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ARID1A参与胃癌的DNA双链断裂修复
使用Trizol试剂（Invitrogen，Carlsbad，CA，美国）提取总RNA。使用Prime-Script RT试剂试剂盒（完美的实时，日本Takara）合成互补的DNA（cDNA）。3-磷酸甘油醛脱氢酶（GAPDH）用作内部对照基因，并使用2 – DDCT公式计算折叠诱导。使用SYBR Premix ex Taq进行定量实时PCR分析（日本Takara。Inc.目录编号DRR041A）（PCR协议：阶段1：早期讲述，重复：1;95℃30s阶段2：PCR反应，重复：40; 95℃5 s; 60℃30s阶段3：熔体曲线：熔体曲线：95℃15s; 60 s; 60 s; 60 s; 95 s; 95 s; 95 s;95℃15s）。使用了以下引物：ARID1A（F）5'-CTTCACTCAGTCAGCTCCCA-3'，arid1a（r）5'-GGTCACCCCACCCTCATCTCATACTCCTTT-3'，gapdh（f）5'-GGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTCTCTCTCTCTCTCCTGATCTCAACA-3'，and gapdh（R） 5'-GTTGCTGCCCAAATTCGTTGT-3'。GAPDH用作内源性对照。每次三份重复每个样本，并使用相对定量软件（Applied Biosystems）分析。
末端修饰长双链 DNA 供体的综合分析
。CC-BY-NC 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2024 年 6 月 29 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.06.28.601124 doi：bioRxiv 预印本
DNA双链破裂修复蛋白的依赖性
DNA双链断裂通过多种途径修复，包括非同源最终连接（NHEJ）和微学介导的端连接（MMEJ）。这些途径的平衡取决于局部染色质的环境，但是对基本机制的理解很少。通过将敲除筛选与双重MMEJ：NHEJ报告基因插入在19种不同的染色质环境中，我们识别了数十种DNA修复蛋白，这些DNA修复蛋白调节途径取决于局部染色质状态。偏爱NHEJ的蛋白质主要与斑塑素协同作用，而有利于MMEJ的蛋白通常与不同类型的异染色质协同作用。前者的例子是BRCA2和民意调查，后者是幻想综合体和ATM。此外，在各种人类癌症类型中，其中几种蛋白质的丧失改变了杂染色质和全染色质之间途径特异性突变的分布。一起，这些结果发现了一个复杂的蛋白质网络，该蛋白质以染色质上下文与依赖性方式调节MMEJ：NHEJ平衡。
生物素化的双链/单链DNA杂交（17,853 nt）
•保持通道的流量1-3打开，并在〜2.5μm和6μm之间移动陷阱1，以确定是否形成了系绳，通过观察力响应。对于单个系绳，测得的FD曲线遵循双链DNA的蠕虫样链模型，轮廓Lenght为17.853 bp，并且在60 Pn处具有过度拉伸的高原。双重系数显示，距离较短的力响方面的发作将使高原过高的高原。双 - 毛线可以通过增加珠子之间的距离而打破，但是，也可能发生Tethers（部分）转换为杂种，而不是导致单个常规的Tethers。如果经常捕获多个系数，则可以降低注射器中的DNA浓度。
对后加热处理对由电弧添加剂制造制造的双链不锈钢机械性能和腐蚀行为的影响
在这项研究中，分析了热处理对由线弧添加剂进行的2209双不锈钢晶体的微观结构和机械性能的影响。发现，在1100°C下进行溶液处理2小时，在300°C下进行2小时的回火可以有效地改善2209双式不锈钢的晶粒不均匀性，消除γ2和有害的脆性相，并考虑机械性能和耐腐蚀性。与原始沉积状态相比，硬度和屈服强度增加了10％和31.8％，达到245.6 hv和499.7 MPa，满足工程螺旋桨的要求。电子背裂片衍射研究表明，晶粒变得精致，奥斯丁岩在溶液热处理后保持<101> // z方向。在原始样品和实心溶液中都存在许多小角度的晶界，但是进一步的回火将小角度的晶界转化为大角度的晶界。关键字：弧添加剂制造； 2209双面不锈钢；热处理；微观结构属性
在DNA/RNA混合双链体的分子动力学模拟中对力场性能的全面评估
1捷克科学学院生物物理学研究所，Královopolská135，612 00 Brno，捷克共和国Brno 2捷克高级技术研究所，Catrin，Catrin，Palacký大学，K例科夫斯科夫斯科夫斯科夫斯科佛511/8 Ostrava，17。Listopadu2172/15，708 00 Ostrava-Poruba，捷克共和国和联合优先的作者。*对应作者：Miroslav Krepl电子邮件：krepl@ibp.cz摘要由RNA和DNA链形成的抽象混合双螺旋（通常称为混合双链体或杂交），在转录和反向转录等生物学过程中至关重要。它们对于他们在CRISPR基因编辑和纳米技术中的应用也很重要。，尽管它们具有重要意义，但杂种很少以原子分子动力学方法进行建模，并且没有基准研究系统地评估了力场的性能。在这里，我们介绍了使用现代和常用的成对添加剂和可极化的核酸力场的杂种进行广泛的基准研究。我们的发现表明，任何可用的力场选择都没有准确地重现混合动力的所有特征结构细节。琥珀色力场无法填充DNA链的C3'-endo（北）冰球和低估的倾斜度。charmm力场准确地描述了C3'-endo冰球和倾斜度，但显示了基对的不稳定性。可极化的力场与准确再现螺旋参数的努力。某些力场组合甚至表现出RNA和DNA参数之间的明显冲突。在这项工作中，我们对混合DNA/RNA双链体的力场性能进行了坦率的评估。我们为选择可利用的力场组合提供指导，并突出显示潜在的陷阱和获得最佳性能的最佳实践。引言基因表达过程不可避免地涉及转录过程中混合RNA和DNA双链体（杂种）的形成，而新鉴定的RNA链暂时将基础与DNA模板配对。1在逆转录期间发生相反的过程，
监测时空时间分数的动态行为和光学解决方案双链脱氧核糖核酸模型考虑了Atangana'
摘要。DNA或脱氧核糖核酸都在每个单元中都发现，并且是细胞的主要信息存储介质。DNA存储了所有生物体的遗传信息，包括其生长，分裂和生活所需的指示。DNA由称为核苷酸碱基的四个不同的构件组成：腺嘌呤（A），胸腺胺（T），胞嘧啶（C）和鸟嘌呤（G）。基因组在体外进行了测序，利用编码策略（例如将一个键对对为0标记为0，而将数字信息存储为1）。在这项研究中，考虑了Atangana的合格分数衍生物，研究了双链DNA动力学系统的分数差分顺序。 将符合的子方程方法应用于系统。 分析导致了该模型的一些有趣的新精确解决方案。 一溶解溶液，多氧化解决方案和周期性波解决方案是可用于描述结果的三个广泛类别。 为了更好地了解发现的解决方案，我们在视觉上研究了其中一些。 可以看到DNA链的孤立和反态波，证明了系统的非线性动力学。 收集的数据可用于进行申请评估并提出进一步的科学发现。在这项研究中，考虑了Atangana的合格分数衍生物，研究了双链DNA动力学系统的分数差分顺序。将符合的子方程方法应用于系统。分析导致了该模型的一些有趣的新精确解决方案。一溶解溶液，多氧化解决方案和周期性波解决方案是可用于描述结果的三个广泛类别。为了更好地了解发现的解决方案，我们在视觉上研究了其中一些。可以看到DNA链的孤立和反态波，证明了系统的非线性动力学。收集的数据可用于进行申请评估并提出进一步的科学发现。
发育阶段，组织类型和性别对果蝇果蝇中DNA双链破裂修复的影响
精确修复DNA双链断裂（DSB）对于维持基因组完整性至关重要，因为无法修复DSB会导致细胞死亡。该细胞已经发展了DSB修复的两种主要机制：非同源最终连接（NHEJ）和同源性定向修复（HDR），其中包括单链退火（SSA）和同源重组（HR）。虽然已知某些因素（例如年龄和染色质的状态）会影响DSB修复途径的选择，但在多细胞生物中尚未阐明发育阶段，组织类型和性别的作用。通过分子分析DR-sophila melanogaster在各种胚胎发育阶段，幼虫和成人组织的影响，通过分子分析DR-白色测定法（Tide）。在维持规范（G1/S/S/G2/M）细胞周期的组织中，HR修复的比例最高，并且在两个末端分化和多倍体组织中都被抑制。为了确定性别对修复途径选择的影响，分析了男性和女性的不同组织中的修复。当分子检查含有大部分细胞的组织时，雄性和女性会占据相似的HR和NHEJ比例。然而，当使用DR-White分析的表型分析对男性和雌性前生殖细胞中DSB修复进行分析时，与雄性相比，女性的HR显着下降。这项研究描述了发育，组织特异性循环特征的影响，在某些情况下，性别对DSB修复结果的影响，强调了多细胞生物的修复的复杂性。
口腔癌发生发展中 DNA 双链断裂修复的研究进展
摘要：我们探讨了与 DNA 双链断裂反应和修复相关的基因缺陷导致口腔潜在恶性疾病 (OPMD) 恶性转化为口腔鳞状细胞癌 (OSCC) 的可能性。同源重组/范康尼贫血 (HR/FA) 缺陷，而非非同源末端连接缺陷，导致 DNA 修复途径似乎与易患 OSCC 的家族性疾病特征一致 (FA、布卢姆综合征、毛细血管扩张性共济失调)；对于发生在年轻患者身上的 OSCC 来说也是如此，有时这些患者很少或没有接触过经典风险因素。即使在先天性角化不良症（一种也易患 OSCC 的端粒酶复合物疾病）中，维持端粒长度的尝试也涉及一条具有共享 HR 基因的途径。因此，HR/FA 途径中的缺陷似乎在易患 OSCC 的疾病中起着关键作用。还有一些证据表明，HR/FA 通路异常与偶发病例 OPMD 和 OSCC 的恶性转化有关。我们提供的数据表明，与致命细胞系相比，一系列 OPMD 衍生的永生角质形成细胞系中 HR/FA 基因以细胞周期依赖性方式过度表达。本研究中的观察结果有力地证明了 HA/FA DNA 修复通路在 OSCC 发展中的重要作用。