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World File Search System小体
描述在细胞分裂期间如何包装染色体
•转录和复制等过程要求DNA的两条链暂时分开，从而允许聚合酶访问DNA模板。但是，核小体的存在以及将染色质折叠为30纳米纤维的折叠构成障碍物，以放松并复制DNA的酶。
基于源自无细胞DNA
fi g u r e 1 cfDNA的差异反映了健康的衰老。（a）主成分分析（PCA）允许在Teo等人的队列中分层。（2019）基于CFDNA占用率的区域，该区域获得了100 Y.O.的核小体。与25 Y.O.相比的人健康的人25岁（黑色），70（橙色）和100 Y.O.（蓝色），以及不健康的100 Y.O.（紫罗兰）（Teo等人）。（b）基于全基因组区域的PCA，年龄组≤40至≥70y.o之间具有差异的核小体占用率。来自Cristiano等人队列的健康女性。（2019）。（c）Teo等人队列中不同年龄组之间CfDNA片段大小的分布。（d）Teo等人队列的NRL。对于每个人（圆圈），平均值（开放正方形），中值（水平线）和方差间隔（填充条）。（E和F）NRL的相关性和Peneder等人队列的年龄。（2021）（E）和Cristiano等。（f）。
g4access识别G Quadruplexes及其与开放的染色质和印迹控制区域的关联
后唑启动子富集于次级DNA结构形成基序中，例如G-四链体（G4S）。在这里，我们描述了“ G4Access”，这是一种通过核酸酶消化与开放染色质相关的分离和序列G4的方法。g4Access是抗体和交联的非依赖性和富集的计算预测G4S（PG4S），其中大多数在体外得到了证实。使用人和小鼠细胞中的G4ACCESS，我们鉴定出与核小体排除和启动子转录相关的细胞类型的G4富集。G4ACCESS允许测量G4配体处理后G4曲目使用的变化，HDAC和G4解旋酶抑制剂。将G4ACCESS应用于来自相互杂交小鼠交叉的细胞表明G4在控制活动印迹区域中的作用。一致地，我们还观察到G4ACCESS峰是未甲基化的，而PG4S的甲基化与DNA上的核小体重新定位相关。总体而言，我们的研究为研究细胞动力学的G4提供了一种新工具，并突出了它们与开放染色质，转录及其对DNA甲基化的拮抗作用的关联。
分离唾液游离 DNA 用于癌症检测
唾液是一种新兴的疾病生物标志物来源，特别是对于头颈部癌症而言。尽管唾液中的游离 DNA (cfDNA) 分析有望成为一种用于癌症检测的液体活检方法，但目前尚无用于研究 DNA 的唾液收集和分离标准化方法。在本文中，我们评估了各种唾液收集容器和 DNA 纯化技术，比较了 DNA 数量、片段大小、来源和稳定性。然后，我们使用优化的技术，测试了从患者唾液样本中检测人乳头瘤病毒 (HPV) DNA（头颈部癌症亚群中的真正癌症生物标志物）的能力。对于唾液收集，我们发现 Ora-gene OG-600 容器可产生最高浓度的总唾液 DNA 以及对应于单核小体游离 DNA 的 < 300 bp 的短片段。此外，与其他唾液收集容器相比，这些短片段在收集后 48 小时仍然保持稳定。对于从唾液中纯化 DNA，QIAamp 循环核酸试剂盒可产生最高浓度的单核小体大小的 DNA 片段。唾液样本的冻融不会影响 DNA 产量或片段大小分布。发现从 OG-600 容器中分离的唾液 DNA 由单链和双链 DNA 组成，包括线粒体和微生物来源。虽然核 DNA 水平随时间保持一致，但线粒体和微生物 DNA 水平变化更大，并在收集后 48 小时增加。最后，我们发现 HPV DNA 在 OG-600 容器中稳定，在 HPV 阳性头颈癌患者的唾液中可以可靠地检测到，并且在单核小体大小的无细胞 DNA 片段中含量丰富。我们的研究已经确定了从唾液中分离 DNA 的最佳技术，这将有助于未来基于液体活检的癌症检测应用。
被压抑但随时准备出发：双价性如何使发育基因保持表达状态
识别双价读取器的关键是该团队能够创建经过特殊修饰的组蛋白和核小体（DNA 以“串珠”结构缠绕在组蛋白上）。通过精心重建 DNA 和组蛋白复合物以进行定制的蛋白质相互作用分析，该团队已经证明，在双价位置，蛋白质被招募到抑制标记（H3K27me3）而不是激活标记（H3K4me3）。
4-真核生物中的 DNA 复制-ORIGINS-TELOMERES.pdf
亲本组蛋白及其翻译后修饰被保留下来，并随机与新合成的子 DNA 链结合。亲本组蛋白的修饰通过染色质修饰复合物复制到新沉积的组蛋白上：• 一个亚基识别亲本组蛋白上的修饰 • 另一个亚基催化相邻核小体上的相同修饰。请注意，组蛋白在子 DNA 链上的分布是随机的。
来自bdellovibrio bacteriovorus的细菌组蛋白HBb通过弯曲
作者贡献：构思和设计实验：A.L.，B.H.A.，V.A.，R.T.D进行了实验：Y.H.，S.S.S.S.D分析了数据：Y.H.，S.S.S.S.S.，P.E. J.J.，B.H.A.，V.A.，R.T.D。在其他作者的贡献中，竞争利益声明：作者声明没有竞争利益。分类：生物科学：生物化学；物理科学：生物物理学和计算生物学关键词：组蛋白；晶体结构；核小体；染色质；核苷此文件包括：
Anuj Kumar 博士，科学家 D，ICMR-NICPR 日期 2024 年 7 月 8 日 1
17. Gill J、Yogavel M、Kumar A、Belrhali H、Jain SK、Rug M 等。疟原虫核小体组装蛋白的晶体结构：蛋白质定位和组蛋白识别的不同模式。《生物化学杂志》[互联网]。2009 年 4 月 10 日 [2012 年 6 月 14 日引用]；284(15)：10076-87。网址：http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2665062&tool=pmcentrez&rendertype=abstract
原创研究 通过将重组 Affibody 支架连接至靶向药物输送来避免蛋白冠抑制的策略
目的：修饰有功能性配体的纳米粒子 (NP) 是癌症诊断和治疗的有希望的候选物。然而，许多研究表明，NP 上化学偶联的靶向部分在生物环境中会失去靶向能力，因为它们被“蛋白质冠”屏蔽或覆盖。在此，我们构建了一个功能性磁小体，即使在存在蛋白质冠的情况下，它也能识别和靶向癌细胞。方法：从趋磁细菌 M. gryphiswaldense (MSR-1) 中提取磁小体 (BMP)，并通过亲和体 (RA) 和戊二醛 (GA) 修饰曲妥珠单抗 (TZ)。工程化的 BMP 被称为 BMP-RA-TZ 和 BMP-GA-TZ。通过 ELISA 检测它们结合 HER2 的能力，使用 LC-MS 分析血浆冠蛋白的数量。通过共聚焦激光扫描显微镜和流式细胞术证明了靶向 SK-BR-3 的效率。结果：两种工程化 BMP 每毫克 BMP 中含有高达约 0.2 毫克 TZ，而与 BMP-RA-TZ 结合的 HER2 数量是与 BMP-GA-TZ 结合的 HER2 数量三倍。与正常人血浆或补充有 IgG 的血浆孵育后，与含 RA-TZ 的 BMP 相比，含 GA-TZ 的 BMP 具有更大的水合半径和更多的表面蛋白。含 TZ 的 BMP 均可靶向并内化在 HER2 过表达的乳腺癌细胞系 SK-BR-3 中；然而，它们的靶向效率差异很大：含 RA-TZ 的 BMP 为 50-75%，含 GA-TZ 的 BMP 为 9-19%。将 BMP 与血浆 (100%) 和癌细胞孵育以模拟人类体内环境。在此环境下，SK-BR-3 对 BMP-RA-TZ 的摄取效率达到近 80%（略低于与 BMP-RA-TZ 直接相互作用），而 BMP-GA-TZ 的摄取效率为 <17%。结论：RA 支架的应用促进和定向靶向配体的排列，并降低冠蛋白的屏蔽作用。该策略提高了 NP 在模拟体内环境下的靶向能力和药物递送。关键词：亲和体、蛋白冠、磁小体、人表皮生长因子受体 2、HER2
自动截图并定义了晚期细胞和基因治疗研究的免疫细胞分化途径
图2。剪切和运行使用流线型工作流程将抗体结合的染色质释放到溶液中，在珠毫米毫米化的细胞中留下背景。与历史芯片seq分析相比，剪切和运行可产生较高的分辨率数据，> 100倍减少了细胞输入和> 10倍降低的测序深度。定义的核小体控件（Snap-Cutana™Spike-Ins）实现了测定标准化。