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HSP90AB1 预后和免疫效应的泛癌分析：生存和免疫治疗的潜在靶点
越来越多的证据揭示了热休克蛋白90kDAαB类成员1（HSP90AB1）在癌症发生、发展和进展中的重要作用，但尚未对HSP90AB1进行泛癌症分析。本研究利用生物信息学技术全面研究了HSP90AB1的表达谱和预后意义，以及HSP90AB1与临床病理参数和免疫细胞浸润的关系。HSP90AB1在多种常见癌症中显著上调，并与预后相关。Cox回归分析显示，HSP90AB1在膀胱非本质癌、胆管癌、肺腺癌中高表达，与总生存期（OS）、疾病特异性生存期（DSS）、无进展间期（PFI）相关。在大多数癌症中，HSP90AB1 DNA 甲基化降低，并与 HSP90AB1 表达呈负相关。一些癌症中 HSP90AB1 磷酸化增加。HSP90AB1 与浸润细胞和免疫检查点基因水平密切相关。我们的泛癌症分析为 HSP90AB1 在不同癌症中的肿瘤发生和转移中的作用提供了多方面的理解。
多功能APE1 DNA修复 - Redox信号蛋白作为人类疾病的药物靶标
转移性乳腺癌（MBC）管理的重大进展已根据疾病生物学指导了更个性化的治疗，并改善了患者的生存结果和生活质量。在这篇综述中，我们讨论了医学肿瘤学中具有里程碑意义的临床试验，这些临床试验塑造了当前的MBC护理标准。内分泌疗法与细胞周期蛋白依赖性激酶4/6抑制剂的组合已导致总体生存率的实质性改善，因此成为HR阳性MBC患者的标准一线治疗。抑制PI3K和MTOR途径是克服对内分泌疗法的耐药性的另一种有前途的策略。 针对HER2靶向的疗法也随着在曲妥珠单抗中添加pertuzumab加上紫杉烷，在患有HER2阳性MBC患者的患者中表现出显着的总体生存优势。 在第二或更高版本的疗法中，新型的抗HER2抗体 - 药物结合物和TKI具有持久的抗肿瘤活性，生存益处，并鼓励脑转移患者的亚组疗效。 由于缺乏可吸毒的靶标，三重阴性乳腺癌仍然是最具挑战性的亚型。 针对肿瘤浸润的免疫细胞和聚（ADP-核糖）聚合酶抑制剂的PDL-1表达患者的免疫疗法是该人群中最新批准的靶向策略。 在治疗MBC中仍然存在许多障碍，尤其是对于疾病对可用药物有抵抗力的患者。抑制PI3K和MTOR途径是克服对内分泌疗法的耐药性的另一种有前途的策略。针对HER2靶向的疗法也随着在曲妥珠单抗中添加pertuzumab加上紫杉烷，在患有HER2阳性MBC患者的患者中表现出显着的总体生存优势。在第二或更高版本的疗法中，新型的抗HER2抗体 - 药物结合物和TKI具有持久的抗肿瘤活性，生存益处，并鼓励脑转移患者的亚组疗效。三重阴性乳腺癌仍然是最具挑战性的亚型。针对肿瘤浸润的免疫细胞和聚（ADP-核糖）聚合酶抑制剂的PDL-1表达患者的免疫疗法是该人群中最新批准的靶向策略。在治疗MBC中仍然存在许多障碍，尤其是对于疾病对可用药物有抵抗力的患者。未来的研究热切期待以解决疗法的最佳顺序或组合，并确定更好的生物标志物来指导精确医学。
补充图1：PrePRM1平均表达...
补充图1：PrePRM1在媒介物和阿片类药物暴露组的各个细胞簇中的平均表达比例（a）和水平（b）。数据表明，头颈癌患者的阿片类药物使用量导致OPRM1在肿瘤浸润的白细胞中的表达较低，包括耗尽的CD8+T细胞（被识别为LAG3+CTLA4+）。（c）在对未开具阿片类药物的头颈癌患者的单细胞RNA测序的硅分析中，发现肿瘤内OPRM1阳性CD8+ T细胞在比较CD8+ TECRM1-NENG8+ TET8+ TET8+ TET8中，强烈表达了几种免疫检查点受体（PDCD1，TIGIT，TIGIT，LAG3，CTLA4）。（d）在对阿片类药物暴露的头颈肿瘤的单细胞RNA测序的硅分析中，表明表达的表达CD8+ T细胞过表达与OPRM1阴性CD8+ T细胞相比，过表达某些免疫检查点受体。使用星号表示统计显着性：p <0.05（*），p <0.01（**），p <0.001（***）和p <0.0001（****）。
教程：使用RIMA
RNA序列（RNA-SEQ）已成为肿瘤分子分析和免疫表征的越来越成本效益的技术。在过去十年中，已经开发出许多计算工具来表征来自基因表达数据的肿瘤免疫。然而，大规模RNA-seq数据的分析需要生物信息学水平，大量计算资源以及癌症基因组学和免疫学知识。在本教程中，我们提供了用于肿瘤免疫表征的大量RNA-SEQ数据的计算分析，并引入了与癌症免疫学和免疫疗法有关的常用计算工具。这些工具具有多种功能，例如评估表达特征，免疫浸润的估计，免疫曲目的推断，预测免疫疗法反应，新抗原检测和微生物组定量。我们描述了RNA-Seq免疫分析（RIMA）管道，将其中许多工具整合到简化RNA-Seq分析。我们还采用了带有文本和视频演示的GitBook的形式制定了全面且用户友好的指南，以帮助用户使用RIMA分析单个样本和队列级别的批量RNA-Seq数据，以通过RIMA使用RIMA进行免疫表征。
医疗政策 - 基因检测 - 恶性神经胶质瘤中MGMT启动子甲基化的分析
在恶性神经胶质瘤中，MGMT（O 6-甲基鸟嘌呤甲基转移酶）基因启动子甲基化的描述/背景测试已被提议作为预测哪些恶性神经胶质瘤患者可能受益于使用烷基化剂化学疗法的方法，例如替莫唑胺（TMZ）。恶性神经胶质瘤通常接受联合治疗，包括切除，化学疗法和放射线。然而，在老年人群中，联合治疗可能太密集了，其中最常见的是这些肿瘤。对这些肿瘤的遗传多样性有了更好的了解，导致努力将分子发现纳入临床实践中，以为包括单药治疗在内的个别患者提供个性化治疗。恶性神经胶质瘤恶性神经胶质瘤是成人最常见的原发性脑癌，在美国，每年约有13,000例新病例。使用世界卫生组织（WHO）组织学标准的脑肿瘤分级对应于恶性（侵略性）的程度，范围从WHO I级（最不侵略性）到IV级（最具侵略性）。 对于恶性神经胶质瘤，间变性星形细胞瘤被认为是III级和胶质母细胞瘤多形（GBM）IV级。 ，GBM是最常见和研究最多的亚型。 1尽管有治疗的进展，但GBM的预后仍然很差，只有三分之一的患者存活了一年，不到5％的患者超过5年。 在2016年，他修订了其中枢神经系统肿瘤（CNS）的分类，以便根据遗传驱动器突变对弥漫性浸润的神经胶质瘤进行分组。使用世界卫生组织（WHO）组织学标准的脑肿瘤分级对应于恶性（侵略性）的程度，范围从WHO I级（最不侵略性）到IV级（最具侵略性）。对于恶性神经胶质瘤，间变性星形细胞瘤被认为是III级和胶质母细胞瘤多形（GBM）IV级。，GBM是最常见和研究最多的亚型。1尽管有治疗的进展，但GBM的预后仍然很差，只有三分之一的患者存活了一年，不到5％的患者超过5年。在2016年，他修订了其中枢神经系统肿瘤（CNS）的分类，以便根据遗传驱动器突变对弥漫性浸润的神经胶质瘤进行分组。2弥漫性神经胶质瘤包括前WHO II和III级星形胶质细胞肿瘤，II级和III少突胶质瘤，IV级胶质母细胞瘤和儿童弥漫性神经胶质瘤。具有胶质母细胞瘤组织学的肿瘤是根据IDH变体的存在分组的。
实时，基于图像，目标射击评分系统
认知下降是衰老期间常见的病理结局，其分子和细胞基础不明确。近年来，炎症的概念被定义为随着年龄的增长而增加的低度炎症。浸润的T细胞随着年龄的增长而积聚在大脑中，并可能有助于扩增炎症性级联反应，并破坏随着年龄的增长而观察到的神经源性小裂。最近，已经在大脑中鉴定出了一小部分调节性T细胞的居民人群，并且已经证明了IL 2介导的该人群的扩张能力对抗Neuroinflam-性疾病。在这里，我们测试了一个脑特异性IL 2输送系统，以预防衰老小鼠的神经系统衰减。我们确定脑胶质隔室中衰老的分子标志，并通过IL 2处理确定该特征的部分修复。在行为层面上，脑il 2的递送阻止了年龄诱导的空间学习缺陷，而不会改善运动技能或唤醒的总体下降。这些结果确定免疫调节是保留健康衰老认知功能的潜在途径。
lkcmli_protocol.pdf
必须存在常规细胞遗传学，鱼类或聚合酶链反应。慢性阶段：新诊断的，以前未经治疗的CML，包括可能是干细胞移植的候选者，而有关移植的决定正在待处理。患者目前接受干扰素（或任何其他疗法，包括羟基脲，低剂量细胞押滨等。），他们对药物的完全细胞遗传学缓解或对药物的不耐受（NCI 3级对干扰素不耐受超过2周）。患有血液学抗药性的患者（小于完整的血液学反应）或难治性（在干扰素上的WBC升高）经历过同种异体干细胞移植后经历细胞遗传学或血液学复发的患者，供体白血细胞浸润的供体性白血细胞不适，是不适当的，不适当的，或无效的。按照通常的临床标准定义的加速或爆炸阶段，而在包括羟基脲，干扰素或干细胞移植后的任何治疗中。pH+急性白血病，无论是否假定是从（未识别的）CML演变而来的。可以与Busulfan，地塞米松，羟基脲，干扰素，Melphalan或泼尼松结合使用
肝内胆管癌患者的分子肖像，他们在化学疗法上以快速的进步者或长期生存者的身份分歧
抽象的客观细胞毒性剂是治疗肝内胆管癌（ICCA）的治疗的基石，尽管有异质益处。我们假设诊断活检的预处理分子谱可以预测患者从化学疗法中受益，并定义先天化学耐药性的分子碱基。设计，我们确定了具有可比基线特征的晚期ICCA患者的队列，这些患者在化学疗法方面具有极端异常值（RP Progressors，RP中的生存<6 m；长期存活者中的生存> 23 m，LS）。诊断活检的特征是数字病理学，然后经过散装和地理空间占地组织区域的全转录组分析。使用靶向数字空间分析（GEOMX）进行肿瘤浸润的髓样细胞的空间转录组学。 在切除的癌症中评估了转录组特征。 签名也使用体外细胞系，体内小鼠模型和单细胞RNA测序数据表征。 结果预处理转录组曲线分化的患者将成为RPS或LSS化学疗法的患者。 从生物学上讲，该签名源自肿瘤乳突动力学的改变，暗示肿瘤诱导的免疫耐受性，对化学疗法的反应不佳。 RPLS转录组签名与ICCA中的临床结局的关联以及肝外肝外CCA和结直肠癌的肝转移中的临床结局的关联，但在匹配的原发性肠肿瘤中没有。使用靶向数字空间分析（GEOMX）进行肿瘤浸润的髓样细胞的空间转录组学。在切除的癌症中评估了转录组特征。签名也使用体外细胞系，体内小鼠模型和单细胞RNA测序数据表征。结果预处理转录组曲线分化的患者将成为RPS或LSS化学疗法的患者。从生物学上讲，该签名源自肿瘤乳突动力学的改变，暗示肿瘤诱导的免疫耐受性，对化学疗法的反应不佳。RPLS转录组签名与ICCA中的临床结局的关联以及肝外肝外CCA和结直肠癌的肝转移中的临床结局的关联，但在匹配的原发性肠肿瘤中没有。结论RPLS签名可能是ICCA化学疗法结果的新型指标。有必要进一步开发和验证该转录组签名，以在这些情况下制定精确的化学疗法策略。引言肝内胆管癌（ICCA）是由
2021; 12（8）：2440-2449。 doi：10.7150/jca.53697研究论文识别肿瘤突变相关的集线器基因和潜在的机制i
背景：肿瘤突变负担（TMB）已成为癌症耐药性的重要预测因素。但是，黑色素瘤中TMB功能的基本机制仍然难以捉摸。方法：从TCGA队列中提取了472例黑色素瘤患者的体细胞突变，RNA测序（RNA-Seq），miRNA-Seq（miRNA-Seq）和临床特征的数据。从癌细胞系百科全书中获得黑色素瘤细胞系的RNA-SEQ数据，细胞系对治疗剂的敏感性在癌症治疗剂反应门户中可用。TMB是根据体细胞突变数据计算的。使用差异表达的基因分析，加权基因共表达网络分析，蛋白质 - 蛋白质相互作用网络，最少的公共肿瘤学数据元素和生存分析，以确定与TMB相关的集线器基因。构建了竞争性的内源性RNA（CERNA）网络，以探索集线器基因功能的分子机制。 分析了关键基因对药物敏感性的影响，以研究其临床意义。 结果：TMB水平升高与改善的生存结果显着相关。 此外，在低TMB组中，相对于高-TMB组，在低TMB组中，六个肿瘤浸润的免疫细胞，包括幼稚的B细胞，调节性T细胞，静止的CD4 T细胞，存储B细胞，活化的肥大细胞和静止的NK细胞。 最后，我们观察到与TMB相关的基因与AKT/MTOR途径抑制剂的不同治疗反应有关。构建了竞争性的内源性RNA（CERNA）网络，以探索集线器基因功能的分子机制。分析了关键基因对药物敏感性的影响，以研究其临床意义。结果：TMB水平升高与改善的生存结果显着相关。此外，在低TMB组中，相对于高-TMB组，在低TMB组中，六个肿瘤浸润的免疫细胞，包括幼稚的B细胞，调节性T细胞，静止的CD4 T细胞，存储B细胞，活化的肥大细胞和静止的NK细胞。最后，我们观察到与TMB相关的基因与AKT/MTOR途径抑制剂的不同治疗反应有关。此外，我们将FLNC，NEXN和TNNT3确定为与TMB相关的中心基因，并构建了其CERNA网络，其中包括五个miRNA（Has-MiR-590-3p，Has-MIR-374B-5P MIAT，NR2F2AS1等）。结论：我们确定了三个与TMB相关的关键基因，建立了CERNA网络，并研究了它们对治疗反应的影响，这可以提供对未来精确医学的见解。
焦虑症青年的基于大脑的分类
纳米纤维技术在生物医学领域中的应用引起了人们的兴趣，因为它有可能改变组织工程，伤口愈合和抗菌治疗等领域。本文对纳米纤维技术的最新进展进行了全面的综述，尤其是侧重于静电纺丝和3D打印方法，这些方法可以制造模仿本机细胞外基质的脚手架。这些技术促进了具有较高的表面与体积比率，可调节孔隙率和增强的机械性能的纳米纤维的发展，该特性是为满足特定生物医学需求而定制的。尽管具有有前途的特征，但仍存在诸如孔径优化有效细胞浸润的挑战以及硬组织再生所需的机械鲁棒性。审查还探讨了可持续聚合物从自然资源中的演变，突出了它们创造可生物降解和生物相容性脚手架材料的潜力。未来的方向强调了跨学科合作的必要性，以克服当前的限制和规模从实验室到工业水平的规模。正在进行的研究和开发工作旨在完善纳米纤维在临床应用中实现最佳性能的特性，从而强调了该领域的动态和不断发展的性质。