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World File Search System寡核苷酸
Authenticase M0689 手册
在许多 DIY 基因合成工作流程中，用户通过购买合成的 dsDNA（例如 gBlocks）或制备重叠寡核苷酸的扩增子来获得用于组装的片段。通常，这些部分具有直接来自用于生成片段的寡核苷酸的残留错误。Authenticase 将减少/去除扩增子中源自寡核苷酸化学合成过程中插入错误的错配/插入/缺失区域。以下方案增加了酶校正 DNA 池中正确片段的数量，随后允许 DNA 聚合酶扩增以更准确和更高效地富集扩增子。校正和富集步骤的结合提高了组装基因合成的质量，从而产生了更多具有所需正确 DNA 序列的转化细菌菌落。
模板依赖性 DNA 连接合成...
DNA 化学修饰是改善寡核苷酸特性的常用策略，尤其适用于治疗和纳米技术。现有的合成方法主要依赖于亚磷酰胺化学或核苷三磷酸的聚合，但在规模、可扩展性和可持续性方面受到限制。在此，我们报告了一种使用模板依赖性短片段 DNA 连接的从头合成修饰寡核苷酸的可靠替代方法。我们的方法基于化学修饰的短单磷酸盐作为 T3 DNA 连接酶底物的快速和可扩展性。该方法表现出对化学修饰的高耐受性、灵活性和整体效率，从而最终可以获得各种不同长度（20 → 120 个核苷酸）的修饰寡核苷酸。我们已将该方法应用于临床相关的反义药物和各种修饰的超聚体的合成。此外，设计的化学酶方法在治疗和生物技术领域具有巨大的应用潜力。
使用LC ...
图6。LC-MS数据来自RNase H消化。 （a）覆盖的寡核苷酸和十分封闭的离子色谱图的覆盖。 div> decaped（红色迹线）与封顶（蓝色痕迹）的比率在理论值的4％之内。 （b）样品中检测到的寡核苷酸最丰富的电荷状态（第8）的同位素峰。 （c）在样品中检测到的十分消化产物中最丰富的电荷状态（第7）的同位素峰包膜。 将前五峰进行平均，以生成用于测量丰度的提取的离子色谱图。 色谱图和光谱是在自由式软件1.8.2中生成的。LC-MS数据来自RNase H消化。（a）覆盖的寡核苷酸和十分封闭的离子色谱图的覆盖。div> decaped（红色迹线）与封顶（蓝色痕迹）的比率在理论值的4％之内。（b）样品中检测到的寡核苷酸最丰富的电荷状态（第8）的同位素峰。（c）在样品中检测到的十分消化产物中最丰富的电荷状态（第7）的同位素峰包膜。将前五峰进行平均，以生成用于测量丰度的提取的离子色谱图。色谱图和光谱是在自由式软件1.8.2中生成的。
基于DNA的纳米材料作为增加肿瘤药物作用的药物输送平台
简单摘要：基于核酸的药物的使用是抗肿瘤治疗的有希望的方向。在某些医学领域，已经开发并将某些修饰的寡核苷酸类似物（例如反义寡核苷酸）进行开发并用作创新的治疗剂。已经设计了许多具有预定形状和功能特征的DNA纳米材料的方法。因此，已将有效抗肿瘤药物的分子（包括阿霉素，治疗性寡核苷酸和复杂纳米颗粒）加载到或与基于DNA的纳米材料相结合。发现基于DNA的纳米材料可以增加细胞药物摄取的效率。在这篇综述中，我们想提请人们注意一些基于DNA的纳米材料，例如四面体，折纸，DNA纳米管和适体，这些纳米材料已用作抗癌药物递送的载体，药物或靶分子。
针对非编码RNA进行胶质母细胞瘤治疗
胶质母细胞瘤 (GBM) 是所有原发性脑肿瘤中最恶性的一种，每年导致全球约 200,000 人死亡。GBM 的标准疗法包括手术切除，然后进行以替莫唑胺为基础的化疗和/或放疗。通过这种治疗，GBM 患者在初次诊断后的平均生存期仅为 15 个月。因此，迫切需要新的、更好的 GBM 治疗方式。越来越多的证据表明，非编码 RNA (ncRNA) 作为基因表达的调节剂发挥着关键作用。长链非编码 RNA (lncRNA) 和微小 RNA (miRNA) 是健康和疾病中研究最多的 ncRNA。几乎所有类型的肿瘤，包括 GBM，都存在 ncRNA 失调。在 GBM 细胞系和 GBM 肿瘤样本中已鉴定出几种失调的 miRNA 和 lncRNA。其中一些已被提议作为诊断和预后标志物，以及作为 GBM 治疗的靶点。大多数基于 ncRNA 的疗法使用寡核苷酸 RNA 分子，而这些分子在循环中的寿命通常较短。纳米粒子 (NP) 旨在增加寡核苷酸 RNA 的半衰期。血脑屏障 (BBB) 的存在不仅是 RNA 寡核苷酸面临的另一个挑战，也是针对大脑相关疾病的疗法面临的另一个挑战。BBB 是保护大脑免受不良物质侵害的解剖屏障。尽管一些 NP 已在其表面衍生化以穿过 BBB，但目前还没有最佳的 NP 来将寡核苷酸 RNA 递送到大脑中的 GBM 细胞中。在这篇综述中，我们首先描述了 GBM 疗法的当前治疗方法。接下来，我们将讨论被建议作为 GBM 治疗靶点的最相关的 miRNA 和 lncRNA。然后，我们比较了目前用于 RNA 寡核苷酸输送的药物输送系统（纳米载体/NPs）、将药物输送通过 BBB 所面临的挑战以及克服这一障碍的策略。最后，我们归类了研究应重点关注的关键点，以便设计出用于将药物输送到大脑的最佳 NPs；从而将基于寡核苷酸 RNA 的疗法从实验室转移到临床环境。
将 dsDNA 与 ssDNA Oligo 和 NEBuilder HiFi DNA 组装连接起来，创建 sgRNA-Cas9 表达载体
摘要 本应用说明展示了将 sgRNA 序列插入 9.5 kb 载体进行靶向 DNA 组装的便利性。与必须合成并重新退火两个寡核苷酸的传统克隆方法不同，此新方案提供了一种简单的方法来设计寡核苷酸并将其与所需载体组装。NEBuilder HiFi DNA 组装主混合物比传统方法有了显著的改进，特别是在节省时间、易于使用和成本方面。
反义寡核苷酸可作为 1 型强直性肌营养不良症中观察到的脑功能障碍的潜在治疗方法
强直性肌营养不良症，或 1 型强直性肌营养不良症 (DM1)，是一种多系统性疾病，是成人最常见的肌营养不良症。它不仅影响肌肉，还影响许多器官，包括大脑。脑损伤包括认知缺陷、白天嗜睡以及视觉空间和记忆功能丧失。具有 CUG 重复的突变转录本的表达导致毒性 mRNA 功能的增强。反义寡核苷酸 (ASO) 策略治疗 DM1 脑缺陷的局限性在于 ASO 在全身给药后不会穿过血脑屏障，这表明应考虑其他给药方法。ASO 技术已成为开发多种人类疾病潜在新疗法的有力工具，其潜力已在最近的临床试验中得到证实。使用 IONIS 486178 ASO 靶向来自 DM1 患者人类诱导性多能干细胞的神经细胞中的 DMPK mRNA，可消除 CUG 扩增灶，实现 MBNL1/2 的核重新分布，并纠正异常剪接。在 DMSXL 小鼠脑室内注射 IONIS 486178 ASO 可使不同脑区中突变型 DMPK mRNA 的水平降低高达 70%。它还可逆转新生儿给药后的行为异常。本研究表明，IONIS 486178 ASO 靶向脑中的突变型 DMPK mRNA，并强烈支持基于鞘内注射 ASO 治疗 DM1 患者的可行性。