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SARS-COV-2中的突变导致峰值蛋白质的抗原变异：疫苗发育的挑战 双向孟德尔随机研究 世界第一阶段I临床试验crispr-cas9 pd-1 ...
目的是严重的急性呼吸综合征冠状病毒-2（SARS-COV-2）病毒的传播是空前的，在3个月内扩散到180多个Coun的尝试，严重程度可变。归因于这种变异的主要原因之一是遗传突变。因此，我们旨在预测全球可提供的SARS-COV-2基因组的峰值蛋白突变，并分析其对抗原性的影响。材料和方法几个研究小组生成了全基因组测序数据，这些数据可在公共存储库中获得。从1,325个完整的基因组中提取了1,604种尖峰蛋白和NCBI中的SARS-COV-2的279个部分尖峰编码序列，直到2020年5月1日，在2020年5月1日提供，并经过多个序列一致性，以发现与报告的单核Otiide多晶型（SNEPS）相对应的突变。此外，推断出的预测突变的抗原性，并且表位叠加在尖峰蛋白的结构上。结果序列分析导致高SNP频率。显示出高抗原性的预测表位中的显着变化是受体结合结构域（RBD）中的A348V，V367F和A419S。在表现低抗原性的RBD中观察到的其他突变为T323i，A344S，R408I，G476S，V483A，H519Q，A520S，A522S和K529E。RBD T323I，A344S，V367F，A419S，A522S和K529E是这项研究中首次报道的新型突变。此外，在Heptad重复域中观察到A930V和D936Y突变，并在Heptad重复域2中指出了一个突变D1168H。结论S蛋白是疫苗发育的主要靶标，但是在全球所有可用的基因组中，S蛋白的抗原表位中预测了几种突变。在短时间内各种突变的出现可能会导致蛋白质结构的构象变化，这表明开发通用疫苗可能是一项具有挑战性的任务。
血小板激活途径控制可逆素αIIBβ3激活
抽象背景激动剂诱导的血小板激活，具有整合素αIIBβ3构象变化，是纤维化结合所必需的。这在特定条件下被认为是可逆的，允许第二阶段的血小板聚集。区分长血小板的永久性或瞬态激活状态的信号传导途径很差。目的是探索由胶原受体糖蛋白VI（GPVI）诱导的血小板信号传导机制或蛋白酶激活的受体（PAR）的凝血酶，以调节时间依赖性αIIIBβ3激活。方法血小板用胶原蛋白相关的肽（CRP，刺激GPVI），凝血酶受体激活肽或凝血酶（刺激PAR1和/或4）激活。整合素αIIBβ3激活和P-选择素表达通过两色流细胞仪评估。添加激动剂之前或之后，应用了信号通路抑制剂。通过显微镜研究了血小板扩散的可逆性。用药理学抑制剂进行血小板预处理的结果降低了蛋白激酶C（PKC）>糖原合酶激酶3>β-arrestin>β-arrestin> phypartin> phlospin> phosparatin> phosphatidylinosi-3-依基的GPVI-和PAR诱导的整联蛋白αIIBβ3激活和P-选择蛋白的表达。处理后显示次级αIIIBβ3失活（不是P-选择素表达），但这种可逆性是将CRP和PAR1激动剂固定的。对常规PKC同工型的结合抑制对整联蛋白闭合最有效。这些发现与有效抗血小板治疗的优化有关。用ticagrelor进行前后处理，阻止了P2Y 12腺苷二磷酸（ADP）受体，增强了αIIIBβ3失活。扩散测定表明，PKC或P2Y 12抑制作用引起了从荧光纤维的部分转化为更盘状的血小板形状。结论PKC和Autocrine ADP信号传导在PAR1/GPVI> PAR4刺激的顺序中有助于持续的整合蛋白αIIIBβ3激活，因此有助于稳定血小板聚集。
生物有机化学
糖尿病是一种代谢性疾病，其特征是高血糖，可以通过α-葡萄糖苷酶（α -GLU）（α -GLU）和α-淀粉酶（α -AMY）的含量来抵消，负责碳水化合物水解的酶。近几十年来，许多天然化合物及其生物启发的类似物已被研究为α -GLU和α -amy抑制剂。然而，没有研究用于评估Neolignan obovatol（1）对α -Glu和α -amy抑制作用。在这项工作中，我们报告了1和新类似物库的合成。这些化合物的合成是通过基于以下方法实施方法来实现的：苯酚烯丙基化，claisen/cope重排，甲基化，Ullmann偶联，脱甲基化，苯酚氧化和迈克尔型添加。obovatol（1）和十个类似物的体外抑制活性对α -glu和α -amy。我们的研究强调，天然发生的1和4个Neolignan类似物（11、22、26和27）比低糖症药物acarbose（α -amy：34.6 µm;α -Glu：α-Glu：248.3 µm）更有效抑制剂，其IC 5O值为6.2-23.6 µM -MAN -MY -MAN -MAN -MY tody -thy39。 -glu。对接进行了验证验证了抑制结果，突出了合成的新尼亚尼亚人和两种酶之间的最佳兼容性。同时循环二分色谱法检测到与研究的新木剂相互作用引起的α -GLU的构象变化。最后，在人类结肠癌细胞系（HCT-116）测试了研究化合物的体外细胞毒性。通过荧光测量和α -Glu和α -amy抑制作用的动力学的详细研究也表明，1、11、22、26和27对α -GLU具有最大的亲和力，对α -amy具有1、11和27。表面等离子体共振成像（SPRI）测量结果证实，在所研究的化合物中，Neolignan 27对这两种酶具有更大的亲和力，从而证实了动力学和荧光猝灭所获得的结果。所有这些结果表明，这些基于Obovatol的Neolignan类似物构成了追求新型降血糖药物的有希望的候选人。
教学大纲
ns cc11-（th）-p01：生物分子，酶学和仪器生物分子：生命的化学基础 - 化学键合，涉及生物分子的力和构建块 - 大分子；信息大分子。蛋白质作为信息大分子；氨基酸的化学；多肽的一级，二级和三级结构；肽；肽亚基和第四纪结构， -helix，-薄片和胶原蛋白结构，蛋白质和氨基酸的代谢。碳水化合物的化学 - 单，二糖和多糖。DNA的分子结构，替代DNA结构，圆形和超螺旋DNA，DNA的变性和恢复，DNA的物理和化学稳定性。酶和反应动力学：酶的定义；活性位点，底物，辅酶，辅因子和不同种类的酶抑制剂；酶动力学，两种底物动力学，三种底物动力学，偏离线性动力学；配体结合研究；快速动力学；关联和解离常数；在酶动力学机理分析中使用同位素； pH，温度和同位素标记的底物对酶活性的影响；酶调节的变构模型；底物诱导酶的构象变化。电子显微镜：磁性和静电镜的理论及其焦距；电子显微镜的构造；限制分辨率和有用的放大倍数；对比形成；阴影和染色技术；扫描电子显微镜；标本准备技术；电子显微镜在细胞和分子生物学中的应用；嵌入和切割。仪器：生物系统光谱后的原理和应用：吸收光谱（UV-可见），荧光和磷光，圆形二色性（CD），红外光谱学（IR），共振拉曼光谱；电子旋转共振（ESR），液体闪烁计数器； pH计;超速离心，光学显微镜，光学显微镜；阶段，紫外线和干扰显微镜 - 其基本原理；光学系统和射线图 - 它们在细胞生物学中的应用；荧光显微镜；细胞和组织的微光照射法，荧光活化的细胞分辨率（FACS）。
2025.01.29.634372.full.pdf
通过解旋酶RECQL5 ALFREDO JOSE FLOREZ ARIZA 1,2， *，NICHOLAS Z. LUE 1， *，PATRICIA GROB 1,3，BENJAMIN KAESER 4，BENJAMIN KAESER 4，JIE FANG 3，JIE A. KASSUBE 2,5,5,5,5,5,4;定量生物科学（QB3），加利福尼亚大学，伯克利分校，伯克利，加利福尼亚州，美国2生物物理学研究生集团，加利福尼亚大学，伯克利分校，加利福尼亚州伯克利，加利福尼亚州，美国3霍华德·休斯医学研究所，加利福尼亚大学，加利福尼亚大学，伯克利大学，伯克利大学，伯克利，加利福尼亚州伯克利，加利福尼亚州，美国4个分子和伯克利亚伯克里尔，伯克利亚，加利福尼亚州。 Department of Biochemistry, Universität Zürich, Zurich, CH 6 Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging Division, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, CA, USA * These authors contributed equally: Alfredo Jose Florez Ariza & Nicholas Z. Lue # Correspondence to enogales@lbl.gov Abstract Transcription and its regulation pose a major challenge for genome 稳定。已提出了解旋酶RECQL5作为帮助保护基因组的重要因素，并且是人类RECQ解旋酶家族的唯一成员，直接与RNA聚合酶II（POL II）直接结合并影响其进展。RECQL5减轻细胞中的转录应力和基因组不稳定性，但这种现象的分子机制尚不清楚。在这里，我们采用冷冻电子显微镜（冷冻EM）来确定与RECQL5结合的停滞pol II伸长复合物（EC）的结构。我们的结构揭示了分子相互作用稳定RECQL5与Pol II EC结合，并突出了其作为转录障碍的作用。此外，我们发现RECQL5可以调节POL II易位状态。在其无核苷酸状态下，RECQL5机械地扭曲了EC中的下游DNA，并且在核苷酸结合下，它经历了构象变化，从而使POL II诱导POL II朝向转移后状态。我们提出这种机制可能有助于重新启动pol II伸长率，因此有助于减少转录应力。
2020-Small-TetR-FRET.pdf
在相关努力中，[10] 我们扩展了适用于均相 FRET 检测的分子识别元件列表，包括变构转录因子 (aTF)，这是一类特定的底物结合蛋白，可在离散蛋白质结构域中结合 DNA 和小分子效应物。在这里，我们描述了使用特征明确的 aTF TetR 进行分子识别的其他新型传感器，使用改变 aTF-DNA 结合亲和力的 aTF 变体来调节传感器灵敏度，并展示了一种带有遗传编码供体荧光团的额外传感器设计。这些额外的传感器展示了我们方法的普遍性，同时详细介绍了一种更容易被各种研究小组采用的传感器设计。变构转录因子是调节蛋白，包含 DNA 结合结构域和效应物结合结构域，能够以高特异性和选择性识别小分子。 [11] 在目标分析物存在的情况下，aTF 对其 DNA 结合序列的亲和力会受到调节，从而促进下游基因表达的阻遏物或去阻遏物调节。[11] aTF 与其同源 DNA 和效应配体之间独特但相互关联的结合提供了一种内在的转导机制，我们将其与 FRET 偶联以进行光学读出。[10] 其他先前描述的基于底物结合蛋白的 FRET 传感器通过染料标记的配体的置换（竞争性测定）或蛋白质的构象变化来实现供体-受体距离的变化。[6,7] 我们的基于 aTF 的 FRET 传感器利用供体标记的 aTF 与其受体标记的同源 DNA 序列的分析物响应性解离来引起供体-受体距离的大幅变化。因此，这些 FRET 传感器无需对配体进行染料标记，因为染料标记会改变配体的结合行为 [12]，同时能够通过供体和受体荧光团的完全解离产生显著的信号变化（图 1）。我们之所以选择 TetR 进行这项研究，是因为它是一种特性良好的 aTF，在实验室环境中广泛用于基因调控和诱导蛋白表达。[11] TetR
神经心理学（选修课程）简介
设施，约旦8。经验和研究兴趣Rahman博士加入了国家生物技术与基因工程研究所（Nibge）Faisalabad，巴基斯坦，科学官员，1999年。从1999年至2000年，他就微生物的遗传分析及其在硫酸矿石的微生物浸出中进行了研究。之后（2001- 2003年），他通过优化各种营养和物理参数，并使用真菌crymemonium chrysogenum使用分子生物学技术，参与了头孢菌素C的生物合成和超级产生。2003年，拉赫曼博士获得了国际竞争奖学金，即伊斯兰发展银行的优异奖学金奖学金。 在博士项目中，对药理和生理重要性的各种膜蛋白的结构和功能研究进行了研究。 这些蛋白质包括细菌中存在的人类转运蛋白的同源物，例如大肠杆菌，流感嗜血杆菌等。 在利兹大学和英国利物浦大学博士学位和博士后研究期间； Rahman博士的Nibge Faisalabad和Harvard Medical School广泛参与了由重组手段产生的与健康相关的真核生物和原核膜/可溶性蛋白的表征。 in2003年，拉赫曼博士获得了国际竞争奖学金，即伊斯兰发展银行的优异奖学金奖学金。在博士项目中，对药理和生理重要性的各种膜蛋白的结构和功能研究进行了研究。这些蛋白质包括细菌中存在的人类转运蛋白的同源物，例如大肠杆菌，流感嗜血杆菌等。在利兹大学和英国利物浦大学博士学位和博士后研究期间； Rahman博士的Nibge Faisalabad和Harvard Medical School广泛参与了由重组手段产生的与健康相关的真核生物和原核膜/可溶性蛋白的表征。in这些蛋白质是使用多种生物化学和物理技术来表征的，例如使用Ni-NTA琼脂糖，凝胶过滤和离子交换方法，蛋白质纯化，蛋白质纯化，以及通过固体旋转的固体旋转量和蛋白质旋转的膜蛋白进行膜蛋白的传输测定等温滴定量热分析，红外和圆形二分法光谱的二级结构分析，通过荧光光谱法对底物结合的构象变化以及通过电子和X射线晶体学测定的结构测定。
gαs对于β-arrestin耦合是可拨的，但决定了GRK ...
β -arrestin在G蛋白 - 耦合受体（GPCR）内在化，传统和信号传导中起关键作用。β-抑制蛋白是否独立于G蛋白 - 介导的信号传导尚未完全阐明。使用基因组编辑的研究的研究表明，G蛋白对于通过GPCRS的促丝分裂原激活蛋白激酶激活至关重要，而β-抑制蛋白在信号分区 - 室化中起更为重要的作用。然而，在没有G蛋白的情况下，GPCR可能不会激活β -arrestin，从而限制了将G蛋白与β -arrestin介导的信号事件区分开的能力。我们使用β2-肾上腺素能受体（β2AR）及其在人类胚胎肾脏中表达的β2AR-C尾突变体293个细胞野生型或CRISPR - CAS9基因 - cas9基因编辑，编辑为GαS，β-arrestin1/2，或GPCR ki-Nases 2/3/5/6组合的群体结合量的cas9基因 - 控制基因表达中的暂停。我们发现，β2AR和β-甲素构象变化，β-甲素的募集和受体内在化不需要GαS，但是GαS决定了参与β-arrestin募集的GPCR激酶。通过RNA-Seq分析，我们发现蛋白激酶A和有丝分裂原活化的蛋白激酶基因信号通过刺激野生型和β2AR在野生型和β-arrestin1/2-kO细胞中激活，但在GαS-KO细胞中不存在。 这些结果通过在相应的KO细胞中表达gαs并在野生型细胞中沉降β-阻滞蛋白来验证。 这些发现扩展到表达内源性β2AR水平的细胞系统。通过RNA-Seq分析，我们发现蛋白激酶A和有丝分裂原活化的蛋白激酶基因信号通过刺激野生型和β2AR在野生型和β-arrestin1/2-kO细胞中激活，但在GαS-KO细胞中不存在。这些结果通过在相应的KO细胞中表达gαs并在野生型细胞中沉降β-阻滞蛋白来验证。这些发现扩展到表达内源性β2AR水平的细胞系统。总体而言，我们的结果支持GS对于β2AR促进的蛋白激酶A和有丝分裂原激活的蛋白激酶基因表达特征至关重要，而β-arrestins启动了调节GαSS驱动核转录活性的信号传导事件。
回顾文章发现，靶向Bcl-2蛋白质蛋白的药物的开发和应用
引言Bcl-2蛋白质家族包括功能相反的，尽管结构相关的蛋白质[1]。创始成员Bcl-2在1980年代中期发现了其与血液癌（如卵泡淋巴瘤）的染色体易位（t（14; 18））特征[2-5]。然而，直到1988年，它的真实功能才被发现是一种促进细胞存活而不是细胞增殖的癌基因，就像当时其他已知的致癌基因一样[6]。后来发现了其他几种促生存蛋白（BCl-XL，MCL-1，BCL-W和BFL-1），所有这些都与称为Bcl-2同源性（BH1 - 4）结构域的四个序列同源性区域相关[7-10]。在具有促进死亡功能的蛋白质子集中也发现了这些，即Bax，Bak和Bok（以下简称Bax/Bak蛋白）[11-13]。并行，第二组促凋亡蛋白（即BAD，BIM，BID，BIK，BMF，NOXA，PUMA，HRK）也被发现仅具有BH3域，因此称为仅BH3蛋白[14-21]。生化和遗传学研究很快揭示了一般的途径，现在称为内在的求主途径，通过该途径，细胞会自杀以响应多种应力（例如生长因子含量，活性氧，内质网应激，减轻DNA的化学疗法）。在健康的细胞中，Bax/Bak蛋白在细胞质或与线粒体上的促蛋白结合的“灭活”状态下存在[12，22 - 26]。死亡刺激后，凋亡是通过仅BH3蛋白的转录或翻译后上调引发的。这些与生存蛋白结合，并释放任何结合的“活化的” Bax/Bak样蛋白，或者，它们可以直接结合Bax/Bak，以诱导构象变化，使它们能够寡聚并在线粒体外膜中形成孔隙，从而释放出Cyto-Chrome [27 - 31]，从而释放出Cyto-Chrome [2]。细胞色素c促进了APAF-1的寡聚和凋亡小体的组装，该分子平台是一种分子平台，可以使蛋白水解caspase酶（caspase 9，caspase 9，然后是caspase 3/7）进行顺序激活[33] [33] [33]，它裂解了重要的细胞内底物，导致了细胞的衰老。通常，细胞凋亡受到促源性蛋白的限制，从而隔离了其促凋亡的反应。当促凋亡蛋白的水平压倒了生存分子时，凋亡随之而来。由于各种细胞缺陷而导致的失控凋亡，包括发表的记录的异常表达：2021年9月13日
DNA回旋酶中的能量耦合和作用机理
抽象的大肠杆菌DNA速酶催化封闭的双链DNA的否定性超涂层，以ATP为代价。酶的酶的另外活性阐明了超涂层反应的能量偶联成分是ATP至ADP和ADP和PI的DNA依赖性水解，以及ATP通过gyrase裂解反应的DNA位点特异性的ATP改变。这两种DNA链的这种裂解是由稳定的Gy- Rase-DNA复合物的十二烷基硫酸钠处理的，该配合物被抑制剂氧甲酸捕获。ATP或不可水解的类似物，腺基-5'-二氨基磷酸酯（APP [NHLP），都会在Colel DNA上移动主要的裂解位点。这种切割重排的Novobiocin和Coumermycin al的预防将抗生素的作用位点放置在ATP水解之前的一个反应步骤中。步骤阻塞是ATP的结合，因为香豆素和Novobiocin在ATPase和SuperCoiling分析中与ATP竞争相互作用。 K;对于ATP而言，值比KM少四个数量级以上。这种简单的机制解释了药物对DNA回旋酶的所有影响。使用APP [NHP [NHP的另一种有效的反应竞争抑制剂催化YGYRASE的竞争抑制剂，表明将DNA驱动到更高的能量超胶结形式不需要高能键的裂解。 与Gyrase，App的底物水平（NHLP诱导与酶量成正比的超串联； a -0.3超螺旋转弯是根据Gyrase Frotomer A引入的。 我们假设ATP和APP [NH] P是回旋酶的构象变化的变构效应器，导致一轮超涂层。使用APP [NHP [NHP的另一种有效的反应竞争抑制剂催化YGYRASE的竞争抑制剂，表明将DNA驱动到更高的能量超胶结形式不需要高能键的裂解。与Gyrase，App的底物水平（NHLP诱导与酶量成正比的超串联； a -0.3超螺旋转弯是根据Gyrase Frotomer A引入的。我们假设ATP和APP [NH] P是回旋酶的构象变化的变构效应器，导致一轮超涂层。通过ATP水解的核苷酸解离，将回旋酶返回其原始构型，从而允许酶转移。伴随核苷酸亲和力改变的这种环状构象变化似乎也是其他多种操作中能量转导的共同特征，包括肌肉收缩，蛋白质合成和氧化磷酸化。