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使用基于标记扩增子的 NGS 检测方法通过液体活检基因组分析确定具有可操作突变的致癌成瘾晚期 NSCLC 患者的预后
基于循环肿瘤 DNA (ctDNA) 的分子分析正在通过多基因下一代测序 (NGS) 面板在晚期癌症患者的临床实践中迅速获得关注。然而，临床结果仍然描述不详，需要通过对血浆 ctDNA 中检测到基因组改变的患者进行个性化治疗来进一步验证。在这里，我们描述了通过 ctDNA 液体活检检测 InVisionFirst ® -Lung 在血浆中发现可操作改变的致癌成瘾晚期 NSCLC 患者的结果、3 个月时的疾病控制率 (DCR) 和无进展生存期 (PFS)。对 81 名晚期 NSCLC 患者进行了汇总回顾性分析，这些患者具有预测对目前 FDA 批准药物有反应的所有类型的改变：致敏常见 EGFR 突变（78%，n = 63）和 T790M（73%，46/63）、ALK / ROS1 基因融合（17%，n = 14）和 BRAF V600E 突变（5%，n = 4）。所有患者均通过先前的组织基因组分析确认了液体活检中检测到的可操作驱动改变，并且所有患者都接受了个性化治疗。在接受匹配靶向治疗的 82 名患者中，10% 为一线患者，41% 为二线患者，49% 为二线以上患者。 73% (46/63) 的患者在 TKI 复发时被检测到获得性 T790M，所有潜在患者 (34/46) 均根据 ctDNA 结果开始奥希替尼治疗。81 名可评估患者的 3 个月 DCR 为 86%。中位 PFS 为 14.8 个月 (12.1-22.9 个月)。基线 ctDNA 等位基因驱动基因分数与个性化治疗的反应率无关 (p = 0.29)。ctDNA 分子分析是一种准确可靠的工具，可用于检测晚期 NSCLC 患者中临床相关的分子改变。靶向治疗的临床结果支持将基于扩增子的 NGS ctDNA 分析液体活检用于晚期 NSCLC 患者的一线和复发检测。
致癌基因突变或致癌基因 KRAS 或 BRAF 的过度表达不足以导致致癌基因成瘾
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据 未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者（此版本于 2020 年 5 月 29 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.05.26.117911 doi：bioRxiv 预印本
实体肿瘤样本中潜在可操作的体细胞致癌突变的鉴定及其临床影响
摘要背景：越来越多的抗癌治疗药物针对多种不同肿瘤类型表达的特定突变蛋白。这些疗法的成功使用取决于患者肿瘤内是否存在可产生临床疗效或耐药性的体细胞突变。方法：我们的研究旨在确定 47 种癌症相关基因中潜在可靶向的复发性体细胞热点突变的类型、频率、重叠和功能性蛋白质组学效应，这些基因位于多个疾病部位，可能成为使用现有药物或临床开发中药物的潜在治疗靶点。结果：使用 MassArray 技术，在分析的 1300 个患者肿瘤中，571 个（43.9%）至少有一个体细胞突变。在 30 个不同的基因中发现了突变。KRAS（16.5%）、PIK3CA（13.6%）和 BRAF（3.8%）是最常见的突变基因。前列腺（10.8%）的体细胞突变数量最少，而肉瘤中未发现任何突变。眼黑色素瘤 (90.6%)、子宫内膜癌 (72.4%) 和结直肠癌 (66.4%) 的突变数量最多。我们注意到肿瘤不同部位 (94%) 和匹配的原发性和转移性样本 (90%) 中的突变具有高度一致性。KRAS 和 BRAF 突变是互斥的。突变共现主要涉及 PIK3CA 和 PTPN11 ，以及 PTPN11 和 APC 。反相蛋白阵列 (RPPA) 分析表明，与野生型肿瘤相比，突变肿瘤中的 PI3K 和 MAPK 信号通路发生更大改变。结论：热点突变分析是一种敏感、高通量的方法，可用于识别与癌症分子疗法具有临床相关性的突变，并且可能有助于识别基因型驱动的临床试验的新机会。