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r-loops作为DNA双链破裂修复的Janus面饰调节器
hal是一个多学科的开放访问档案，用于存款和传播科学研究文件，无论它们是否已发表。这些文件可能来自法国或国外的教学和研究机构，也可能来自公共或私人研究中心。
体内RECB的单分子成像揭示了DNA大肠杆菌中DNA双链破裂修复的动力学
摘要：近年来，由于其治疗潜力和多功能性在药物化学中，有机苯苯甲酸盐引起了很大的关注。在这里，我们报告了5-苯基碳酰甲基戊烯基硒酸（SELSA-2）抑制的机制，这是特征良好的组蛋白脱乙酰基酶抑制剂suberoylanilide suberoylanilide hydroxamic的类似物（Sahavorinostat）。我们表明，组蛋白脱乙酰基酶6和10可以促进硒氰酸酯水解产生硒酸盐阴离子，并且我们通过可逆形成二苯胺来调节抑制活性，探索硒的氧化还原化学。组蛋白脱乙酰基酶6的2.15Å分辨率晶体结构与SELSA-2结合结构，最终证明它不是硒氰酸酯，而是硒酸盐阴离子，这是负责酶抑制的活性药理。
通过癌细胞中双链RNA识别途径的抗肿瘤免疫力...
在癌细胞中，纺锤体形成检查点（SAC）的抑制剂激活了DSRNA识别途径，不仅是先前报道的DSDNA识别途径，而且还通过诱导DSRNA在细胞质量中的积累而诱导DSRNA识别途径，并具有染色与非分开（*3）。我们还揭示了DSRNA识别途径的激活诱导抗肿瘤免疫相关因子的分泌，例如T细胞趋化因子和1型干扰素，这些因子促进了T细胞迁移和激活。接下来，为了阐明与非隔离的染色对，使用免疫沉淀产生的dsRNA特异性识别dsRNA，并通过免疫药物的序列确定了序列的序列，并确定了序列的序列，并确定了序列的差异，并确定了sac抑制剂的浓缩。结果，我们发现DSRNA倾向于由散射的重复序列（*5）产生，这些重复序列（*5）相对接近基因组中的基因区域，并且在非编码区域（*4）周围被ATAC-SEQ检测为开放染色质区域，并且染色质构象可能影响散射重复的转录活性。还知道，当SAC抑制诱导染色体敞开时，形成了包含称为微核的不完整基因组的细胞内细胞器，在纯化了细胞核和微核并分析包含的RNA后，它揭示了许多转录产物。最后，在小鼠模型中，我们使用缺乏MAV中的细胞在囊肿抑制剂后分析了肿瘤的生长，该细胞在DSRNA识别途径中起着核心作用和免疫缺陷小鼠（*6），并发现囊抑制剂通过抗衰测依赖性依赖于DSRNA的活性在DSRNA上发挥治疗作用。 [展开]
将 CRISPR 扫描与使用双链 DNA 脱氨酶进行靶向染色质可及性分析相结合
基因组编辑可以对内源性顺式调控元件进行序列功能分析，从而推动对其机制的理解和基因疗法的发展。然而，这些方法不能与染色质结构和长单分子染色质纤维可及性的直接可扩展读数相结合。在这里，我们利用双链 DNA 胞嘧啶脱氨酶通过靶向 PCR 和长读测序以高深度和分辨率分析内源性目标基因座的染色质可及性，我们将这种方法称为靶向脱氨酶可及染色质测序 (TDAC-seq)。TDAC-seq 凭借目标基因座的高序列覆盖率，可以与 CRISPR 扰动独特地整合，从而实现顺式调控元件的功能解剖，其中遗传扰动及其对染色质可及性的影响叠加在同一单个染色质纤维上并以单核苷酸分辨率解析。我们利用 TDAC-seq 解析了在红细胞分化过程中激活人类 CD34+ 造血干细胞和祖细胞中胎儿血红蛋白的 CRISPR 编辑，以及在合并的 CRISPR 和碱基编辑筛选中平铺控制珠蛋白位点的增强子。总之，TDAC-seq 能够通过基因组编辑实现单分子染色质纤维的高分辨率序列功能映射。
单分子分析揭示了组成、RNA 双链和抑制剂对 SARS-CoV-2 聚合酶复合物结合动力学的影响
摘要 COVID-19 的病原体 SARS-CoV-2 的基因组复制涉及由非结构蛋白 (nsps) 12、7 和 8 组成的多亚基复制复合物。虽然该复合物的结构已知，但亚基与 RNA 相互作用的动态行为尚不清楚。本文我们报告了一种单分子蛋白诱导荧光增强 (SM-PIFE) 检测方法，以监测重组或共表达的复制复合物与 RNA 之间的结合动力学。在 nsp8-nsp12 混合物中以及在含有所有三种蛋白质的重组混合物中，观察到结合时间按此顺序增加。在后一种情况下记录了不稳定、瞬时和稳定的结合模式，表明复合是动态的，必须先实现正确的构象才能发生稳定的 RNA 结合。值得注意的是，共表达的蛋白质即使在低浓度下也能产生稳定的结合，而重组的蛋白质表现出不稳定的结合，表明与减少的蛋白质的复合效率低下。SM-PIFE 测定法区分了影响蛋白质结合的抑制剂和阻止复制的抑制剂，如苏拉明和瑞德西韦分别证明的那样。数据揭示了结合寿命/亲和力与蛋白质活性之间的相关性，并强调了共表达与重组混合物之间的差异，表明存在可能无法发展为有效结合的捕获构象。简介
SPO11二聚化控制减数分裂DNA双链断裂的形成
SPO11 二聚化控制减数分裂 DNA 双链断裂形成 Cédric Oger 1 和 Corentin Claeys Bouuaert 1，* 1 鲁汶生物分子科学与技术研究所，鲁汶天主教大学，1348 Louvain-La-Neuve，比利时。 * 通讯地址：corentin.claeys@uclouvain.be。SPO11 通过诱导程序性 DNA 双链断裂 (DSB) 来启动减数分裂重组，但这种催化活性从未在体外重建。在这里，我们使用小小鼠 SPO11 报告了一个重现减数分裂 DSB 形成所有特征的生化系统。我们表明，SPO11 在没有任何伴侣的情况下催化断裂形成，并保持与 5 ¢ 断裂链的共价连接。我们发现 SPO11 的靶位选择受 DNA 底物的序列、可弯曲性和拓扑结构的影响，并提供了 SPO11 可以重新修复单链 DNA 断裂的证据。此外，我们表明 SPO11 在溶液中是单体，而切割需要二聚化才能重建两个混合活性位点。SPO11 及其伴侣 TOP6BL 形成 1:1 复合物，该复合物催化 DNA 切割，其活性与单独的 SPO11 相似。然而，该复合物以更高的亲和力结合 DNA 末端，表明在切割后可能发挥作用。我们提出了一个模型，其中体内 DSB 形成所需的 SPO11 的其他伴侣组装生物分子凝聚物，招募 SPO11-TOP6BL，从而实现二聚化和切割。我们的工作确立了 SPO11 二聚化是控制减数分裂 DSB 诱导的基本机制。
癌症中双链RNA传感的抑制
免疫疗法已成为许多癌症的治疗选择。对于某些肿瘤，免疫检查点抑制剂在促进抗肿瘤免疫方面表现出很好的效果。然而，并非所有肿瘤都对免疫疗法有反应。这些肿瘤通常表现出炎症减少，并且对检查点抑制剂有抗性。将这些“冷”肿瘤变成“热”肿瘤的疗法可以提高检查点抑制剂的功效和适用性，在某些情况下，仅靠这些疗法就足以促进抗肿瘤免疫。实现这一目标的一种策略是激活肿瘤内的先天免疫途径。在这里，我们描述了如何通过激活双链 RNA (dsRNA) 传感器来实现这一点。这些传感器进化为检测和响应由病毒感染引起的 dsRNA，但也可以被内源性 dsRNA 激活。一组被称为 dsRNA 感知抑制因子的蛋白质负责阻止感知“自身”dsRNA 并激活先天免疫途径。这些抑制因子的作用机制分为三类：(1) 通过编辑、降解、重组或结合影响成熟 RNA 的抑制因子。(2) 影响 RNA 加工的抑制因子。(3) 影响 RNA 表达的抑制因子。在本综述中，我们重点介绍了通过每种机制发挥作用的抑制因子，提供了破坏这些抑制因子在癌细胞系和肿瘤中的影响的例子，并讨论了针对这些蛋白质和途径的治疗潜力。
补充材料双链DNA ...
补充图3。在口服DSRNA处理后的14天期间，评估了第二龄H. HALYS若虫的死亡率。若虫为100 ng/µl dsRNA-CHC，dsRNA-CHC加上DSDNA-S，DSRNA-GFP，DSRNA-GFP，DSRNA-GFP加上DSDNA-S，DSDNA-S，DSDNA-S，DSDNA-S，1％蔗糖和未经培养的控制。还包括1％的蔗糖溶液和未处理的对照组。在DSRNA溶液中喂食72小时后，每天记录生存率。新鲜的绿豆。显示了平均值±SE（n = 5-7）。误差条表示平均值（SEM）的标准误差。点表示单个重复，并且在某些治疗中可见离群值。使用GLM进行统计分析。
巨型大小的杂合性损失由CRISPR-CAS9 DNA双链断裂
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2024年9月28日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.09.27.615517 doi：biorxiv Preprint
抗抑郁药曲唑酮与双链DNA之间的相互作用：多光谱和计算分析
曲唑酮（TZD）是一种用于治疗主要抑郁症和睡眠障碍的抗抑郁药。升高的曲唑酮与中枢神经系统抑郁症有关，这表现为恶心，嗜睡，混乱，眩晕，疲惫等。要开发具有最小不良影响的临床活性药物化合物，必须全面了解该药物对DNA的作用机制。因此，我们利用各种光谱和计算技术研究了曲唑酮与DNA之间的相互作用方式。使用UV - VIS滴定的研究表明，DNA和曲唑酮具有有效的相互作用。通过稳态荧光研究，Lehrer方程计算得出的船尾伏默常数（K SV）的大小为5.84×10 6 m-1。uv - Vis吸收，DNA熔化，染料位移和圆形二分法研究表明，曲唑酮与小凹槽中的DNA结合。分子对接和分子动力学模拟表明TZD-DNA系统是稳定的，并且结合模式较小。此外，离子强度研究表明，DNA和曲唑酮没有实质性的静电结合相互作用。