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World File Search System梭菌属
天然和工程梭菌对生物量生物量的潜力
摘要。本文研究了两种大语模型（LLMS）的性能-GPT-3.5-Turbo和Llama-2-13b-以及一个小型语言模型（SLM） - Gemma-2b，在气候变化（CC）和环境领域内的三个不同的分类任务。将基于BERT的模型作为基准，我们将它们的功效与这些基于变压器的模型进行了比较。此外，我们通过分析这些文本分类任务中语言置信分数的校准来评估模式的自我评估能力。我们的发现表明，尽管基于BERT的模型通常均优于LLM和SLM，但大型生成模型的性能仍然值得注意。此外，我们的校准分析表明，尽管Gemma在初始任务中得到了很好的校准，但此后会产生不一致的结果。骆驼经过合理的校准，GPT始终表现出强大的校准。通过这项研究，我们旨在为持续的讨论生成LMS在解决地球上一些最紧迫的问题方面的实用性和有效性的讨论中做出贡献，并在生态学和CC的背景下强调了它们的优势和局限性。
复发性梭状芽胞杆菌艰难梭菌感染和粪便菌群移植的结果：一种基于人群的评估
研究人群佐治亚州新兴感染计划（EIP）（由疾病控制与预防中心资助）在卫生区8县亚特兰大地区（2019年人口420万）中，在8县亚特兰大地区进行基于人群的CDI监视。佐治亚州EIP监视活动得到了埃默里大学机构审查委员会（IRB）的批准，并放弃了同意和HIPAA授权。数据收集得到了Emory University IRB，Atlanta VA研发办公室和Grady Memorial Hospital研究监督委员会的批准，并由佐治亚州公共卫生部IRB审查。这项研究评估了2016年1月1日至2019年12月31日之间的卫生区3的成年居民。此结束日期是由于2019年冠状病毒病（COVID-19）大流行期间对FMT的使用而选择的。
固氮螺菌属细菌的基因组分析
提交给北弗鲁米嫩塞州达西里贝罗大学生物科学与生物技术中心的论文，是获得植物生物技术硕士学位的要求的一部分。导师：Thiago Motta Venancio 博士 联合导师：Francisnei Pedrosa da Silva Campos dos Goytacazes 博士
艰难梭菌中的 IB 型 Cas 系统
摘要 CRISPR-Cas 系统为原核宿主提供了针对移动遗传元件的适应性免疫。许多噬菌体编码抑制宿主防御的抗 CRISPR (Acr) 蛋白。由于 Acr 蛋白体积小、序列多样性高，因此其鉴定具有挑战性，迄今为止仅对有限数量的 Acr 蛋白进行了表征。在本研究中，我们报告了一种由 φCD38-2 艰难梭菌噬菌体编码的新型 Acr 蛋白 AcrIB2，它能有效抑制宿主 IB 型 CRISPR-Cas 系统的干扰，并可能充当 DNA 模拟物。大多数艰难梭菌菌株含有两个 cas 操纵子，一个编码全套干扰和适应蛋白，另一个仅编码干扰蛋白。出乎意料的是，我们证明只有部分操纵子是干扰所必需的，并且会受到 AcrIB2 的抑制。
CAS型IB系统艰难梭菌-RUA
摘要CRISPR-CAS系统为原核宿主提供了针对移动遗传元件的适应性免疫力。许多噬菌体编码抑制宿主防御的抗危机（ACR）蛋白。ACR蛋白的识别由于其尺寸小和高序列多样性而具有挑战性，并且迄今为止仅表征有限的数字。在这项研究中，我们报告了一种新型ACR蛋白Acrib2的发现，该蛋白是由φCD38-2梭状芽胞杆菌艰难梭菌噬菌体编码的，可有效抑制宿主的I型I型CRISPR-CAS系统的干扰，并可能充当DNA模拟物。大多数艰难梭菌菌株包含两个CAS操纵子，一个编码一套全套干扰和适应蛋白，另一种仅编码干扰蛋白。出乎意料的是，我们证明了只有部分操纵子才能进行干扰，并且会受到Acrib2的抑制作用。
粪便菌群产物用于梭状芽胞杆菌艰难梭菌感染 - 临床确定和适应症 - 美国退伍军人事务部
rebyota是一种基于微生物组的治疗方法，用于防止复发性艰难梭菌感染。它是最后一次剂量抗生素后24-72小时给药。rebyota是一种单剂量治疗。在管理之前，应要求患者在可能的情况下清空膀胱和肠子。应将患者放置在左侧的位置，左侧的左侧弯曲，手臂舒适地放在左侧。将润滑的给药管轻轻地插入直肠大约五英寸，朝向肚脐略微插入。袋子缓慢抬起，以使Rebyota随着重力逐渐流动。一旦整个袋子交付，捏合夹子就会关闭，并且管子缓慢拔出，使患者处于左侧位置15分钟。完成后，患者可以自由移动而无需使用洗手间。报告的最常见的不良反应是腹痛，腹泻，腹胀，肠胃气胀和恶心。
梭状芽胞杆菌艰难梭菌感染与转录活性微生物群落的差异有关
梭状芽胞杆菌艰难梭菌感染（CDI）每年在美国约30万住院，相关的货币成本为数十亿美元。肠道微生物组营养不良对CDI很重要。据我们所知，元文字组合（MT）仅用于表征肠道微生物组组成和功能，在一项涉及CDI患者的先前研究中。因此，我们利用MT研究了CDI+（n = 20）和CDI-（n = 19）样品在微生物类群和表达基因方面的活性群落多样性和组成的差异。根据CDI状态，未检测到有关丰富性或偶数的显着（Kruskal-Wallis，p> 0.05）的显着差异。但是，基于CDI状态的聚类对于活性微生物分类群和表达的基因数据集都很重要（Permanova，P≤0.05）。此外，与CDI-样品相比，CDI+中的差异特征分析表明，机会性病原体的肠球菌病原体和Ruminococcus gnavus的表达更大。仅考虑真菌序列时，糖霉菌科在CDI-中表达了更多的基因，而其他31种真菌分类群则被确定为显着（Kruskal-Wallisp≤0.05，log（LDA）≥2）与CDI+相关。我们还检测到基于CDI状态的各种基因和途径（Kruskal-Wallisp≤0.05，log（LDA）≥2）显着差异。值得注意的是，与生物膜形成相关的差异基因通过艰难梭菌表达。这为艰难梭菌对抗生素的抵抗和体内频繁复发提供了另一个可能的贡献。此外，更多的CDI+相关真菌分类群构成了额外的证据，表明该分枝杆菌对CDI发病机理很重要。未来的工作将集中于确定艰难梭菌在感染过程中是否积极产生生物膜，以及任何特定的真菌分类群在CDI中是否特别有影响力。
辉瑞 Pfizer Pflash：聚焦艰难梭菌 (C. diff...
我们在本次演讲中的讨论将包括前瞻性陈述，这些陈述受重大风险和不确定性的影响，可能导致实际结果与此类陈述明示或暗示的结果大不相同。我们包括有关辉瑞艰难梭菌 (C. difficile) 候选疫苗（包括其潜在益处等）的前瞻性陈述，这些陈述涉及重大风险和不确定性，可能导致实际结果与此类陈述明示或暗示的结果大不相同。风险和不确定性包括但不限于研究和开发固有的不确定性，包括达到预期的临床终点的能力、临床试验的开始和/或完成日期、监管提交日期、监管批准日期和/或发布日期，以及出现不利的新临床数据和对现有临床数据的进一步分析的可能性；辉瑞是否以及何时会进行艰难梭菌疫苗的潜在开发，以及此类开发是否以及何时会成功；临床试验数据可能受到监管机构不同解释和评估的风险；监管机构是否会对我们临床研究的设计和结果感到满意；是否以及何时可以为艰难梭菌候选疫苗提交任何生物制品许可申请；此类申请是否以及何时能获得监管机构的批准，这将取决于多种因素，包括确定产品的益处是否大于已知风险、确定产品的有效性，以及如果获得批准，艰难梭菌候选疫苗是否能取得商业成功；监管机构作出影响标签、制造工艺、安全性和/或其他可能影响艰难梭菌候选疫苗可用性或商业潜力的事项的决定；能否从疫苗技术委员会和其他公共卫生当局获得有关艰难梭菌候选疫苗的建议存在不确定性，以及任何此类申请对商业影响的不确定性
辉瑞 Pfizer Pflash：聚焦艰难梭菌 (C. diff...
在辉瑞工作期间，我帮助领导了多个项目的战略和执行，最终获得了众多疫苗和治疗方法的许可，其中包括13价肺炎球菌结合疫苗PREVNAR 13；美国首个获得许可的针对B血清群引起的侵袭性脑膜炎球菌病的疫苗TRUMENBA；首个获得许可的基于mRNA的疫苗COMIRNATY的菌株变化和下一代研发；一流的抗病毒药物PAXLOVID；以及有史以来最复杂的成人和儿童疫苗PREVNAR 20；以及首个二价预融合F呼吸道合胞病毒疫苗ABRYSVO，用于老年人和孕妇保护新生儿免受呼吸道合胞病毒疾病的侵害。