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World File Search System生物群落
合成微生物群落促进细菌群落，导致沙漠土地上的土壤多功能性
1个国家主要实验室农作物压力抗性和高效率生产，shaanxi农业和环境微生物学的主要实验室，西北A＆F大学生命科学学院，中国西安扬大学712100； Xinweihao1995@163.com（X.H.）; wangxiaoyx@nwafu.edu.cn（X.W.）; 15612250872@163.com（C.C.）; wangcc@nwafu.edu.cn（c.w.）2 Qingyang Longfeng Sponge City City Mandercant and Operation Co.，Qingyang 745000，中国； gyz0916@sina.com（y.g。）; 15688943689@163.com（H.Z.）3中国农业科学院草原研究所，中国霍霍特010013； Xiaozhenliu88@163.com（X.L.）; zhangxiaoqing@caas.cn（X.Z.）4中国地球科学研究所地质过程和矿产资源的国家主要实验室，中国北京100083； wellwoodliu@163.com *通信：xihuishen@nwsuaf.edu.cn
原生物群落作为肥料诱导的富含物种的草地生态系统变化的指标
是一个用于固体有机废物利用的江苏省密钥实验室，中国有机肥料的关键实验室，江苏固体有机废物的合作创新中心，资源储蓄肥料的教育部工程中心，省资源的肥料中心6700 AA，荷兰C学系，真正的JardínBot'anico-csic，马德里，西班牙，草药改善的国家主要实验室和草原农业生态系统，兰州生态学院，兰州兰州大学，兰州，兰州，兰州，甘努省，甘苏省，甘苏省，甘苏省，gepole of caul o ecologe e Ecologe of Ecology of Ecologe of Ecology of Ecologe of Ecology of Ecology of Ecologe of Ecologe of Ecologe of Ecologa宾夕法尼亚州大学公园，宾夕法尼亚大学公园，宾夕法尼亚州16802，植物科学与哈克生命科学研究院，宾夕法尼亚州立大学，宾夕法尼亚州立大学，美国宾夕法尼亚州立大学公园，美国宾夕法尼亚州大学公园，美国生态学和生物多样性小组，宾夕法尼亚州立大学公园，宾夕法尼亚州立大学，宾夕法尼亚州立大学，宾夕法尼亚州生命科学研究所，宾夕法尼亚州16802 3584 CH，荷兰
bn-bacarena：Bacarena的贝叶斯网络扩展，用于微生物群落的动态模拟
1 ，纳瓦拉大学，圣塞巴斯蒂大学工程学院，圣塞巴斯蒂，AN，20018年，西班牙2，2生物医学工程中心，大学校园，大学纳瓦拉纳瓦拉，纳瓦拉31009，西班牙31009，西班牙31西班牙3号研究所，数据科学与人工智能学会（DATARARRA），纳瓦尔（Dataii Intifellient of Navarra）马德里28660号政治上的政治ecnica de Madrid大学，西班牙5地区和卫生局，卡洛斯三世卫生研究所，马德里28029，西班牙7，西班牙7营养学系，研究中心，研究中心，研究中心，研究中心，埃迪卡，布拉纳达大学的营养与技术研究所，布拉纳达研究所，研究所。 div>格拉纳达，格拉纳达大学，格拉纳达大学，18012年，西班牙对应。 div>纳瓦拉大学工程学院生物医学工程与科学系，纳瓦拉大学，曼努埃尔·德拉迪扎巴尔13号，圣塞巴斯蒂，AN，20018年，西班牙。 div>电子邮件：fplanes@technun.es（F.J.P。） div>电子邮件：fplanes@technun.es（F.J.P。） div>
对表面沉积物中微生物群落的宏基因组学和培养基分析，以及原始河中抗生素抗性基因的流行：
摘要：居住在河流地区沉积环境中的微生物群落是原始河流生态系统的关键指标。虽然已经建立了抗生素抗性与致病性与核心肠道细菌之间的相关性，但存在着一个很大的知识差距，即抗生素抗性基因（ARGS）与人类病原细菌（HPB）与河流中的特定微生物的相互作用，通常引用了“ terrestrial terestrial gut”。在自然栖息地内，了解微生物组成，包括细菌和居民遗传因素，例如ARGS，HPB，移动遗传因素（MGE）和毒力因子（VFS）（VFS），在全球变化的背景下是必须的。为了解决这一差距，在本研究中进行了一种基于富集的培养基互补培养物和宏基因组学，以表征微生物生物库，并提供初步的生态见解，以介绍兰坎河源流域中ARG的传播。根据我们的发现，在兰开河源盆地的主流中，有674种细菌菌株在厌氧条件下包括540个菌株，在有氧条件下有124个菌株，已成功地分离出来。其中，有98种被确定为已知物种，而4种是潜在的新物种。在这98种中，有30种与人类健康有关的HPB。此外，Baca和Bacitracin分别作为该河中最丰富的ARG和抗生素出现。此外，对ARGS的风险评估主要表明危害人类健康的风险等级（等级IV）。总而言之，基于富集的培养基学被证明可有效分离稀有和未知细菌，尤其是在厌氧条件下。ARG的出现显示与MGE的相关性有限，表明对兰开河源源盆地主流内人类健康的威胁很小。
肠道猴子中的微生物群落（纳萨利斯幼虫）：对地理和社会因素影响的影响
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证未通过同行评审获得证明）是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是此预印本的版权持有人（该版本发布于2024年4月25日。; https：//doi.org/10.1101/2023.03.14.532648 doi：biorxiv Preprint
肿瘤内微生物群落的特征反映了肺腺癌的发展
一些研究表明，某些mRNA分子与LUAD患者的进展有关（Chen等，2019）。Dong等。 （2021）发现，在肺癌患者中ZLC5被上调，其高表达预测了较短的总生存期（P = 0.007），并且作为肺癌的独立预后标记，HR = 2.892； 95％（Yang等，2021）CI：1.297–6.449; p = 0.009;张等。 （2019）发现，九个mRNA基因（HMMR，B4GALT1，SLC16A3，ANGPTL4，EXT1，GPC1，RBCK1，SOD1和AGRN）与肺癌患者的总生存率有关。 通过多元COX回归分析，九个基因特征的预后能力高于临床信息。 Xin等。 （2019）发现，肺癌患者中COX-2，CPLA2，COX-1，MPGES，PGE2和PGI2的mRNA水平明显高于健康人的MRNA，尤其是在MPGES和PGI2高表达的患者中。 5年生存率低于低表达MPGE和PGI2的患者，并且对于肺癌的预后具有统计学意义。 尽管一些研究已经确定了一些用于预测肺癌的分子标记，但由于单个OMICS缺乏信息，仍然很难实现高精度预测（Shi等，2022）。 同时，对患者组织微生物组状态的相关研究和预测评估仍然存在。Dong等。（2021）发现，在肺癌患者中ZLC5被上调，其高表达预测了较短的总生存期（P = 0.007），并且作为肺癌的独立预后标记，HR = 2.892； 95％（Yang等，2021）CI：1.297–6.449; p = 0.009;张等。（2019）发现，九个mRNA基因（HMMR，B4GALT1，SLC16A3，ANGPTL4，EXT1，GPC1，RBCK1，SOD1和AGRN）与肺癌患者的总生存率有关。通过多元COX回归分析，九个基因特征的预后能力高于临床信息。 Xin等。（2019）发现，肺癌患者中COX-2，CPLA2，COX-1，MPGES，PGE2和PGI2的mRNA水平明显高于健康人的MRNA，尤其是在MPGES和PGI2高表达的患者中。5年生存率低于低表达MPGE和PGI2的患者，并且对于肺癌的预后具有统计学意义。尽管一些研究已经确定了一些用于预测肺癌的分子标记，但由于单个OMICS缺乏信息，仍然很难实现高精度预测（Shi等，2022）。同时，对患者组织微生物组状态的相关研究和预测评估仍然存在。
健康人群的上呼吸道微生物群落由利基和年龄
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证未通过同行评审获得证明）是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是此预印本的版权持有人（该版本发布于2024年4月14日。; https：//doi.org/10.1101/2024.04.14.14.589416 doi：Biorxiv Preprint
土壤微生物群落的多样性和组成在中国东北部的三种土地使用类型
1 Heilongjiang省级寒冷地区生态恢复和资源利用的关键实验室，微生物学的主要实验室，工程研究中心农业微生物学技术中心，教育部，生命科学学院，海伦吉安根省海伦吉安根省，海伦吉安根大学，Harbin Harbin 15008080，中国Harbin 15008080； wangshenzheng2000@163.com（S.W.）; WMY022234@163.com（M.W。）; agaoxin0218@163.com（X.G.）; puwenmiao@163.com（p.m.）; tianronghaise@hlju.edu.cn（X.W.）2 Harbin 150088，Harbin 150088，Heilongjiang省自然资源权利和利益调查与监测研究所； kjydas2023@126.com 3自然与生态研究所，海伦吉安科学院，中国哈尔滨150001； liuyingn234@163.com（y.l。 ）; zhangrongtao14@163.com（R.Z.） 4瑞士联邦森林，雪和景观研究WSL，8903 Birmensdorf，瑞士伯曼多夫5号的5关键实验室，在长贝山区，教育部，地理科学院，东北师范大学，北部师范大学，乔纳130024，Chind Chinder Schoolive of Condres of Science of Condrication of Condrication of School of Scient xinsui_cool@126.com（X.S. ）; maihe.li@wsl.ch（M.-H.L.）2 Harbin 150088，Harbin 150088，Heilongjiang省自然资源权利和利益调查与监测研究所； kjydas2023@126.com 3自然与生态研究所，海伦吉安科学院，中国哈尔滨150001； liuyingn234@163.com（y.l。）; zhangrongtao14@163.com（R.Z.）4瑞士联邦森林，雪和景观研究WSL，8903 Birmensdorf，瑞士伯曼多夫5号的5关键实验室，在长贝山区，教育部，地理科学院，东北师范大学，北部师范大学，乔纳130024，Chind Chinder Schoolive of Condres of Science of Condrication of Condrication of School of Scient xinsui_cool@126.com（X.S.）; maihe.li@wsl.ch（M.-H.L.）
梭状芽胞杆菌艰难梭菌感染与转录活性微生物群落的差异有关
梭状芽胞杆菌艰难梭菌感染（CDI）每年在美国约30万住院，相关的货币成本为数十亿美元。肠道微生物组营养不良对CDI很重要。据我们所知，元文字组合（MT）仅用于表征肠道微生物组组成和功能，在一项涉及CDI患者的先前研究中。因此，我们利用MT研究了CDI+（n = 20）和CDI-（n = 19）样品在微生物类群和表达基因方面的活性群落多样性和组成的差异。根据CDI状态，未检测到有关丰富性或偶数的显着（Kruskal-Wallis，p> 0.05）的显着差异。但是，基于CDI状态的聚类对于活性微生物分类群和表达的基因数据集都很重要（Permanova，P≤0.05）。此外，与CDI-样品相比，CDI+中的差异特征分析表明，机会性病原体的肠球菌病原体和Ruminococcus gnavus的表达更大。仅考虑真菌序列时，糖霉菌科在CDI-中表达了更多的基因，而其他31种真菌分类群则被确定为显着（Kruskal-Wallisp≤0.05，log（LDA）≥2）与CDI+相关。我们还检测到基于CDI状态的各种基因和途径（Kruskal-Wallisp≤0.05，log（LDA）≥2）显着差异。值得注意的是，与生物膜形成相关的差异基因通过艰难梭菌表达。这为艰难梭菌对抗生素的抵抗和体内频繁复发提供了另一个可能的贡献。此外，更多的CDI+相关真菌分类群构成了额外的证据，表明该分枝杆菌对CDI发病机理很重要。未来的工作将集中于确定艰难梭菌在感染过程中是否积极产生生物膜，以及任何特定的真菌分类群在CDI中是否特别有影响力。
微塑料改变土壤碳循环：对碳存储，CO 2和CH 4发射和微生物群落的影响
微塑料（MP）是富含碳的聚合物，在环境中无处不在。随着塑料产生的增加，微塑性污染可能会加剧，并导致微生物群落和生物地球化学过程（例如碳循环）发生重大变化，最终影响陆地生态系统中的温室气体排放和碳储存。然而，目前对MPS对土壤碳循环作用的影响仍然有限，并且缺乏对以前研究获得的分散信息的系统评价。因此，本综述提供了有关国会议员对土壤碳循环影响的当前知识的系统概述，并提供了未来的研究建议。新兴的证据表明，MP可以通过修饰土壤物理化学和微生物学特性来影响土壤碳稳定性以及CO 2和CH 4的排放；尽管可生物降解的MP通常比不可降解的MP具有更大的作用，但特定效应高度依赖于塑料类型，大小和浓度。MPS对土壤碳周期的影响的具体机制仍然难以捉摸，这主要从微生物变化的角度进行了讨论，包括微生物生物量，微生物群落群落以及与碳代谢相关的关键酶和功能基因。需要进一步的研究以阐明MPS是否对土壤碳分解以及所涉及的生物和非生物机制具有正启动作用。本评论论文帮助研究人员更清楚地了解了MPS如何以及如何影响土壤生态系统中的碳循环。