药物基因组学 (PGx) 研究个体间基因组变异对药物反应的影响,从而有机会为每位患者量身定制给药方案。目前有针对性的 PGx 测试平台主要基于微阵列、聚合酶链式反应或短读测序。尽管这些检测在识别单核苷酸变异 (SNV) 和插入/缺失 (INDEL) 方面表现出巨大价值,但它们无法识别大的结构变异,也无法进行明确的单倍型分型以进行星号等位基因分配。在这里,我们使用 Oxford Nanopore Technologies 的自适应采样来丰富从药物基因组学知识库 (PharmGKB) 中提取的具有充分记录的 PGx 相关性的 1,036 个基因面板。通过评估与现有真实集的一致性,我们展示了对五个瓶中基因组参考样本的准确变异和星号等位基因调用。我们表明,最多可以在一个 PromethION 流动槽上复用三个样本,而不会显著降低变异调用性能,从而分别实现 99.35% 和 99.84% 的目标变异召回率和精确度。这项工作推动了纳米孔测序在临床 PGx 环境中的使用。
摘要简介:少数人群丧失遗传变异性的速度比大人群快得多;随后,在面对环境变化时会降低其适应能力。在危地马拉已经确定了濒临灭绝的安提斯·海牛(Trichechus manatus manatus)的少数人口。目的:这项研究通过分析了该物种的两个最重要的栖息地,BahíaLaGraciosa,沿海湾和Bocas del Polochic,位于Izabal State的两个最重要的栖息地,探索了危地马拉的Antillean Manatee在危地马拉的遗传多样性。方法:使用非或微创采样技术收集遗传样品:表皮组织的刮擦,浮力粪便的收集以及尸体收集组织。DNA提取,使用聚合酶链反应(PCR)的DNA扩增以及对照D环区的测序用于处理和分析样品。结果:从收集的36个样品(至少四个和最多7个个体)中获得了七个线粒体DNA序列。鉴定了四个单倍型A01,A03,A04和J01。没有其他中美洲国家在海牛人口中报告了这一数量的单倍型,这是该地区首次报告A01的单倍型。危地马拉海牛种群至少包括两个遗传谱系,即佛罗里达/大安提斯族(单倍型A01,A03和A04)和中美洲谱系(J01)。结论:进一步的研究,使用核标记物是必须了解巴伊亚拉格拉西奥(Bahia la Graciosa)和博卡斯(Bocas del Polochic)之间的人口动态,以识别该国的管理单位数量;同样,需要建立与伯利兹人口的关系程度,以更好地协调保护工作。
合成的八倍体油菜籽 Y3380 在用作花粉供体为植物授粉时可诱导母本双单倍体。但双单倍体形成的潜在机制仍不清楚。我们推测双单倍体诱导发生在诱导系的染色体传递到母本卵细胞,并通过受精形成合子时。在合子有丝分裂过程中,父本染色体被特异性地消除。在消除过程中,部分父本基因可能通过同源交换渗入母本基因组。然后,合子单倍体基因组加倍(早期单倍体加倍,EH 现象),加倍的合子继续发育成完整的胚胎,最终形成双单倍体后代。为了验证假设,本研究以八倍体Y3380品系为标记,将4122-cp4-EPSPS外源基因回交,得到六倍体Y3380-cp4-EPSPS作为父本材料,对3个不同的母本材料进行授粉。在授粉后48 h观察诱导品系与母本杂交的受精过程,受精率分别达到97.92%和98.72%。授粉12 d后,用原位PCR检测胚中存在cp4-EPSPS,授粉后13 — 23 d,F 1 胚含有cp4-EPSPS基因的概率高达97.27%,而后逐渐下降,在23 — 33 d时为0%。同时免疫荧光观察了3~29天胚胎中cp4-EPSPS的表达情况。随着胚胎的发育,cp4-EPSPS标记基因不断丢失,伴随胚胎死亡,30天后在存活的胚胎中检测不到cp4-EPSPS的存在。同时对诱导后代的SNP检测证实了双单倍体的存在,进一步表明诱导过程是由于父本染色体特异性的丧失引起的。四倍体诱导后代表现出诱导系基因位点的筛选,有杂合性,也有纯合性。结果表明,在诱导过程中,诱导系染色体被消除。
1。Lamb AN,Rosenfeld JA,Neill NJ等。 在12p12.1时Sox5的单倍不足与具有明显的行为延迟,行为问题和轻度畸形特征的发育延迟有关。 嗡嗡声突变。 2012; 33:728-740。 2。 Aza-Carmona M,Shears DJ,Yuste-Checa P等。 shox与软骨的转录因子Sox5和Sox6相互作用,以使Aggrecan增强剂作用。 hum mol Genet。 2011; 20:1547-1559。 3。 Harley VR,Clarkson MJ,Argentaro A. 睾丸确定因子的分子作用和调节,SRY(Y染色体上的性别确定区域)和Sox9 [与SRY相关的高弹性组(HMG)Box 9]。 Endocr Rev。 2003; 24:466-487。 4。 Truebestein L,Leonard TA。 盘绕螺旋:长而短。 生物评估。 2016; 38:903-916。 5。 Ikeda T,Zhang J,Chano T等。 识别和表征人类长的SOX5(L-SOX5)基因。 基因。 2002; 298:59-68。 6。 Wu L,Yang Z,Dai G等。 SOX5通过调节膀胱癌的DNMT1/P21途径来促进细胞的生长和迁移。 Acta Biochim Biophys罪。 2022; 54:987-998。 7。 Kwan KY,Lam MM,Krsnik Z等。 SOX5在森林中进行了森林,迁移,迁移后分化以及子板和深层新皮质神经元的投影。 Proc Natl Acad Sci u s a。 2008; 105:16021-16026。 8。 神经元。Lamb AN,Rosenfeld JA,Neill NJ等。在12p12.1时Sox5的单倍不足与具有明显的行为延迟,行为问题和轻度畸形特征的发育延迟有关。嗡嗡声突变。2012; 33:728-740。2。Aza-Carmona M,Shears DJ,Yuste-Checa P等。shox与软骨的转录因子Sox5和Sox6相互作用,以使Aggrecan增强剂作用。hum mol Genet。2011; 20:1547-1559。3。Harley VR,Clarkson MJ,Argentaro A. 睾丸确定因子的分子作用和调节,SRY(Y染色体上的性别确定区域)和Sox9 [与SRY相关的高弹性组(HMG)Box 9]。 Endocr Rev。 2003; 24:466-487。 4。 Truebestein L,Leonard TA。 盘绕螺旋:长而短。 生物评估。 2016; 38:903-916。 5。 Ikeda T,Zhang J,Chano T等。 识别和表征人类长的SOX5(L-SOX5)基因。 基因。 2002; 298:59-68。 6。 Wu L,Yang Z,Dai G等。 SOX5通过调节膀胱癌的DNMT1/P21途径来促进细胞的生长和迁移。 Acta Biochim Biophys罪。 2022; 54:987-998。 7。 Kwan KY,Lam MM,Krsnik Z等。 SOX5在森林中进行了森林,迁移,迁移后分化以及子板和深层新皮质神经元的投影。 Proc Natl Acad Sci u s a。 2008; 105:16021-16026。 8。 神经元。Harley VR,Clarkson MJ,Argentaro A.睾丸确定因子的分子作用和调节,SRY(Y染色体上的性别确定区域)和Sox9 [与SRY相关的高弹性组(HMG)Box 9]。Endocr Rev。2003; 24:466-487。 4。 Truebestein L,Leonard TA。 盘绕螺旋:长而短。 生物评估。 2016; 38:903-916。 5。 Ikeda T,Zhang J,Chano T等。 识别和表征人类长的SOX5(L-SOX5)基因。 基因。 2002; 298:59-68。 6。 Wu L,Yang Z,Dai G等。 SOX5通过调节膀胱癌的DNMT1/P21途径来促进细胞的生长和迁移。 Acta Biochim Biophys罪。 2022; 54:987-998。 7。 Kwan KY,Lam MM,Krsnik Z等。 SOX5在森林中进行了森林,迁移,迁移后分化以及子板和深层新皮质神经元的投影。 Proc Natl Acad Sci u s a。 2008; 105:16021-16026。 8。 神经元。2003; 24:466-487。4。Truebestein L,Leonard TA。盘绕螺旋:长而短。生物评估。2016; 38:903-916。 5。 Ikeda T,Zhang J,Chano T等。 识别和表征人类长的SOX5(L-SOX5)基因。 基因。 2002; 298:59-68。 6。 Wu L,Yang Z,Dai G等。 SOX5通过调节膀胱癌的DNMT1/P21途径来促进细胞的生长和迁移。 Acta Biochim Biophys罪。 2022; 54:987-998。 7。 Kwan KY,Lam MM,Krsnik Z等。 SOX5在森林中进行了森林,迁移,迁移后分化以及子板和深层新皮质神经元的投影。 Proc Natl Acad Sci u s a。 2008; 105:16021-16026。 8。 神经元。2016; 38:903-916。5。Ikeda T,Zhang J,Chano T等。 识别和表征人类长的SOX5(L-SOX5)基因。 基因。 2002; 298:59-68。 6。 Wu L,Yang Z,Dai G等。 SOX5通过调节膀胱癌的DNMT1/P21途径来促进细胞的生长和迁移。 Acta Biochim Biophys罪。 2022; 54:987-998。 7。 Kwan KY,Lam MM,Krsnik Z等。 SOX5在森林中进行了森林,迁移,迁移后分化以及子板和深层新皮质神经元的投影。 Proc Natl Acad Sci u s a。 2008; 105:16021-16026。 8。 神经元。Ikeda T,Zhang J,Chano T等。识别和表征人类长的SOX5(L-SOX5)基因。基因。2002; 298:59-68。 6。 Wu L,Yang Z,Dai G等。 SOX5通过调节膀胱癌的DNMT1/P21途径来促进细胞的生长和迁移。 Acta Biochim Biophys罪。 2022; 54:987-998。 7。 Kwan KY,Lam MM,Krsnik Z等。 SOX5在森林中进行了森林,迁移,迁移后分化以及子板和深层新皮质神经元的投影。 Proc Natl Acad Sci u s a。 2008; 105:16021-16026。 8。 神经元。2002; 298:59-68。6。Wu L,Yang Z,Dai G等。SOX5通过调节膀胱癌的DNMT1/P21途径来促进细胞的生长和迁移。Acta Biochim Biophys罪。2022; 54:987-998。7。Kwan KY,Lam MM,Krsnik Z等。 SOX5在森林中进行了森林,迁移,迁移后分化以及子板和深层新皮质神经元的投影。 Proc Natl Acad Sci u s a。 2008; 105:16021-16026。 8。 神经元。Kwan KY,Lam MM,Krsnik Z等。SOX5在森林中进行了森林,迁移,迁移后分化以及子板和深层新皮质神经元的投影。Proc Natl Acad Sci u s a。2008; 105:16021-16026。 8。 神经元。2008; 105:16021-16026。8。神经元。Lai T,Jabaudon,BJ和Al。 SOX5皮质果神经元神经元的依次属。 2008; 57:232-247。 9。 Martin-Mors PL,AC女王,倒钩,道德AV。 sox5按照wnt-beta诱导的途径符合这种新进展的这种进展。 REP。 2010; 11:466-4 10。 问题交流,Stolt CC,Coral R和Al。 neu-robiol必须 2015; 75:522-538。 11。 li,menine menendize c,garci-corse l和al。 我们需要新的成年干细胞操作。 rep眼。 2022; 38:1 12。 Edgerley K,Bryson L,Hanington L和Al。 SOX5:综合征Shaffer进一步消耗了进一步的扩展现象。 am j with genet a 2023; 191:1447-1458。 13。 扬声器M,Na和Al。 变体解释使用人群数据:第一GMMAD。 Mutat的Hum 2022; 43:1012-1 14。 Rentzsch P,Schubma M,Shendure J,Kirker M. Cadd-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity the Genome vide变体变体预测,使用传递深度分数。 基因组医学。 2021; 13:31。 15。 ioannidis NM,Rothstein JH,Pejaver V和Al。 reve:变体的致病性。 am j hum genet 2016; 99:877-885。Lai T,Jabaudon,BJ和Al。SOX5皮质果神经元神经元的依次属。2008; 57:232-247。 9。 Martin-Mors PL,AC女王,倒钩,道德AV。 sox5按照wnt-beta诱导的途径符合这种新进展的这种进展。 REP。 2010; 11:466-4 10。 问题交流,Stolt CC,Coral R和Al。 neu-robiol必须 2015; 75:522-538。 11。 li,menine menendize c,garci-corse l和al。 我们需要新的成年干细胞操作。 rep眼。 2022; 38:1 12。 Edgerley K,Bryson L,Hanington L和Al。 SOX5:综合征Shaffer进一步消耗了进一步的扩展现象。 am j with genet a 2023; 191:1447-1458。 13。 扬声器M,Na和Al。 变体解释使用人群数据:第一GMMAD。 Mutat的Hum 2022; 43:1012-1 14。 Rentzsch P,Schubma M,Shendure J,Kirker M. Cadd-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity the Genome vide变体变体预测,使用传递深度分数。 基因组医学。 2021; 13:31。 15。 ioannidis NM,Rothstein JH,Pejaver V和Al。 reve:变体的致病性。 am j hum genet 2016; 99:877-885。2008; 57:232-247。9。Martin-Mors PL,AC女王,倒钩,道德AV。sox5按照wnt-beta诱导的途径符合这种新进展的这种进展。REP。 2010; 11:466-4 10。 问题交流,Stolt CC,Coral R和Al。 neu-robiol必须 2015; 75:522-538。 11。 li,menine menendize c,garci-corse l和al。 我们需要新的成年干细胞操作。 rep眼。 2022; 38:1 12。 Edgerley K,Bryson L,Hanington L和Al。 SOX5:综合征Shaffer进一步消耗了进一步的扩展现象。 am j with genet a 2023; 191:1447-1458。 13。 扬声器M,Na和Al。 变体解释使用人群数据:第一GMMAD。 Mutat的Hum 2022; 43:1012-1 14。 Rentzsch P,Schubma M,Shendure J,Kirker M. Cadd-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity the Genome vide变体变体预测,使用传递深度分数。 基因组医学。 2021; 13:31。 15。 ioannidis NM,Rothstein JH,Pejaver V和Al。 reve:变体的致病性。 am j hum genet 2016; 99:877-885。REP。2010; 11:466-410。问题交流,Stolt CC,Coral R和Al。neu-robiol必须2015; 75:522-538。11。li,menine menendize c,garci-corse l和al。我们需要新的成年干细胞操作。rep眼。2022; 38:112。Edgerley K,Bryson L,Hanington L和Al。 SOX5:综合征Shaffer进一步消耗了进一步的扩展现象。 am j with genet a 2023; 191:1447-1458。 13。 扬声器M,Na和Al。 变体解释使用人群数据:第一GMMAD。 Mutat的Hum 2022; 43:1012-1 14。 Rentzsch P,Schubma M,Shendure J,Kirker M. Cadd-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity the Genome vide变体变体预测,使用传递深度分数。 基因组医学。 2021; 13:31。 15。 ioannidis NM,Rothstein JH,Pejaver V和Al。 reve:变体的致病性。 am j hum genet 2016; 99:877-885。Edgerley K,Bryson L,Hanington L和Al。SOX5:综合征Shaffer进一步消耗了进一步的扩展现象。am j with genet a2023; 191:1447-1458。13。扬声器M,Na和Al。变体解释使用人群数据:第一GMMAD。Mutat的Hum2022; 43:1012-114。Rentzsch P,Schubma M,Shendure J,Kirker M. Cadd-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity-Splicity the Genome vide变体变体预测,使用传递深度分数。基因组医学。2021; 13:31。15。ioannidis NM,Rothstein JH,Pejaver V和Al。reve:变体的致病性。am j hum genet2016; 99:877-885。2016; 99:877-885。16。Macnee M,Perez-Palma E,Brunger T等。cnv-clinviewer:在线增强对大型拷贝数变体的临床解释。生物信息学。2023; 39:1-6。
掩盖理论指出,单倍体阶段表达的基因将在更有效的选择下。在con trast中,选择在二倍体阶段表达的基因中的效率较低,在二倍体阶段,隐性有害或有益突变的适应性可能以杂合形式隐藏。这种差异可以在流动性中几个进化过程,例如维持遗传变异,适应率和遗传负荷。掩盖理论期望已在单细胞单倍体和二倍体生物中得到证实。然而,在多细胞生物(例如植物)中,单倍体选择的作用并不明确。在植物中,已经使用血管中的雄性单倍体组织进行了大量选择的研究。因此,这些系统中的证据与性选择和种内竞争的影响相混淆。其他植物群的证据很少,结果没有对掩盖理论的支持。在这里,我们使用了裸子苏格兰松树巨型植物学,母体衍生的种子单倍体组织和四个二倍体Tis SU来测试在具有组织特异性表达的一组基因上纯化选择的强度。通过使用这些基因的靶向重新定位数据,我们获得了遗传多样性,0倍和4倍位点的位点频谱的估计值,并推断了单倍体组织和二倍体组织 - 特异性基因中新突变的适应性效应的分布。我们的结果表明,在单倍体巨脂组织组织中表达的组织特异性基因纯化选择更强,并且这种强选择的信号不是由高表达水平驱动的伪像。
结果:通过采用三重分箱方法,我们能够利用长读技术和全基因组染色质相互作用数据 (Hi-C) 组装出高质量的染色体水平 F1 组装体和 2 个亲本单倍型组装体。从总共 40 条染色体 (2n = 80) 中,我们在单个支架中捕获了 35 条染色体,与旧的组装体相比,基因组完整性和连续性得到了很大的改善。这 3 个组装体的质量高于之前的草图质量组装体,与鸡组装体 (GRCg7) 相当,最大的重叠群 N50 (26.6 Mb) 和可比的 BUSCO 基因集完整性得分 (96-97%) 也显示出了这一点。比较分析证实了之前发现的 Z 染色体上约 19 Mbp 的大倒位,而其他鸡形目动物中没有发现这种倒位。已发现亲本单倍型之间的结构变异,这为育种提供了潜在的新目标基因。
方法:一种回顾性分析应用了1,675个胚胎的数据集,对1,305个个体的非植入基因测试(PGT-A)进行了植入前基因检测,涉及2015年1月和12月在2019年1月和12月之间的单个Eploid Embryo的Cryotransfers。在NGS平台(n = 40),生物学特征的相关性(n = 1,635)和生殖结果的相关性(n = 1,340)的相关性(n = 1,340)的相关性(n = 1,635),将研究的队列分为算法建立(n = 40)。,分别通过QPCR分析和运行间控件验证了可靠性和可重复性。跨生物学特征的相关性,应用地层分析来评估单个贡献者的效果。最终,根据显着效应子(S)调整了mtDNA比与生殖结果之间的相关性。
胞嘧啶DNA甲基化参与了转座元件(TE)沉默,烙印和X染色体灭活。植物DNA甲基化由Met1(Mammalian DNMT1),DRM2(哺乳动物DNMT3)和两个植物特异性DNA甲基转移酶,CMT2和CMT3介导(Law and Jacobsen,2010年)。DRM2通过植物特异性RNA指导的DNA甲基化(RDDM)途径建立了植物中的从头DNA甲基化,依赖于两个DNA依赖性RNA聚合酶,POL IV和POL V(Gallego-Bartolome et al。木薯的DNA甲基团先前已根据其单倍体倒塌的基因组进行了记录(Wang等,2015)。由于木薯基因组是高度杂合的,因此单倍型折叠基因组的DNA甲基团错过了甲基体的许多特征。With the development of long-read sequencing and chromosomal conformation capture techniques, haplotype-resolved genomes are available for highly heterozygous genomes (Mansfeld et al., 2021 ; Qi et al., 2022 ; Sun et al., 2022 ; Zhou et al., 2020 ), which provides high-quality reference genomes facilitating studies of haplotype-resolved DNA甲基组。为了剖析木薯的单倍型分辨DNA甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基(TME7和TME204)在两个单倍型基因组分辨率(TME7和TME204)中进行了研究。 Al。,2021;测序读数分别映射到不同的单倍型,允许零不匹配和一个最佳命中,这允许分离属于不同单倍型的读数。总体而言,我们发现尽管使用了WGB和EM-SEQ方法,但两种单倍型具有相似的整体
在体育界,Covid-19大大削减了正常活动,并导致了许多国家和国际活动的推迟和取消。 在过去的一年中,在运动中发生的几项研究Covid-19的传播是在运动中发生的,而严格的感染控制程序在防止SARS-COV2传播方面是核心,但精英和竞争性的COVID-19疫苗接种问题,但休闲运动员正在迅速成为个人运动员,体育团队和组织的紧迫问题。 运动临床医生现在面临着几个重要的考虑因素,包括运动对疫苗功效的影响,潜在的副作用,给定运动员或一群运动员的最佳疫苗类型(如果选择变得相关),有关疫苗时间的建议,以及疫苗接种的时间,以及疫苗接种是否可以阻止SARS-COV-2传输。在体育界,Covid-19大大削减了正常活动,并导致了许多国家和国际活动的推迟和取消。在过去的一年中,在运动中发生的几项研究Covid-19的传播是在运动中发生的,而严格的感染控制程序在防止SARS-COV2传播方面是核心,但精英和竞争性的COVID-19疫苗接种问题,但休闲运动员正在迅速成为个人运动员,体育团队和组织的紧迫问题。运动临床医生现在面临着几个重要的考虑因素,包括运动对疫苗功效的影响,潜在的副作用,给定运动员或一群运动员的最佳疫苗类型(如果选择变得相关),有关疫苗时间的建议,以及疫苗接种的时间,以及疫苗接种是否可以阻止SARS-COV-2传输。
鳄梨 (Persea americana) 是木兰科植物的一种,木兰科植物是被子植物的早期分支谱系,其果实营养丰富,在全球具有很高的价值。在这里,我们报告了商业鳄梨品种 Hass 的染色体水平基因组组装,该品种占世界鳄梨消费量的 80%。使用由遗传图谱支持的先前发布的基因组版本进一步组装由 Pacific Biosciences HiFi 读数产生的 DNA 重叠群。总组装体为 913 Mb,重叠群 N50 为 84 Mb。分配给 12 条染色体的重叠群代表 874 Mb,覆盖了 98.8% 的胚性植物基准单拷贝基因。蛋白质编码序列注释确定了 48 915 个鳄梨基因,其中 39 207 个可归因于功能。基因组含有 62.6% 的重复元素。研究了基因组中感兴趣的特定生物合成途径。分析表明,鳄梨中庚糖生物合成的主要途径可能是通过景天庚酮糖 1,7 双磷酸,而不是通过其他途径。内切葡聚糖酶基因数量众多,与鳄梨使用纤维素酶催熟果实一致。尽管经历了多次基因组复制事件,但鳄梨基因组似乎在同源染色体之间有有限数量的易位。与相关物种的蛋白质组聚类允许识别鳄梨和樟科其他成员特有的基因,以及在单子叶植物和真双子叶植物分化前或分化时分化的物种特有的基因。该基因组提供了一种工具,以支持未来开发产量和果实质量更高的优质鳄梨品种。