XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System基因簇
算法，专家还是两者？评估特征选择方法对用户偏好和Reliance
sof umer洞穴是一个未开发的极端环境，可容纳新型微生物和潜在的遗传资源。来自洞穴的微生物组已被遗传适应以产生各种生物活性代谢产物，使它们能够生存并耐受苛刻的结合。然而，尚未探索Sof umer Cave微生物中与生物合成相关的基因簇标志。因此，使用高通量shot弹枪测序来探索sof umer Cave的微生物组中与生物合成相关的基因簇（BGC）。Geneall DNA土壤迷你试剂盒用于从均质样品中提取高分子量DNA，并使用Novaseq PE150对纯化的DNA进行测序。根据微-RN数据库，乌默洞穴中最常见的微生物属是原细菌，静脉细菌，verrucomicrobobiota和蓝细菌。对与生物合成相关的基因簇进行了注释并分类，并使用抗石和NAPDOS1预先对BGC进行预令。确定了编码广泛的二级代谢物的BGC的460个推定区域，包括RIPP（47.82％），萜烯（19.57％），NRPS（13.04％），杂种（2.18％）和其他新的注释（10.87％）com punds。此外，NAPDOS管道还从链霉菌素的链霉菌素（链霉菌素基因肌链霉菌素）中鉴定出钙依赖性的抗生素基因簇，来自链霉菌Chrysomallus的放线菌素基因簇和来自链霉菌链霉菌的博霉素基因簇。这些发现突出了Sof Umer Cave微生物组的未开发的生物合成潜力，以及其发现天然产物的潜力。
教学大纲M. Tech Biotechnology
伸长和终止在原核生物，酶和辅助蛋白中的延伸和终止表达，阴性和阳性，反式作用产物和顺式作用序列，结构基因簇的控制，诱导和抑制基因伸长和终止在原核生物，酶和辅助蛋白中的延伸和终止表达，阴性和阳性，反式作用产物和顺式作用序列，结构基因簇的控制，诱导和抑制基因
M.技术生物技术教学大纲
伸长和终止在原核生物，酶和辅助蛋白中的延伸和终止表达，阴性和阳性，反式作用产物和顺式作用序列，结构基因簇的控制，诱导和抑制基因伸长和终止在原核生物，酶和辅助蛋白中的延伸和终止表达，阴性和阳性，反式作用产物和顺式作用序列，结构基因簇的控制，诱导和抑制基因
系统基因组学和代谢工程揭示了用于静脉生物合成的溶酶科中保守的基因簇
。CC-BY 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经Peer Review的认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2024年9月28日发布的此版本中在版权所有者中显示预印本。 https://doi.org/10.1101/2024.09.27.27.614867 doi：Biorxiv Preprint
探索生物活性化合物起源：分析基因簇标记与埃塞俄比亚sof umer洞穴中的生物合成有关
EBI2受体的内源配体，氧化酚7α，25OHC，至关重要的免疫反应，受CH25H，CYP7B1和HSD3B7酶的细节调节。淋巴样细胞和T细胞卵泡中的卵泡树突状细胞保持7α，25OHC的梯度，基质细胞增加，树突状细胞降低了其浓度。该梯度对于淋巴组织中适当的B细胞定位至关重要。在多发性硬化症的动物模型中，实验性自身免疫性脑脊髓炎，7α的水平，25OHC迅速增加了中枢神经系统的迅速增加，驱动EBI2通过血脑屏障（BBB）表达免疫细胞的迁移。要探索脑中的血管细胞是否表达这些酶，我们检查了正常的小鼠脑微孔塞尔，并研究了它们在炎症过程中表达的变化。EBI2在内皮细胞，周细胞/平滑肌细胞和星形胶质细胞端层中大量表达。CH25H，CYP7B1和HSD3B7在每种细胞类型中都被多样检测，这表明它们在氧化酚7α，25OHC合成和在不同条件下的梯度维持和梯度维持。在EBI2中出现了明显的物种特异性差异以及小鼠和人类BBB形成细胞之间的酶水平。在急性炎症条件下，EBI2和合成酶调节下发生在大脑中，基于酶的大小和方向。最后，在体外星形胶质细胞迁移模型中，CYP7B1抑制剂氯吡唑以及EBI2拮抗剂NIBR189抑制了脂多糖诱导的细胞迁移，表明EBI2及其在炎症下脑细胞迁移的脑细胞迁移中的配体受到了侵略。
引文：Mahmoud AH Mostafa 和 Abdelaziz AA El-Sayed。“超越化学：揭示天然产物在现代生物学中的跨学科作用
基因组学全基因组测序 (WGS)、比较基因组学预测生物合成途径、菌株改良实现代谢工程、深入了解负责次级代谢产物产生的基因簇
合成生物学高级天然产物发现
摘要：多种细菌、真菌和植物均可产生具有生物活性的次级代谢产物，即天然产物。随着DNA测序技术和生物信息学的快速发展，大量可能的生物合成基因簇被报道。然而，迄今为止发现的天然产物数量有限，因为大多数生物合成基因簇在常规实验室条件下不表达或表达水平极低。随着合成生物学的快速发展，先进的基因组挖掘和工程策略不断涌现，为天然产物的发现提供了新的机会。本文讨论了近年来可加速天然产物发现的设计、构建、测试和学习（DBTL）周期的研究进展，并展望了未来研究方向的趋势和关键挑战。
合成生物学先进的天然产物发现
摘要：多种细菌、真菌和植物均可产生具有生物活性的次级代谢产物，即天然产物。随着DNA测序技术和生物信息学的快速发展，大量可能的生物合成基因簇被报道。然而，迄今为止发现的天然产物数量有限，因为大多数生物合成基因簇在常规实验室条件下不表达或表达水平极低。随着合成生物学的快速发展，先进的基因组挖掘和工程策略不断涌现，为天然产物的发现提供了新的机会。本文讨论了近年来可加速天然产物发现的设计、构建、测试和学习（DBTL）周期的研究进展，并展望了未来研究方向的趋势和关键挑战。
沙雷氏菌菌株的基因组序列揭示了常见的......
简单总结：生物表面活性剂是由具有亲水基团和疏水基团的微生物产生的两亲分子，能够降低表面张力。这些分子广泛应用于环境、食品、制药、医疗和清洁行业等。沙雷氏菌菌株是普遍存在的微生物，能够产生生物表面活性剂，例如沙雷氏菌素。这些细胞外脂肽被描述为对抗许多细菌和真菌的杀生物剂。这项工作使用比较基因组学来确定沙雷氏菌属所有 84 个公开基因组中沙雷氏菌素 W1 和 W2 生物合成基因簇的分布和组织。这里首次报道了沙雷氏菌素 W1 基因簇的组织。沙雷氏菌素 W1 生物合成基因 swrW 和沙雷氏菌素 W2 生物合成基因 swrA 分别存在于 17 个和 11 个沙雷氏菌基因组中。生物合成簇中的相同基因构成了 swrW 和 swrA 生物合成基因。这项研究确定了所有塞拉维丁基因簇共有的四个基因，突出了它们在塞拉维丁生物合成过程中的关键潜力。
Aquincola agrisoli sp. nov.，从茄子根际土壤中分离，并通过计算机基因组挖掘预测生物合成基因簇
作者隶属关系：1 韩国京畿道安城市中央大学生物技术与自然资源学院食品与营养系，邮编 17546；2 孟加拉国贾肖尔科技大学遗传工程与生物技术系，邮编 7408；3 孟加拉国库什蒂亚-7003 伊斯兰大学生物科学学院生物技术与遗传工程系。 *通讯作者：Md. Amdadul Huq，amdadbge100@cau.ac.kr；amdadbge@gmail.com 关键词：Aquincola agrisoli；数字 DNA-DNA 杂交；基因组序列；计算机基因组挖掘；次级代谢产物。缩写：ANI，平均核苷酸同一性；BGC，生物合成基因簇；dDDH，数字 DNA-DNA 杂交；GBDP，基因组爆炸距离系统发育； ML，最大似然法；MLSA，多位点序列分析；MP，最大简约法；NJ，邻接法；RAST，使用子系统技术进行快速注释。菌株 MAHUQ-54 T 的 16S rRNA 基因和草图基因组序列的 NCBI GenBank 登录号分别为 MT514502 和 JAZIBG000000000。本文的在线版本提供了六个补充图和四个补充表。006355 © 2024 作者