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World File Search System甲基化
引文 Zhou Q, Xie Q, Liu Q, Wang H, Zhang Z, Yu Z, Guo Q and Lin J (2024) DNA甲基化抑制剂不良反应特征分析：一个
骨髓增生异常综合征 (MDS) 是一组异质性慢性血液系统恶性肿瘤，其特征是骨髓造血功能受损和造血功能低下，以及进展为急性髓系白血病 (AML) 的可变风险。MDS 是由复杂的基因突变组合驱动的，导致临床表型和结果的异质性。遗传学研究已经能够识别出一组具有复发性突变的基因，这些基因是 MDS 发病机制的核心（Chiereghin 等人，2021 年）。DNA 甲基化对于印记、X 失活和多能或组织特异性基因的沉默至关重要，从而调节胚胎发育。它也是维持分化细胞中染色体稳定性和通过抑制转座子和重复元件的插入来防止突变所必需的。因此，这些表观遗传标记的无法维持和异常的DNA甲基化模式的建立与某些蛋白质的低表达或过表达有关，最终导致各种病理（Gros et al.，2012）。因此，DNA甲基化抑制剂可以有效治疗MDS。目前临床上应用最广泛的甲基化抑制剂是阿扎胞苷（AZA）和地西他滨（DAC）（Sekeres and Taylor，2022）。研究表明，阿扎胞苷和地西他滨在MDS等慢性血液系统恶性肿瘤的治疗中起着非常重要的作用。关于其作用机制，学术界存在多种假说，其中“DNA甲基转移酶活性受到抑制，导致抑癌基因低甲基化和抑癌基因表达上调”的观点被广泛认可。事实上，DNA甲基化抑制剂往往作用于全基因组水平，其整体影响不仅包括引起抑癌基因去甲基化、上调抑癌基因表达，从而发挥治疗作用，还可能包括诱导致癌基因去甲基化，从而导致致癌基因上调，产生致病作用。因此，在MDS的治疗中，DNA甲基化抑制剂治疗的潜在“先天不足”在于，在去甲基化抑癌基因的同时，也上调了致癌基因的表达，不仅能治疗疾病，还带有极高的致病风险（Liu et al.，2022）。根据现有资料，DNA甲基化抑制剂在骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病患者中的疗效也远低于临床预期，部分患者对该类药物无反应，少数患者在DNA甲基化抑制剂治疗失败后平均生存期不足半年，而致癌基因的上调可能是重要原因，这表明去甲基化治疗的适用人群有限，临床需要开展更有针对性的群体治疗。更重要的是，虽然两者都已被批准用于临床治疗，但目前比较两者引起的不良反应的异同点的研究较少。本研究检索到美国食品药品监督管理局（FDA）批准的两种治疗MDS的去甲基化药物：阿扎胞苷和地西他滨。这两种治疗药物表现出相似的疗效特征。截至2020年7月31日，根据使用马尔可夫链蒙特卡洛方法对网络进行荟萃分析
循环肿瘤DNA甲基化：一种有希望的癌症诊断和管理临床工具
摘要：癌症继续对医学界构成重大挑战。早期检测，准确的分子培养和对治疗反应的足够评估是改善癌症患者生活质量和表现的关键因素。积累的证据表明，肿瘤中循环肿瘤DNA（CTDNA）循环到周围血液中可以保留原发性肿瘤的遗传和表观遗传信息。值得注意的是，DNA甲基化是一种必不可少的和稳定的表观遗传改性，均表现出癌症和组织特异性模式。结果，ctDNA甲基化已成为癌症诊所无创测试的有希望的分子标记。在这篇综述中，我们总结了CTDNA甲基化检测的现有技术，描述了CTDNA甲基化的当前研究状态，并介绍了基于CTDNA的测定法在诊所中的潜在应用。本文中提供的见解可以作为ctDNA甲基化的未来研究和临床应用的路线图。
实验性种子去甲基化后的长期甲基化组变化及其与香叶草（Geraniaceae）中反复水分胁迫的相互作用
• 全球亚热带和温带地区干旱期的频率和长度正在增加。表观遗传对水分胁迫的反应可能是植物抵御这些难以预测的挑战的关键。实验性 DNA 去甲基化与应激因子的应用相结合是揭示表观遗传学对植物应激反应贡献的适当策略。• 在温室中，我们分析了用 5-氮杂胞苷对种子进行去甲基化和/或反复受水胁迫后，一年生地中海草本植物 Erodium cicutarium 成年植株叶片胞嘧啶甲基化的变化。我们使用亚硫酸盐 RADseq (BsRADseq) 和新报道的 E. cicutarium 参考基因组，以 2 9 2 因子设计表征甲基化变化，控制植物相关性。 • 从长期来看，仅用 5-氮杂胞苷处理会导致单个胞嘧啶的低甲基化和高甲基化，在 CG 环境中会出现显著的低甲基化。在对照条件下，干旱导致除 CHH 环境中所有环境中的甲基化减少。相反，经历反复水胁迫并用 5-氮杂胞苷处理的植物的基因组使 DNA 甲基化水平增加约 5%。• 种子去甲基化和反复干旱在整体和特定环境中的胞嘧啶甲基化方面产生了高度显著的相互作用。大多数甲基化变化发生在基因区域周围和转座因子内。这些与基因相关的差异甲基化区域的注释包括几个在应激反应中具有潜在作用的基因（例如 PAL、CDKC 和 ABCF），证实了表观遗传在分子水平上应对应激的贡献。
鉴定34,964例病例和448,579例对照中与非小细胞肺癌风险相关的遗传预测的DNA甲基化标记
Xiaoyu Zhao，MS 1,2，Meiqi Yang，MS 1，Jingyi Fan，PhD 1,3,4，Mei Wang，MS 1，Yifan Wang，MS 1，Na Qin，Na Qin，PhD 1,3，Meng Zhu，Meng Zhu，Phd 1,3,5，Yue Jiang，Phd 1,3，Olga，Olga，Olga，Olga，Olga，Olga，Olga，Olga Y. Gorlova，PhD 6,7，Ivan PhD，PhD，PhD 6,7，苏格兰的Demetrius，医学博士，博士，博士，博士8 8，MD 8，MD 8，MD，PHD 9，PD 10，PD 10，PD 10，PD 10，PD 11，PD 11，PD 11，PD 11，PD 11，PD 11医学博士Bojesen，博士13,14，Maria Teresa Landi，医学博士，博士15，Matias Johansson，PhD 16，Angela Risch，PD 17,19，H.- Erich 17,19，H.- Erich 20，H.- Erich 20，PD 20，PD 20，PD 20，PD 22，加德·雷纳特（Gad Rennert） Rayjee J.Hung，博士29，Ansilline S. Andrew，博士30，Lambertus A. Kinkus A. PhD，博士31，A博士31，A。 35，Penella J Woll，博士36，Philip Lazarus，Phd 37，Matthew B. Schate B. Schabath，博士38，Melinda C. Aldrich，博士学位39，博士39，Spael V.Hung，博士29，Ansilline S. Andrew，博士30，Lambertus A. Kinkus A. PhD，博士31，A博士31，A。 35，Penella J Woll，博士36，Philip Lazarus，Phd 37，Matthew B. Schate B. Schabath，博士38，Melinda C. Aldrich，博士学位39，博士39，Spael V.
纳米孔测序用于脑肿瘤DNA甲基化分类......
１）WHO肿瘤分类. 中枢神经系统肿瘤，第五版，第6卷。WHO肿瘤分类编辑委员会。里昂：国际癌症研究机构；2021。２）Capper D, Jones DTW, Sill M, Hovestadt V, Schrimpf D, Sturm D, et al. DNA甲基化为基础的中枢神经系统肿瘤分类。Nature 2018; 555: 469–74。３）Satomi K, Saito K, Shimoyamada H, Onizuka H, Shibayama T et al. The role of nonlinear dimension reduction of gene-wide DNA methylome in integration diagnostic: A case study of glioblastoma, IDH-wildtype. Pathol Int. 2023; 73: 523-6。 ４）Shibayama T, Satomi K, Tanaka R, Yoshida A, Nagahama K, Hayashi A 等. 肺部炎性平滑肌肉瘤是DNA甲基化为基础的肉瘤分类的潜在诊断缺陷：一例病例报告. BMC Pulm Med. 2023; 23: 324.
肿瘤和循环游离 DNA 甲基化可识别临床相关的小细胞肺癌亚型
Simon Heeke 1 , Carl M. Gay 1 , Marcos R. Estecio 2 , Hai Tran 1 , Benjamin B. Morris 1 , Bingnan Zhang 1 , Ximing Tang 3 , Maria Gabriela Raso 3 , Pedro Rocha 4 , Siqi Lai 5,6 , Edurne Arriola 4 , Paul Hofman 7 , Veronique Hofman 7 , Prasad Kopparapu 8 , Christine M. Lovly 8 , Kyle Concannon 1 , Luana Guimaraes De Sousa 1 , Whitney Elisabeth Lewis 1 , Kimie Kondo 2 , Xin Hu 9 , Azusa Tanimoto 1 , Natalie I. Vokes 1 , Monique B. Nilsson 1 , Allison Stewart 1 , Maarten Jansen 10 , Ildikó Horváth 11 , Mina Gaga 12 , Vasileios Panagoulias 13 , Yael Raviv 14 , Danny Frumkin 15 , Adam Wasserstrom 15 , Aharona Shuali 15 , Catherine A Schnabel 16 , 奚元欣 17 , 刁丽霞 17 , 王琪 17 , 张建军 1,9 , Peter Van Loo 5,9,18 , 王静 17 , Ignacio I. Wistuba 3 , Lauren A. Byers 1,8 , John V. Heymach 1,8
在细菌纳米孔测序数据中发现甲基化的DNA基序
抽象细菌DNA甲基化参与了各种细胞功能，从基因表达的调节，DNA修复和限制性化系统来防御病毒和其他异物DNA。甲基分析确定细菌染色体中甲基化的位点，揭示了可能由天然限制酶靶向的基序。因此，对这些基序的识别对于使生物体具有遗传诱因至关重要，其中模仿大肠杆菌中的甲基甲基模式允许保护质粒DNA免受目标生物体的限制，因此可以极大地提高转化效率。 牛津纳米孔技术（ONT）测序可以在测序过程中检测甲基化的碱基，但是需要软件来识别数据中相应的甲基化基序。 在这里，我们开发了Mijamp（Mijamp只是一个甲基床解析器），该软件包是为了从ONT的Modkit的输出或甲基床格式中的其他数据中发现甲基化基序而开发的软件包。 Mijamp采用了人为驱动的改进策略，从经验上验证了针对全基因组甲基化数据的所有基序，从而消除了错误，未解释或过度解释的基序。 Mijamp还可以在特定的，用户定义的主题上报告甲基化数据。 使用Mijamp，我们确定了对照菌株（野生型大肠杆菌）和picosynecococcus sp中的甲基化基序。 菌株PCC7002，为改善该生物体转化的基础奠定了基础。 Mijamp可从https://code.ornl.gov/alexander-public/mijamp/获得。对这些基序的识别对于使生物体具有遗传诱因至关重要，其中模仿大肠杆菌中的甲基甲基模式允许保护质粒DNA免受目标生物体的限制，因此可以极大地提高转化效率。牛津纳米孔技术（ONT）测序可以在测序过程中检测甲基化的碱基，但是需要软件来识别数据中相应的甲基化基序。在这里，我们开发了Mijamp（Mijamp只是一个甲基床解析器），该软件包是为了从ONT的Modkit的输出或甲基床格式中的其他数据中发现甲基化基序而开发的软件包。Mijamp采用了人为驱动的改进策略，从经验上验证了针对全基因组甲基化数据的所有基序，从而消除了错误，未解释或过度解释的基序。Mijamp还可以在特定的，用户定义的主题上报告甲基化数据。使用Mijamp，我们确定了对照菌株（野生型大肠杆菌）和picosynecococcus sp中的甲基化基序。菌株PCC7002，为改善该生物体转化的基础奠定了基础。Mijamp可从https://code.ornl.gov/alexander-public/mijamp/获得。
在细菌纳米孔测序数据中发现甲基化的DNA基序
抽象细菌DNA甲基化参与了各种细胞功能，从基因表达的调节，DNA修复和限制性化系统来防御病毒和其他异物DNA。甲基分析确定细菌染色体中甲基化的位点，揭示了可能由天然限制酶靶向的基序。因此，对这些基序的识别对于使生物体具有遗传诱因至关重要，其中模仿大肠杆菌中的甲基甲基模式允许保护质粒DNA免受目标生物体的限制，因此可以极大地提高转化效率。 牛津纳米孔技术（ONT）测序可以在测序过程中检测甲基化的碱基，但是需要软件来识别数据中相应的甲基化基序。 在这里，我们开发了Mijamp（Mijamp只是一个甲基床解析器），该软件包是为了从ONT的Modkit的输出或甲基床格式中的其他数据中发现甲基化基序而开发的软件包。 Mijamp采用了人为驱动的改进策略，从经验上验证了针对全基因组甲基化数据的所有基序，从而消除了错误，未解释或过度解释的基序。 Mijamp还可以在特定的，用户定义的主题上报告甲基化数据。 使用Mijamp，我们确定了对照菌株（野生型大肠杆菌）和picosynecococcus sp中的甲基化基序。 菌株PCC7002，为改善该生物体转化的基础奠定了基础。 Mijamp可从https://code.ornl.gov/5g6/mijamp/获得。对这些基序的识别对于使生物体具有遗传诱因至关重要，其中模仿大肠杆菌中的甲基甲基模式允许保护质粒DNA免受目标生物体的限制，因此可以极大地提高转化效率。牛津纳米孔技术（ONT）测序可以在测序过程中检测甲基化的碱基，但是需要软件来识别数据中相应的甲基化基序。在这里，我们开发了Mijamp（Mijamp只是一个甲基床解析器），该软件包是为了从ONT的Modkit的输出或甲基床格式中的其他数据中发现甲基化基序而开发的软件包。Mijamp采用了人为驱动的改进策略，从经验上验证了针对全基因组甲基化数据的所有基序，从而消除了错误，未解释或过度解释的基序。Mijamp还可以在特定的，用户定义的主题上报告甲基化数据。使用Mijamp，我们确定了对照菌株（野生型大肠杆菌）和picosynecococcus sp中的甲基化基序。菌株PCC7002，为改善该生物体转化的基础奠定了基础。Mijamp可从https://code.ornl.gov/5g6/mijamp/获得。
DNA甲基化模式维持阿片类药物的母亲
美沙酮维持治疗阿片类药物依赖性母亲是护理标准。与未经治疗的阿片类药物依赖性母亲相比，美沙酮维持阿片类药物（MMOD）母亲的婴儿的结局更好。但是，与非暴露婴儿相比，MMOD母亲的婴儿与较差的结果有关。我们进行了一项试验研究，使用16个学期和近期婴儿的脐带血样本检查了基因组宽的差异DNA甲基化，MMOD和阿片类幼稚的母亲，不包括患有绒毛膜炎的婴儿。在差异> + 2，<−2和p值<0.05的差异下鉴定了152个差异甲基化的基因座。观察到了90个高甲基化基因座（59个注释基因）和62个次甲基化基因座（38个注释基因）。超甲基化和降甲基化的DNA变化涉及多种基因，途径和网络，这些基因，途径和网络可能解释了MMOD母亲婴儿中某些变化。顶级高甲基化和降压基因涉及细胞生长，神经发育，视力和异种生物代谢功能的领域。我们的数据可能解释了关键途径和基因与怀孕中美沙酮暴露中发现的新生儿结局相关的作用。对已识别途径和基因的功能研究可能会改善对机制的理解，并确定干预的领域。
NHANES 1999-2000和2001-2002 DNA甲基化阵列和表观遗传学生物标志物数据文档NHANES 1999-2000和2001-2002 DNA甲基化阵列和表观遗传学生物标志物数据文档
DNA，并将标本存储在-80°C下。DNAM分析是在杜克大学Yongmei Liu博士的实验室进行的。Bisulfite的转化。500ng的DNA。数据是在Illumina Infinium甲基化甲基甲基甲虫v1.0上产生的（CAT＃WG317-1001，Illumina，Illumina，San Diego，CA，美国）。使用制造商方案将总共4 µL的硫酸硫酸硫酸含量转换为DNA与Illumina Beadchip杂交。样品被变性并放大过夜20-24小时。样品的碎片，沉淀和重悬于过夜孵化之后，然后与史诗般的珠奇普杂交16-24小时。然后洗涤珠奇普，以去除任何未脑的DNA，并用核苷酸标记以将引物扩展到DNA。按照Infinium HD甲基化协议，使用Illumina Iscan系统（Illumina，Illumina，San Diego，CA，USA）对珠奇普进行成像。