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World File Search System异质性
组异质性
尽管有几种备受瞩目的最先进的方法可用，但分析批量RNA-Seq数据仍在面临重大挑战。最近的研究的证据表明，流行的差异表达（DE）工具（例如EDGER和DESEQ2）容易受到惊人的错误发现率（FDR）的影响。这些研究表明，在这些模型中观察到的FDR通货膨胀可能归因于诸如违反参数假设的问题或无法有效处理数据中的异常值。在这里，我们认为群体异质性也可以促进这一提升的FDR，这一现象在很大程度上被研究界忽略了。我们介绍了一种新型的统计模型Robseq，该模型旨在在差异分析中有效的每种功能建模，当时是当群均均一的假设未得到满足时。Robseq利用了稳健的统计文献中建立的统计机制，包括M估计量来稳健地估计基因表达水平变化和Huber-Cameron方差估计器来计算异性设置中的鲁棒标准误差。此外，出于推理目的，它还结合了Welch T统计量的自由度调整，有效地解决了RNA-Seq差异表达中FDR通胀的问题。通过详细的模拟和全面的基准测试，我们表明Robseq成功地将错误的发现和I型错误率保持在名义级别，同时与众所周知的DE方法相比保留了高统计能力。对种群级RNA-seq数据的分析进一步表明，Robseq能够鉴定出与复杂人类疾病有关的具有生物学上重要的信号和途径，这些信号和途径涉及复杂的人类疾病，否则这些信号和途径否则无法通过已发表的方法揭示。Robseq的实现可在https://github.com/schatterjee30/robseq上公开提供。
1个异质性和功能分析...
使用COL1A1在不同阶段的RNA染色，我们将心脏成纤维细胞分为四个发育阶段。通过分析来自两个小鼠菌株的18个阶段成纤维细胞的SCRNA-SEQ谱，我们确定了显着的异质性，从而保留了其前体细胞中的谱系基因表达。在主要成纤维细胞种群中，我们发现了各种细胞簇中WT1，TBX18和ALDH1A2基因的差异表达。谱系追踪研究表明，WT1-和TBX18阳性成纤维细胞源自相应的心外膜细胞。此外，使用有条件的基于DTA系统的消除，我们确定了成纤维细胞在早期胚胎和心脏生长中的关键作用，但在新生儿心脏的生长中却没有。此外，我们确定了细胞外基质基因和成纤维细胞 - 毛皮细胞配体 - 受体 - 受体相互作用的区域和阶段相关的表达。这种全面的理解阐明了心脏发育中的成纤维细胞功能。
黑色素瘤异质性的计算模型
皮肤黑色素瘤是一种高度侵袭性的肿瘤，尽管最近出现了一些治疗方法，但大多数晚期转移性黑色素瘤患者的临床预后不佳。黑色素瘤中最常见的突变会影响 BRAF 致癌基因，它是 MAPK 信号通路的蛋白激酶。针对 BRAF 和 MEK 的疗法仅对 50% 的患者有效，并且几乎系统地产生耐药性。与黑色素瘤细胞的强烈异质性和可塑性相关的遗传和非遗传机制被认为有利于耐药性，但人们对其了解甚少。最近，我们引入了一种新的数学形式，可以表示肿瘤异质性和耐药性之间的关系，并提出了几种用 BRAF/MEK 抑制剂治疗的黑色素瘤产生耐药性的模型。在本文中，我们使用一种新的计算模型进一步研究了这种关系，该模型可以处理用 BRAF/MEK 抑制剂治疗的黑色素瘤中单细胞 mRNA 测序数据识别的多种细胞状态。我们使用该模型来预测不同治疗策略的结果。参考疗法称为“连续”疗法，其包括不间断地应用一种或多种药物。在“联合疗法”中，几种药物按顺序使用。在“适应性疗法”中，当肿瘤大小低于下限时中断药物应用，当肿瘤大小超过上限时恢复药物应用。我们表明，与直觉相反，在 BRAF/MEK 抑制剂与假设药物（针对在肿瘤对激酶抑制剂的反应过程中后期发展的细胞状态）的联合疗法中，最佳方案是先用这种假设药物治疗。此外，尽管连续疗法和适应性疗法之间出现耐药性的时间差别不大，但在适应性疗法的情况下，不同黑色素瘤亚群的空间分布更加分区化。
消费异质性与货币政策...
我们探讨消费异质性如何影响货币冲击的国际传导机制以及开放经济中最优货币政策的选择。将两种类型的主体（李嘉图主义和凯恩斯主义）纳入标准开放经济宏观模型，我们发现，在相当大的家庭异质性范围内，货币政策变得无效，但这敏感地取决于总需求和相对价格效应的相互作用。我们推导出替代定价制度下具有家庭异质性的全球最优货币政策。在PCP下，PPI目标仍然是最优货币政策，可以使经济恢复到有效均衡。然而，在LCP下，消费异质性和货币错位的存在意味着CPI通胀目标在大多数情况下不再是最优的。最后，我们表明，当引入进口税和出口补贴等财政手段时，货币错位和消费异质性都可以消除，即使在LCP下，PPI目标也是最优货币规则。
黑色素瘤异质性的计算模型
通过非遗传机制的几种药物耐受细胞态。首先是由这种过程的可逆性提出的自适应耐药性的非遗传性质：耐药性肿瘤可以在药物假期中重新敏感[Das Thakur等。（2013），Sun等。 （2014）]。 在处理和未处理的条件下，敏感和抗性细胞与抗相关适应性的敏感和抗性细胞共存也可以解释明显的肿瘤在没有药物的情况下通过阳性敏感细胞的阳性选择和抗性细胞的负选择，而无需在不同细胞状态之间进行过渡[Hodgkinson等。 （2019）]。（2013），Sun等。（2014）]。在处理和未处理的条件下，敏感和抗性细胞与抗相关适应性的敏感和抗性细胞共存也可以解释明显的肿瘤在没有药物的情况下通过阳性敏感细胞的阳性选择和抗性细胞的负选择，而无需在不同细胞状态之间进行过渡[Hodgkinson等。（2019）]。
异质性皮层和皮层下映射
使用 7 Tesla fMRI 对人脑的异质-内感受系统进行皮层和皮层下映射 Jiahe Zhang 1 、Danlei Chen 1 、Philip Deming 1 、Tara Srirangarajan 2 、Jordan Theriault 3 、Philip A. Kragel 4 、Ludger Hartley 1 、Kent M. Lee 1 、Kieran McVeigh 1 、Tor D. Wager 5 、Lawrence L. Wald 3 、Ajay B. Satpute 1 、Karen S. Quigley, 1 Susan Whitfield-Gabrieli 1 、Lisa Feldman Barrett 1,3,6 * & Marta Bianciardi 3,7 * 1 东北大学心理学系，马萨诸塞州波士顿 02115 2 斯坦福大学心理学系，加利福尼亚州斯坦福 94305 3 放射学系，Athinoula A. Martinos 中心麻省总医院生物医学成像系，马萨诸塞州波士顿 02139 4 埃默里大学心理学系，佐治亚州亚特兰大 30322 5 达特茅斯学院心理与脑科学系，新罕布什尔州汉诺威 03755 6 麻省总医院精神病学系，马萨诸塞州波士顿 02139 7 哈佛大学睡眠医学部，马萨诸塞州波士顿 *L.F.B.和 M.B.共同担任高级作者。通讯作者：Jiahe Zhang，心理学系，125 Nightingale Hall，东北大学，马萨诸塞州波士顿 02115-5000。电子邮件：j.zhang@northeastern.edu Lisa Feldman Barrett，心理学系，125 Nightingale Hall，东北大学，波士顿，MA 02115-5000。电子邮件：l.barrett@northeastern.edu Marta Bianciardi，放射科，Athinoula A. Martinos 生物医学成像中心，麻省总医院和哈佛医学院，149 号楼，2301 室，13 街，查尔斯顿，MA 02129。电子邮件：martab@mgh.harvard.edu 作者贡献：T.W.、L.W.、A.B.S.、L.F.B.和 M.B.设计研究。J.Z.、D.C.、J. T.、L.H.、K.M.L、K.M.、A.B.S.、K.S.Q.、S.W-G.、L.F.B.和 M.B.进行了研究。J.Z.、D.C.、P.D.、T.S.、L.F.B.和 M.B.分析了数据并撰写了论文。所有作者都阅读并批准了该论文。利益冲突声明：作者声明没有利益冲突。分类：生物科学/神经科学 关键词：内脏运动、内感受、内脏感觉、异质平衡、默认模式网络、显着网络
疟原虫的核糖体异质性和特化
20 世纪 30 至 50 年代，核糖体首次被发现。科学家们认识到核糖体是异质性的，因为他们注意到用电子显微镜观察到的颗粒大小和形状存在差异[4]。一个假说进一步发展了这一模型，该假说描述了每个核糖体如何包含翻译一种蛋白质所需的遗传信息[5]。然而，随着这个假说被推翻和忽视，核糖体异质性模型也被推翻。将外来噬菌体 RNA 引入大肠杆菌后，细菌核糖体会进行翻译，这一发现支持了人们不再依赖核糖体特化模型的观点[6]。科学界普遍认为，核糖体是非特化的机器，能将任何 mRNA 转化为蛋白质。研究方法和技术的进步使得人们能够对核糖体进行更细致的研究，更清楚地表明核糖体的核糖体蛋白质 (RP) 组成可能存在异质性。 RP 组成的差异可能是由于特定 RP 同源物在不同组织或器官中的表达所致，例如拟南芥增殖组织中的 RPS5A 和 RPS18A [ 7 ] 出现在果蝇 [ 8 ] 和小鼠 [ 9 ] 的性器官中，并且随着细胞的不断分化和发育 [ 10 ]。此外，在小鼠中，RP 同源物 RPL39L（核糖体大亚基 L39 样蛋白）掺入核糖体会通过改变多肽出口通道的大小和电荷来影响翻译速度 [ 11 ]，这有助于调节一组必需的雄性生殖细胞特异性蛋白质的折叠，而这些蛋白质是精子形成所必需的 [ 12 ]。在发育中的小鼠胚胎中，含有 RPL10A 的核糖体更倾向于经典 Wnt 信号通路成员的转录本，从而形成了一种特化，这对于发育过程中中胚层的正常产生至关重要 [ 13 ]。此外，虽然进化保守的核心 rRNA 在物种间保持高度保守，但人们认识到真核生物已经进化出包含扩展片段 (ES) 的 rRNA 序列。这些 ES 是从核心
解读肺腺癌异质性
摘要：肺癌是全球最常见的癌症之一，也是癌症相关死亡的主要原因。2021 年世界卫生组织 (WHO) 分类对肺腺癌进行了详细和更新的分类，特别关注罕见的组织学类型，包括肠型、胎儿型和胶体型，以及未另行指定的腺癌，总体上约占所有病例的 5-10%。然而，如今大多数中心都难以诊断出罕见实体，并且仍然缺乏针对这些患者的最佳治疗管理的证据。近年来，随着对肺癌突变特征的了解不断增加，以及不同中心下一代测序 (NGS) 的普及，有助于识别肺癌的罕见变体。因此，希望在不久的将来会有几种新药可用于治疗这些罕见的肺癌，例如靶向治疗和免疫治疗，这些药物在临床实践中经常用于治疗多种恶性肿瘤。本综述的目的是总结目前关于最常见的罕见腺癌亚型的分子病理学和临床管理的知识，以便提供一份简明、最新的报告，为临床医生在日常实践中的选择提供指导。
从微生物异质性到进化见解
仅部分探索了生物技术兴趣的微生物中基因组多样性的隐藏层，并且需要更深入的研究，即需要克服物种水平分辨率。CO 2固定菌群易于进行案例研究等评估。采用了实验室规模的trick流式反应器，成功实现了对人工沼气和富含硫的沼气的同时实现生物泛滥和脱硫化，并还实施了氧气SUP培养。在微量自我条件下，硫化氢去除效率为81％，甲烷含量为95％。甲烷杆菌 dtu45主要出现，其代谢功能与硫分解代谢中的社区范围动力学相关。 gamaproteobacteria sp。中涉及基因组进化。 dtu53，被确定为微量清除液的主要贡献者。 发现了硫化氢氧化途径中变体的阳性选择，并将氨基酸变体定位在硫化物的硫化物入口通道上：喹酮氧化还原酶。 氧气中的SUP填充应变选择是驱动微生物适应的主要机制，而不是物种优势的转移。 选择性压力确定了新菌株的出现，例如在伽马普罗杆菌中。 dtu53，提供了微生物组内功能冗余的深度证据。甲烷杆菌dtu45主要出现，其代谢功能与硫分解代谢中的社区范围动力学相关。gamaproteobacteria sp。中涉及基因组进化。dtu53，被确定为微量清除液的主要贡献者。发现了硫化氢氧化途径中变体的阳性选择，并将氨基酸变体定位在硫化物的硫化物入口通道上：喹酮氧化还原酶。氧气中的SUP填充应变选择是驱动微生物适应的主要机制，而不是物种优势的转移。选择性压力确定了新菌株的出现，例如在伽马普罗杆菌中。dtu53，提供了微生物组内功能冗余的深度证据。