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World File Search System基序
DNA转座子通过富集转录因子结合基序
从基因组的非编码区域通过突变依次出现。除其他外，此类突变分析转录并创建一个新的开放阅读框（ORF）。尽管ORF出现的机制有充分的文献证明，但对实现新转录事件的机制知之甚少。然而，在许多物种中，已经报道了基因组所有区域的缺乏和非常突出的转录之间的连续体。在这项研究中，我们使用新组装的基因组和七个果蝇的近交系列的转录组和转录组搜索了从头转录本，该基因组和一个来自六个欧洲和一个非洲人口的近交系列。此设置使我们能够检测Sam ple特定的从头转录本，并将其与其他样品中的同源非转录区以及遗传和基因间控制序列进行比较。我们研究了与转换元件（TES）的关联，并富集了从头开始出现的转录本上游的转录因子基序，并将其与调节元素进行了比较。我们发现，从头的成绩单与TES重叠的频率比偶然性的频率更高。新转录本的出现cor与高鸟嘌呤 - 环蛋白含量和TE表达的区域有关。此外，从头转录本的上游区域高度丰富了调节基序。这种基序在与TES（尤其是DNA TES）重叠的新转录物中更丰富，并且比上游的“非转录同源物”更保守上游。总体而言，我们的研究表明，TE插入对于转录本的出现很重要，部分是通过引入DNA te家族的新调节图案。
端粒的结构基序及其在调节途径中的作用
摘要：端粒是专门的结构，在真核细胞中线性染色体的末端发现，在维持基因组的稳定性和完整性方面起着至关重要的作用。它们由重复的DNA序列，ssDNA悬垂和几种相关的蛋白质组成。端粒的长度与人类的细胞衰老有关，维持的缺陷与各种疾病有关。端粒的关键结构基序可保护脆弱的染色体末端。端粒DNA还具有形成各种复杂DNA高阶结构的能力，包括T环，D环，R环，G-Loops，G-Quadruplexes和I-Motifs，在互补的C-rich链中。虽然已经确定了许多端粒上的基本蛋白质，但它们的相互作用和结构细节的复杂性仍未完全了解。这种观点强调了在理解与人类端粒相关的结构方面的最新进步。它强调了端粒的意义，探索各种端粒结构基序，并深入研究端粒和端粒酶的结构生物学。还讨论了有助于保护端粒的端粒环，其拓扑结构和相关蛋白质。
b'Abstract：在石墨烯纳米结构中掺入非苯并丁基基序会显着影响其特性，从而使其对碳基电子中的应用有吸引力。但是，了解特定的非苯并结构如何影响其性质仍然有限，并且需要进一步的研究以充分理解其含义。在这里，我们报告了一种表面合成策略，用于制造非偶氮纳米仪，其中含有五角形和七型环的不同组合。通过扫描隧道显微镜和光谱法研究了它们的结构和电子特性，并得到了计算研究的补充。在Au（111）表面上的前体P热激活后，我们检测到了两种主要的纳米摄影产物。纳米谱A A A A嵌入了通过甲基取代基的氧化环闭合形成的两个叠氮单元，而A A S则包含一个叠氮单元和一个石 - 孔缺陷，由氧化环闭合型和骨架环形反射反应组合形成。 A A A表现出一种抗铁磁基态，其磁性含量最高的磁交换耦合最高的含量含有纳米谱，与副产品并存，副产品与封闭的壳构型共存，这是由环闭合型和环型重新训练反应组合（B A，B A A A，B A S，B A S，B S，B S-S-A和B S）。我们的结果提供了对新型NGS
b'Abstract：在石墨烯纳米结构中掺入非苯并丁基基序会显着影响其特性，从而使其对碳基电子中的应用有吸引力。然而，了解特定的非苯基结构如何影响其性质仍然有限，并且需要进一步的研究以充分理解其含义。在这里，我们报告了一种地面合成策略，用于制造非偶氮纳米仪，其中包含五角形和七型甲环的不同组合。通过扫描隧道显微镜和光谱检查研究了它们的结构和电子特性，并补充了计算研究。在AU（111）表面的前体P的热激活后，我们检测到了两种主要的纳米摄影产物。纳米谱烯A A A A嵌入了通过甲基取代基氧化环闭合形成的两个叠氮烯单元，而A A S包含一个叠氮单元和一个石 - 孔缺陷，由氧化环盘纤维和骨骼环形反应组合形成。a a A表现出抗铁磁基态，其磁性交换耦合最高的含量最高的含量含量为纳米谱，并与副产品并存，副产品具有封闭的壳构型，这是由环封元型和环型重新计算反应组合的（b a a a，b a s s s s，b a，b a s，b a，b a s s，b a s s，b s-a和b s s）。我们的结果提供了对包含非苯甲酸基序及其量身定制的电子/磁性的新型NG的单个金原子辅助合成的见解。
基于网络基序分析的局灶性癫痫发作分类
由于局灶性癫痫的复杂性及其发展为全面性癫痫的风险，开发可靠的分类方法以准确预测和分类局灶性和全面性癫痫对于癫痫患者的临床管理至关重要。为了整体了解局灶性癫痫的发作传播行为，我们提出了一个三节点模态简化网络，通过分别将局灶区域、周围健康区域及其关键区域简化为单个节点。由于三节点模态可以丰富地表征信息演变，因此模态分析方法可以全面地研究局灶性癫痫的发作行为。首先，我们定义了一个新的癫痫传播标记值来捕捉癫痫发作的开始和强度。基于三节点模态分析，局灶性癫痫和蔓延可分别分为抑制性癫痫、局灶性癫痫、局灶性关键性癫痫和全面性癫痫。四种发作类型分别对应特定的模态类型，体现了发作行为与信息流演化之间的强相关性。此外，研究发现临界节点流出和流入信息的强度差异（连接异质性）以及临界节点的兴奋能力显著影响四种发作类型的分布和转变。特别是局部线性稳定性分析的方法也验证了四种发作类型分类的有效性。总之，本文通过计算证实了局灶性发作的复杂动力学行为，临界性研究有助于提出新的发作控制策略。
无细胞DNA末端基序和片段长度的整合可以鉴定液体活检中的活性基因
摘要：多项研究表明，癌症患者的无细胞DNA（CFDNA）在片段长度和片段末端基序（fem）的差异与健康个体不同，但是缺乏对这两个因素如何与癌症和基因转移相关的如何相关的。在这项研究中，我们使用肺癌患者（n = 12）和健康个体（n = 7）的血浆进行了CFDNA片段组学评估。使用H3K36ME3无细胞染色质染色质免疫沉淀测序（CFCHIP-SEQ）从血浆中建立了一个个人基因表达。与低表达的基因相比，具有最高表达的基因表现出富集短的CfDNA片段（中值= 19.99％，IQR：16.94–27.13％，p <0.0001）。此外，在CFCHIP之后，富含富含GC的FEM。将短CfDNA片段的频率与存在不同的FEM的存在相结合，从而进一步富集了表达最多的基因（中位数= 37.85％，IQR：30.10-39.49％，p <0.0001）。<150 bp cfDNA的体外尺寸选择可以分离代表活性基因的cfDNA，尺寸选择富集与CFCHIP-SEQ富集相关（Spearman R范围：0.499-0.882，p <0.0001）。这项研究扩大了有关CFDNA片段学的知识，并阐明了基因活性与CfDNA片段长度和不同的FEM的相关性的新启示。
揭示多个神经元种群中并发信号的基序
现代记录技术现在使我们能够从不同大脑网络中不同神经元群体中记录。但是，尤其是当我们考虑多个（超过两个）人群时，需要新的概念和统计框架来表征这些人群中信号的多维，同时流动。在这里，我们开发了一个确定每个潜在维度所描述的人群的子集，（2）这些人群之间信号流的方向，以及（3）这些信号在实验试验内部和整个实验试验中如何演变。我们在模拟中说明了这些特征，并通过将其应用于猕猴视觉区域V1和V2中神经元种群的先前研究的录音来进一步验证该方法。然后，我们研究了与多个Neuropixels探针同时记录的区域V1，V2和V3D区域跨层隔室的相互作用。我们的方法揭示了与视网膜一致性相关的这三个领域的选择性交流的签名。这项工作推进了多个神经元种群中并发信号的研究。
指导股票市场网络的热力学基序分析
我们通过从具有稳定器表示的AME状态构建整个QMDS代码的全部QMDS代码来解决绝对最大纠缠（AME）状态和最大距离可分离（QMD）代码之间的关系。我们为AME状态的稳定器表示的发电机集引入了通用还原友好的形式，可以从中获得所有QMD的稳定器形式。我们的方法将用于相关的高维代码以及基于量子的代码。然后，我们将其与单向量子中继器的最佳代码联系起来，通过最大程度地降低短期基础设施成本以及此类量子中继器的长期运行成本。这将允许我们获得从AME父状态得出的最佳QMDS代码，该代码可用于此类量子中继器。
能够形成替代（非B）结构的DNA基序的精确测序
1宾夕法尼亚州立大学生物学系，宾夕法尼亚州16802，美国公园； 2加拿大魁北克G1V0A6的魁北克省拉瓦尔大学运营与决策系统部； 3魁北克 - 魁北克魁北克大学魁北克G1V4G2，加拿大魁北克大学拉瓦尔大学研究中心的人口健康与最佳健康实践； 4宾夕法尼亚州立大学医学基因组学中心，美国宾夕法尼亚州大学公园16802，美国； 5美国国家卫生研究院NCI-CCR细胞生物学实验室，美国贝塞斯达，马里兰州20892，美国； 6美国宾夕法尼亚州立公园，宾夕法尼亚州立大学生物化学与分子生物学系，美国16802； 7 Masaryk University Informatics学院，捷克共和国Brno 60200； 8宾夕法尼亚州立大学医学院病理学系，美国赫尔希，宾夕法尼亚州17033； 9宾夕法尼亚州公园，宾夕法尼亚州16802，宾夕法尼亚州立大学统计系； 10经济学研究所和L'Emeds，Sant'Anna Anna高级研究学院，PISA 56127，意大利
利用3-氯-4-氟苯基基序从agaricus bisporus
摘要：酪氨酸酶（EC 1.14.18.1）与各种生物的黑色素产生有关。越来越多的证据表明，黑色素过量可能与帕金森氏病中的几种皮肤色素沉着障碍以及神经退行性过程有关。基于此考虑，酪氨酸酶抑制剂的发展是确定药物和化妆品应用中新药物的新挑战。为了鉴定合成源的酪氨酸酶抑制剂的目的，我们使用了Bisporus（Abtyr）的酪氨酸酶进行了便宜且便捷的初步测定。我们以前已经证明了4-氟苯基部分可能在与Abtyr的催化位点相互作用中有效。此外，额外的氯原子在增强抑制活性方面发挥了有益的作用。因此，我们计划合成新的小型化合物，其中我们将3-氯-4-氟苯基片段纳入了不同的化学型中，这些化学型揭示了与Abtyr催化位点建立促链接接触的能力。我们的结果证实了该片段的存在是改善这些新化学型中ABTYR抑制的重要结构特征。此外，对接分析还支持所研究的化合物的最佳活性，与参考化合物相比，具有更高的效力。
高度重排的非洲假鳃鳉鱼核型中卫星 DNA 基序保守，间质端粒位点缺乏
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