XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System膜蛋白
memprot.gpcr-modsim：否则膜蛋白的建模和模拟
。圣地亚大学，加利亚，加利亚，15706年，UPSALA，SE 750 02，SWEED医院Universitorio，33011电子邮件：ng.teran@cinn; Modsim Pharmar AB，Box 2022，SE-75002BMC -BMC -BMC -Box 596，Uppsala，SE电子邮件：悬挂。副编辑：
荧光磁性纳米粒子定向操纵膜蛋白
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2020 年 4 月 1 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.03.30.016477 doi：bioRxiv preprint
跨膜蛋白TMEM230，胶质母细胞瘤治疗的靶点
6 意大利国家研究委员会生物化学和细胞生物学研究所，意大利罗马，7 明斯特大学医院妇产科，德国明斯特，8 布雷西亚大学分子与转化医学系，意大利布雷西亚，9 意大利米兰神经科学研究所，10 米兰大学健康生物医学科学系，意大利米兰，11 美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院 NIDDK 细胞与分子生物学实验室，12 德国明斯特大学医院放射治疗和放射肿瘤学系，13 美国新墨西哥州阿尔伯克基洛夫莱斯生物医学研究所，14 意大利奥尔巴萨诺都灵大学肿瘤学系，15 意大利坎迪奥洛坎迪奥洛癌症研究所 - IRCCS 血管肿瘤实验室，
文章 结构生物学AI时代的ABC跨膜蛋白结构综合收集与预测
摘要：过去四年中，独特的跨膜 (TM) 蛋白质结构的数量翻了一番，这可以归因于低温电子显微镜的革命。此外，AlphaFold2 (AF2) 还提供了大量高质量的预测结构。但是，如果研究的对象是特定的蛋白质家族，那么尽管存在通用和蛋白质域特定的数据库，收集该家族成员的结构仍然极具挑战性。在这里，我们证明了这一点，并评估了通过 ABC 蛋白质超家族自动收集和呈现蛋白质结构的适用性和可用性。我们的流程使用 PFAM 搜索识别和分类跨膜 ABC 蛋白质结构，并旨在根据特殊几何测量 conftors 确定它们的构象状态。由于 AlphaFold 数据库仅包含单个多肽链的结构预测，我们对作为二聚体发挥作用的人类 ABC 半转运蛋白进行了 AF2-Multimer 预测。我们的 AF2 预测警告称，有关相互作用伙伴的一些生化数据的解释可能存在歧义，需要进一步进行实验和实验结构确定。我们通过网络应用程序提供了我们预测的 ABC 蛋白质结构，并加入了 3D-Beacons 网络，通过 PDBe-KB 等平台覆盖更广泛的科学界。
通过无洗涤剂膜蛋白提取与表面等离子体共振生物传感器相结合筛选潜在的 P-糖蛋白抑制剂
摘要 P-糖蛋白(P-gp)在癌细胞中高表达可导致多药耐药(MDR)，抗癌药物与P-gp抑制剂联用是逆转癌症MDR治疗的一种有前途的策略。本研究建立了一种无标记、无洗涤剂的系统，结合表面等离子体共振(SPR)生物传感器和苯乙烯马来酸(SMA)聚合物膜蛋白(MPs)稳定技术来筛选潜在的P-gp抑制剂。首先，利用SMA聚合物从MCF-7/ADR细胞中提取P-gp，形成SMA脂质体(SMALPs)。随后，将SMALPs固定在SPR生物传感器芯片上，建立P-gp抑制剂筛选系统，并测定P-gp与小分子配体的亲和力。方法学考察证明该筛选系统具有良好的特异性和稳定性。从50个天然产物中筛选出9个P-gp配体，并测定了它们与P-gp的亲和常数。体外细胞验证实验表明，粉防己碱、防己诺林碱、前花素B、新黄芩素和淫羊藿苷可以显著增加MCF-7 / ADR细胞对阿霉素（Adr）的敏感性。此外，粉防己碱、前花素B和新黄芩素可以通过抑制P-gp的功能来逆转MCF-7 / ADR细胞的MDR。这是首次将基于SMALPs的稳定化策略应用于SPR分析体系。SMA聚合物可以将P-gp保留在天然脂质双层环境中，从而保持P-gp的正确构象和生理功能。所开发的系统可以快速
突变的水生膜蛋白蛋白中的非共价π相互作用：QM/mm和局部振动模式研究
摘要：蛋白质动力学和功能与发生的能量流有很强的联系。肌红蛋白（MB）及其突变是研究分子水平上振动能传递（VET）过程的理想系统。使用色氨酸（TRP）探针在不同的MB位置引入的抗stokes紫外线共振拉曼研究通过氨基酸替代提出，这表明兽医的量取决于相对于血红素组的TRP探针的位置。受到这项实验工作的启发，我们探索了非共价π相互作用的强度，以及最初由局部振动模式分析（LMA）与铁在Aquotem-MB中结合的轴向和远端配体的共价相互作用，最初是由Konkoli和Cremer开发的。研究了两组非共价相互作用：（1）水配体和TRP环之间的相互作用，以及（2）TRP与血红素基团的卟啉环之间的相互作用。我们通过特殊的局部模式力常数评估了这些非共价相互作用的强度。使用气相和QM/MM计算，研究了基态下的各种TRP模型的水结合的水结合的MB蛋白（总共6个）。我们的结果揭示了兽医确实取决于TRP探针相对于血红素组的位置，也取决于远端组氨酸的互变异群的性质。他们提供了有关如何评估利用LMA的蛋白质中非共价π相互作用以及如何使用这些数据探索兽医的新准则，更通常是蛋白质动力学和功能。1 - 3■引言肌球蛋白（MB）是球蛋白超级家族的杰出成员，在心脏和骨骼肌的众多生理功能中具有重要作用，对于脊椎动物，它负责氧气的储存。
2021 |研究生院和...
膜动力学的分裂，就“膜统治生命”而言，旨在揭示膜的生化各种功能，从而了解膜及其稳态维持所表达的细胞功能。所有分散寿命的构件都是细胞，这些细胞由膜包围。每个细胞都包含各种细胞内细胞器，几乎所有细胞器都被膜包裹。与膜蛋白的统一反应定位在每个细胞器中，细胞器膜形成了形状，从而发挥了细胞器特异性功能。我们希望贡献我们的研究，以阐明一系列膜机制，包括膜蛋白的定位，膜蛋白的功能，细胞器的结构和机器，以了解细胞质。
产生针对多重跨越的多样化抗体...
多跨膜蛋白是超过一半 FDA 批准药物的靶标。它们继续在药物发现中发挥巨大作用，并代表一些最重要的蛋白质家族，包括 G 蛋白偶联受体 (GPCR) 和离子通道。鉴于膜蛋白家族的大小以及需要以较低的脱靶效应靶向单个多跨膜蛋白，许多公司寻求寻求选择性强效抗体疗法，而不是小分子药物。然而，使用传统的免疫和杂交瘤工作流程很难产生足够的药物质量抗体，使用体外展示技术则更加困难。为了满足这一需求，AlivaMab Discovery Services (ADS) 开发了可以在不到标准免疫和体外展示方法所需时间的一半内产生大量高效力抗体的策略。下面，AlivaMab Discovery Services 抗体发现方法应用于多个 GPCR，从而快速产生多种高亲和力抗体。
与纳米盘的合成生物学，以增强对受体信号的靶向和理解
该学生的总体目标是创建量身定制的超稳定膜纳米盘，以加速结构表征并生成粘合剂到整体膜蛋白。自行车疗法具有独特的技术：自行车肽将短线性肽限制在使用中央化学支架的稳定的双循环结构中。该结构赋予了强大的类似药物的特性，包括高亲和力结合和快速组织渗透，以对针对小分子或抗体疗法的靶标产生治疗剂。自行车最初是通过针对固定目标筛选数十亿个变体来选择的。此选择是可溶性蛋白或具有较大结构性外域的膜蛋白的常规方法，但对于多跨膜（Multitm）膜蛋白（尤其是离子通道和GPCR）来说，仍然是一个重大挑战。MULTITM蛋白更难表达和纯化，并且通常会失去洗涤剂中的天然构象。MULTITM蛋白代表了自行车的一些最重要的目标，因此Howarth在蛋白质技术和蛋白质工程方面的专业知识可以促进这一挑战。Howarth组创建了Spytag，这是一种与间谍蛋白质混合后形成自发异肽键的肽。每个成分由常规20氨基酸组成，并且在不同条件下反应是快速而特异的（Keeble/Howarth PNAS 2019，Keeble和Howarth，Chem SCI 2020）。纳米盘是小蛋白，可以封装整体膜蛋白，形成一个含有天然膜脂质的环。生长抑素受体。纳米散发是在与清洁剂溶解度更接近细胞环境的环境中研究溶解的膜蛋白的变化性。然而，纳米盘面临着不稳定和缺乏受控组装的挑战，这些挑战抑制了它们对许多应用的使用，包括按噬菌体显示筛选粘合剂，对粘合剂的亲和力确定和冷冻剂以了解和优化自行车结合。将Spytag/Spycatcher技术与纳米盘结合起来，可以实现纳米盘的分子内环化，增强多性蛋白质的稳定性，并生成具有可调尺寸范围的Spyring-Nanodiscs，可适应于不同的膜蛋白和复合物。在这里，我们将首先验证E. coli表达的Spyring-nanodiscs从HEK 293S细胞中捕获，该单元具有感兴趣的Multitm靶标的自行车，其文献具有隔离和已知配体的先例，例如自行车和已知配体的特征是通过生物物理或生化测定法具有亲和力和特异性。APO和配体蛋白质结构也将通过冷冻研究进行研究。然后，我们将使用异肽交联和基于结构的设计采用蛋白质工程，合并