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我们提出了一种新颖的数值方法,能够有效确定蛋白质表面各部分之间的互补关系。这种创新而通用的程序基于用 2D Zernike 多项式表示分子等电子密度表面,可以快速定量地评估相互作用蛋白质之间的几何形状互补性,而这在以前的方法中是无法实现的。我们首先用大量已知蛋白质复合物数据集测试了该方法,在结合位点的盲识别中获得了 0.76 的 ROC 曲线下总面积,然后将其应用于研究 SARS-CoV-2 的刺突蛋白与人类细胞受体之间相互作用的特征。我们的结果表明,SARS-CoV-2 使用了双重策略:除了已知的与血管紧张素转换酶 2 的相互作用外,其刺突蛋白还可以与上呼吸道细胞的唾液酸受体相互作用。

基于两种受体的 SARS-CoV-2 策略的计算机模拟证据

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