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amplicon宏基因组学
Amplicon宏基因组学是基于微生物RRNA基因的NGS测序。由于ngs读取长度受到限制，因此只能放大和测序rRNA基因的一部分。对于原核生物，该分析靶向16S rRNA基因的高变量区域（V1-9），而对于真菌，内部转录的间隔区域（ITS）用于分类分析（见图1）。理想的底漆系统应该足够通用，以涵盖广泛的分类群体，而随之而来的扩增子必须提供足够的分类信息来进行可靠的分类学分类。根据我们的经验和16S/ITS分析管道的验证，我们建议表1中显示的引物系统。我们的服务不仅限于显示的标记基因和底漆系统，还限于其他系统发育标记基因（例如，细胞色素C氧化酶I）和底漆系统可以使用。试点研究对于为您的特定研究问题找到最佳的底漆系统非常有帮助。
季节和年际
在最近的几十年中，现场观察和遥感都表明了热带南美冰川撤退的趋势（例如，Dussaillant等人，2019; Kaser，1999; Masiokas et al。，2020; Rabatel et al。，Rabatel et al。，2013; Seehaus等，2013; Seehaus et al。数十年甚至比全球平均值大（例如，Rabatel等，2013； Zemp等，2019）。先前的研究将这些质量变化与热带冰川的高灵敏度联系起来与水分相关变量的变化，包括沉淀，反照率和云彩，而不是直接与空气温度（例如Sicart等，2005）。Bradley等。 （2009）发现Quelccaya冰盖的质量变化与空气温度之间的统计相关性，但是，这些相关性可能是由于空气温度对降水阶段的间接影响所致（例如，Gurgiser，Marzeion，Nicholson，Ortner，Ortner和Kaser，2013年）。 因此，空气温度的升高不会直接升高，但可能会改变局部湿润状态。 此外，大多数研究都用于了解复杂的气候冰川Bradley等。（2009）发现Quelccaya冰盖的质量变化与空气温度之间的统计相关性，但是，这些相关性可能是由于空气温度对降水阶段的间接影响所致（例如，Gurgiser，Marzeion，Nicholson，Ortner，Ortner和Kaser，2013年）。因此，空气温度的升高不会直接升高，但可能会改变局部湿润状态。此外，大多数研究都用于了解复杂的气候冰川
![植物生物技术。 23.0227a（2023）[adv.pub。]](/simg/c\c7703bec75dda07ac70187114362efac681c931b.webp)
植物生物技术。 23.0227a（2023）[adv.pub。]
抽象的植物专用代谢物（PSM）是多种多样的化合物，在适应各种非生物和生物胁迫的植物适应中具有多方面的作用。psms经常分泌到根根部，这是根周围的一个小区域，它们促进了植物与土壤微生物之间的相互作用。PSM塑造了可能影响植物生长和对不良条件的耐受性的宿主特异性根际微生物群落。植物突变体在PSM生物合成中有缺陷有助于揭示每个PSM在根际中植物 - 微生物群相互作用中的作用。最近，已使用各种方法通过体外方法或通过植物中的锅中的添加到土壤中直接提供PSM。本综述着重于直接PSM应用方法揭示根际植物 - 微生物群相互作用的可行性，并讨论了将知识应用于根际特征的未来工程学的可能性。
应用植物专用代谢产物调节土壤微生物群
抽象的植物专用代谢物（PSM）是多种多样的化合物，在适应各种非生物和生物胁迫的植物适应中具有多方面的作用。psms经常分泌到根根部，这是根周围的一个小区域，它们促进了植物与土壤微生物之间的相互作用。PSM塑造了可能影响植物生长和对不良条件的耐受性的宿主特异性根际微生物群落。植物突变体在PSM生物合成中有缺陷有助于揭示每个PSM在根际中植物 - 微生物群相互作用中的作用。最近，已使用各种方法通过体外方法或通过植物中的锅中的添加到土壤中直接提供PSM。本综述着重于直接PSM应用方法揭示根际植物 - 微生物群相互作用的可行性，并讨论了将知识应用于根际特征的未来工程学的可能性。
宏基因组学的表现
肺部感染每年在世界范围内造成大量发病率和死亡率，并导致脓胸、胸腔积液和肺脓肿等各种并发症 ( Magill et al., 2014)。肺部感染是由各种微生物病原体引起的免疫介导的肺部疾病，包括真菌、细菌、病毒、非典型病原体和寄生虫。及早识别和验证病原体并使用适当的抗生素治疗对于改善肺部感染的预后至关重要。相反，延误可能会导致病情恶化和更大的死亡风险。长期以来，病原菌的检测主要依赖于常规检查 (CE)，例如涂片、培养、免疫学测试和聚合酶链反应 (PCR)。痰样本、纤维支气管镜刷活检、支气管肺泡灌洗液 (BALF) 和支气管内活检是最常见的呼吸道标本类型。然而，检测病原体的一个问题是传统的病原体检测方法非常耗时，因为一种传染病可能由多种病原体引起，必须对每种病原体进行单独检查。另一个限制是抗生素治疗显著降低了培养的诊断效果，而且一些传染病的病原体无法被检测到。此外，鉴于CE的显著缺点，治疗决策很大程度上更加经验性，特别是混合感染和多重耐药细菌的出现，使进一步治疗变得困难。因此，迫切需要一种新的病原体检测方法来提高检测率和精准治疗。宏基因组新一代测序（mNGS）技术已被用于通过高通量测序来识别感染的病因和潜在的病原体，包括病毒、寄生虫、细菌和真菌，而无需分离和培养单个分离株。在临床微生物学领域，与 CE 方法相比，mNGS 表现出显著的优势，包括无偏检测、高通量测序和相对较快的周转时间；基本 NGS 工作流程（包括样本/文库制备、测序、数据分析和报告）仅需大约 24 小时。因此，mNGS 技术在快速识别病原体和同时检测多种病原体方面表现出明显的临床应用优势。它被广泛用于补充 CE 方法，并越来越多地应用于临床和公共卫生领域。NGS 技术日益发展，不同的测序平台已应用于临床样本的 mNGS。在众多可用的测序平台中，最常用的是第二代测序技术，例如Illumina和北京基因组研究所（BGI）提供的平台（Jerome等，2019年；Zhou等，2019年；Chen L等，2020年；Chen P等，2020 ; Yan 等，2020 ; Liu 等，2021 ; Zhao 等，2021）。然而，很少有研究确定选择不同的测序平台是否会显著影响临床诊断；因此，选择合适的测序平台仍然是临床实验室和临床医生面临的挑战。先前的研究报告称，各种测序平台在检测
宏基因组学-Toolkit
对具有数千个数据集的复杂环境的元基因组分析，例如序列读取存档中可用的数据集，需要巨大的计算资源才能在可接受的时间范围内完成计算工作。这样的大规模分析要求有效地使用基础基础结构。此外，任何分析都应完全可复制，并且必须公开使用工作流程，以允许其他研究人员了解计算结果背后的推理。在这里，我们介绍了可扩展的数据不可吻合的工作流程的宏基因组学-Toolkit，该工作流程分别自动化了从Illumina或Oxford Nanopore技术设备获得的简短和长元基因组读取。宏基因组学-ToolKit不仅提供元基因组工作流程中预期的标准功能，例如质量控制，组装，套件和注释，还提供独特的特征，例如基于各种工具的质粒识别，恢复无组成的微生物社区成员的恢复以及通过互联网模型的相互依赖模型的恢复，并发现了一个元素，并依赖于基本模型，并进行互联网组合。此外，元基因组学 - 库尔基特包括一个机器学习优化的组装步骤，该步骤量身定制元素组装程序要求的峰值RAM值以符合实际要求，从而最大程度地减少对专用高音硬件的依赖性。虽然可以在用户工作站上执行Metagenomics-Toolkit，但它还为有效的基于云的集群执行提供了多种优化。Metagenomics-Toolkit是开源的，可在https://github.com/metagenomics/metagenomics-tk上获得。我们将宏基因组学 - toolkit与五个常用的宏基因组工作流进行了比较，并通过在757 Metagenome数据集中从污水处理样本中执行元基因组学 - 静电库来证明其能力，以研究可能的污水核心微生物组。
工程IPMC传感器：建模，表征和应用可穿戴的姿势锻炼
13植物的邻里环境可以改变其与其他生物的相互作用，但对14这些动态的发生鲜为人知，尤其是在土壤微生物中。15个根际土壤中的微生物群落受许多因素的影响，包括非生物条件和根源信号。在16个特定的根部，根渗出液对根际组装有很强的影响，对非生物17条件的变化做出反应，并帮助植物与邻居相互作用。因此，我们预测根渗出量可能在邻居引起的根际社区的转变中起着核心作用。我们进行了一项温室19实验，以测试这一点，并确定焦点细菌群体如何在不同邻居旁边发生的斑点植物，即20个Panicum virgatum，以及这些偏移是否通过邻居诱发的根部渗出变化介导21。我们发现，邻居改变了焦点植物22个渗出液和根际群落，当焦点植物旁边是23个最有竞争力的邻居Rudbeckia hirta时，变化是最大的，这降低了焦点植物的生长和氮24的吸收。几个因素导致了邻居对根际组装的影响，包括邻居25个诱发的氮限制期间根渗出液的变化和来自26个邻居根的根部的微生物溢出。使用额外的土壤孵育，我们还发现，这些变化对土壤养分的影响比对微生物组装具有更大的影响。总体而言，我们表明邻居28影响彼此的微生物组，并突出显示了邻居诱导的根渗出液的变化，这是一种可能发生的29个机制。这项工作表明，根际组装在30个混合物种社区中可能有所不同，因此强调了考虑31个邻里环境的微生物组研究的需求。
旱稻接种与共培养的初步发展
陆稻接种或混合接种多功能根际细菌可促进植株生长，特别是根系生长。因此，本研究旨在评价接种或混合接种固氮螺菌和芽孢杆菌对陆稻早期发育的影响。试验采用完全随机设计，设4个处理，10次重复，共40个地块。处理为：1）Ab-V5（巴西固氮螺菌），2）BRM 63573（芽孢杆菌），3）Ab-V5 + BRM 63573 混合接种，4）对照（不含根际细菌）。接种或混合接种多功能根际细菌Ab-V5和BRM 63573对陆稻初期发育有积极作用。接种分离物 BRM 63573 对根长、茎部和总生物量有显著影响，而接种分离物 Ab-V5 对根长和根系及总生物量的产生有显著影响。共接种处理对直径、体积、总表面积、根系生物量和总生物量等变量有显著影响。对照处理（无多功能根际细菌）
磷酸盐溶解和新的根际微生物的鹰嘴豆生长增强龙舌兰杆菌和trichoderma Orientale
摘要：从阿尔及利亚健康鹰嘴豆的根际分离出的两种甲状腺素菌菌株和三个芽孢杆菌菌株的体外磷酸盐溶解能力以及对池塘实验中鹰嘴豆幼虫的生长影响进行了评估。所测试的微生物具有较高的磷酸盐溶解活性，溶解度指数范围为2.41至7.40。溶解化磷酸盐的浓度从30.17到157.44μg/ml不等。在龙舌兰杆菌BT1（157.44μg/ml）和Trichoderma Orientale T1（143.33μg/ml）的两种培养滤液中观察到了最大磷酸盐 - 溶解活性，并伴随着4.51至5.75的pH降低。分别使用菌株（B.龙舌兰B. tequilensis bt1和T. t. t.），结合使用，通过促进种子的发展并有效增强植物生长，对发芽产生有益的作用。鹰嘴豆幼苗与单独的治疗相比，用B.龙舌兰芽孢杆菌BT1和T. Orientale T1的混合物一起处理，表现出更好的营养生长。据我们所知，这是组合微型iSms b的磷酸盐溶解潜力的第一份报告。Tequilensis和T. Orientale及其促进鹰嘴豆植物生长的能力。