自组装在自然和材料科学中起着至关重要的作用。[1] 在自然界中,生物分子自组装成细胞器,细胞器进一步组织成细胞和多细胞生物体。同样,自组装也用于材料合成,将小的独立单元组织成越来越复杂的结构和材料。[2–4] 一种特别流行的分子单元是聚合物,它已用于制造纳米颗粒、纤维和水凝胶等结构。[5–9] 这些材料虽然在许多领域(特别是在生物医学应用)中都至关重要,但却具有根本的局限性:当前的方法仅报告通过弱非共价相互作用(如疏水、静电或 π-π 堆积相互作用和氢键)进行的聚合物自组装,[1] 这些相互作用都对环境条件(如溶剂极性、温度、离子强度、pH 值和共溶质)极其敏感。此外,
◦ 标题:球形运动平均辐射温度 (SMART) 建筑传感器和 3D 热像仪 ◦ 成果:共同撰写了一份提案,并获得 98,000 美元的奖金,用于我们专利传感器的 1 年研发 普林斯顿大学 E-Ffiliates 基金 2016 年 12 月 ◦ 标题:通过先进液体干燥剂和无孔亲水膜的新型设计集成降低建筑能耗 ◦ 成果:共同撰写了一份提案,并获得 134,000 美元的奖金,用于 1 年研发 Michelle Goudie '93 高级论文奖 2014 年 6 月 ◦ 标题:通过微孔疏水膜在建筑表面进行蒸发冷却 ◦ 成果:因“在环境领域的杰出成就”而获得普林斯顿大学化学与生物工程系颁发的奖项。总体获得“A+”。
脊索痘病毒具有上皮嗜性,通常会引起皮肤病变。感染范围从轻微的局部皮肤病变到严重的全身性疾病,如天花。虽然许多痘病毒感染会自行消退,但严重病例或免疫功能低下者的感染可能需要抗病毒治疗 [1]。西多福韦是一种核苷类似物,获批用于治疗巨细胞病毒性视网膜炎,已显示出对痘病毒有一定疗效。然而,由于肾毒性,其治疗用途有限,这凸显了对新型抗病毒策略的需求。L1 蛋白是痘病毒包膜的保守成分,是抗病毒干预的一个有希望的靶点。其疏水腔在病毒体组装中起着至关重要的作用,可以通过抗体疗法或疫苗开发来靶向 [1]。
自组装在自然和材料科学中起着至关重要的作用。[1] 在自然界中,生物分子自组装成细胞器,细胞器进一步组织成细胞和多细胞生物体。同样,自组装也用于材料合成,将小的独立单元组织成越来越复杂的结构和材料。[2–4] 一种特别流行的分子单元是聚合物,它已用于制造纳米颗粒、纤维和水凝胶等结构。[5–9] 这些材料虽然在许多领域(特别是在生物医学应用)中都至关重要,但却具有根本的局限性:当前的方法仅报告通过弱非共价相互作用(如疏水、静电或 π-π 堆积相互作用和氢键)进行的聚合物自组装,[1] 这些相互作用都对环境条件(如溶剂极性、温度、离子强度、pH 值和共溶质)极其敏感。此外,
复杂的水生生物系统中,自组装和分解的受控相互作用在整个自然界中发生,以获得功能增益。有序结构从单个构建块中出现,以生成功能结构,并可能分解形成另一个结构。1 自然界中的例子是用于细胞信号传导的蛋白质的组装/分解和用于复制的双链 DNA。它们是由两个或多个组件自发组织成有序结构而产生的,这种结构是由于水环境中的范德华力、p-p、疏水和亲水相互作用而发生的。它们通常与系统的热力学能量因水环境中的相互作用而降至最低有关。1,2 人们非常需要这些过程的非天然模拟物,以获得对生物过程的基本见解,其应用范围从诊断到诊断
PER和聚氟化烷基物质,统称PFA是一组有毒的化学物质,由于其化学结构,它们在许多行业中发现了广泛的应用,其中包括疏水氟化合物截面和亲水性羧酸盐剖面。PFA由于氟化合物截面的疏水性而是非常稳定的分子,但是由于羧酸盐截面的亲水性,它们也与极性分子具有高度反应性。环境化学家丽莎·斯坦伯格(Lisa Steinberg)博士解释说,这些PFAS化合物的特征是完全氟化并包含极性头部组的长烷基链。“由于极性头部组,这些化学物质在水中高度流动,因此PFA会迅速从降雨中污染的土壤中浸出,并流过它。pfas然后最终进入饮用水系统,
TRPV1 在结构上被描述为同型四聚体通道。四个亚基中的每一个都含有六个跨膜结构域(S1-S6;图 2)。每个单体链总共由 838 个氨基酸组成,氨基酸残基 433–684 形成跨膜结构域。跨膜区由六个螺旋(S1-S6)组成,这些螺旋形成电压传感器样结构域(S1-S4)和内孔区(S5-S6)。跨膜结构域 5 和 6 由疏水 S4S5 连接环连接,并参与通道孔的形成。离子通道孔由选择性过滤器和孔螺旋形成。来自螺旋 S6 底部的残基充当激活门。不同的 TRPV 亚型具有不同的孔半径,可调节通道选择性。激活配体的结合导致两个门 8 的顺序和变构耦合打开。
n-羧基氢气开环聚合诱导的自组装(NCA ROPISA)为单一步骤产生基于聚(氨基酸)的纳米颗粒的便利途径,至关重要地避免了对聚合后自组装的需求。大多数NCA Ropisa的例子都利用了聚(乙二醇)(PEG)亲水性稳定块,但是这种不可生物降解的油源性聚合物可能会在某些个体中引起免疫反应。因此,高度寻求替代水溶性聚合物。这项工作报告了通过与L-苯基丙氨酸-NCA(L-PHE-NCA)和Alanine-NCA(ALA-NCA)(通过含有的NCA Ropisa)的链链延伸的链链延伸,该纳米颗粒的合成。所得的聚合结构主要由各向异性,棒状纳米颗粒组成,形态学主要受疏水聚(氨基酸)的二级结构的影响,从而实现其形成。
DNA损伤会触发介导修复的细胞信号级联。此信号在癌症中经常失调。介导该信号传导的蛋白质是治疗干预的潜在靶标。泛素特异性蛋白酶1(USP1)就是一个靶标,在临床试验中已经有小分子抑制剂。在这里,我们使用生化测定和冷冻电子显微镜(Cryo-EM)来研究临床USP1抑制剂KSQ-4279(RO7623066),并将其与已建立良好的工具化合物ML323进行比较。我们发现KSQ-4279与ML323的USP1同一隐性位点结合,但以微妙的方式破坏蛋白质结构。抑制剂结合使USP1的热稳定性大大提高,该抑制剂可以通过填充USP1中疏水隧道的抑制剂介导。我们的结果有助于理解分子水平USP1抑制剂的作用机理。
谷氨酸转运蛋白通过调节兴奋性神经发射器水平(涉及多种神经系统和生理疾病)时,通过调节兴奋性神经发射器水平来在神经生理中起关键作用。然而,由于它们在细胞内脑中的定位,包括谷氨酸转运蛋白在内的整合跨膜蛋白仍然难以研究。在这里,我们介绍了通过QTY代码产生的谷氨酸转运蛋白及其水溶性变体的结构生物信息学研究,这是一种基于系统氨基酸取代的蛋白质设计策略。这些包括由X射线晶体学,Cryo-EM确定的2种结构,以及6个由Alphafold2预测的结构及其预测的水溶性数量变体。在谷氨酸转运蛋白的天然结构中,跨膜螺旋含有疏水氨基酸,例如亮氨酸(L),异亮氨酸(I)和苯丙氨酸(F)。为设计水溶性变种,这些疏水性氨基酸被系统地取代了亲水性氨基酸,即谷氨酰胺(Q),苏氨酸(T)和酪氨酸(Y)。数量变体表现出水溶性,其中四个具有相同的等电聚焦点(PI),而其他四个具有非常相似的PI。我们介绍天然谷氨酸转运蛋白及其水溶性数量变体的超塑结构。尽管有明显的蛋白质跨膜序列差异(41.1% - > 53.8%),但与RMSD0.528Å-2.456Å相似,表现出与RMSD0.528Å-2.456Å的显着相似性。此外,我们研究了天然谷氨酸转运蛋白及其QTY变体之间疏水性斑块的差异。经过仔细检查,我们发现了这些转运蛋白中的L-> Q,i-> q,i-> t,i-> t,f-> y和q-> l,t-> i,y-> f的多种自然变化。其中一些自然变异是良性的,其余的是在特定的神经系统疾病中报告的。我们进一步研究了疏水性在谷氨酸转运蛋白中疏水性取代的特征,利用了变体分析和进化分析。我们的结构生物信息学研究不仅提供了疏水螺旋之间差异的见解