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World File Search System药物筛选
基于单分子追踪的药物筛选
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2023 年 11 月 22 日发布。；https://doi.org/10.1101/2023.11.12.566743 doi：bioRxiv preprint
基于单分子追踪的药物筛选
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2023 年 11 月 15 日发布。；https://doi.org/10.1101/2023.11.12.566743 doi：bioRxiv preprint
斑马鱼药物筛选证实厄洛替尼是 T 细胞急性淋巴细胞白血病中 Wnt/β-Catenin 信号和自我更新的抑制剂
图 1：6xTCF/LEF-miniP:GFP 斑马鱼系对 Wnt 信号通路的小分子调节剂产生可量化的反应。(A) Wnt/β-catenin GFP 报告基因 6xTCF/LEF-miniP:dGFP 转基因斑马鱼系的示意图。(B) 受精后 48 小时 (hpf) 的 6xTCF/LEF-miniP:dGFP 斑马鱼幼虫。GFP 荧光表明 Wnt 信号活跃，尾鳍 (虚线框) 用于量化。(C) 用 DMSO、Wnt 通路抑制剂 XAV939 或 Wnt 通路激活剂 BIO 处理 24 小时的 6xTCF/LEF- miniP:dGFP 幼虫中的代表性尾鳍荧光。从左到右的面板显示了明场图像、GFP 荧光和使用 ImageJ 软件对荧光进行标准化阈值处理。图中标出了与 DMSO 相比荧光增加或减少的百分比。比例尺 = 500 μm。
细胞系多组学和药物筛选数据的统计整合
数据集成方法用于获得多个数据集的统一摘要。对于多模态数据，我们提出了一种计算工作流程来联合分析来自细胞系的数据集。该工作流程包括一种用于组学数据的新型概率数据集成方法，称为 POPLS-DA。该工作流程的动机是对突触核蛋白病的研究，其中在受影响的 LUHMES 细胞系和对照中测量转录组学、蛋白质组学和药物筛选数据。目的是突出显示与突触核蛋白病有关的潜在可用药途径和基因。首先，使用 POPLS-DA 优先考虑最能区分病例和对照的基因和蛋白质。对于这些基因，构建了一个集成的相互作用网络，其中药物筛选数据被纳入网络中以突出显示可用药的基因和途径。最后进行功能富集分析以识别保护性药物靶向的突触和溶酶体相关基因和蛋白质簇。我们发现，热休克蛋白 70 家族成员 HSPA5 是经过验证的药物（尤其是 AT1 阻滞剂）最常针对的基因之一。HSPA5 和 AT1 阻滞剂之前已被证实与 α-突触核蛋白病理和帕金森病有关，这显示了我们的发现的相关性。我们的计算工作流程确定了治疗突触核蛋白病的新方向。基于 R 和 markdown 的实现可在线免费获取。
研究论文 VPS16 在肝细胞癌中的预后意义的生物信息学分析及其在药物筛选中的作用
背景 . 液泡蛋白分选16 (VPS16) 过表达近来被认为与癌症生长和耐药性有关；然而，关于 VPS16 是否在肝细胞癌 (LIHC) 中起重要作用知之甚少。方法 . 使用TIMER2在线数据库分析VPS16在泛癌中的表达，并使用Xena Browser探讨VPS16表达水平与生存时间之间的相关性。使用R语言测试TCGA数据库中374例LIHC病例的生存数据。使用DESeq2进行差异表达基因 (DEG) 分析。使用HPA数据库验证VPS16在LIHC中的表达水平。使用clusterProfiler包通过GO/KEGG富集分析分析功能和相关信号通路。利用药物敏感性分析和分子对接技术筛选出最敏感的针对VPS16分子的药物。结果 .全癌分析显示VPS16在多种肿瘤中均有高表达，尤其在LIHC中。随着LIHC的T分期和分级的增加，VPS16的表达水平也增加。VPS16的表达与LIHC患者总生存期呈负相关。分期可作为独立的预后因素。共发现63种敏感药物，其中19种药物与VPS16显示出较强的分子结合能。结论。VPS16可能是LIHC诊断和预后的潜在生物标志物。未来以VPS16为靶点的药物可能应用于LIHC的治疗。
海军药物筛选实验室杰克逊维尔
样本检测/报告 - 样本通过美国邮政服务、私人承运商（FEDEX、DHL、UPS）或现场送达实验室，并由实验室根据提交命令接收。 - 样本送达实验室后，入库部门将对其进行处理，以备检测。在样本处理和加工过程中，严格遵守保管链协议。 - 经入库部门处理后，将尿液样本的一部分倒入带标签的试管中，并送至筛查部门进行初步筛查检测（定性检测）。如果未检测到药物，则报告样本为阴性。如果检测到药物，则将另一部分尿液从原始样本瓶倒入带标签的试管中，并送至确认部门进行定量检测。 - 使用气相或液相色谱/质谱法对送至确认部门的尿液样本进行药物或代谢物的存在和浓度检测。如果结果表明药物或其代谢物等于或超过国防部限值，则报告样本为阳性。如果浓度低于国防部限值，则该样本被报告为阴性。
用于药物筛选、定量和确认的新型 Orbitrap Exploris 120 质谱仪上的 LC-MS/MS 毒理学工作流程
通用实验室设备 – 仅供毒理学使用。© 2022 Thermo Fisher Scientific Inc. 保留所有权利。除非另有说明，否则所有商标均为 Thermo Fisher Scientific 及其子公司的财产。TOM Kits 是美国政府机构美国卫生与公众服务部 (U.S. Department of Health and Human Services) 的商标。此信息作为 Thermo Fisher Scientific Inc. 产品功能的示例提供。并非旨在鼓励以任何可能侵犯他人知识产权的方式使用这些产品。规格、条款和定价如有变更，恕不另行通知。并非所有产品在所有国家/地区均有供应。有关详细信息，请咨询您当地的销售代表。TN000794-na-en 0922S
增强寡转移性结直肠癌的临床决策能力：患者来源的类器官药物筛选的潜在作用
2018 年 7 月，一名 56 岁的健康男性接受了结肠镜筛查，并被诊断为左侧结肠肿块，表现为中度分化 (G2) 腺癌。随后，计算机断层扫描 (CT) 扫描显示肝 VIII 和 V 段有两个转移性病变（图 1A）。基线癌胚抗原 (CEA) 为 15.5 ng/mL，癌抗原 (CA) 19.9 为 55 U/mL。经过多学科讨论并根据标准分子生物标志物评估，显示微卫星稳定性，RAS 和 BRAF 无突变，且无 ERBB2 扩增，患者接受了四轮新辅助 FOLFOX 加帕尼单抗治疗（图 2）。治疗因 3 级无发热性中性粒细胞减少症而变得复杂，需要聚乙二醇化格司亭支持。没有发生其他不良事件。
重新利用的药物筛选可识别出...
阻断 SARS-CoV-2 刺突蛋白与其受体 ACE2 相互作用的重新利用的药物可以为新型 COVID-19 治疗或预防提供快速途径。在这里，我们从国际监管机构批准的商业药物库中筛选了 2,701 种化合物，以了解它们抑制重组三聚体 SARS-CoV-2 刺突蛋白与重组人 ACE2 结合的能力。我们确定了 56 种以浓度依赖性方式抑制结合的化合物，测量了结合抑制的 IC 50，并通过计算模拟了最佳抑制剂与 Spike-ACE2 结合界面的对接。最佳候选药物是硫链丝菌素、催产素、尼洛替尼和羟基喜树碱，其 IC50 在 4 – 9 μ M 范围内。这些结果强调了一种有效的筛选方法，可以识别能够破坏 Spike-ACE2 相互作用的化合物，以及识别几种潜在的 Spike-ACE2 相互作用抑制剂。