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World File Search System碱基对
DNA G-四链体和 i-基序结构的形成在人类细胞中是相互依赖的
常见 B 型 DNA 和其他 DNA 构象之间的动态结构转变为基因表达提供了额外的调控层。1–4 G-四链体 (G4) 和 i-基序 (iM) 是两类重要的非规范 DNA 结构，分别在人类基因组中某些富含鸟嘌呤和胞嘧啶的区域形成。由于 iM 结构是通过堆叠插入的半质子化胞嘧啶碱基对 (C+:C) 形成的，因此最初认为 iM 的形成需要弱酸性 pH 值，然而，现在已经确定这些结构是在细胞环境中的生理 pH 值下形成的。5,6 G4 结构由 pi 堆叠的平面 G 四联体形成，其中每个 G 四联体由四个鸟嘌呤碱基组成，通过 Hoogsteen 氢键结合在一起，并通过生理相关的阳离子进一步稳定。 7–10 G4 和 iM 折叠机制已用于预测它们在基因组中形成的倾向以及它们在调控区域中的过度表达。5,11 此外，它们的结构特征
CRISPR/Cas 工程 T 细胞用于癌症免疫治疗
CRISPR 技术简介：CRISPR、碱基编辑、主要编辑 基因编辑的目的是精确高效地将活细胞中的 DNA 序列转换成新的所需序列。可以使用多种内切酶切割 DNA，早期（并取得成功的）改造人类基因组的尝试使用了工程内切酶，例如转录激活因子样效应核酸酶 (TALEN) [ 7 ]、锌指核酸酶 (ZNF) [ 8 ]，以及最近的成簇规律间隔短回文重复序列 (CRISPR) 与 CRISPR 相关蛋白 (Cas) 的结合。易于使用、成本效益高、能够进行多重基因组编辑，再加上 CRISPR/Cas 基因组编辑工具包的快速发展，引发了一场以 CRISPR/Cas 为中心的基因编辑革命，有望大大提高 T 细胞免疫疗法的疗效。CRISPR/Cas 核酸酶和衍生技术（如碱基编辑器和引物编辑器）极大地扩展了可能的基因组修饰范围，允许进行有针对性的基因插入、删除、碱基对转换或这些操作的组合 [ 9 ]。
小分子 RNA 靶向：从基础开始
RNA 分子因其调节作用和作为一系列人类疾病的潜在治疗靶点而日益受到认可。1、2 针对这些 RNA 的药物如果开发出来，将为多种致命疾病提供新的治疗策略，包括耐多药细菌、真菌和病毒感染以及转移性癌症。3-9 尽管具有这种潜力，但针对细菌核糖体以外的 RNA 的药物开发一直很缓慢，导致许多人将 RNA 称为“不可用药的”。事实上，第一种针对核糖体以外 RNA 的小分子药物于 2020 年 8 月刚刚获得美国 FDA 批准。10 虽然反义寡核苷酸通过碱基对互补性提供高 RNA 特异性，并且已开始获得 FDA 批准，但在肝脏或中枢神经系统以外的体内递送仍然是一个重大障碍。 11-13 小分子具有多种潜在优势，包括在递送、吸收、免疫原性和其他药物参数方面的广泛可调性，以及通过有机合成获得各种尺寸、形状和化学功能的能力。然而，选择性靶向 RNA 具有
原文
17，影响内含子 16 中 287 个碱基对 alu 序列的插入（等位基因 I）或缺失（等位基因 D）。3 这种多态性呈现三种基因型（II、DD 和 ID），其中 I 等位基因与酶活性降低有关，D 等位基因与活性增加有关，与 HF 加剧和超重风险相关。3-5 除了影响血压外，ACE 还抑制脂肪细胞分化，限制脂肪生成和脂肪组织储存，导致异位脂质沉积，影响心脏功能并导致功能障碍。4,5-9 虽然先前的研究将 ACE 多态性与系统性动脉高血压 (SAH) 倾向联系起来，10 但关于其与 HF 关联的文献有限。本研究旨在通过探索 HF 患者多态性、心脏功能和肥胖之间的相互作用来填补这一空白，为疾病管理提供见解，了解 D 等位基因和 DD 基因型对超重倾向和心血管功能恶化的影响。本研究的目的是评估 HF 患者的肥胖、心脏功能及其与 ACE 多态性的关联。
在我们的形象中：CRISPR基因组编辑的伦理
与锌指内核酸酶和Talens一样，CRISPR/CAS在目标部位产生双链DNA断裂。对于基因组编辑，CRISPR指南RNA经过设计，可与染色体中的目标位点进行碱基对。CAS核酸酶，结合到引导RNA，然后在由导向RNA靶向的位点上裂解两个DNA的链（图1）。该单元的默认响应是通过非同源末端连接来修复断裂，这是一种经常引入核苷酸的缺失或插入核苷酸在断裂位点上的机制，从而产生突变（图2）。但是，如果可用的同源DNA分子可用，双链断裂位点可以成为同源重组的底物，从而在修复位点引入了不同的，相关的DNA序列（图2）。这个多功能系统已从天然组件设计为更简单的系统，该系统在真菌，动物和人类细胞中发现了广泛的应用。出于大多数目的，CAS成分是一种来自链球菌链球菌的蛋白质，称为CAS9。
利用SCAR标记检测甜瓜品种Meloni的抗白粉病基因
摘要。白粉病是由真菌感染引起的疾病之一，可导致包括印度尼西亚在内的全世界瓜类产量下降。需要一种抗白粉病的瓜类品种来提高瓜类产量。本研究旨在使用序列特征扩增区域 (SCAR) 标记检测与白粉病相关的抗性基因。本研究使用了瓜类品种 Meloni。使用 SL-3、PI 371795 和 Aramis 品种进行比较。使用一对引物对标记进行扩增。结果表明 Meloni 具有抗白粉病基因，因为在 1058 碱基对 (bp) 处存在 DNA 靶带。基于这一结果，可以得出结论，Meloni 是一种优秀的瓜类品种，因为它能够自然地克服白粉病感染。SCAR 标记已用于各种目的，尤其是用于检测对植物疾病的抗性基因。本研究为植物育种者提供了有关 Meloni 的信息，该品种是一种基因上抗白粉病感染的新型瓜类品种。此外，Meloni 可作为印度尼西亚本土优质瓜类种子的替代品。
CRISPR/Cas9 基因组编辑
实验室中使用的 Cas9 ， PAM 序列是 NGG（其中 N 表示四种碱基中的任意一种）。PAM 序列被 Cas9 识别，然后与 PAM 序列结合。Cas9 检查结合的 gRNA 和 DNA 链之间是否存在碱基配对互补。如果发现配对互补，则在 PAM 序列 3' 端上游 3 个碱基对的位置进行钝性双链切割。双链 DNA 切割完成后，细胞有两种方式修复损伤，称为非同源末端连接 (NHEJ) 或同源定向修复 (HDR)。其中 NHEJ 速度更快，但比 HDR 更容易发生错误。NHEJ 修复由细胞执行，以修复导致在 DNA 链断裂处插入核苷酸的损伤。这表明由于某些细胞的 DNA 永久受损，因此表达了突变的非功能性基因。这也意味着，利用CRISPR/Cas9技术为大量细胞制造DNA双链断裂，目标基因将发生损伤错误修复和功能突变永久丧失，从而实现研究人员快速高效去除或删除基因的目的。
通过 PET 成像研究 ERBB2 特异性结合寡核苷酸药物的体内组织药代动力学
摘要 尽管适体本身或作为适体-药物偶联物在临床前和临床研究中已表现出出色的靶标特异性，但它们的体内组织药代动力学 (PK) 分析仍然存在问题。我们旨在研究基于图像的正电子发射断层扫描 (PET) 在评估寡核苷酸的体内组织 PK、靶标特异性和适用性方面的效用。为此，使用互补寡核苷酸平台通过碱基对杂交合成了具有 erb-b2 受体酪氨酸激酶 2 (ERBB2) 特异性结合的氟-18 标记适体。为了研究体内组织的 PK 和特性，在正常和肿瘤异种移植小鼠中评估了体内 PET 成像在开发基于寡核苷酸的药物中作为评估工具的有效性。 ERBB2-cODN-idT-APs-[ 18 F]F ([ 18 F] 1 )静脉注射后，除最初的脑和肌肉外，在大多数组织中均有显著而快速的摄取；摄取量在心脏最高，其次是肾脏、肝脏、肺、胆囊、脾脏和胃。排泄的主要途径是通过肾脏~77.8%，而总剂量的约8.3%是通过胆道。
稳定剪切流中的DNA碎片
我们已经确定了T4 DNA（166千碱基对，KBP）对圆锥形和板层中稳态剪切下碎片化的敏感性。以6000 s 1的剪切速率剪切至少30分钟后，对应于O（10 3）的雷诺数（10 3）和weissenberg数量的O（10 3），97：9 + 1：3％的样品被分解为具有62：62：6 + 3：2 kbp的polydisperse混合物中的polydisperse混合物中03，通过脉冲场凝胶电泳测量（置信区间为95％）。此处从剪切流中观察到的分子量分布与DNA的（主要伸展）水槽流产生的分子分布相似，并且与在简单的伸展流中观察到的中点分布在质量上不同。鉴于剪切流无法产生锋利的线圈 - 拉伸过渡，此处显示的数据支持了一个模型，其中聚合物可以在不完整扩展的情况下在流量中碎片。这些结果进一步表明，在微流体设备中，剪切的DNA碎片不可能是一个重要的问题，并且实验中的异常分子量观察是由于DNA在设备中观察之前的DNA处理引起的。
一个神经语音解码框架利用深度学习和语音综合
动机：由于固有的热DNA运动，DNA双螺旋的两链在局部和自发分离并在活细胞中重新组合。这种动力学导致双螺旋中的瞬态开口，被称为“ DNA呼吸”或“ DNA气泡”。在广泛的生物学过程中，例如转录，复制和转录因子结合，形成局部瞬态开口的倾向很重要。然而，由于许多因素的复杂相互作用，例如温度，盐含量，DNA序列，氢键，基础堆积等，对这些现象的建模和计算机模拟仍然是一个挑战。结果：我们提出了Pydna-EPBD，这是扩展的Peyrard-Bishop-Dauxois（EPBD）非线性DNA模型的并行软件实现，该模型使我们能够详细描述DNA动力学的某些特征。pydna-epbD生成了基因组规模的基本量表，其基本水平开口，基本漏洞的概率，DNA气泡概率以及特征性动态长度的计算，表明碱基对统计学上的统计学数量在统计上显着地通过单点突变使用Markov Chain Monte Carlo（MCMC）Algor（MCMC）。