表S1。 定量实时PCR的引物序列表S1。定量实时PCR的引物序列
PCR引物的长度通常在15-30个基础范围内,旨在侧面感兴趣的区域。引物应包含40–60%的GC,并避免可能产生内部二级结构的序列。底漆的3端不应是互补的,以避免产生底漆二聚体。引物二聚体不必要地从反应中去除底漆,并导致与所需反应竞争的不良聚合酶反应。避免在底漆的3末端连续三个G或C核苷酸,因为这可能导致非特异性底漆退火增加了不良反应产物的合成。理想情况下,两个引物的温度应几乎相同(T m),以便在大致相同的温度下使用变性模板DNA退火。
特征选择、层次聚类和差异表达分析确定了细胞类型标记基因。将其他感兴趣的目标与细胞类型标记列表相结合,得到总共 500 个基因。BD WTA-to- poly( A ) 流程选择了基因列表的主要转录本变体,并创建了终止于 poly( A ) 位点的转录本最后 1,000 个碱基的 FASTA 文件。FASTA 文件输入到 BD Genomics Resource 上的引物设计工具中。引物设计流程通过评估各种因素(例如熔化温度、扩增子长度、引物兼容性和目标特异性)输出一组引物。由此产生的定制 500 基因面板包含细胞类型标记和与肾脏生理学和器官重塑有关的感兴趣的基因的组合。
Mouse-GAPDH F: GGTTGTCTCCTGCGACTTCA R: TGGTCCAGGGTTTCTTACTCC Mouse-IL-6 F: AACCACGGCCTTCCCTACTT R: TCTGCAAGTGCATCATCGTTGT Mouse-CXCL2 F: ACTGAACAAAGGCAAGGCTAACT R: ACATAACAACATCTGGGCAATGG Mouse-HMOX1 F:ccagacaccgctcctccagt r:ccaggcaagattctcctctccttacag鼠标 - slc7a5 f:tggagtgtgtggcattggcattggcttc r:agagcaccgtcaccacagagaagagattnfaip3 Aggagccaggaagtaatcaagaa r:GCTAGAGATAGCAGGGCAGGT F,前向; R,反向。
基于免疫的抗体发现平台需要稳健有效的方案来从大量 B 细胞中扩增、克隆、表达和筛选抗体,以便有效捕获经验丰富的免疫球蛋白库的多样性。多重 PCR 使用一系列正向和反向引物来从一系列不同的种系序列中回收抗体,这很有挑战性,因为引物设计需要回收全长抗体序列、低起始模板浓度,并且需要所有引物在相同的 PCR 条件下发挥作用。在这里,我们展示了将 RNase H2 依赖性 PCR (rh-PCR) 整合到高通量抗体发现平台中的几个优势。首先,rh-PCR 将引物二聚体的合成消除到可检测水平以下,从而消除了具有假阳性抗体滴度的克隆。其次,通过提高 PCR 的特异性,rh-PCR 引物增加了从单个 B 细胞中回收同源抗体可变区以及下游重组抗体滴度。最后,我们证明,在基于下一代测序的方法中,rh-PCR 引物可提供更均质的样本池和更高的序列质量,从而从大量克隆的抗体同源对中获取 DNA 序列信息。此外,rh-PCR 引物的更高特异性使天然抗体种系序列与从单个 B 细胞扩增的 VL/VH 片段之间能够更好地匹配。
两步PCR方法 - 如何工作,两步PCR方法与Illumina的双重索引策略相结合,可以并行处理多达384个样本(见图1)。第一步的PCR使用引物包含特定于基因座的序列以及来自Illumina的Nextera库协议中指定的通用5'尾巴(见表1)。不仅只使用一个前向底漆和反向引物,因此某些原始col使用了最多3个前向引物,这些引物通过在基因座特异性和常见的5'尾巴之间添加摇摆碱(ns)而在长度上有所不同。这可能在高通量项目中尤其有用,在该项目中,测序吞吐量特别关键并且汇总了许多样品。但是,对于大多数项目,仅使用一个正向和一个反向引物,测序吞吐量就足够高。如果您需要有关此特定主题的更高背景,请与我们联系。然后将所得的PCR扩增子用作第二步PCR中的模板,以进一步扩增,但也可以作为
flap 之间存在动态转换,使所需 DNA 信息有机会 与基因组的靶标链结合,之后 5' flap 会在细胞修复 的过程中被切除,经过 DNA 修复过程,最终实现基 因组信息的修改 ( 图 1 ) 。在这个过程中,融合蛋白 承担了切割目标位点非靶标链和逆转录的双重功 能,而 pegRNA 既引导 PE 识别目标位点,又包含了编辑 所需的信息。通过这 2 个组分, PE 系统实现了识 别、切割、起始逆转录的引物序列结合、逆转录等一 系列过程,并将所需 DNA 信息直接逆转录至目标 位点的断裂处 [ 26 ] 。 PE 系统的设计非常简单精巧,无 需引入 DNA 模板,也不产生双链断裂,是一种非常
最后我们要介绍的是 DNA 复制在更大规模上是怎样的。由于 DNA 聚合酶 III 只能将 DNA 从 5' 复制到 3',因此存在一条前导链和一条滞后链,导致每条链被合成。前导链的合成方向与 DNA 被进一步打开的方向相同。滞后链的合成方向相反,因此每次当解旋酶解开更多 DNA 时,它都必须设置一个新的引物。这意味着前导链只有一个引物,而滞后链有多个引物。在滞后链上形成的这些新 DNA 片段称为冈崎片段。