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分子对接和动力学模拟
基质金属蛋白酶9（MMP-9）是锌，依赖钙的蛋白水解酶，参与细胞外基质降解。MMP-9的过度表达已在几种疾病中得到证实，包括癌症，阿尔茨海默氏病，自身免疫性疾病，有氧运动血管疾病和龋齿。因此，建议将MMP-9抑制作作为对抗各种疾病的治疗策略。肉桂酸衍生物在不同的癌症，阿尔茨海默氏病，心血管疾病和龋齿中表现出治疗作用。进行了一种计算药物发现方法，以评估选定的肉桂酸衍生物与MMP-9活性位点的结合亲和力。还检查了对顶级化合物的停靠姿势的稳定姿势。使用Autodock 4.0工具测试了12种草药肉桂酸衍生物可能抑制MMP-9。通过10纳秒模拟中，通过分子动力学（MD）评估了最有效的MMP-9抑制剂的停靠姿势的稳定性。在MMP-9活性位点中，在MD模拟之前和之后研究了本研究中最佳的MMP-9抑制剂与在MMP-9活性位点中掺入的残基之间的相互作用。cynarin，绿原酸和马链酸与MMP-9催化结构域具有相当大的结合亲和力（δg结合<–10 kcal/ mol）。在皮摩尔尺度上计算了cynarin和绿原酸的抑制恒定值，并将其分配为肉桂酸衍生物中最有效的MMP-9抑制剂。在10 NS模拟中，cynarin和绿原酸的根平方偏差低于2Å。cynarin，绿原酸和红氨酸酸可能是MMP-9抑制作用的候选药物。
阿司匹林的比较分子对接研究
校园，卡拉奇，巴基斯坦。Shazia.dawood@iqra.edu.pk 摘要背景：抵抗素是一种与肥胖、慢性炎症和胰岛素抵抗有关的激素，在代谢和炎症途径中起着至关重要的作用。非甾体抗炎药 (NSAID) 如阿司匹林和布洛芬因其抗炎特性而广泛使用，并且可能与抵抗素相互作用来调节炎症和胰岛素抵抗。目的：本研究旨在比较阿司匹林和布洛芬与抵抗素的分子对接相互作用，以确定它们的结合亲和力、相互作用模式以及对抵抗素结构和功能的潜在影响。该研究还试图评估这些相互作用对管理肥胖相关炎症和胰岛素抵抗的意义。方法：使用 Molegro Virtual Docker (MVD) 和 UCSF Chimera 进行分子对接模拟。抵抗素的晶体结构 (PDB ID：1IRF) 是从蛋白质数据库中获得的。制备并优化了阿司匹林和布洛芬作为配体，并确定了抵抗素的活性位点。进行对接模拟以评估结合亲和力和相互作用模式，并对结果进行可视化和分析，以了解氢键和活性位点相互作用。结果：阿司匹林和布洛芬都表现出对抵抗素的强结合亲和力，布洛芬的亲和力（MolDock评分为-81.6732）略高于阿司匹林（MolDock评分为-81.2585）。阿司匹林与Thr37形成一个氢键，而布洛芬与Ser65和Cys56形成两个氢键，表明相互作用更稳定。每种配体的不同相互作用残基组表明不同的结合机制以及对抵抗素构象和功能的潜在影响。结论：研究表明阿司匹林和布洛芬可以与抵抗素强结合，布洛芬表现出稍强和更稳定的相互作用。这些不同的相互作用可能影响抵抗素在炎症和胰岛素抵抗中的作用，为控制这些疾病提供了潜在的治疗途径。需要进一步的实验验证来确认这些相互作用在体内的功能后果，这可以为开发针对慢性炎症疾病和代谢紊乱的靶向疗法提供参考。
评论耦合分子对接研究
摘要自2020年2月底以来，由于病毒SARS-COV-2（严重的急性呼吸综合症冠状病毒2），世界已经停滞不前。从那时起，全球科学界探索了针对该病毒的各种疗程和治疗方法，包括由于其许多好处而一直是一种选择的天然产品。各种已知的植物化学物质的抗病毒特性已充分记录。正在进行研究以发现新的天然植物产品或现有产品作为该疾病的治疗方法。这方面的三个重要目标是 - 像蛋白酶（PLPRO），尖峰蛋白和3种胰凝乳蛋白酶（例如蛋白酶）（3Clpro）。还阐明了各种对接研究，以鉴定调节病毒关键蛋白质的植物化学物质。本文同时进行了全面的综述，涵盖了各种植物衍生的天然产物的影响的最新进展，作为针对冠状病毒病2019（Covid-19）的替代治疗方法。此外，对接分析表明，鲁丁蛋白（SARS-COV-2的主要蛋白酶的抑制剂），Gallocatechin（例如，与03氢键与尖峰样蛋白质相互作用），氨基酯，表现出与氨基酸GLN498，Thrn498，Thr500和gln446的最佳结合亲和力（显示出最佳的结合亲和力）在其残基ASP216，PHE219和ILE259中）是SARS-COV-2的有前途的抑制剂。
分子对接与动态研究人类...
摘要-肺癌是当今世界最常见的疾病之一。早期诊断这些疾病将有助于为患者制定更有效的治疗方案。ALK 阳性非小细胞肺癌中的 7R7R 基因是本研究的主题。为了检查 ALK 阳性非小细胞肺癌中 7R7R 基因与 ALK 基因的活性和相似性，本研究目前提供了一种基于结构的药物设计策略。人类 ALK 阳性癌症通常始于肺癌，但也可能始于大脑或乳房以及身体的许多其他部位。约 5% 的肺癌患者也患有 ALK 阳性肺癌。与整体肺癌患者相比，约一半的 ALK 阳性肺癌患者在 50 岁之前被诊断出来。这些患者中的许多人都在 30 多岁和 40 多岁，但有些甚至在十几岁和二十几岁。在本文中，我们使用了 ERRAT 工具来验证我们的结构。此外，我们还使用 BioPython 来简化我们的数据，最后进行分子对接研究，观察人类间变性淋巴瘤激酶活性位点与对接分数的强结合亲和力。关键词-人类间变性淋巴瘤激酶、结构分析、同源性建模、Biopython、CB-Dock、H-Dock
文章 基于视觉的飞机周转中进/出站和对接/解除对接节点的自动收集
摘要：飞机周转过程中关键里程碑节点的自动采集是机场协同决策发展需求中的重要内容。本文提出一种基于计算机视觉的框架，自动识别航班进出站、停靠/脱离站活动并记录相应的关键里程碑节点。该框架无缝集成了计算机视觉领域的最新算法和技术，包括预处理和关键里程碑采集两个模块。预处理模块从机场地面复杂背景中提取关键里程碑节点执行者的时空信息。第二个模块针对两类关键里程碑节点，即以路内和路外为代表的基于单目标的节点和以对接和解除对接楼梯为代表的基于双目标交互的节点，分别设计了两种关键里程碑的收集方法。构建了两个数据集用于所提框架的训练、测试和评估。现场实验结果表明，所提框架可以替代目前常规的手动记录方法，有助于自动收集这些关键里程碑节点。
分子对接洞察益生菌作为潜在的......
磷酸肌醇 3-激酶 (PI3K) 是控制许多细胞功能（包括生长、存活、代谢和增殖）的重要途径。该途径由三个主要成分组成：雷帕霉素的机制靶点 (mTOR)、蛋白激酶 B (Akt) 和 PI3K。肌醇脂质的磷酸化是由 PI3K 激活引起的，这反过来又激活了 Akt。Akt 促进细胞周期进程并抑制促凋亡蛋白，控制细胞存活和增殖所必需的几种下游途径 [1]。癌症通常表现出 PI3K/AKT/mTOR 通路失调，这会导致细胞增殖不受控制和对凋亡产生抵抗力。PI3K 的突变或扩增，或其下游效应物的改变，可导致该途径过度活跃。这种异常信号与许多癌症有关，包括乳腺癌、肺癌和前列腺癌 [2]。因此，关注 PI3K 通路已成为一种可行的癌症治疗方法，其目标是恢复正常的细胞调节并防止肿瘤发展。益生菌是一种对宿主有益的活微生物，因其在肠道健康中的作用以及在癌症预防和治疗中的潜力而备受关注。某些益生菌菌株会产生细菌素，这是一种可以抑制致病菌生长的抗菌肽。最近的研究将重点扩大到包括这些细菌素的抗癌特性。除了诱导癌细胞凋亡和抑制肿瘤发展外，细菌素还会改变免疫系统 [3]。益生菌中的细菌素已显示出通过不同机制靶向癌细胞的潜力。例如，它们可以与细胞膜相互作用，导致细胞裂解或细胞功能改变。此外，细菌素可能会影响与癌症相关的信号通路，例如 PI3K 通路。通过影响这些途径，细菌素可能有助于控制肿瘤进展并增强现有疗法的疗效 [4, 5]。在本研究中，我们探讨了细菌素与肿瘤细胞的相互作用
合成、分子对接、动力学、量子...
摘要：本研究设计并合成了一些新的抗菌化合物，它们是通过苯基桥连接到苯并咪唑环的 2 位上的 2-氨基噻二唑衍生物。通过 1 H 和 13 C NMR 光谱、高分辨率质谱和元素分析鉴定了化合物的结构。测试了合成化合物对白色念珠菌、克柔念珠菌、光滑念珠菌和近平滑念珠菌的抗真菌活性。化合物 5f 对白色念珠菌和光滑念珠菌的活性比标准氟康唑和伐康唑更高。还评估了化合物对革兰氏阳性菌大肠杆菌、粘质沙雷氏菌、肺炎克雷伯氏菌、铜绿假单胞菌以及革兰氏阴性菌粪肠球菌、枯草芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌的拮抗活性。化合物 5c 和 5h 对粪肠球菌的最低抑菌浓度接近标准阿奇霉素。对念珠菌的 14-α 脱甲基酶进行了分子对接研究。5f 是对念珠菌活性最强的化合物，其对接相互作用能最高。采用 100 ns 分子动力学模拟测试了化合物 5c 和 5f 与 CYP51 的稳定性。根据理论 ADME 计算，化合物的曲线在限制规则方面是合适的。 HOMO−LUMO分析表明，5h的化学反应性比其他分子更强（用较低的ΔE=3.432eV表示），这与最高的抗菌活性结果相符。
对接绿色生态走廊评估2025
查看多年来记录物种的NBIS统计数据表明，从1840- 1960年，观察者正式对几种物种进行了正式记录。然而，从1980年代开始，已经跟踪了该地区存在的物种的广泛记录，其原木最高为1980年（7199），然后是2000年（2584）。这并不意味着在1980年代之前，这些物种在该地区不存在，但是，此时不同的从业人员可能尚未使用正式的数据记录。在过去的十年中，记录的物种记录已大大降低，这表明该地区存在不同的生物多样性特征的存在下降。一位当地居民还保留了89只不同的鸟类的记录，这些鸟类已参观了该村，并在2022年至2023年的3公里半径内看到，该鸟类在附录A中提供了信息。
通过不平衡流程匹配的灵活对接
扩散模型已成为最近用于分子对接的成功范式。但是，这些方法将蛋白质视为刚性结构，或者迫使模型从非结构化噪声中折叠蛋白质。在这项工作中，我们专注于柔性对接，利用蛋白质的未结合分布来建模配体结合的精确效果。虽然流量匹配（FM）为这项任务提供了一个有吸引力的选择，但我们表明，流动匹配的天真应用导致了一项复杂的学习任务，性能差。因此，我们提出了不平衡的流量匹配，即流量匹配的概括，使我们能够通过放松边缘约束来以准确的准确性来定位样品效率。从经验上讲，我们验证了在柔性对接方面的框架，证明了蛋白质构象预测的强烈改善，同时保留了可比的对接精度。
文章基于视觉的飞机周转中入/出站和对接/解除对接节点的自动收集
摘要：飞机周转过程中关键里程碑节点的自动采集是机场协同决策发展需求中的重要内容。本文提出一种基于计算机视觉的框架，自动识别航班进出站、停靠/脱离站活动并记录相应的关键里程碑节点。该框架无缝集成了计算机视觉领域的最新算法和技术，包括预处理和关键里程碑采集两个模块。预处理模块从机场地面复杂背景中提取关键里程碑节点执行者的时空信息。第二个模块针对两类关键里程碑节点，即以路内和路外为代表的基于单目标的节点和以对接和解除对接楼梯为代表的基于双目标交互的节点，分别设计了两种关键里程碑的收集方法。构建了两个数据集用于所提框架的训练、测试和评估。现场实验结果表明，所提框架可以替代目前常规的手动记录方法，有助于自动收集这些关键里程碑节点。