个基因内的风险等位基因，它们可能在共享但未知的蛋白质复合物中相互作用。在这里，我们开发了一种可扩展的基因组编辑介导的方法来靶向小鼠大脑内的14个高强烈的自闭症风险基因，用于基于接近性的内源性蛋白质组学，从而实现了高特异性空间蛋白质组织的识别。产生的天然接近蛋白质组富含自闭症个体大脑失调的人类基因，并揭示了来自高强调风险基因与低调的蛋白质之间的接近性相互作用，这些蛋白质与较低信号的蛋白质之间可能提供新的途径，从而可以为遗传风险确定优先确定遗传风险。重要的是，数据集丰富了可能构成条件的共享旋转功能和遗传相互作用。我们通过两个自闭症模型中的空间蛋白质组学和基于CRISPR的表达调节来测试这一概念，证明了调节其失调机制的功能相互作用。一起，这些结果揭示了与自闭症相关的体内蛋白质组网络，从而为理解和操纵其病因的细胞驱动器提供了新的侵害。
振动光谱法鉴定了心力衰竭中的心肌化学修饰，而保留的射血分数
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2023年3月21日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.03.20.533577 doi：Biorxiv Preprint
修饰的DNA/RNA混合系统的流行率
摘要：通过利用DNA双螺旋的手性，化学家能够获得具有量身定制功能的新，可靠，选择性和环保的生物杂化催化系统。尽管如此，尽管多年来在基于DNA的不对称催化领域取得的所有进步，但仍有许多挑战仍在面临，特别是在设计具有广泛反应性和前所未有的选择性的“通用”催化剂时。理性的设计和选择的回合使我们能够实现这一目标。我们在这里报告了DNA/RNA杂交催化系统的开发，该系统具有共同连接的双吡啶配体，该配体在当前的DNA工具箱中表现出无与伦比的选择性水平，并在不对称催化中打开了新的途径。关键字：DNA催化，不对称催化，人造金属酶，DNA- RNA - RNA混合动力，弗里德尔 - 手工艺烷基化，迈克尔添加■简介
慢病毒载体假型：改善造血细胞基因修饰的珍贵工具用于研究和基因治疗
摘要：通过将病毒转化为病毒载体，已将病毒重新用于用于基因递送的工具。最常用的载体是慢病毒载体（LVS），这些载体源自人类免疫缺陷病毒，允许哺乳动物细胞中有效基因转移。它们代表了影响造血系统的最安全，最有效的治疗方法之一。LV通过不同的病毒信封（假型）进行修饰，以改变和改善其对不同原发性细胞类型的端主。囊泡口腔炎病毒糖蛋白（VSV-G）通常用于假型，因为它增强了基因转移到多种造血细胞类型中。然而，VSV-G假型LV无法在静态血细胞（例如造血干细胞（HSC），B和T细胞）中赋予有效的转导。为解决此问题，可以将VSV-G交换为其他异源病毒包膜糖蛋白，例如麻疹病毒，狒狒内源性逆转录病毒，Cocal病毒，Nipah病毒或仙境病毒的糖蛋白。在这里，我们提供了这些LV伪型如何改善HSC，B，T，T和自然杀伤（NK）细胞的转导效率，并通过多个体外和体内研究强调了拟型LV提供治疗基因或基因编辑工具的概括性遗传和癌细胞的概述。
模板依赖性DNA连接用于合成修饰的寡核苷酸
DNA的化学修饰是改善寡核苷酸的特性，特别是用于治疗和纳米技术的常见策略。存在的合成方法基本上依赖于磷光化学或三磷酸核苷的聚合，但在大小，可伸缩性和可持续性方面受到限制。在本文中，我们报告了一种使用模板依赖性DNA连接的短片片段，用于从头合成修饰的寡核苷酸。我们的方法基于化学修饰的Shortmer单粒子作为T3 DNA连接酶的底物的快速而缩放的可访问性。这种方法表明对化学修饰，灵活性和整体效率表现出很高的耐受性，从而允许访问具有不同长度（20→120个核苷酸）的广泛修饰的寡核苷酸。我们已将这种方法应用于临床相关的反义药物和含有多种模块化的超义药物的合成。此外，设计的化学酶方法在治疗和生物技术中具有巨大的应用潜力。
microRNA和组蛋白修饰在增强大豆及其在分子繁殖中的应用中的作用
大豆是一种从野生大豆（Glycine soja sied。＆ZUCC）在东亚6,000至9，000年前，随着中国，韩国，日本和世界其他地区的人类食品和牲畜饲料的广泛生长。全球气候变化导致了大豆种植和育种方面的一系列挑战。随着高通量基因组测序技术的发展，有关大豆的基因组信息现在更容易获得，并且对分子繁殖很有用。然而，关于作物发育的表观遗传法规仍然在很大程度上尚未开发。在这篇综述中，我们总结了大豆对生物和非生物胁迫的适应性调节机制的最新覆盖，这在组蛋白修饰和microRNA（miRNA）方面尤其重要。最后，我们讨论了这种知识对组蛋白修饰和miRNA在大豆分子繁殖中的潜在应用，以在不断变化的环境中证明作物的性能。
纤维素纳米纤维的微观机制修饰的胶结脉冲回填材料
摘要加强胶结回填材料以回收脉管和尾矿的性能对于矿产资源和采矿废物管理的可持续发展至关重要。然而，在低成本，高废物比，低碳排放和低粘合剂消耗的实际限制下，巩固了毒性，毛孔和对具有卓越特性的水泥回填材料的采矿废物的升级，这是固有的矛盾和挑战性的。这项研究报告了一种废物到富裕途径，该途径通过纤维素纳米纤维来改善胶结的螺栓回填材料，以回收采矿废物并部分取代水泥。Mechanical compression, X-ray diffraction, thermogravimetry, mercury intrusion porosimetry, scanning electron microscopy tests, fractal quantitative analyses of microstructures, and molecular dynamics simulations were carried out to reveal the action mechanism of TEMPO-modified cellulose nanofibers on cemented gangue backfill materials.分析了节气改性纤维素纳米纤维和机械纤维素纳米纤维对胶结螺栓回填材料强度的贡献的差异。The results show a series of microscopic improvements of cellulose nanofibers on cemented gangue backfill materials, including regulating cemented gel polymerization, increasing hydration nucleation, inhibiting carbonization, densifying pore structure, enhanc- ing Ca-O connections and H bonds, and preventing C-S–H fracture along interlayer water.通过纤维素纳米纤维诱导的这种胶结材料的强度和能量吸收增强，具有最佳剂量可达到30〜50％。还发现过多的纤维素纳米纤维对这种复合材料有害，主要是通过延迟水合结晶并通过捕获空气增加孔，而尽管强度恶化，但它仍然表现出改善的变形抗性和能量吸收。
表观遗传学和寿命延长：表观遗传修饰在衰老和通过生活方式干预的逆转生物年龄
表观遗传学通过调节基因表达而不改变DNA序列在衰老和寿命中起着至关重要的作用。最近的研究表明，表观遗传修饰，例如DNA甲基化，组蛋白修饰和非编码RNA相互作用，会导致衰老过程，并且可能受到外部因素的影响。生活方式干预措施，包括饮食，体育锻炼，压力管理和睡眠优化，已通过调节表观遗传标记来逆转生物年龄的结果。本文探讨了表观遗传老化的机制，环境和生活方式因素的影响以及利用表观遗传可塑性的策略来实现健康和寿命。了解这些机制为开发有针对性的干预措施促进健康衰老并延长寿命铺平了道路。