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DNA-蛋白质相互作用的Biolayer干涉法
Biolayer干涉法（BLI）是一种用于确定大分子之间相互作用动力学的广泛使用的技术。大多数BLI仪器，例如在此协议中使用的八位骨料RED96E，都是完全自动化的，并检测出反射生物传感器尖端的白光干扰模式的变化。生物传感器最初用固定的大分子加载，然后引入含有感兴趣的大分子的溶液中。与固定分子的结合会产生光波长的变化，该光波长是由仪器实时记录的。大多数已发表的BLI实验评估蛋白质蛋白质（例如抗体 - 基质动力学）或蛋白质 - 小分子（例如药物发现）相互作用。然而，BLI分析的较不值得认可的分析是DNA-蛋白质相互作用。在我们的实验室中，我们显示了使用生物素化DNA探针确定转录因子与特定DNA序列的结合动力学的实用性。以下协议描述了这些步骤，包括生成生物素化DNA探针的生成，BLI实验的执行以及通过GraphPad Prism的数据分析。
血浆细胞外囊泡的蛋白质组学分析确定化粪池患者先天免疫，凝结和内皮激活的特征
抽象的血浆细胞外囊泡（EV）是细胞衍生的脂质颗粒，据报道在败血症的发病机理中起作用。这项研究旨在鉴定化粪池患者中的EV货物蛋白，并探索其与关键的脓毒症病理生理学的关联。基于定量蛋白质组学分析，对血浆EV进行了串联质量标签（TMT）。与健康对照组相比，我们确定了败血症患者中522个差异表达的（DE）EV蛋白（n = 15）（n = 10）。对DE蛋白的KEGG分析揭示了与败血症相关的多种功能途径，例如补体/凝结，血小板活化，吞噬体，炎症和中性粒细胞外陷阱形成。加权基因共表达网络分析1,642 eV蛋白鉴定出了9个独特的蛋白质模块，其中一些模块与脓毒症诊断和多种血浆标记物高度相关，包括器官损伤，炎症，凝血病和内皮激活。细胞类型特异性富集分析揭示了EV的细胞起源，包括免疫和上皮细胞，神经元和神经胶质细胞。因此，当前的研究发现了与败血症中关键病理生理反应密切相关的血浆EV中的复杂蛋白质组学特征。这些发现支持EV货物蛋白在患者的免疫反应，凝结和内皮激活中的重要性，并为等离子体发病机理中血浆EV的未来机械研究奠定了基础。关键字败血症，细胞外囊泡（EV），质谱法，蛋白质组学，串联质量标签（TMT）
o r i g i g i g i g i g i g i g i g i g i g i g i g i g i g i g i g i g i g i g i g i g i g i g i g i g i g i n a o r i g i n a l r e s a r c h葡萄牙第三中心的真菌性角膜炎的10年回顾性临床分析 青光眼的炎症和神经退行性变化 o r i g i n a l r e s a r c h prmt1在肝细胞癌的进展中整合了免疫微环境和脂肪酸代谢反应 慢性哌醋甲酯对脑基因表达的影响 o r i g i g i n a l r e s a r c h得出稀有疾病AADC缺乏症的小插曲，使用父母，照料者和临床医生访谈来评估 辐射肿瘤学的自然语言处理 o r i g i n a l r e s a r c h疫苗冷链管理和公共卫生设施中的相关因素和沃莱地区卫生办公室的相关因素 肝细胞癌术前免疫疗法 r e v i e w蛋白质组学推断的糖尿病肾脏疾病的分子途径
1神经病学系，山东第一医科大学和山东省Qianfoshan医院，山东神经免疫学研究所，中国人民共和国Jinan； 2中华人民共和国山东大学医学院基础医学科学学院医学遗传学系； 3山东第一医科大学和山东医学科学院，吉南，中华民国； 4中华人民共和国的山东大学，山东大学切鲁医学院Qilu医院老年医学系； 5中华人民共和国的山东大学切鲁医学院医学院5； 6中国人民共和国北京北京友谊医院神经病学系
通过显式能量景观优化进行蛋白质序列设计
摘要蛋白质设计问题是确定折叠成所需结构的氨基酸序列。鉴于安芬森的折叠热力学假设，这可以改写为找到一个氨基酸序列，其中最低能量构象是该结构。由于这种计算不仅涉及所有可能的氨基酸序列，还涉及所有可能的结构，因此大多数当前方法都侧重于更易处理的问题，即为所需结构找到最低能量的氨基酸序列，通常在第二步通过蛋白质结构预测检查所需结构确实是设计序列的最低能量构象，并丢弃在许多情况下并非如此的大部分设计序列。这里我们表明，通过将梯度通过 trRosetta 结构预测网络从所需结构反向传播到输入氨基酸序列，我们可以直接优化所有可能的氨基酸序列和所有可能的结构，并在一次计算中明确设计预测折叠成所需结构而不是任何其他结构的氨基酸序列。我们发现，考虑了完整构象景观的 trRosetta 计算比 Rosetta 单点能量估计更能有效地预测从头设计蛋白质的折叠和稳定性。我们将通过景观优化进行的序列设计与 Rosetta 中的标准固定骨架序列设计方法进行了比较，并表明前者的结果对竞争低位状态的存在很敏感，而后者则不然。我们进一步表明，通过结合这两种方法的优势，可以设计出更具漏斗形的能量景观：低分辨率 trRosetta 模型用于排除替代状态，高分辨率 Rosetta 模型用于在设计目标结构处创建深度能量最小值。意义计算蛋白质设计主要侧重于寻找在目标设计结构中能量非常低的序列。然而，在折叠过程中最相关的不是折叠状态的绝对能量，而是折叠状态与最低位替代状态之间的能量差。我们描述了一种可以捕捉整个折叠景观的深度学习方法，并表明它可以增强当前的蛋白质设计方法。
小蛋白质y口服对生长性能，肠道屏障功能和肠道微生物群的影响
摘要在体外有效抑制沙门氏菌的各种血清型，但抗菌作用对S进行了有效抑制。家禽中的紫菜仍然不清楚。这项研究是第一个评估安全性和抗s的研究。MCCY在没有特定病原体（SPF）雏鸡中的胃部感染。安全性测试表明，体重，IgA和IgM血清的体重，IgA和IgM水平以及3组口服的小鸡的盲肠菌群结构不同剂量的MCCY（5 mg/kg，10 mg/kg，20 mg/kg）与对照组的体重没有显着差异。然后，将雏鸡随机分为3组进行抗S的实验。胃部感染：（i）阴性对照组（NC），（ii）s。Pullorum-Challenged组（SP，5×10 8 CFU/BIRD），（iii）MCCY处理的组（MCCY，20 mg/kg）。结果表明，与SP组相比，MCCY的治疗增加了体重和平均每日增益（p <0.05），减少了s。粪便，肝脏和盲肠中的胸部负担（p <0.05），增强了胸腺，并减轻了脾脏和肝脏指数（p <0.05）。此外，麦基提高了空虚的绒毛高度，降低了空肠和伊利尔的加密深度（p <0.05），并上调了jejunum和ileum中IL-4，IL-10，ZO-1，ZO-1的表达，以及在Jejunum（p <0.05）中的CLDN-1的表达。此外，MCCY增加了益生菌菌群（Barnesiella等。），同时减少（p <0.05）致病菌群（Escherichia和沙门氏菌等）的相对丰度与SP组相比。关键字微蛋白Y，沙门氏菌，肠屏障，肠道菌群
蛋白质纳米颗粒疫苗可诱导针对 MERS-CoV 的强效中和抗体反应
中东呼吸综合征冠状病毒 (MERS-CoV) 是一种人畜共患的β冠状病毒，可导致人类严重且通常致命的呼吸道疾病。MERS-CoV 刺突 (S) 蛋白是病毒融合剂，也是中和抗体的靶标，因此一直是疫苗设计工作的重点。目前尚无针对 MERS-CoV 的获批疫苗，只有少数候选疫苗进入 I 期临床试验。我们利用计算设计的蛋白质纳米颗粒平台开发了 MERS-CoV 疫苗，该平台已生成针对各种包膜病毒的安全且具有免疫原性的疫苗，包括针对 SARS-CoV-2 的获批疫苗。展示 MERS-CoV S 衍生抗原的双组分蛋白质纳米颗粒可诱导强大的中和抗体反应，并保护小鼠免受小鼠适应性 MERS-CoV 的攻击。电子显微镜多克隆表位图谱和血清竞争试验揭示了由显示融合前稳定的 S-2P 三聚体、受体结合域 (RBD) 或 N 端域 (NTD) 的免疫原引起的主要抗体反应的特异性。RBD 纳米颗粒疫苗引发针对 RBD 中多个非重叠表位的抗体，而由基于 S-2P 和 NTD 的免疫原引发的抗 NTD 抗体则聚集在单个抗原位点上。我们的研究结果证明了双组分纳米颗粒候选疫苗对 MERS-CoV 的潜力，并表明该平台技术可广泛应用于 betacoronavirus 疫苗开发。
心力衰竭射血分数谱中的蛋白质组学途径：一项 EXSCEL 子研究
1 杜克大学医学院心脏病学系，美国北卡罗来纳州达勒姆 2 杜克临床研究所，美国北卡罗来纳州达勒姆 3 杜克大学医学院杜克分子生理学研究所，美国北卡罗来纳州达勒姆 4 杜克大学医学院内分泌、代谢和营养学系，美国北卡罗来纳州达勒姆 5 邓迪大学人口健康与基因组学系，英国苏格兰邓迪 6 北卡罗来纳大学医学院内分泌学系，美国北卡罗来纳州教堂山 7 奥地利格拉茨医科大学内分泌和糖尿病学系 8 英国格拉斯哥大学心血管和医学科学研究所 9 英国牛津大学拉德克利夫医学系糖尿病试验组