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World File Search System线虫
寄生线虫分泌的磷脂酶A2通过靶向果蝇中的血细胞来抑制细胞和体液免疫。
寄生线虫感染的关键方面是线虫逃避和/或抑制宿主免疫的能力。这种免疫调节能力可能是由于感染过程中数百种排泄/分泌蛋白（ESP）的释放而驱动的。尽管已显示ESP对各种宿主表现出免疫抑制作用，但我们对释放和宿主免疫之间的分子相互作用的理解需要进一步研究。我们最近确定了从昆虫病原线虫（EPN）steinernema carpocapsae释放的分泌的磷脂酶A2（SPLA 2），我们命名为SC-SPLA 2。我们报告说，SC-SPLA 2增加了感染了肺炎链球菌并促进细菌生长增加的果蝇的死亡率。此外，我们的数据表明，SC-SPLA 2还能够下调TOLL和IMD途径相关的抗菌肽（AMP），包括果霉素和防御素，除了抑制了血液中的吞噬吞噬作用外。sc-Spla 2对D. melanogaster有毒，严重程度均与剂量和时间有关。总体而言，我们的数据强调了SC-SPLA 2具有有毒和免疫抑制能力。
将药物目标发现管道塑造线虫parasi
线虫寄生虫破坏了人类健康和全球粮食安全。用于治疗寄生线虫的前线驱虫投资组合受到驱虫阻力升级的威胁，从而导致对寄生虫控制的新药物目标的需求。线虫神经肽信号通路代表了当前尚未开发的新型药物靶标的有吸引力的来源。线虫神经肽系统的复杂性挑战了寄生虫控制的新目标，但是寄生虫“ OMICS”的最新进展为硅酸盐识别和优先级的靶标准鉴定提供了机会，以供种子驱动驱虫虫发现的发现管道。在这项研究中，我们采用了隐藏的基于马尔可夫模型的搜索来识别〜1059 Caenorhabditis elegans神经肽神经肽G蛋白偶联受体（CE-NP-GPCR）编码基因同源物中的编码10个键盘蛋白质数据集中的10个钥匙parasitic蛋白质数据集，这些蛋白质数据集跨越了几种跨性别的寄生虫，这些蛋白质数据涵盖了多个生物基因进化群和生物的生物群和生活方式。我们表明，尽管寄生线虫具有降低的CE-NP-GPCR补体，但在线虫物种中，几种受体是广泛保守的。为了确定最具吸引力的寄生虫线虫NP-GPCR驱虫目标，我们开发了一部小说中的硅藻线虫寄生虫寄生虫药物靶标的优先级管，该小说结合了泛素NP-GPCR保存，C. exleans衍生的反向反向遗传型表型，帕拉西斯表型，生命阶段的表达数据。几个NP-GPCR成为广谱线虫寄生虫控制的最具吸引力的驱虫目标。我们的分析还确定了物种和生命阶段定向化疗的最合适靶标。在这种情况下，我们已经确定了几个具有宏观潜力的NP-GPCR。这些数据将功能验证工作集中在最具吸引力的NP-GPCR目标上，此外，此处采用的优先级策略为寄生虫线虫目标选择超出了NP-GPCR，为NP-GPCR提供了蓝图。
人畜共患寄生虫颌口线虫的遗传特征和 DNA 条形码
结果 PCR 扩增：共进行了 32 次扩增；28S 8 次、CO1 8 次、CO2 16 次（分为两个独立试验，每次试验 8 次扩增）。 28S rRNA 基因： • 100% 的扩增成功，但 25% 的扩增显示轻微错误引导，37.5% 的扩增显示严重错误引导（表 2）。 • 在可用的 28S 序列中，37.5% 可组装为共识序列。 CO1 基因： • 100% 的扩增成功，但 12.5% 的扩增显示严重错误引导。 • CO1 序列被证明是最成功的，在创建共识序列方面的成功率为 75%。 CO2 基因： • CO2 基因的前 8 次扩增显示 0% 的成功率，因此修改了 PCR 方案。 • CO2 扩增被证明是最不成功的，第二轮扩增成功率为 75%，其中 66.7% 出现严重错误引导。• 未生成 CO2 序列。
秀丽隐杆线虫基因调控等位基因和记者抨击研究
基因调控是多细胞生物的重要过程，但识别功能性调控序列和机制可能具有挑战性。在秀丽隐杆线虫中，正向遗传学可以识别破坏生理过程的内源性突变（“等位基因”），从而以无偏见的方式定义功能序列（Brenner 1974；Trent、Wood 和 Horvitz 1988；Desai 等人 1988；Barton、Schedl 和 Kimble 1987）。基于 CRISPR 的基因组编辑可用于测试内源序列的功能和生理作用（Dickinson 和 Goldstein 2016；Vicencio 和 Cerón 2021）。报告基因检测中对非编码 DNA 进行系统性测试（例如“报告基因抨击”）可以识别功能序列，但不能直接检查生理功能（Aamodt、Chung 和 McGhee 1991；Didiano 和 Hobert 2006；Boulin、Etchberger 和 Hobert 2006；Nance 和 Frøkjær-Jensen 2019）。
微生物与线虫：通过拮抗生物对生物防治的见解，以控制根结线虫
摘要：root-inkot nematodes（meloidogyne spp。）是久坐的内寄生虫，在全球农作物上造成严重的经济损失。由于欧盟在甲胺的应用中的规定，现在至关重要的是发现对线虫管理的环保控制策略。生物防治是一种安全可靠的方法来管理这些多晶金线虫。生物防治剂不仅控制着这些寄生线虫，而且还改善了植物的生长并诱导植物对各种生物胁迫的全身耐药性。种类繁多的生物，例如细菌，真菌，病毒和原生动物，生活在其自然模式下，作为线虫拮抗剂。各种评论文章总体上讨论了生物防治在线虫管理中的作用，但是对根结线虫生物防治的特定综述尚未详细详细介绍。因此，这篇评论通过讨论其重要的已知拮抗剂，作用方式和相互作用来重点关注根结线虫的生物控制。
使用集成到基因组中的CAS9中的秀丽隐杆线虫中的高效CRISPR基因编辑
基因编辑c。使用基于质粒的CRISPR试剂的秀丽隐杆线虫需要对许多动物进行显微注射才能产生单一编辑。质粒传播CAS9的种系沉默是效率低下的主要原因。在这里，我们提供一组c。秀丽隐杆线虫菌株从综合转基因中构成了种系中表达cas9的菌株。这些菌株显着提高了基于质粒的CRISPR编辑的成功率。对于简单的，短的同源臂GFP插入，注射动物的50-100％通常会产生编辑的后代，具体取决于目标基因座。模板引导的来自外染色体阵列的编辑在几代人中维持。我们在多个杂种上使用CAS9转基因建立了菌株。此外，每个CAS9基因座还包含一个由热轴驱动的CRE重组酶，可选择可选标记物和明亮的荧光标记物，以便于易于脱落。这些集成的CAS9菌株大大减少了产生单个基因组编辑的工作量。
寄生线虫蛔虫的程序性 DNA 消除
在大多数生物中，整个基因组在整个生命周期中都保持不变。然而，也有一些物种例外，它们的基因组在发育过程中会通过一种称为程序性 DNA 消除 (PDE) 的过程减少。在人类和猪的寄生虫蛔虫中，PDE 发生在胚胎发生的 4 到 16 个细胞阶段，此时生殖系染色体碎裂，特定 DNA 序列在所有体细胞中可重复丢失。PDE 是在 120 多年前在蛔虫中发现的，但直到最近人们才对其分子细节知之甚少。基因组测序显示，蛔虫中大约 1,000 个生殖系表达基因被消除，这表明 PDE 是一种基因沉默机制。在 PDE 期间，所有生殖系染色体末端都会被去除和重塑。此外，PDE 通过分裂许多生殖系染色体来增加体细胞基因组中的染色体数量。比较基因组学表明这些生殖系染色体源自融合事件。PDE 在融合位点将这些染色体分开。这些观察结果表明 PDE 在染色体核型和进化中发挥作用。此外，对其他寄生和自由生活线虫中 PDE 的比较分析表明 PDE 具有保守的特征，表明它具有重要的生物学意义。我们总结了关于蛔虫及其亲属中 PDE 的已知信息。我们还讨论了这些人类和兽医动物寄生虫中 PDE 的其他潜在功能、机制和进化。
多个PALS基因模块控制秀丽隐杆线虫的免疫与发育之间的平衡
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2023年1月16日。 https://doi.org/10.1101/2023.01.15.524001 doi：Biorxiv Preprint
基于结构的SARS-COV-2 NSP14 N7-甲基转移酶的抑制剂的发现 使用细胞周期特异性速率效应2 的癌症药物反应进行分析和建模 结构和功能性脑连接组之间的联合子空间映射 抗氧化能力生物标志物的低水平，但没有靶向过表达预测诱导ROS的药物的脆弱性 1个抑制作用的电阻机制和... 多个PALS基因模块控制秀丽隐杆线虫的免疫与发育之间的平衡 加密斑块和UBP12/13去泛素酶拮抗 评估M/ ... div>的长短期限内存网络 CHD相关增强剂塑造人类心肌细胞谱系承诺 组合KRASG12C和SOS1抑制作用增强和... 保守的免疫效应子家族在病毒感染后切开细胞ATP 方差成分估计，表型表征和牛牛的牛心力衰竭的遗传评估 对XBB.1.5的免疫力降低了二价mRNA助推器 被子植物中重复基因进化的DNA甲基化特征 升高的糖皮质激素改变了下丘脑发育和功能的轨迹 SynergyFinder Plus
。cc-by 4.0国际许可（未经Peer Review尚未获得认证）是作者/资助者，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2023年1月13日。 https://doi.org/10.1101/2023.01.12.523677 doi：biorxiv Preprint
秀丽隐杆线虫十年来的 CRISPR-Cas Gnome 编辑
摘要：CRISPR-Cas 使我们能够以前所未有的效率引入所需的基因组编辑，包括突变、表位和缺失。在模式生物的帮助下，CRISPR-Cas 的发展已经取得了很大进展，现已应用于各个领域。秀丽隐杆线虫是过去十年中迅速建立起众多 CRISPR-Cas 策略的先锋动物之一。具有讽刺意味的是，众多方法的出现使得选择正确的方法变得困难。选择合适的选择或筛选方法是规划基因组修饰的第一步。本报告总结了使用秀丽隐杆线虫的 CRISPR-Cas 方法的主要特征和应用，说明了关键策略。我们对 CRISPR-Cas 重大进展的概述将帮助读者了解基因组编辑的最新进展并浏览各种 CRISPR-Cas 基因组编辑方法。