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具有提高AAV生产率的新的T抗原负HEK293细胞系
图1Hekexpress®细胞的基因型表征。（a）使用靶向T抗原编码序列的引物（集1）的引物，跨Hekexpress®基因组的TLA序列覆盖率。绘图表明质粒的积分位点位于3染色体等效物（CHR3）上。（b）使用针对T抗原编码序列（集1）或CHR3（集3和4）的引物（集3和4）的引物（集3和4）的引物，（b）在人类CHR3中整合基因座的TLA序列覆盖率。 集合1的覆盖范围表明，与人类HG38基因组相比，Hekexpress®基因组（绿色箭头）中的550 kb缺失。 集合3和4的覆盖范围确认了综合质量PRTAK的连接。 （c）PRTAK质粒图最初集成在Hekexpress®细胞系中。 大小的T抗原序列在橙色的基因中，在深紫色和grnas（grna_beginning和grna_end）中指示。 （d）Chr3等效（红色）的图与550 kb缺失以及包含T抗原序列的PRTAK质粒的整合。 由TLA证实的质粒 - 染色体连接均以蓝色指示。 Hek，人类胚胎肾； TLA，靶向基因座放大。（b）在人类CHR3中整合基因座的TLA序列覆盖率。集合1的覆盖范围表明，与人类HG38基因组相比，Hekexpress®基因组（绿色箭头）中的550 kb缺失。集合3和4的覆盖范围确认了综合质量PRTAK的连接。（c）PRTAK质粒图最初集成在Hekexpress®细胞系中。大小的T抗原序列在橙色的基因中，在深紫色和grnas（grna_beginning和grna_end）中指示。（d）Chr3等效（红色）的图与550 kb缺失以及包含T抗原序列的PRTAK质粒的整合。由TLA证实的质粒 - 染色体连接均以蓝色指示。Hek，人类胚胎肾； TLA，靶向基因座放大。
胸腺醌纳米颗粒通过调节乳腺癌细胞系中的Sumoylation过程基因
背景：由于乳腺癌的异质性，大多数晚期患者都对治疗具有抵抗力。Sumoylation的破坏是一种翻译后修饰，与乳腺癌有关。目的：这项研究旨在评估甲喹酮纳米颗粒（脂质体-TQ）的影响，一种抗癌药物，结合阿霉素（DXR），是用于治疗乳腺癌的最有效的化学治疗药物（DXR），这是治疗乳腺癌的最有效的化学治疗药物，对SENP2和SENP2和SENP6的表达，两种主要成分，两种主要成分，涉及和癌症的两种主要组成部分。材料和方法：MCF7细胞系，乳腺癌细胞系和MCF10（一种非肿瘤上皮细胞系）分别用脂质体-TQ和DXR处理。使用MTT和刮擦测试评估细胞活力和细胞迁移。使用膜联蛋白-V/PI染色进行凋亡分析。SENP2和SENP6的基因表达分析是使用定量实时PCR（RT-QPCR）进行的。此外，刮擦测试还评估了脂质体-TQ的抗细胞迁移效应。结果：从RT-QPCR分析获得的发现表明，与MCF7中的对照组相比，TQ和DXR处理组中SENP2和SENP6基因的表达显着增加，但在MCF10细胞系中没有显着增加（p值<0.05）。同样，与对照组和脂质体组（P值<0.0001）相比，在用脂质体-TQ进行24小时治疗MCF7和MCF10细胞后，晚期凋亡细胞显着增加，并且与对照组相比，DXR和脂质体-TQ都大大降低了乳腺癌细胞的迁移能力。结论：我们的研究表明，脂质体-TQ促进乳腺癌细胞中的凋亡并抑制细胞迁移能力。这些发现增强了我们对脂质体-TQ在SENP2和SENP6在乳腺癌的Sumoylation途径中的致癌活性中的作用的理解。
建立并鉴定患者来源的原代细胞系作为胆囊癌临床前模型
胆囊癌（GBC）是最常见的原发性胆道癌（BTC），是致死率最高的恶性肿瘤之一，来源于胆囊或胆囊管。GBC占BTC的近三分之二，是第六大常见胃肠道癌症（1），具有生长迅速、致死率高的特点。在中国，GBC是第五大胃肠道癌症，高发年龄为50～75岁，女性发病率约为男性的2倍（2,3）。GBC起病隐匿，早期诊断困难，恶性程度高，易发生早期转移，因此GBC预后极差，大多数患者初次诊断时已属晚期，晚期GBC的5年生存率为5%～10%（4）。
高脂肪酸处理诱导天然杀手（NK）细胞系的抗炎变化
抽象背景：自然杀伤（NK）细胞在与肥胖有关的各种代谢疾病的发病机理中起作用。我们的初步发现表明NK细胞可能参与2型糖尿病的发病机理，但这种糖尿病形式的NK细胞介导的发展的确切机制仍然不足。目的：研究高葡萄糖和升高的游离脂肪酸（FFA）对免疫和炎症反应的影响和潜在机制，以及NK92细胞中的氧化应激。方法：在本实验中，使用CCK8细胞毒性测定法分别选择44.4 mm和1.5 mM浓度的高葡萄糖和高FFA，以治疗NK92细胞4天。使用生化分析仪确定超氧化物歧化酶（SOD）和谷胱甘肽（GSH）的浓度。细胞内活性氧（ROS）水平，细胞因子浓度（TNF-α，IFN-γ，IL-6和IL-10），以及细胞内分子（perforin和Granzyme B）的表达水平通过流式细胞术评估。结果：在高FFA（HF）组中，NK92细胞团的数量显着减少。此外，HF组的ROS产生和细胞因子水平（TNF-α，IFN-γ，IL-6和IL-10）显着降低，但在高葡萄糖（HG）组中没有显着变化。该观察结果与HF组降低的穿孔蛋白和颗粒B的表达水平一致。结论：高FFA引起的形态变化和对NK92细胞中氧化应激和炎症反应的严重损害。
SCLC_CellMiner：基于基因组特征的小细胞肺癌细胞系的综合基因组学和治疗学预测因子
并且也可根据 CC0 许可使用。未经同行评审认证）是作者/资助者。本文是美国政府作品。根据 17 USC 105，它不受版权保护。此预印本的版权持有者（此版本于 2020 年 4 月 7 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.03.09.980623 doi：bioRxiv preprint
用姜黄素处理的肿瘤细胞系的生存力和肿瘤干细胞标记物的显着降低
羟基烷酰甲烷，姜黄素III）（3-5％）一起称为姜黄素（Anand等，2008）。此外，针对姜黄素的几种互变异物（包括酮和烯醇形式）得到了区分，姜黄素受pH和溶液或固态的极性变化的影响（Kawano等，2013）。许多科学研究都支持姜黄素的显着特性，包括抗微生物，抗carcino-genic，抗炎和抗氧化活性（Prasad等人，2014a; Shakibaei等，2014，2014，2007; Shakibaei等，2015）。姜黄素已通过广泛的实验室和临床实验（例如Shakibaei等人）作为抗癌剂良好。（2015）表明，姜黄素在体外增强了5-氟尿嘧啶对结直肠癌细胞系的抗肿瘤活性（Shakibaei等，2015）。癌症干细胞（CSC）具有自我更新，分化和其他干细胞特性的能力，被视为新兴的治疗靶标（Chen等，2013; Subramaniam et al。，2010）。已经发现，作为癌细胞的一小部分癌症干细胞在癌症的起始和进展中起着突出的作用，血管生成，血管生成，侵袭，转移，对癌症的治疗和复发性（Gerger等，2011; Klarmann et al。 Zhao等，2011）。最近，各种癌症干细胞生物标志物，例如CD44，CD133，ALDH1在几种类型的癌症中进行了广泛的研究（Buhrmann等，2014； Klonisch等，2008； Shakibaei等，2014）。在过去的十年中发表的大量研究支持了姜黄素的潜力及其修改形式，可以单独或与其他抗癌剂结合使用几种类型的癌细胞培养物中的CSC（Buhrmann等，2014; Li and Zhang and Zhang，2014; Shakibaei es; shakibaei等，2014）。Cur- curmin对CSC的影响可能与其直接或间接影响自我更新途径，肿瘤形成，肿瘤微环境，酶活性和细胞表面标记的能力有关（Buhrmann等，2014; Li and Zhang，li and Zhang，2014; Shakibaei; shakibaei等，2014）。在多种同工型中表达的CD44糖蛋白参与了许多与癌症所有阶段有关的细胞信号通路（Buhrmann等，2014； Williams等，2013）。因此，CD44已被作为预防癌症，检测，预后和筛查癌症干细胞对各种治疗模型的反应的参数（Blacking，2013; Negi等，2012）。糖蛋白CD133的表达与癌细胞中的干细胞样性质有关。的确，其对癌细胞的表达据报道是预后和预测治疗结果的重要标记（Grosse-Gehling等，2013； Glumac和Lebeau，2018）。酶醛脱氢酶1（ALDH1）可以保护细胞免受氧损伤的影响，并通过将视黄醇转化为视黄酸，参与调节细胞增殖（Huang等，2009）。aldh1被作为人类结肠癌的潜在生物标志物，被用作预后标记（Chen等，2011; Tomita等，2016）。使用姜黄素作为治疗剂受到其生物效率和生物效能感的限制，该生物效率受到大量研究项目的影响。迄今为止从体外和体内研究可用的所有证据都表明，特定的担忧是姜黄素的稳定性和生物利用度较低（Anand等，2007）。然而，更好地了解姜黄素在细胞培养基或人体室中的稳定性（例如，血液，组织器官）是新型治疗发展的重要预先预期，因为姜黄素的浓度与影响生物学系统的能力之间存在牢固的关系。的确，已经开发了几种策略，例如佐剂，脂质体，磷脂复合物，磷脂复合物，纳米颗粒或姜黄素的结构类似物，以克服上述问题（Prasad等，2014b，2014b）。在本研究中，研究了Cur- cur-在体外研究的时间和剂量依赖性对癌症干细胞标志物CD44，CD133和ALDH1的表达的依赖性作用。此外，在不同培养系统中检查了姜黄素和姜黄素的稳定性。
伪狂犬病毒利用网格蛋白介导的内吞作用进入 PK15 猪细胞系
伪狂犬病毒 (PRV) 是一种导致伪狂犬病的疱疹病毒，可导致猪群死亡率高。要制定有效且新颖的抗病毒策略，必须了解 PRV 感染宿主的入侵机制。病毒进入宿主细胞的方式多种多样。其中之一就是内吞作用，这是一种基本的细胞过程，通过该过程，来自外部环境的物质被内化到细胞中。根据网格蛋白的作用，该过程分为网格蛋白介导的内吞作用 (CME) 和网格蛋白非依赖性内吞作用 (CIE)。尽管已经描述了富含胆固醇的脂筏参与 PRV 的进入，但迄今为止，涉及网格蛋白的其他内吞途径的重要性仍未得到探索。在这里，我们描述了 CME 在 PRV 进入 PK15 猪细胞系中的作用。通过使用 CME 抑制药物，我们发现当 CME 通路被阻断时，PRV 感染率会降低。我们还对衔接蛋白 AP-2 (AP2M1) 的 µ 亚基进行了 shRNA 敲低，该蛋白在网格蛋白包被囊泡的成熟过程中起着重要作用，当敲低该亚基时，感染率会大大降低。此外，透射电子显微镜图像显示 PRV 病毒体位于网格蛋白包被囊泡内。总体而言，这项研究首次表明 CME 是 PRV 进入 PK15 细胞的一种机制，并为其可能的进入途径提供了有价值的见解。
多重荧光原位杂交 (M-FISH) 揭示 HAP1 细胞系中的染色体不稳定性 (CIN)
摘要背景：HAP1 是一种近单倍体人类白血病癌细胞系，常与 CRISPR-Cas9 基因编辑技术结合用于基因筛选。HAP1 携带费城染色体 (Ph) 和插入 19 号染色体的额外的约 30 Mb 的 15 号染色体片段。体外细胞系作为生物医学研究模型系统的潜在用途取决于其维持基因组稳定性的能力。作为一种具有近单倍体基因组的癌细胞系，HAP1 容易出现遗传不稳定性，而其在培养中自发二倍化的倾向进一步加剧了这一问题。此外，CRISPR-Cas9 基因编辑加上长时间的体外细胞培养可能会诱发意外的“脱靶”细胞遗传学突变。为了深入了解染色体不稳定性 (CIN) 和核型异质性，使用多重荧光原位杂交 (M-FISH) 在单细胞分辨率下对 19 个 HAP1 细胞系进行了细胞遗传学表征，其中 17 个为近单倍体，两个为双单倍体。我们重点研究了新的数值 (N) 和结构 (S) CIN，并讨论了观察到的不稳定性的潜在致病因素。对于每个细胞系，我们检查了其倍性、基因编辑状态和体外细胞培养时间。结果：19 个细胞系中有 16 个已经过基因编辑，传代次数从 10 到 35 不等。17 个近单倍体细胞系的二倍体化范围为 4% 到 35%，[1n] 和 [2n] 中期的 N- 和 S-CIN 百分比范围为 7% 到 50%，两个细胞系没有显示 CIN。两种双单倍体细胞系中患有 CIN 的细胞百分比分别为 96% 和 100%。观察到的最常见的 S-CIN 是缺失，随后是非相互易位和罗伯逊易位。有趣的是，我们观察到近单倍体和双单倍体细胞系中都普遍存在与 13 号染色体相关的 S-CIN，且涉及 13 号染色体的罗伯逊易位发生率很高。此外，基因座特异性 BAC（细菌人工染色体）FISH 使我们首次能够显示额外的 15 号染色体片段插入到 HAP1 基因组 19 号染色体的 p 臂而不是 q 臂中。结论：我们的研究揭示了 CIN 的高发生率，导致大多数 HAP1 细胞系的核型异质性，并且细胞系之间的染色体畸变数量有所不同。值得注意的观察是与 13 号染色体相关的结构染色体畸变频率很高。我们表明，CRISPR-Cas9 基因编辑技术与自发二倍体化和长期体外细胞培养相结合，可能有助于在现有 CIN 的 HAP1 细胞系中诱导进一步的染色体重排。
癌细胞系中药物敏感性的两步多词建模，以识别驾驶机制
人类癌细胞系的药物敏感性预测模型构成了在临床前环境中识别潜在反应性因素的重要工具。整合从一系列异质数据中得出的信息至关重要，但仍然是不平凡的，因为数据结构的差异可能会阻碍拟合算法将足够的权重分配给不同的OMIC数据中包含的互补信息。为了抵消这种效果，该效果倾向于仅导致一种数据类型主导所谓的多摩斯模型，我们开发了一种新颖的工具，使用户能够在第一步中分别训练单摩尼斯模型，并在第二步中将它们集成到多摩s模型中。进行了广泛的消融研究，以促进对奇异数据类型及其组合的各自贡献的深入评估，从而有效地识别它们之间的冗余和相互依赖性。此外，单词模型的集成通过一系列不同的分类算法实现，从而可以进行性能比较。被发现与药物敏感性显着转移相关的分子事件和组织类型集可以返回，以促进对药物反应性潜在驱动因素的全面而直接的分析。我们的两步方法产生了一组实际的多媒体泛 - 批处理分类模型，这些模型对GDSC数据库中的大多数药物具有很高的预测。在具有特定作用模式的有针对性药物的背景下，其预测性能与将多词数据合并到简单的一步方法中的分类模型相比。此外，案例研究表明，它在正确识别已知的特定药物化合物的关键驱动因素以及为其他候选者提供其他药物敏感性因素方面取得了成功。
利用核糖核蛋白复合物对多种鲑鱼细胞系进行有效的基因组编辑
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据 未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者（此版本于 2020 年 4 月 3 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.04.03.022038 doi：bioRxiv preprint