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唾液是一种新兴的疾病生物标志物来源，特别是对于头颈部癌症而言。尽管唾液中的游离 DNA (cfDNA) 分析有望成为一种用于癌症检测的液体活检方法，但目前尚无用于研究 DNA 的唾液收集和分离标准化方法。在本文中，我们评估了各种唾液收集容器和 DNA 纯化技术，比较了 DNA 数量、片段大小、来源和稳定性。然后，我们使用优化的技术，测试了从患者唾液样本中检测人乳头瘤病毒 (HPV) DNA（头颈部癌症亚群中的真正癌症生物标志物）的能力。对于唾液收集，我们发现 Ora-gene OG-600 容器可产生最高浓度的总唾液 DNA 以及对应于单核小体游离 DNA 的 < 300 bp 的短片段。此外，与其他唾液收集容器相比，这些短片段在收集后 48 小时仍然保持稳定。对于从唾液中纯化 DNA，QIAamp 循环核酸试剂盒可产生最高浓度的单核小体大小的 DNA 片段。唾液样本的冻融不会影响 DNA 产量或片段大小分布。发现从 OG-600 容器中分离的唾液 DNA 由单链和双链 DNA 组成，包括线粒体和微生物来源。虽然核 DNA 水平随时间保持一致，但线粒体和微生物 DNA 水平变化更大，并在收集后 48 小时增加。最后，我们发现 HPV DNA 在 OG-600 容器中稳定，在 HPV 阳性头颈癌患者的唾液中可以可靠地检测到，并且在单核小体大小的无细胞 DNA 片段中含量丰富。我们的研究已经确定了从唾液中分离 DNA 的最佳技术，这将有助于未来基于液体活检的癌症检测应用。
分离唾液游离 DNA 用于癌症检测
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