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World File Search System耗竭
高ATP生产燃料抗癌药物耐药性和转移：线粒体ATP耗竭治疗 对AI技术的全面综述，用于解决工作雇用算法偏见
最近，我们提供了证据，表明高线粒体ATP的产生是癌症治疗的新治疗靶标。使用ATP作为生物标志物，我们从总细胞群体中分离了“代谢性能”癌细胞。重要的是，ATP高的癌细胞在表型上是最具侵略性的，具有增强的茎状特性，表现出多药耐药性和细胞迁移，侵袭和自发转移的能力。在支持这些观察结果的过程中，ATP高细胞表明了线粒体蛋白和其他蛋白质生物标志物的上调，这些蛋白质特定与茎和转移有关。因此，我们提出，“能量性能”癌细胞将更好地抵抗I）i）i）敌对的微环境和/或II）常规化学疗法的选择压力，从而使它们自然而然地基于其生存，以基于其高的ATP含量，最终驱动肿瘤肿瘤肿瘤和膨胀的延伸和膨胀的中转。根据这一能量假设，ATP-HIGH MDA-MB-231乳腺癌细胞在体内在临床前模型中转移的能力急剧增加。相反，通过使用FDA批准的药物（Bedaquiline）处理，转移很大程度上被阻止，该药物与线粒体ATP合酶结合并抑制了ATP耗竭。从临床上讲，这些新的治疗方法可能对预防治疗失败和避免癌细胞休眠的重要意义，通过采用ATP止动疗法，甚至针对特殊的癌细胞。
（DNA-结合蛋白Pull-down） 货号
NCOA3是通过ESRRB招募到目标基因座的ERRE的。（a）使用先前描述的野生型（WT）或ERRE突变序列的DNA下拉测定法（Feng et al。2009）或Nanog（van den Berg等人 2008）。 生物素化探针（40–50-50碱基对[BP]）与来自Flag-EsRRB和NCOA3转染的COS-1细胞的提取物一起孵育，并在链霉亲蛋白珠上回收，并通过Western Blotting可视化与DNA相关的蛋白质。 （b）ESRRB，KLF4，NANOG和SOX2 ERRES的ESRRB和NCOA3富集水平以及一个基因（Inter。） 通过CHIP和QPCR评估的ESC中的控制区域，并相对于输入表示。 数据是三个生物学重复的平均6 SEM。 （c）ESRRB耗竭后的候选基因座的NCOA3和ESRRB富集水平相对于输入表示。 在每个实验中，富集SHGFP转染的细胞的富集设置为100％。 数据是至少两个独立实验的平均6 SD。 B和C中的虚线表示对照IgG（Santa Cruz Biotechnology）的背景富集。 （d）蛋白质印迹显示特定的ESRRB蛋白耗竭后48小时用ShesRRB转染。 请注意，此时NCOA3和OCT4级别不变。 （E）使用Nanog野生型或ERRE突变探针的DNA下拉分析，该探针还包含相邻的OCT – SOX位点（Van Den Berg等人 2008），并从NCOA3，OCT4和SOX2转染的COS-1提取细胞提取物。2009）或Nanog（van den Berg等人2008）。 生物素化探针（40–50-50碱基对[BP]）与来自Flag-EsRRB和NCOA3转染的COS-1细胞的提取物一起孵育，并在链霉亲蛋白珠上回收，并通过Western Blotting可视化与DNA相关的蛋白质。 （b）ESRRB，KLF4，NANOG和SOX2 ERRES的ESRRB和NCOA3富集水平以及一个基因（Inter。） 通过CHIP和QPCR评估的ESC中的控制区域，并相对于输入表示。 数据是三个生物学重复的平均6 SEM。 （c）ESRRB耗竭后的候选基因座的NCOA3和ESRRB富集水平相对于输入表示。 在每个实验中，富集SHGFP转染的细胞的富集设置为100％。 数据是至少两个独立实验的平均6 SD。 B和C中的虚线表示对照IgG（Santa Cruz Biotechnology）的背景富集。 （d）蛋白质印迹显示特定的ESRRB蛋白耗竭后48小时用ShesRRB转染。 请注意，此时NCOA3和OCT4级别不变。 （E）使用Nanog野生型或ERRE突变探针的DNA下拉分析，该探针还包含相邻的OCT – SOX位点（Van Den Berg等人 2008），并从NCOA3，OCT4和SOX2转染的COS-1提取细胞提取物。2008）。生物素化探针（40–50-50碱基对[BP]）与来自Flag-EsRRB和NCOA3转染的COS-1细胞的提取物一起孵育，并在链霉亲蛋白珠上回收，并通过Western Blotting可视化与DNA相关的蛋白质。（b）ESRRB，KLF4，NANOG和SOX2 ERRES的ESRRB和NCOA3富集水平以及一个基因（Inter。）通过CHIP和QPCR评估的ESC中的控制区域，并相对于输入表示。数据是三个生物学重复的平均6 SEM。（c）ESRRB耗竭后的候选基因座的NCOA3和ESRRB富集水平相对于输入表示。在每个实验中，富集SHGFP转染的细胞的富集设置为100％。 数据是至少两个独立实验的平均6 SD。 B和C中的虚线表示对照IgG（Santa Cruz Biotechnology）的背景富集。 （d）蛋白质印迹显示特定的ESRRB蛋白耗竭后48小时用ShesRRB转染。 请注意，此时NCOA3和OCT4级别不变。 （E）使用Nanog野生型或ERRE突变探针的DNA下拉分析，该探针还包含相邻的OCT – SOX位点（Van Den Berg等人 2008），并从NCOA3，OCT4和SOX2转染的COS-1提取细胞提取物。富集SHGFP转染的细胞的富集设置为100％。数据是至少两个独立实验的平均6 SD。B和C中的虚线表示对照IgG（Santa Cruz Biotechnology）的背景富集。（d）蛋白质印迹显示特定的ESRRB蛋白耗竭后48小时用ShesRRB转染。请注意，此时NCOA3和OCT4级别不变。（E）使用Nanog野生型或ERRE突变探针的DNA下拉分析，该探针还包含相邻的OCT – SOX位点（Van Den Berg等人2008），并从NCOA3，OCT4和SOX2转染的COS-1提取细胞提取物。
修复CRISPR引导的RNA断裂启用站点 -
。STHCSM的RNA裂解在每个切割位点生成2'，3'> P和5'-OH，我们假设RTCB的连接酶活性参与了图中确定的RNA修复。1（中间）。b）用抗RTCB或抗ACTB（加载对照）抗体的蛋白质印迹，用（+）或没有（ - ）RTCB耗竭的293T细胞的裂解物进行抗体。参见图中的未编写图像。S2。c）PARK7成绩单针对5
胰腺癌通过TGF-β– ...
胰腺导管腺癌（PDAC）是一种致命疾病，由于诊断晚期而无法治愈，这使任何具有治疗性干预措施具有挑战性。大多数PDAC患者减轻了从头糖尿病，这会加剧其发病率和死亡率。PDAC如何触发糖尿病仍在展开。使用KRAS G12D驱动的PDAC的小鼠模型，该模型忠实地概述了人类疾病的进展，我们观察到β细胞的大量和选择性耗竭，很早就出现在癌性病变的阶段。从机械上讲，我们发现PDAC pRogres-sion期间TGFβ（TGF-β）信号传导增加导致β细胞质量通过凋亡侵蚀。通过TGF-β免疫中性化或遗传通过删除SMAD4或TGF-βII型受体（TβRII）在药理学上按下TGF-β信号传导，从而对PDAC驱动的β-Cell Depetion提供了实质性保护。从转化的角度来看，TGF-β信号传导的激活和β细胞的耗竭经常出现在人类PDAC中，为PDAC患者的糖尿病发病提供了一种机械解释，并进一步暗示新的糖尿病是PDAC的潜在预后标记。
复制周期定时确定噬菌体对胞苷脱氨酶毒素/抗毒素细菌防御系统的敏感性
毒素 - 抗毒素（TA）系统是细菌用来调节噬菌体防御等细菌过程的普遍存在的两基因基因座。在这里，我们演示了一种新型III型TA系统AVCID的机制，并激活了对噬菌体感染的抵抗力。系统的毒素（AVCD）是一种脱氧胞苷脱氨酶，将脱氧胞苷（DC）转化为脱氧尿苷（DU），而RNA抗毒素（AVCI）抑制AVCD活性。我们已经表明，AVCD在噬菌体感染时脱氨基核苷酸脱氨基核苷酸，但是激活AVCD的分子机械词是未知的。在这里我们表明，AVCD的激活是由噬菌体诱导的宿主转录抑制，导致不稳定AVCI的降解。AVCD激活和核苷酸耗竭不仅减少噬菌体复制，而且还增加了缺陷的噬菌体形成。令人惊讶的是，AVCID不抑制的T7等噬菌体的感染也导致AVCI RNA抗毒素降解和AVCD激活，这表明AVCI的耗竭不足以赋予对某些噬菌体的保护。相反，我们的结果支持像T5这样较长复制周期的噬菌体对AVCID介导的保护敏感，而像T7这样的复制周期较短的噬菌体具有抗性。
单细胞和批量 RNA 测序综合分析揭示结直肠癌杯状凋亡相关基因的预后模型和肿瘤微环境重塑机制
背景：最近，人们对铜凋亡（一种由铜介导的程序性细胞死亡形式）产生了浓厚的兴趣。铜凋亡相关基因影响结直肠癌 (CRC) 发展的具体机制尚不清楚。方法：在这里，我们将批量 RNA 测序与 scRNA 测序相结合，以研究 CRG 在 CRC 中的功能。选择了 61 个铜凋亡相关基因进行进一步研究。通过 Lasso-Cox 确定了 9 个预后 CRG。创建了风险评分，并将患者分为两个不同的组，即低风险评分组和高风险评分组。使用 CIBERSORT、ESTIMATE、MCP-counter、TIDE 和 IPS 对 TME 进行评分，并使用 GSVA 和 GSEA 评估两组中的通路。此外，我们使用细胞通讯分析探索基于 scRNA 测序的 COX17 和 DLAT 的肿瘤微环境重塑机制。最后，我们使用 IHC 和 qPCR 来验证 COX17 和 DLAT 的表达。结果：AOC3、CCS、CDKN2A、COX11、COX17、COX19、DLD、DLAT 和 PDHB 被认为是 CRC 中的预后 CRG。高危组预后最差，免疫缺陷表型，并且对 ICB 治疗更具抵抗力。此外，scRNA-seq 分析显示 CD4-CXCL13Tfh 中 COX17 表达升高可能导致免疫逃避，而 DLAT 具有相反的作用，逆转 T 细胞耗竭并诱导细胞焦亡以促进 CD8-GZMKT 浸润。结论：本研究利用杯状凋亡相关基因开发了一个预后框架，该框架可有效预测 CRC 患者的预后、TME 类型和对免疫治疗的反应。此外，我们的研究揭示了一个新发现，即 CRC 中 CD4- CXCL13 T 细胞内 COX17 表达水平升高会介导 T 细胞耗竭和 Treg 浸润，而 DLAT 则被发现通过逆转 T 细胞耗竭和诱导细胞焦亡来促进抗肿瘤免疫激活。
脑损伤后的行为和转录组变化......
摘要：去甲肾上腺素 (NE) 在塑造行为结果方面起着不可或缺的作用，包括焦虑/抑郁、恐惧、学习和记忆、注意力和转移行为、睡眠-觉醒状态、疼痛和成瘾。然而，尚不清楚 NE 释放失调是这些行为适应不良取向的原因还是结果，其中许多与精神疾病有关。为了解决这个问题，我们使用了一种独特的遗传模型，其中大脑特异性囊泡单胺转运体-2 (VMAT2) 基因表达在 NE 阳性神经元中被去除，从而禁用整个大脑中的 NE 释放。我们通过将 floxed VMAT2 小鼠与在多巴胺 β -羟化酶 (DBH) 基因启动子下表达 Cre 重组酶的小鼠杂交来设计 VMAT2 基因剪接和 NE 耗竭。在这项研究中，我们对 VMAT2DBHcre KO 小鼠进行了全面的行为和转录组学表征，以评估中枢 NE 在行为调节中的作用。我们证明了 NE 耗竭会产生抗焦虑和抗抑郁样作用，改善情境恐惧记忆，改变转移行为，降低对安非他明的运动反应，并在非快速眼动 (NREM) 阶段诱导更深的睡眠。相反，NE 耗竭不会影响空间学习和记忆、工作记忆、对可卡因的反应以及睡眠-觉醒周期的结构。最后，我们使用此模型来识别在没有 NE 释放的情况下可以上调或下调的基因。我们发现突触囊泡糖蛋白 2c (SV2c) 基因表达在几个大脑区域（包括蓝斑 (LC)）中上调，并且能够验证这种上调是长期社交失败脆弱性的标志。NE 系统是一个复杂且具有挑战性的系统，由于它分布在大脑中，因此涉及许多行为取向。在我们的研究中，我们揭示了 NE 神经传递在多种行为中的具体作用，并将其与分子基础联系起来，为未来理解 NE 在健康和疾病中的作用开辟了方向。
系统性硬化症患者外周血浆母细胞和浆细胞中外酶 CD38 表达增加
系统性硬化症 (硬皮病；SSc) 是一种病因不明的免疫介导疾病，其特征是皮肤和内脏器官（尤其是肺、胃肠道和心脏）的血管病变和纤维化 ( 1 )。尽管付出了所有努力，但目前尚无治愈性疗法，SSc 仍然是一种严重的疾病，可导致残疾，其发病率和死亡率与纤维化的程度直接相关 ( 1 )。由于免疫失调被认为在 SSc 的发病机制中起着重要作用，因此基于免疫抑制药物（如霉酚酸酯）的治疗方案仍然是主要的治疗选择，尤其是对于伴有严重肺部疾病的 SSc ( 2 )。自身抗体（其中一些具有潜在致病性 ( 3 )）是 SSc 的标志，再加上 SSc 患者皮肤活检中的滤液中的 B 细胞，表明适应性免疫参与了该疾病的发病机制，并促进了利妥昔单抗 (RTX) 等 B 细胞耗竭药物的治疗应用。利妥昔单抗是一种抗 B 细胞抗原 CD20，但其在结缔组织疾病中的作用机制仍不清楚，可能不只是 B 细胞的耗竭。关于其在 SSc 中的疗效，报告的数据相互矛盾 ( 4 )。在最近的系统评价和荟萃分析中，Goswami 及其同事表明，RTX 作为 SSc 间质性肺病的治疗方法，在治疗的第一年改善了 FVC 和 DLco ( 5 )。另外两篇系统评价和荟萃分析 ( 6 , 7 ) 以及一项纳入了 254 名 SSc 患者的观察性研究 ( 8 ) 表明皮肤评分改善、器官受累稳定。尽管观察到了这些可能的有益作用，但尚未记录到长期效果。RTX 疗效的一个潜在缺点可能来自于以下事实：这种药物在 B 细胞耗竭方面确实有效，但浆细胞和造血干细胞不在其靶点之列。长寿浆细胞被认为是 SSc 发病机制中的重要参与者，因为它们与 CD20+ B 细胞一起渗入 SSc 患者的皮肤，并且是 SSc 自身抗体的主要来源，这些自身抗体也可能发挥功能性作用 ( 9 )。