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DNA和核小体的联想记忆模型
引入了DNA和核小体的模型，目的是研究从单个碱基水平一直到高阶染色质结构的染色体。该模型被称为广泛可编辑的染色质模型（Wechrom），重现了双螺旋的复杂力学，包括其弯曲持久性长度和扭曲持久长度以及前者的温度依赖性。Wechrom Hamiltonian由链连接性，空间相互作用和相关记忆项组成，这些记忆项代表了所有剩余的相互作用，从而导致B-DNA的结构，动力学和机械性特征。讨论了该模型的几种应用，以证明其适用性。Wechrom用于研究圆形DNA在正和阴性超串联的主体中的行为。我们表明，它概括了底膜的形成和放松机械应力的结构缺陷。模型自发地表现出相对于正或负超串联的不对称行为，类似于实验中先前观察到的不对称行为。此外，我们表明，辅助记忆哈密顿量也能够再现核小体脱离部分DNA的自由能。Wechrom旨在模拟10nm纤维的连续可变机械性能，并且凭借其简单性，可以将其扩展到足以研究基因结构组合的分子系统。Wechrom在OpenMM仿真工具包中实现，可以免费使用。
基于植物的生物传感器检测CRISPR介导的基因组工程
4马里兰大学植物科学与景观建筑系，美国马里兰州大学公园，美国5 20742年5月5日生物科学与生物技术研究所，马里兰大学，马里兰大学，罗克维尔，马里兰州20850，美国 * Xiaohan Yang（yangx@ornl.gov）†当前地址：美国中央社区学院 - 黑斯廷斯，NE 68902，美国跑步标题：用于检测CRISPR Systems Abstract CRISPR/CAS的生物传感器最近已成为各种物种中基因组工程最可靠的系统。 然而，对与CRISPR/CAS9技术相关的风险的担忧正在增加，这可能会导致CRISPR基因编辑意外引起的潜在意外DNA变化。 开发一个可以检测和报告生物系统中有源CRIPSR/CAS工具存在的系统是非常必要的。 在这里，我们开发了实时检测系统，可以自发地指示用于基因组编辑和基因调节的CRISPR-CAS工具，包括CRISPR/CAS9核酸酶，基础编辑，质量编辑和植物中的CRISPRA。 使用基于荧光的分子生物传感器，我们证明了CRISPR/CAS9核酸酶，基础编辑，原始编辑和Cripsra的活性在短暂表达中可以通过原生质体转化和叶片浸润（在拟南芥，poplar和烟草中）和稳定的拟南芥中转化。 关键词：CRISPR，基因组编辑，生物传感器，检测，瞬时基因表达。4马里兰大学植物科学与景观建筑系，美国马里兰州大学公园，美国5 20742年5月5日生物科学与生物技术研究所，马里兰大学，马里兰大学，罗克维尔，马里兰州20850，美国 * Xiaohan Yang（yangx@ornl.gov）†当前地址：美国中央社区学院 - 黑斯廷斯，NE 68902，美国跑步标题：用于检测CRISPR Systems Abstract CRISPR/CAS的生物传感器最近已成为各种物种中基因组工程最可靠的系统。然而，对与CRISPR/CAS9技术相关的风险的担忧正在增加，这可能会导致CRISPR基因编辑意外引起的潜在意外DNA变化。开发一个可以检测和报告生物系统中有源CRIPSR/CAS工具存在的系统是非常必要的。在这里，我们开发了实时检测系统，可以自发地指示用于基因组编辑和基因调节的CRISPR-CAS工具，包括CRISPR/CAS9核酸酶，基础编辑，质量编辑和植物中的CRISPRA。使用基于荧光的分子生物传感器，我们证明了CRISPR/CAS9核酸酶，基础编辑，原始编辑和Cripsra的活性在短暂表达中可以通过原生质体转化和叶片浸润（在拟南芥，poplar和烟草中）和稳定的拟南芥中转化。关键词：CRISPR，基因组编辑，生物传感器，检测，瞬时基因表达。
一个随机人群模型，用于癌细胞休眠对治疗成功的影响
摘要。逃避治疗以及随后的疾病进展 - 是当前肿瘤学的主要挑战。在这种情况下的重要作用似乎是由各种形式的癌细胞杂草扮演的。例如，在短时间内，治疗引起的休眠可能会给积极的治疗方法（例如化学疗法和长期休眠）造成严重的障碍，即使在最初成功治疗后很多年，也可能导致复发和转移。潜在的休眠相关机制是复杂且高度多样的，因此，对休眠状态的基本模式的分析甚至需要抽象和理想化，以及相关特定方案的识别。在本文中，我们关注的是，单个癌细胞可以自发地和治疗的响应以及相对短的时间跨度均可转移和从休眠状态转移。我们基于基于随机剂的相互作用的数学“玩具模型”，用于涉及单个短期休眠的癌细胞种群的动力学，并允许一系列（多药）治疗方案。我们的分析表明，在我们理想化的模型中，即使是一小少数的休眠细胞群体也可能导致经典（以及在没有休眠成功）的单药治疗下的治疗失败。我们进一步研究了多种多种药物方案（以特定方式操纵休眠癌细胞）的有效性，并根据人群中存在的休眠机制的类型和参数为设计（多）药物治疗方案的设计提供了一些基本规则。
Adazd-Net：使用 EEG 信号的自动自适应和可解释的阿尔茨海默病检测系统
背景：阿尔茨海默病 (AZD) 是一种退行性神经系统疾病，会导致痴呆并导致大脑萎缩。虽然 AZD 无法治愈，但早期发现和及时治疗可以减缓其进展。AZD 可以通过脑电图 (EEG) 信号有效识别。但是，分析 EEG 信号具有挑战性，因为它们会快速自发地变化。此外，由于机器学习或深度学习模型的预测缺乏可解释性，临床医生对现有模型的信任度很低。方法：本文提出了一种新颖的 Adazd-Net，这是一种使用 EEG 信号自动识别 AZD 的自适应和解释性框架。我们提出了自适应灵活分析小波变换，它可以自动适应 EEG 的变化。这项工作还探索了有效系统性能所需的最佳特征数量，以及最具判别性的通道的发现。本文还介绍了可用于解释分类器模型提供的个体和整体预测的技术。结果：我们通过十倍交叉验证策略在检测 AZD EEG 信号时获得了 99.85% 的准确率。结论：我们提出了一种精确且可解释的 AZD 检测技术。研究人员和临床医生可以使用我们提出的模型来调查有关 AZD 期间大脑变化的隐藏信息。我们开发的 Adazd-Net 模型可用于医院场景中检测 AZD，因为它准确且稳健。© 2023 作者。由 Elsevier BV 出版这是一篇根据 CC BY 许可开放获取的文章（http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
Uppsala University Electroweak对称性破坏和...
希格斯机制是弱规玻色子获得质量术语的过程。这是电子对称组的自发对称破坏的结果。该理论的原始对称性被自发地破坏，因为对于非零常数的电势被最小化。此常数称为真空期望值（VEV）。在该项目中，已经在标准模型（SM）描述中研究了Electroweak对称性破坏，并使用有效的现场理论方法在SM的扩展中进行了研究。已经研究的有效田地理论是标准模型有效田间理论（SMEFT），其有效的尺寸为6。已经使用一个有效的操作员（（（φ†φ）3）进行了分析计算，它影响了Higgs电位和自发对称性破坏。随着添加的运算符，计算了希格斯质量和VEV的表达式。这些表达式可用于修复希格斯自耦合常数与有效操作员的耦合常数之间的关系。仪表和费米亚扇区保持不变，除了它们通过VEV的表达进行了修改。作为论文中理论工作的应用，使用madgraph进行了LHC的Higgs对生产的模拟。此仿真程序计算事件的横截面。模拟既是使用标准模型作为输入进行的，又可以与SMEFT操作员一起研究有效的操作员如何影响HIGGS对的横截面和不变质量。生成的横截面显示出对Wilson系数Cφ的二次依赖性，这意味着我们还必须包括尺寸至八操作符，以使理论保持一致。
斜压湍流的涡旋气体标度机制
大气和海洋的平均状态是通过外部强迫（辐射、风、热量和淡水通量）与产生的湍流之间的平衡来确定的，湍流将能量转移到耗散结构。这种强迫在大气中产生喷流，在海洋中产生洋流，这些涡流通过斜压不稳定性自发地形成湍流涡流。气候理论发展的一个关键步骤是正确地纳入涡流引起的热量、水分和碳等特性的湍流输送。在线性阶段，斜压不稳定性在罗斯贝变形半径处产生流动结构，罗斯贝变形半径在大气中的长度为 1,000 公里量级，在海洋中为 100 公里量级，分别小于行星尺度和海洋盆地的典型范围。因此，温度等特性的大尺度梯度与随机平流温度的小涡流之间存在尺度分离，从而引起有效扩散。数值解表明，只要大气和海洋底部有足够的阻力，这种尺度分离就会在强非线性湍流状态下保持下去。我们计算了控制与斜压湍流相关的涡流驱动输送的尺度定律。首先，我们为以前研究中报告的经验尺度定律提供了理论基础，适用于底部阻力定律的不同公式。其次，这些尺度定律为准确的局部闭合提供了重要的第一步，以预测斜压湍流对大气和海洋大尺度温度分布的影响。
支原体肺炎诱导的11岁男孩的红斑多形：诊断和治疗挑战
支原体肺炎是一种细菌，可引起上呼吸道和非典型肺炎感染[1]。M.肺炎感染会影响皮肤，并可能导致多达25％的病例粘膜受累，可能导致多形性红斑（EM）和Stevens-Johnson综合征（SJS）/毒性表皮坏死分析（10）[2]。M.肺炎在40岁以下的人群中更为普遍。M.肺炎感染可能全年发生，但每三到七年就会发生一次社区爆发。肺炎支原体的临床表现包括温和的症状，例如发烧，咳嗽，喉咙痛，不适和头痛，而EM会出现皮肤上的靶标病变，通常伴有粘膜受累，例如口腔溃疡和结膜炎。大约30％的小儿病例发生了眼部受累。在大多数情况下，症状是轻度的，但在严重的情况下，肺炎支原体会引起严重的并发症：急性肺炎，脑炎，肾功能障碍和溶血性贫血，尤其是在老年人或免疫繁殖的人群中。传播是通过咳嗽或打喷嚏或直接与感染的鼻或喉咙放电的呼吸液滴发生的，或者可能通过受污染的物品间接发生。孵育期的范围为两到三周，大多数情况下轻度病例会自发地解决，但是如果它们变得严重，则会开处方抗生素治疗[1]。然而，5％至10％的肺炎开发症患者可能发育非典型肺炎[1]。然而，5％至10％的肺炎开发症患者可能发育非典型肺炎[1]。
手性$ d $ - 波超导体
手性D波超导性。手性超导体由超导顺序参数和相关拓扑保护的手性手性边缘模式设置的有限的Chern号码。然而，边缘模式产生的手性边缘电流和轨道角动量（OAM）并非受到拓扑保护，因此需要另一种更健壮的实验探测器，以促进手掌D-波超导体的实验性验证。我们最近显示了手性D-波超导体中四倍定量的无芯涡旋（CVS）的外观，由封闭的域壁组成，该壁壁上装饰了八个分数涡流，并产生了Chern数量，手柄和超管配对对称性对称对称性的烟熏枪标志Holmvall和A. M. Black-Schaffer，物理学。修订版b 108，L100506（2023）]。特别是，CV自发地破坏了轴向对称性的平行性手性和涡度，并直接出现在局部密度（LDOS）中，可通过扫描隧道光谱（STS）测量。In this paper, we first demonstrate a strong tunability of the CV size and shape directly reflected in the LDOS and then show that the LDOS signature is robust in the presence of regular Abrikosov vortices, strong confinement, system and normal-state anisotropy, different Fermi surfaces (FSs), nondegenerate order parameters, and even nonmagnetic impurities.总而言之，我们的论文将CVS视为手性D波超导性的可调且可靠的标志。
普通话中歧义的韵律和手势分辨率...
抽象的说话者使用韵律来解决歧义，但是如果韵律不能做出区分，该怎么办？我们探讨了（1）说话者如何采用韵律和手势提示来处理含义模棱两可的句子，以及（2）对歧义性提供有关交流效率和努力的视听性解决方案的见解。三十二名中国人被要求阐明22个模棱两可的普通话句子。一半可以使用韵律在语义上进行区分，而一半则不能。首先，参与者自发地阐明了所有模棱两可的句子，并向同盟国提供了解释，并揭示了他们的主要解释。其次，参与者每次都以暗示不同含义的提示指导，参与者两次表达了相同的模棱两可的句子。参与者的韵律提示和手势进行了编码和分析。结果表明，对于可以韵律区分的模棱两可的句子，参与者采用了各种韵律提示，例如暂停，音调，压力和口语率。此外，有51.85％的句子伴随着参考（标志性的指向）手势，而17.33％的句子伴随着非援助（Beat;互动）手势。然而，当韵律提示无法标记歧义时，参与者采取了更多的参考手势（97.30％），但非指南的手势却更少（1.28％）。总而言之，说话者采用多模式的方法来提高交流效率，而模式之间存在权衡。索引术语：韵律，手势，中文，权衡假设，多模式歧义，沟通效率和努力
类别偏见的神经表征在学习过程中自发形成，强调对特定实例的记忆
类别学习，即学习将一组刺激物分类或分组，会在感知中引起类别偏见，使得同一类别中的物品被认为比不同类别中的物品更相似。当学习目标强调每个刺激物的个体化时，类别偏见会在多大程度上发展，以及偏见是否在学习过程中自发出现而不是对任务要求的反应尚不清楚。在这里，我们在编码过程中使用功能性磁共振成像 (fMRI) 来测试学习过程中单个刺激物神经表征中的类别偏见。人类参与者（男性和女性）遇到面部混合刺激物，这些刺激物具有独特的名字和共同的姓氏，表明其属于同一类别。参与者被要求学习每张脸的全名。神经模式分类和模式相似性分析用于追踪大脑中的类别信息。结果表明，刺激类别可以在许多额叶、顶叶和枕叶区域的编码过程中被解码。此外，来自同一类别的两个刺激在前额叶皮层中的表征比来自不同类别的两个刺激在物理相似性方面更相似。这些发现表明，仅仅存在类别标签就可以在编码过程中自发地偏向神经表征以强调与类别相关的信息，即使在没有明确的分类要求并且与类别无关的信息仍然与任务目标相关的情况下也是如此。