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mRNA 靶向寡核苷酸疗法的临床前安全性评估
摘要：寡核苷酸疗法 (ONT) 的开发近年来取得了进展。各种 ONT（例如反义寡核苷酸、小干扰 RNA 和 microRNA）通过与 mRNA 序列杂交发挥药理作用，并且由于序列同源性，它们还可以与非预期的 mRNA 序列结合。因此，应通过判断临床前研究中杂交依赖的靶向和脱靶毒性来评估 ONT 的安全性。由于脱靶毒性是 ONT 所独有的，因此很难根据目前为小分子和生物技术衍生药物制定的指导方针来评估其安全性；因此，一些研究小组，例如药物信息协会 (DIA) 的寡核苷酸安全工作组，已经提出了 ONT 临床前安全性评估的概念。虽然目前没有针对 ONT 的国际人用药品技术要求协调会 (ICH) 指南，但 ICH S6 指南指出“本指南中概述的原则也可能适用于寡核苷酸药物。”最近，日本工作组制定了 ONT 的临床前安全性指南，以解决与 ICH S6 相关的问题。本文基于本指南讨论了 mRNA 靶向 ONT 的临床前安全性评估。关键词：寡核苷酸疗法、临床前安全性评估、个案方法、杂交依赖性毒性
TN5标记并将寡核酸转移到单链DNA中，以进行链特异性RNA测序
哺乳动物细胞中的遗传筛选通常专注于功能丧失方法。为了评估额外基因拷贝的表型后果，我们使用了辐射杂种（RH）细胞的大量分离分析（BSA）。，我们构建了六个RH细胞池，每个池由约2500个独立克隆组成，并将池放置在带有或没有紫杉醇的培养基中。低通序测序鉴定859个生长基因座，38个紫杉醇基因座，62个相互作用基因座和3个基因座，用于跨基因组的明显限度，用于线粒体丰度。分辨率被测量为约30 kb，接近单基因。差异性特性，反驳了平衡假设。此外，在RH池中，人类丝粒的保留增强表明，这些染色体元素的功能解剖方法是一种新的方法。对RH细胞的合并分析显示出高功率和分辨率，应该是哺乳动物遗传工具包的有用补充。
用于指导位点特异性 A 至 ...的治疗性寡核苷酸
本报告包含涉及重大风险和不确定性的前瞻性陈述。本报告中包含的所有陈述（历史事实陈述除外）均属于前瞻性陈述，包括但不限于有关我们的战略、未来运营、未来临床前和临床试验计划以及相关试验和结果时间、研发、未来财务状况、未来收入、预计成本、前景、我们候选产品的治疗潜力、管理计划和目标的陈述。“目标”、“预期”、“相信”、“估计”、“期望”、“打算”、“可能”、“计划”、“预测”、“项目”、“目标”、“潜在”、“将”、“会”、“可能”、“应该”、“继续”等词语和类似表达旨在识别前瞻性陈述，但并非所有前瞻性陈述都包含这些识别词。
合成 DNA 与生物安全：预测致病性的细微差别以及筛选寡核苷酸的新计算方法的动力
DNA 合成技术推动了合成生物学领域的快速发展，该领域涉及新型生物成分的设计和制造。DNA 合成技术的巨大前景是毋庸置疑的，但它被故意或意外滥用的可能性也不容忽视。为了生物安全，美国卫生与公众服务部 (HHS) 于 2010 年发布了《合成双链 DNA 供应商筛查框架指南》，呼吁双链 DNA (dsDNA) 商业供应商自愿筛查所有订单。最值得注意的是，一组名为国际基因合成联盟 (IGSC) 的 dsDNA 合成公司已根据 HHS 指南实施了协调筛查协议 (HSP)。虽然 IGSC 所有成员并未使用单一的 DNA 筛查算法，但 DNA 筛查软件通常遵循 HSP 指南，将查询序列与相对较短的生物毒素列表进行比对，并选择药剂基因组、基因或蛋白质。我们在此描述了当前筛选过程中涉及的挑战、改进的想法，以及说明为什么克服当前的进步障碍如此关键的示例。
Alt-R HDR 设计工具和 HDR 供体寡核苷酸
图 1.与其他修饰相比，具有 Alt-R HDR 修饰的供体寡核苷酸表现出更高的 HDR 效率。 图 1.与其他修饰相比，具有 Alt-R HDR 修饰的供体寡核苷酸表现出更高的 HDR 效率。 （A）供体寡核苷酸修改的示意图。 （B）每次修改的 HDR 效率。使用 4D-Nucleofector™ 系统（Lonza）将四个靶向基因位点的 RNP 复合物（2 µM）与 0.5 µM 单链 HDR 供体寡核苷酸通过电穿孔共转染到 Jurkat 和 HeLa 细胞中。使用的 RNP 复合物是 Alt-R Sp HiFi Cas9 Nuclease V3，以及 Alt-R CRISPR-Cas9 crRNA 和 tracrRNA。 使用了三种类型的供体寡核苷酸：未经任何修饰的寡核苷酸（未修饰的）、具有硫代磷酸酯键的寡核苷酸（PS 修饰的）和具有 Alt-R HDR 修饰的寡核苷酸（Alt-R HDR 修饰的）。 电穿孔后 48 小时 (HeLa) 或 72 小时 (Jurkat) 提取基因组 DNA。通过在 Illumina™ MiSeq™ 系统 (v2 化学、150 bp 双端读取) 上进行扩增子测序来测量 HDR 效率。
反义寡核苷酸
核酸有两种形式：脱氧核糖核酸 (DNA) 和核糖核酸 (RNA)。RNA 的结构多种多样，可分为信使 RNA（mRNA，编码蛋白质）、非编码 RNA、转移 RNA (tRNA)、核糖体 RNA (rRNA) 和长链非编码 RNA (lncRNA) – DNA 是一种更稳定的分子 [1]。DNA 中的遗传信息编码为 RNA，即转录，然后翻译成蛋白质。由于蛋白质的作用机制和化学特性，大多数现有药物（如小分子和抗体）主要针对蛋白质。近年来，可结合信使 RNA (mRNA) 的化合物的使用引起了越来越多的兴趣，因为抑制蛋白质表达有助于控制炎症和肿瘤疾病的病程。该领域的两种主要治疗方法是抑制 mRNA 翻译的反义寡核苷酸 (ASO) 和通过 RNA 干扰 (RNAi) 途径发挥作用的寡核苷酸 [2]。
利用寡核苷酸荧光原位杂交 (FISH) 探针对西伯利亚野黑麦 (Elymus sibiricus L.) 进行分子核型分析
西伯利亚野黑麦 (Elymus sibiricus L.) 是一种异源四倍体物种，是一种原产于温带地区的潜在优质多年生牧草作物。我们利用代表 10 个重复序列的荧光结合寡核苷酸，包括 6 个微卫星重复序列、2 个卫星重复序列和 2 个核糖体 DNA，通过连续荧光原位杂交和基因组原位杂交分析来表征 E . sibiricus 染色体。我们的结果表明，微卫星重复序列 ( AAG ) 10 或 ( AGG ) 10 、卫星重复序列 pAs1 和 pSc119.2 以及核糖体 5S rDNA 和 45S rDNA 是唯一染色体的特异性标记。通过进一步的多态性筛选，在不同 E .西伯利亚小麦品种的基因组多态性分析采用 (AAG) 10、Oligo-pAs1 和 Oligo-pSc119.2 探针混合物。不同基因组和不同个体染色体之间的染色体多态性各不相同。特别是在种群内和种群间鉴定出 H 基因组中两种不同形式的 E 染色体。本文讨论了这些结果对西伯利亚小麦基因组研究和育种的意义，以及改进基于荧光原位杂交的核型分析的新方法。