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World File Search System病毒因子
Aditi Kanojia1、Shashank Tripathi1
黄病毒属包括几种人类致病病毒，例如登革热、黄热病、寨卡病毒、日本脑炎病毒和西尼罗病毒，它们可以在节肢动物（蚊子）中垂直传播。已经设计了几种旨在摧毁蚊子总体数量的干预措施。但从长远来看，这些措施可能会产生严重的生态影响。这一限制要求制定更好、更安全的策略，这些策略需要对黄病毒-宿主相互作用有基本的了解。我们希望应用全基因组 CRISPR 筛选来解码伊蚊宿主的泛黄病毒因子。
针对SARS-COV-2
频繁发生，有时甚至更危险的是SARS-COV-2的突变表明，需要更强大的策略来生产有效的疫苗 - 一种疫苗包含更广泛的病毒因子，如果基因组的一部分发生了一个或多个突变，则仍然有效。在这项研究中，使用四种重要的病毒蛋白来制造多诊断蛋白疫苗。为此，选择了4种蛋白质的抗原决定因素，并使用含4个含有表位的4个结构域设计了蛋白质结构。检查了其抗原潜力后，设计了三维结构，然后用免疫系统受体对接。最后，使用动态分子（MD）模拟，研究了复合物和相互作用，并测量了它们的相互作用能。研究结果表明，设计的结构具有良好的相对稳定性，并且与其受体相互作用良好，可以用作进一步研究的疫苗候选者。
博士学位
项目概述：PHD项目是由ANR资助的计划的一部分（与Ens-Lyon和Inrae合作），研究了抗病毒免疫的选择性自噬受体（SARS）。我们的团队最近证明，SAR税务1BP1是MHC分子运输，抗原载荷以及最终激活抗病毒CD4+ T反应的强大调节剂。我们方法的独创性是使用干扰SAR的病毒因子，以定义其在抗原加工中的功能并加载到MHC-II分子中的途径和分子机制。为此，申请人将实施与成像和生化方法相结合的免疫肽方法。她/他将利用由我们的ANR合作伙伴产生的SAR接近相互作用的结果。总体而言，论文项目将提供税务1bp1/sar在抗原呈现途径以及基本分子机制上的相互作用的完整图。申请人还将解开病毒用于逃避免疫力的途径。
确定调控 Epstein-Barr 病毒重新激活的关键调控因子
EBV 病毒 (EBV) 感染了全球 90% 以上的人类，并通过在潜伏感染和裂解感染之间切换在宿主体内建立终身感染。EBV 潜伏期可在适当条件下重新激活，导致病毒裂解基因表达并产生感染性子代病毒。EBV 重新激活涉及各种因子和信号通路之间的串扰，随后复杂的病毒-宿主相互作用决定了 EBV 是否继续传播。然而，这些过程背后的详细机制仍不清楚。在这篇综述中，我们总结了调节 EBV 重新激活的关键因素及其相关机制。这包括立即早期 (IE) 基因的转录和转录后调控、病毒因子对病毒 DNA 复制和子代病毒产生的功能、病毒蛋白破坏和抑制宿主先天免疫反应的机制以及调节 EBV 重新激活的宿主因素。最后，我们探讨了新技术在研究 EBV 再激活中的潜在应用，为研究 EBV 再激活机制和开发抗 EBV 治疗策略提供了新的见解。
基于CRISPR-Cas9的研究肠道病毒感染技术
肠道病毒包括许多在肠道内引发感染的病毒，它们被认为是导致人类多种疾病的重要病原体，具体取决于病毒的类型。它们主要通过粪口途径传播，媒介包括受污染的水或食物。诺如病毒和轮状病毒等肠道病毒感染经常导致大面积急性胃肠炎，造成严重的健康和经济负担，因此仍然是一个公共卫生问题。与其他病毒一样，肠道病毒“劫持”某些宿主因子（所谓的促病毒因子）在受感染细胞中复制，同时通过拮抗宿主的抗病毒因子逃避宿主的防御系统。需要鉴定这些因子以更好地了解病毒复制和致病性的分子机制，这将有助于制定有效的抗病毒策略。近年来，基因组编辑技术的发展，尤其是 CRISPR-Cas9 系统，为病毒学领域，包括肠道病毒研究带来了许多突破。例如，利用 CRISPR-Cas9 系统进行的无偏全基因组筛选已成功鉴定出许多以前未被认识的与临床相关肠道病毒感染有关的宿主因素。在本文中，我们简要介绍了 CRISPR-Cas9 系统在病毒学研究中的常用技术，并讨论了使用该系统研究肠道病毒感染的主要发现。
新闻通讯AICC 2024年2月
sars-cov-2 - 导致共同研究大流行病的病毒对人类健康的影响比其他呼吸道病毒更大，尽管其机制尚未完全理解。在最近的论文中，由Fabrizio d'Adda di Fagagna教授协调的研究人员首先证明SARS-COV-2会造成DNA损伤，并引起细胞中DNA损伤的改变。从机械上讲，研究人员发现SARS-COV-2表达能够劫持细胞核苷酸代谢的蛋白质。具体而言，已经发现病毒因子ORF6和NSP13分别通过蛋白酶体和自噬促进了DNA损伤响应检查点激酶1（CHK1）的降解。CHK1损失导致脱氧核苷酸三磷酸（DNTP）短缺，导致S期进展受损，DNA损伤，促炎性途径激活和细胞衰老。此外，研究小组证明，由于修复机制的损害，DNA断裂会累积。的确，作者证明了SARS-COV-2核素蛋白会损害结合蛋白53BP1的募集，并通过与53BP1竞争与损伤诱导的长期非编码RNA相关的DNA修复。值得注意的是，在体外细胞模型中首先获得的数据也被确认在SARS-COV-2感染的小鼠和COVID-19患者中的体内。总的来说，获得的发现表明SARS-COV-2既诱导DNA损伤并损害其修复，最终导致细胞衰老并扩散炎症。
肝与先天免疫 - 病毒感染中的朋友或敌人
研讨会准备的出版物：Liang Y，Luo X，Schefczyk S，Muungani LT，Deng H，Wang B，Baba HA，Lu M，Lu M，Wedemeyer H，Schmidt HH，Broing r。乙型肝炎表面抗原表达会通过减少LAMP2而损害内质网应激相关的自噬通量。JHEPREP。2024JAN 28; 6（4）：101012。 Schefczyk S，Luo X，Liang Y，Hasenberg M，Walkenfort B，Trippler M，Schuhenn J，Sutter K，Lu M，Wedemeyer H，Schmidt HH，Broing r。 TG1.4HBV-S-REC小鼠是一种杂交丙型肝炎病毒 - 转基因模型，发展为轻度的肝炎。 SCIREP。202312月20日; 13（1）：22829。 luo X，Zhang R，Schefczyk S，Liang Y，Lin SS，Liu S，Baba HA，Lange CM，Wedemeyer H，Lu M，Bro.R. YAP的核转运驱动BMI相关的肝炎病毒BMI相关肝癌发生。 肝脏Int。 2023年9月; 43（9）：2002-2016。 Luo X，Zhang R，Lu M，Liu S，Baba HA，Gerken G，Wedemeyer H，Broing R。 河马途径反调节丙型肝炎病毒感染中的先天免疫力。 前疫苗。 2021 5月25日; 12：684424。 Zhang Z，Trippler M，Real CI，Werner M，Luo X，Schefczyk S，Kemper T，Anastasiou OE，Ladiges Y，Treckmann J，Paul A，Baba HA，Allweiss L，Allweiss L，Dandri M，Dandri M，Dandri M，Gerken G，Gerken G，Gerken G，Gerken G，Wedemeyer H，Schlaak Jf，Schlaak Jf，laus jf，broim broive broim thiviv thiviv tiviv tiviv。受体2原发性肝细胞感染后的信号传导。 Hepatology 2020年9月; 72（3）：829-844。 Broing R，Zhang X，Kottilil S，Trippler M，Jiang M，Lu M，Gerken G，Schlaak JF。 干扰素刺激的基因15是丙型肝炎病毒的前病毒因子，也是IFN反应的调节剂。 肠道。JHEPREP。2024JAN 28; 6（4）：101012。Schefczyk S，Luo X，Liang Y，Hasenberg M，Walkenfort B，Trippler M，Schuhenn J，Sutter K，Lu M，Wedemeyer H，Schmidt HH，Broing r。TG1.4HBV-S-REC小鼠是一种杂交丙型肝炎病毒 - 转基因模型，发展为轻度的肝炎。SCIREP。202312月20日; 13（1）：22829。 luo X，Zhang R，Schefczyk S，Liang Y，Lin SS，Liu S，Baba HA，Lange CM，Wedemeyer H，Lu M，Bro.R. YAP的核转运驱动BMI相关的肝炎病毒BMI相关肝癌发生。 肝脏Int。 2023年9月; 43（9）：2002-2016。 Luo X，Zhang R，Lu M，Liu S，Baba HA，Gerken G，Wedemeyer H，Broing R。 河马途径反调节丙型肝炎病毒感染中的先天免疫力。 前疫苗。 2021 5月25日; 12：684424。 Zhang Z，Trippler M，Real CI，Werner M，Luo X，Schefczyk S，Kemper T，Anastasiou OE，Ladiges Y，Treckmann J，Paul A，Baba HA，Allweiss L，Allweiss L，Dandri M，Dandri M，Dandri M，Gerken G，Gerken G，Gerken G，Gerken G，Wedemeyer H，Schlaak Jf，Schlaak Jf，laus jf，broim broive broim thiviv thiviv tiviv tiviv。受体2原发性肝细胞感染后的信号传导。 Hepatology 2020年9月; 72（3）：829-844。 Broing R，Zhang X，Kottilil S，Trippler M，Jiang M，Lu M，Gerken G，Schlaak JF。 干扰素刺激的基因15是丙型肝炎病毒的前病毒因子，也是IFN反应的调节剂。 肠道。SCIREP。202312月20日; 13（1）：22829。luo X，Zhang R，Schefczyk S，Liang Y，Lin SS，Liu S，Baba HA，Lange CM，Wedemeyer H，Lu M，Bro.R. YAP的核转运驱动BMI相关的肝炎病毒BMI相关肝癌发生。肝脏Int。 2023年9月; 43（9）：2002-2016。 Luo X，Zhang R，Lu M，Liu S，Baba HA，Gerken G，Wedemeyer H，Broing R。 河马途径反调节丙型肝炎病毒感染中的先天免疫力。 前疫苗。 2021 5月25日; 12：684424。 Zhang Z，Trippler M，Real CI，Werner M，Luo X，Schefczyk S，Kemper T，Anastasiou OE，Ladiges Y，Treckmann J，Paul A，Baba HA，Allweiss L，Allweiss L，Dandri M，Dandri M，Dandri M，Gerken G，Gerken G，Gerken G，Gerken G，Wedemeyer H，Schlaak Jf，Schlaak Jf，laus jf，broim broive broim thiviv thiviv tiviv tiviv。受体2原发性肝细胞感染后的信号传导。 Hepatology 2020年9月; 72（3）：829-844。 Broing R，Zhang X，Kottilil S，Trippler M，Jiang M，Lu M，Gerken G，Schlaak JF。 干扰素刺激的基因15是丙型肝炎病毒的前病毒因子，也是IFN反应的调节剂。 肠道。肝脏Int。2023年9月; 43（9）：2002-2016。Luo X，Zhang R，Lu M，Liu S，Baba HA，Gerken G，Wedemeyer H，Broing R。河马途径反调节丙型肝炎病毒感染中的先天免疫力。前疫苗。2021 5月25日; 12：684424。Zhang Z，Trippler M，Real CI，Werner M，Luo X，Schefczyk S，Kemper T，Anastasiou OE，Ladiges Y，Treckmann J，Paul A，Baba HA，Allweiss L，Allweiss L，Dandri M，Dandri M，Dandri M，Gerken G，Gerken G，Gerken G，Gerken G，Wedemeyer H，Schlaak Jf，Schlaak Jf，laus jf，broim broive broim thiviv thiviv tiviv tiviv。受体2原发性肝细胞感染后的信号传导。Hepatology 2020年9月; 72（3）：829-844。Broing R，Zhang X，Kottilil S，Trippler M，Jiang M，Lu M，Gerken G，Schlaak JF。干扰素刺激的基因15是丙型肝炎病毒的前病毒因子，也是IFN反应的调节剂。肠道。2010年8月； 59（8）：1111-9。
zynteglo®（betibeglogene autotemcel）
β-丘脑贫血是一种遗传性血液疾病，可通过β-珠蛋白亚基的突变导致血液中正常血红蛋白和红细胞的降低，从而导致体内氧气递送不足。降低的红细胞水平会导致许多健康问题，包括头晕，弱点，疲劳，骨异常和更严重的并发症。依赖于β-地中海贫血是该疾病的最严重形式，通常需要终身红细胞输血（通常每2至5周一次）作为标准治疗过程。这些常规输血可能与自己的多种健康并发症有关，包括由于体内铁的过多而导致心脏，肝脏和其他器官的问题。Zynteglo于2022年8月17日获得FDA的批准，用于治疗需要常规血细胞（RBC）输血的成年和儿科患者。该产品仅用于单个静脉内给药；尚未评估Zynteglo的重复给药及其用于治疗其他适应症的使用。Zynteglo gene therapy involves inserting a copy of a functional copy of the human beta-globin (HBB) gene into a patient's hematopoietic stem cells outside of the body using a lentiviral vector and then transplanting the modified stem cells back into the patient's blood stream, with the aim that the functional HBB gene will result in normal beta-globin protein expression.慢病毒因子，因为它们能够接受插入和复杂的DNA序列。在基因置换疗法中使用自体干细胞可消除对兼容的干细胞供体的需求，该干细胞供体限制了个体接受同种异体SCT的能力。食品和药物管理局（FDA）批准的指示：
编辑甜瓜 eIF4E 与抗病毒和雄性不育有关
摘要 帽结合蛋白 eIF4E 通过与 eIF4G 相互作用构成 eIF4F 复合物的核心，该复合物在 mRNA 的环化及其随后的帽依赖性翻译中起关键作用。除了在 mRNA 翻译起始中的基本作用外，还描述或提出了 eIF4E 的其他功能，包括充当前病毒因子和参与性发育。我们使用 CRISPR/Cas9 基因组编辑生成了甜瓜 eif4e 敲除突变株系。编辑在甜瓜中有效，因为我们在 T0 代就获得了第一个 eIF4E 外显子中单核苷酸纯合缺失的转化植物。分离 F2 代的编辑和非转基因植物接种了摩洛哥西瓜花叶病毒 (MWMV)；纯合突变植物表现出病毒抗性，而杂合和非突变植物被感染，这与我们之前对 eIF4E 沉默植物的结果一致。有趣的是，T0 和 F2 代的所有纯合编辑植物都表现出雄性不育表型，而与野生型植物杂交则恢复了育性，表明雄性不育表型的分离与 eif4e 突变的分离之间存在完美的相关性。对甜瓜雄花沿连续发育阶段的形态学比较分析表明，小孢子母细胞和绒毡层在减数分裂后发育异常，突变体和野生型的绒毡层降解时间明显不同。RNA-Seq 分析确定了花粉发育中的关键基因，这些基因在 eif4e/eif4e 植物的花中下调，并表明 eIF4E 特异性 mRNA 翻译起始是甜瓜雄配子形成的限制因素。
主机的识别和表征...
抽象的正叶病毒是节肢动物传播的单链RNA病毒，导致人类轻度至严重疾病，每年影响数百万的人，目前没有抗病毒药。该病毒属包括诸如tick传播脑炎病毒（TBEV），西尼罗河病毒（WNV）和Zika病毒（ZIKV）等病毒。正常非洲病毒具有自己的病毒蛋白，但是与其他病毒一样，它们也招募并利用几种细胞蛋白来实现其生命周期。尽管已经确定或表征了其中一些宿主因素，但其中大多数仍然不知道。在本文中，我使用了不同的工具来识别和表征与正常非病毒感染有关的新型蛋白质。了解细胞蛋白在病毒生命周期中的功能对于理解病毒的疾病机制和开发针对这些病毒的抗病毒药物很重要。在第一部分中，我们实施了蛋白质组学噬菌体显示（PROP -PD），以识别病毒和细胞蛋白之间的短线性基序（Slim）相互作用，并且该方法鉴定出多腺苷酸 - 结合蛋白1（PABP1）是许多RNA病毒的促病毒因子。在本文的第二部分中，我们通过执行抗坏血酸酯过氧化物酶（APEX）2屏幕来鉴定在TBEV NS4B附近发现的蛋白质，从而鉴定了参与TBEV感染的蛋白质。使用这种方法，我们确定了包含3（ACBD3）的酰基-COA结合域。通过修改内质网（ER）和Golgi之间的贩运，在TBEV和Langat病毒（LGTV）感染中影响病毒复制和组装的TBEV NS4B紧邻近距离发现。在论文的第三部分中，我们探讨了核孔蛋白（NUPS）在正叶病毒感染中的作用。nups是核孔复合物的基础，它是负责RNA和蛋白质在细胞核和细胞质之间运输的复合物。通过实施各种不同的分子生物学技术，我们确定NUP153和NUP98在病毒生命周期中至关重要。我们观察到，在正叶病毒感染期间，NUP153和NUP98在核中上调并从核区域募集到结合病毒RNA（VRNA）的胞质区域。我们发现NUP153调节病毒翻译，而NUP98对于病毒复制很重要，显示了该蛋白质家族在正佛病毒感染中的重要性和不同功能。此外，在本论文中，我们还评估了肽的使用来阻止这些特定的病毒宿主蛋白相互作用作为潜在的抗病毒药。我们表明，针对PABP1和NUP98的肽靶向和结合对几个正叶韦病毒是抗病毒活性的。在一起，本文中提出的发现使人们对病毒生命周期所需的特定宿主因素有了更好的了解。这些知识可用于新抗病毒药的发展。