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World File Search System内含子
研究批处理系统和Xed床中的吸附动力学...
（Broccanello等人2015; Reeves等。2007）。 值得注意的是，内含子中BV_22330_orky的SNP变化（SNP183）与螺栓耐受性有关（Broccanello等人。 2015）。 有趣的是，当QB6附近的基因座被SNP183基因型取代时，观察到基因型和螺栓固定速率之间存在显着关联，这意味着QB6和SNP183之间的链接相对较近（表A1）。 SNP183处的“ T”的测序变化比“ C”更宽容（Broccanello等人。 2015）。 在本研究中，具有强螺栓耐受性的“ NK-219mm-O”表现为“ T”，而“ NK-323mm-O”具有弱螺栓耐受性的“ C.”。这种趋势与在后代线中观察到的螺栓耐受性一致。 关于基因功能，bv_22330_orky编码基质金属蛋白酶，该酶在植物生长，发育和压力反应中分泌，播放2007）。值得注意的是，内含子中BV_22330_orky的SNP变化（SNP183）与螺栓耐受性有关（Broccanello等人。2015）。有趣的是，当QB6附近的基因座被SNP183基因型取代时，观察到基因型和螺栓固定速率之间存在显着关联，这意味着QB6和SNP183之间的链接相对较近（表A1）。SNP183处的“ T”的测序变化比“ C”更宽容（Broccanello等人。2015）。在本研究中，具有强螺栓耐受性的“ NK-219mm-O”表现为“ T”，而“ NK-323mm-O”具有弱螺栓耐受性的“ C.”。这种趋势与在后代线中观察到的螺栓耐受性一致。关于基因功能，bv_22330_orky编码基质金属蛋白酶，该酶在植物生长，发育和压力反应中分泌，播放
Victor Billon、Gael Cristofari。新生 RNA m6A 修饰是基因-逆转录转座子冲突的核心。Cell Research，2021 年，在线发表
长散布元件 1 (L1) 逆转录转座子是一种转座元件，能够通过 RNA 中间体和逆转录步骤的复制粘贴机制在基因组内传播。它们存在于许多真核生物谱系中，但在哺乳动物中一直特别活跃，并且仍然如此，充当着强大的内源诱变剂。它们被细胞核和细胞质中的多层转录和转录后机制强烈抑制，从而限制了它们在生殖细胞、早期胚胎和一组非常狭窄的成人体细胞中的表达和动员。尽管如此，其中一些元件设法挣脱这些锁并插入新的基因组位置，通常落在内含子中，有时会导致遗传疾病 1 。
PEAR：一种灵活的荧光报告基因，用于识别和富集成功进行先导编辑的细胞
(a) Prime Editor 活性报告基因 (PEAR) 的示意图。PEAR 的机制基于与 BEAR 相同的概念，并且包含相同的非活性剪接位点，如图 (a) 所示。PE 可以将“G-AC - AAGT”序列恢复为规范的“G-GT-AAGT”剪接位点。与 BEAR 不同的是，这里的 Prime 编辑发生在 DNA 的反义链上，因此，这种方法使我们能够将间隔序列定位在内含子内。这里，整个间隔的长度是可以自由调整的（显示为“N”-s）。剪接位点的改变的碱基显示为红色，编辑的碱基显示为蓝色。PAM 序列为深绿色，nCas9 为蓝色，融合的逆转录酶为橙色。
并发DNA和RNA测序1
虽然最初扩大精确药物的努力集中在基于DNA的技术上，但如果没有RNA转录组的背景，就无法实现其全部潜力。众所周知，遗传性癌症基因的非编码区域（内含子）的种系致病变异会引起癌症易感性5,6；但是，这些大区域的DNA测序是成本良好的，最终将导致鉴定许多不确定的结果，这些结果不会提高阳性产量。Ambry已开发并验证了一种新颖的可扩展测定 - +rnainsight™，它利用配对的DNA和RNA测序来鉴定91个癌症中的编码和非编码区域中的临床可行的遗传变异7,8
使用新型 Lb Cas12a 变体对大麦进行高效基因组编辑以及 sgRNA 结构的影响 Tom Lawrenson、Alison Hinchliffe、Macarena
CRISPR、Cas12a、CPF1、大麦、诱变、单子叶植物、基因组编辑摘要我们报告了首次成功、高效使用大麦中的 Lb Cas12a，并描述了两种新型 Cas12a 变体的开发和应用。总共我们使用二十种不同的指南比较了五种编码序列 (CDS) 变体，包括两种新型变体和两种指南架构，针对 5 种不同的靶基因。我们发现不同 CDS 版本 (0-87%) 和指南架构 (0-70%) 之间的编辑效率存在很大差异，并且表明我们的两个新型 CDS 版本在该物种的测试中大大优于其他版本。我们展示了产生的突变的遗传性。我们的研究结果强调了优化单个物种的 CRISPR 系统的重要性，并可能有助于在其他单子叶植物中使用 Lb Cas12a。正文 毛螺菌科细菌 Cas12a (Lb Cas12a) 可能是继化脓性链球菌 Cas9 (Sp Cas9) 之后植物基因组编辑中第二广泛使用的可编程核酸酶，并且具有一些潜在优势。首先，由于其对 TTTV PAM 的要求与 NGG 的 Sp Cas9 要求不同，它可用于 GC 沙漠，而 GC 沙漠通常存在于内含子、UTR 和启动子区域中。其次，Lb Cas12a 通常比 Sp Cas9 产生更大的缺失，这可能在缺失研究中有用。第三，虽然 Sp Cas9 在靶标的 PAM 近端切割产生平端，但 Lb Cas12a 在 PAM 远端区域切割产生粘端；这两个特征可能解释了使用 Lb Cas12a 实现的基因靶向发生率更高 (Wolter 和 Puchta，2019)。已知在植物中起作用的三种版本的 Lb Cas12a 针对一个大麦靶标进行了测试。首先，是水稻优化的编码序列 (CDS) (Os Cas12a) (Tang et al., 2017)；其次是人类优化的 CDS (Hs Cas12a)，在双子叶植物中具有功能 (Bernabé-Orts et al., 2019)；第三是拟南芥优化的 CDS，包含 D156R“耐高温”突变 (tt At Cas12a) (Schindele and Puchta, 2020)。我们还创建了两个新版本，携带 D156R 突变的 Hs Cas12a (tt Hs Cas12a) 和携带 8 个内含子的 tt At Cas12 (tt At Cas12+int)。这些内含子之前曾显著提高过 Sp Cas9 的效率（Grutzner 2021），因此我们使用相同的在线工具（NetGene2 - 2.42 - Services - DTU Health Tech）在我们的 tt At Cas12+int 设计中为拟南芥选项获得了较高的剪接置信度。
DNA 拓扑异构酶 IIα 剪接变体对获得性的影响...
摘要 DNA 拓扑异构酶 II α (170 kDa, TOP2 α /170) 诱导增殖细胞中瞬时 DNA 双链断裂，以解决染色体凝聚、复制和分离过程中的 DNA 拓扑纠缠。因此，TOP2 α /170 是抗癌药物的主要靶点，其临床疗效常常因化学耐药性而受到影响。尽管已经确定了许多耐药机制，但人类癌细胞系对 TOP2 α 界面抑制剂/毒药的获得性耐药通常与 Top2 α /170 表达水平的降低有关。我们实验室最近的研究，结合其他研究人员的早期发现，支持以下假设：对 TOP2 α 靶向药物的获得性耐药的主要机制是由于替代的 RNA 加工/剪接。具体而言，已报道了几种 TOP2 α mRNA 剪接变体，它们保留了内含子，并被翻译成缺乏核定位序列的截短 TOP2 α 异构体，随后导致核质分布失调。此外，内含子保留可能导致截短异构体缺乏核定位序列和活性位点酪氨酸 (Tyr805)，而活性位点酪氨酸是形成酶-DNA 共价复合物所必需的，并且在存在 TOP2 α 靶向药物的情况下诱导 DNA 损伤。最终，这些截短的 TOP2 α 异构体导致药物对细胞核中的 TOP2 α 的活性降低并表现出耐药性。因此，对调节 TOP2 α 前 mRNA 的替代 RNA 加工的机制的完整表征可能会产生新的策略来规避获得性耐药性。此外，新型 TOP2 α 剪接变体和截短的 TOP2 α 同工型可用作药物耐药性、预后和/或直接未来 TOP2 α 靶向治疗的生物标志物。
针对无意义或罕见突变的新治疗方法
• 无义突变：它们在 DNA 序列的某个点（根据突变而变化）包含三个碱基（密码子），发出信号来中断 CFTR 蛋白的合成：它们也称为“停止”突变。由此产生的蛋白质被截断和去除•错义突变：导致 DNA 序列中碱基三联体交换的突变：这意味着在蛋白质链的某个点上，一个氨基酸被另一个氨基酸取代。这种替换不会去除蛋白质，但可以决定或多或少严重的功能改变，这取决于链的点和被替换的氨基酸的类型。在意大利，它们约占所有突变的 7%：最常见的（约 5%）是 N1303K。 • 移码突变：非常罕见（并且通常很难用当前技术识别），通过插入（添加）或删除（截断）大段 DNA 导致基因序列的重大改变，从而大大阻止 CFTR 蛋白的合成。在意大利，总体而言，它们所占比例不到 0.5%：例如 541delC 或 3667ins4（“del”或“ins”代表删除或插入）。 • 剪接突变：“剪接”是将基因的“编码”DNA 部分（称为“外显子”）中包含的遗传信息转移到信使 RNA 的机制，信使 RNA 负责控制蛋白质的合成。剪接机制受基因的“非编码”部分（称为“内含子”）的调控。与其他突变不同，剪接突变位于内含子中，而不是外显子中。这些突变会破坏代码的传输，通过或多或少地阻止正常 CFTR 蛋白的合成（具体取决于突变的类型）：本质上，这些突变会导致一定比例的正常 CFTR 和一定比例的改变或缺失的 CFTR。患有这些突变的人的临床情况取决于在合成过程中保留了多少正常 CFTR
使用基因破坏陷阱方法的正向遗传筛选确定了斑马鱼心脏功能中与Grin2Bb相关的RNA转录本（GRIN2BBART）的新作用
基于LNCRNA的控制会影响心肌梗塞，冠状动脉疾病，肥大和肌肌肌肉营养不良等心脏病生理学。本研究使用基因破裂的转座子（GBT）来筛选斑马鱼（Danio rerio）进行插入诱变。我们确定了三个插入突变体，其中GBT捕获了心脏基因。成年活的GBT突变体之一患有心动过心（心律不齐）和心脏室肿大或肥大。我们将其命名为“ Bigheart。” Bigheart突变插入图中的Grin2Bb或N-甲基D-天冬氨酸受体（NMDAR2B）基因内含子2的反向取向。相邻cDNA末端分析的快速扩增表明，在grin2bb的内含子2中有一个新的插入位点转录本。对野生型斑马鱼心脏室的RNA测序的分析显示，在插入部位显示了可能的新转录本。由于此推定的lncRNA转录本满足了规范的特征，因此我们称此转录本GRIN2BB相关的RNA转录本（grin2bbart）。使用原位杂交，我们确定了心脏，中枢神经系统中的局部grin2bbart表达，以及发育中的胚胎和野生型成人斑马曲线中心和大动脉中的肌肉。Bigheart突变体降低了grin2bbart的表达。我们表明，Bigheart基因陷阱插入切除切除了心律不齐和心房肥大，并恢复了Grin2Bbart的表达。吗啡介导的grin2bbart的反义下调模仿Bigheart突变体的野生型斑马鱼胚胎胚胎；这表明Grin2Bbart与Bigheart相关。Western印迹分析突出显示心血管组织使用grin2bb作为钙渗透离子通道。对Bigheart突变体进行的钙成像实验表明心脏中的钙不当。Bigheart心脏转录组显示钙稳态，心脏重塑和收缩基因的差异表达。
沙眼衣原体的遗传操纵的进步
衣原体沙眼，一种衣原体，对人类健康的影响最大，是细菌性传播疾病的主要原因，并且在所有Chamydia spp中都可以预防失明。物种。胸部寄生虫的强制性细胞内寄生虫和独特的双相发育周期是开发遗传操作工具的主要障碍。过去十年见证了对气管梭菌的遗传操纵，包括化学诱变，基于II组内含子的靶向基因敲除，荧光报告的等位基因交换诱变（FRAEM），CRISPR干扰（CRISPRI）和最近开发的转载体诱变。在这篇综述中，我们讨论了沙眼梭状芽孢杆菌的遗传操纵的当前状态，并突出了衣原体遗传学新生田中的新挑战。
高效农杆菌介导的遗传...
使用含有 pCAMBIA 1301 载体的农杆菌菌株 AglI 感染新鲜芦荟外植体，以验证 GUS 基因的瞬时表达。与农杆菌共培养后，在进行外植体 GUS 组织化学染色的外植体上观察到几个明显的蓝点（图 5）。该载体在 GUS 基因中有一个内含子，确保其仅在转化组织中活跃表达，消除了假阳性的可能性。通过 GUS 组织化学染色评估了不同芦荟外植体在不同物理参数下的再生潜力和转化效率。在组 I 和组 II 中分别发现瞬时表达率为 91.3% 和 28.6%。芦荟茎（芽基部）表现出最大的再生潜力