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基于两种受体的 SARS-CoV-2 策略的计算机模拟证据
我们提出了一种新颖的数值方法，能够有效确定蛋白质表面各部分之间的互补关系。这种创新而通用的程序基于用 2D Zernike 多项式表示分子等电子密度表面，可以快速定量地评估相互作用蛋白质之间的几何形状互补性，而这在以前的方法中是无法实现的。我们首先用大量已知蛋白质复合物数据集测试了该方法，在结合位点的盲识别中获得了 0.76 的 ROC 曲线下总面积，然后将其应用于研究 SARS-CoV-2 的刺突蛋白与人类细胞受体之间相互作用的特征。我们的结果表明，SARS-CoV-2 使用了双重策略：除了已知的与血管紧张素转换酶 2 的相互作用外，其刺突蛋白还可以与上呼吸道细胞的唾液酸受体相互作用。
评估从açai（euterpe oleracea）单一文化中种植的无吻蜜蜂（Scaptotrigonaaff。postica）蜂蜜分离的细菌的抗菌能力
摘要：许多抗菌化合物一直在寻求保护人体免受致病性微生物感染的影响。最近，由于不当使用抗生素，病原体对现有药物的抗性具有相当大的增长。在本研究中，从亚马逊本地的无刺蜜蜂蜂蜜中分离出的细菌，称为Scaptotrigona Aff。后ica和apis mellifera用于确定其潜在的抗菌特性，并表征了用分离细菌培养的培养基。结果表明抑制了九种分离株。在这些分离株中，SCA12，SCA13和SCA15显示出与万古霉素相似的抑制活性，该活性被用作阳性对照。SCA13菌株用针对已测试病原体的抗菌提取物获得了最佳结果。该物种被鉴定为粪肠球菌，其冻干提取物的特征是温度，pH和胰蛋白酶，其中它们表现出抗菌活性。这项工作表明，从无刺的蜜蜂蜂蜜（Scaptotrigona Aff）中分离出来的细菌。postica，有可能产生抗菌物质。
抗靶标、抗 SARS-CoV-2 线索、药物和药物发现——遗传学联盟观点
摘要：与其他人类致病冠状病毒的蛋白质相比，针对主要 SARS-CoV-2 靶标（主蛋白酶、刺突蛋白和 RNA 聚合酶）的最先进抗病毒分子可能具有短暂的临床疗效。积累有关靶标结构基础、其突变进展和与病毒复制相关的生物学意义的机制的知识，可以设想在 COVID-19 流行和未来冠状病毒爆发的背景下开发更有针对性的治疗方法。仅基于这些靶标的序列信息分析来识别进化模式可以为宿主-病原体相互作用和适应的分子基础提供有意义的见解，从而导致耐药现象。在此，我们将探讨观察到的和预测的突变的研究如何为所谓的“合成致死”策略应用于 SARS-CoV-2 主蛋白酶和刺突蛋白提供有价值的建议。遗传学证据与药物发现之间的协同作用可能会优先考虑开发新型长效抗病毒药物。■ 介绍
单剂量复制型 RNA 疫苗可在非人类灵长类动物中诱导产生针对 SARS-CoV-2 的中和抗体
图 1. 体外 repRNA-CoV2S 表征。（A）密码子优化的全长刺突 (S) 开放阅读框，包括 S1-、S2-、跨膜 (TM) 和胞质 (CD) 结构域，对应于 SARS-CoV-2 分离株武汉-Hu-1（GenBank：MN908947.3）中的位置 21,536 至 25,384，与 c 端 v5 表位标签融合，克隆到编码委内瑞拉马脑炎病毒株 TC-83 的 4 个非结构蛋白 (nsP1-4) 基因的 α病毒复制子中。 RNA 转录和加帽后，将 repRNA-COV2S 转染到 BHK 细胞中，24 小时后，使用 (B) 抗 v5 免疫荧光和 (C) 蛋白质印迹法分析细胞，使用恢复期人血清或抗 v5 进行免疫检测。重组 SARS-CoV2 刺突蛋白 (rCoV2-Spike) 和 repRNA-GFP 分别用作阳性和阴性对照。B 和 C 中的数据代表 2 个独立实验。57
整合素作为 SARS-CoV-2 的治疗靶点
严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 是一种有包膜的、正义的、单链 RNA 病毒，属于 Betacoronavirus 属。其基因组由四种结构蛋白组成，即刺突 (S)、包膜 (E)、膜 (M) 和核衣壳 (N)，其中 E、M 和 N 整合到病毒包膜中。S 糖蛋白以刺突的形式从成熟病毒体表面突出，对于病毒附着、融合和进入宿主细胞至关重要。虽然 SARS-CoV-2 的刺突蛋白与血管紧张素转换酶 2 (ACE2) 受体之间的关系已很容易确定，但 S1 亚基还含有一个溶剂暴露的精氨酸-甘氨酸-天冬氨酸 (RGD) 结合基序，该基序主要由整合素识别，特别是 a5b1 和 aVb3 (Sigrist 等人，2020 年；Tresoldi 等人，2020 年)。这些整合素主要在血管内皮细胞上表达，属于一大类异二聚跨膜受体家族，包含 a 和 ab 亚基，负责细胞粘附到细胞外基质以及包括免疫反应在内的其他信号传导效应和功能 (Hynes, 2002)。研究表明，使用小肽 ATN-161 和 Cilengitide 分别阻断 SARS-CoV-2 与 a 5 b 1 和 a V b 3 整合素的结合，可降低体内病毒感染性并减轻血管炎症（Amruta 等人，2021 年；Nader 等人，2021 年；Robles 等人，2022 年）。因此，我们建议紧急研究整合素作为 SARS-CoV-2 治疗靶点的治疗潜力（图 1）。
藻类伙伴的热应激阻碍了定植成功并改变了刺胞动物-藻类共生体中的藻类细胞表面糖基化
摘要 珊瑚的生态成功归功于它们与甲藻 (Symbiodiniaceae) 的共生关系。虽然人们对热应激对这种共生关系的负面影响进行了深入研究，但对热应激如何影响共生关系的开始和共生体特异性的研究较少。在这项工作中，我们使用模型海葵 Exaiptasia diaphana (通常称为 Aiptasia) 及其本地共生体 Breviolum minutum 来研究热应激对藻类对 Aiptasia 的定殖以及藻类细胞表面糖组的影响。热应激导致藻类对 Aiptasia 的定殖减少，这并不是由于藻类运动或氧化应激等混杂变量造成的。利用质谱分析和凝集素染色，我们鉴定出热诱导的聚糖富集（以前发现与自由生活的藻类菌株有关，高甘露糖苷聚糖），同时鉴定出与共生藻类菌株有关的聚糖（半乳糖基化聚糖）减少。我们还鉴定出特定唾液酸聚糖的差异富集，尽管它们在这种共生关系中的作用仍不清楚。我们还讨论了用于分析藻类细胞表面糖组的方法，评估了当前的局限性，并为藻类-珊瑚糖生物学的未来工作提供了建议。总体而言，这项研究深入了解了压力如何通过改变共生生物伙伴的糖组来影响刺胞动物与其藻类共生体之间的共生关系。
引用：Klangkalya，N.，Kanchongkittiphon，W.，Sawatchai，A.，Kiewngam，P.，Jotikasthira，W.，Manuyakorn，W。（2024）。皮肤刺测试和血清规格
显然，在人类进化过程中，早期现代人类和古老的人类之间的基因流动了强大的平衡选择。因此，我们想知道，在尼安德特人中存在对我们免疫系统功能有严重有害后果的基因以及对现代人类基因组的渗透。在现代人类中，与免疫系统中错误相关的疾病称为“先天免疫错误”（IEI）。这些包括原发性免疫缺陷，自身免疫性疾病和自身炎症性疾病。目前，已知有450多个IEI相关基因会引起免疫系统的严重损害，因此对生存和生活质量产生了重大影响。22在这项研究中，我们筛选了三个尼安德特人和一个Denisovan的基因组，目的是存在与IEI相关的基因的潜在损害遗传变异，以探索我们的假设，即免疫系统中的缺陷可能有助于古代人的消失。
探索结构多样的植物次生代谢产物作为针对严重急性呼吸道症不同分子机制的潜在药物来源
Dzubak 等人，2005) 发现其广泛分布于植物界。Yin 等人 (2012) 报道了来自不同蔬菜和水果的八种三萜 (齐墩果酸、熊果酸、阿江梨酸、积雪草酸、乳香酸、科罗索酸、羟基积雪草酸和山楂酸) 以完整形式在小鼠不同器官中的生物利用度。类似的研究证明了白桦脂酸发挥其抗肿瘤特性的生物利用度 (Godugu 等人，2014)。从我们的研究中获得的数据表明，开发针对 SARS-CoV-2 刺突蛋白的三萜类药物分子是可能的。来自印度醉茄凝固素的凝固素在以刺突蛋白为目标的 AAR 下记录了较低的 BE。对结构相似的三萜和类固醇，即类固醇内酯，类固醇皂苷，类固醇糖苷生物碱，三萜糖苷，三萜皂苷和三萜甾醇，也进行了类似的观察。
对小鼠海马进行单核 RNA 测序，以评估体内基因编辑
图 3. (A) 小鼠 1 海马的细胞类型识别和 tdTomato 报告基因转录水平 (A) 小鼠 1 的带注释的综合 UMAP 投影显示实验和对照条件下存在 12 种不同的细胞类型。簇 0 和簇 12 被识别为阳性对照成纤维细胞刺突。