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World File Search System药物筛选
阿米莉亚项目
乳腺癌通常根据激素受体的表达情况分为亚型，而不考虑其他基因的克隆扩增。我们的实验室发现 14% 的乳腺癌患者有两种致癌基因热休克因子 1 (HSF1) 和细胞性粒细胞瘤病 (c-MYC) 的拷贝数扩增，这两种基因编码同名的转录因子。已知这些转录因子通过多种机制驱动癌症，包括增加干细胞、代谢和存活率。由于转录因子很难用药物靶向，我们旨在用染色质修饰剂的抑制剂间接抑制这些转录因子的活性。我们使用卵巢癌细胞系作为模型进行了药物筛选，以找到染色质修饰剂抑制剂，这些抑制剂可以选择性地杀死 HSF1 和 c-MYC 基因扩增的细胞。在药物筛选中，我们发现携带 HSF1- MYC 共扩增的细胞系对组蛋白去乙酰化酶 (HDAC) 抑制剂的敏感性高于没有这种共扩增的癌细胞系。我们的初步结果表明，HDAC 抑制剂 Entinostat 可降低 HSF1 和 c-MYC 蛋白水平，并降低其直接下游靶标的 mRNA 表达。我们的实验室将进一步研究组蛋白去乙酰化酶抑制剂 Entinostat 在含有 HSF1 和 c-MYC 扩增的癌症中降低 HSF1 和 c-MYC 的机制，以及 Entinostat 在这些癌症中的疗效。
研究论文 MiniPDX 模型指导晚期胃癌个性化治疗
背景.我国胃癌发病率和死亡率较高，对接受规范治疗的胃癌患者制定精准、个体化的用药方案面临挑战，患者产生耐药后选择最合适的抗癌药物对改善患者预后至关重要。MiniPDX作为一种新型、可靠的预测抗癌药物敏感性的临床前研究模型已被广泛应用。方法.利用上海立德生物技术有限公司研发的OncoVee ® MiniPDX系统，以胃癌患者标本建立MiniPDX模型。在内镜下取癌组织穿刺，制备肿瘤细胞悬液，通过Balb/c裸鼠皮下植入进行药敏试验。采用MiniPDX试验筛选出的最佳方案用于治疗耐药胃癌患者。结果.我们于2021年1月至2021年7月成功为4例患者建立了个性化、高灵敏度的药物筛选体系。MiniPDX模型为这4例患者找到了可能有效的药物，其中2例患者经治疗后病情部分缓解，另2例患者病情进展。并非所有患者均出现化疗或靶向治疗的严重副作用。结论。建立耐药胃癌患者个性化药物筛选体系，可指导临床用药选择，提高患者临床获益，避免无效治疗，可作为治疗方案的有效补充。
类器官技术的进展
摘要 类器官技术彻底改变了生物医学研究，为研究人类发育生物学、疾病病理学和药物发现提供了一种变革性的方法。本综述综合了类器官研究的最新进展，强调了类器官复杂性、方法和应用方面的创新。我们讨论了类器官开发的最新技术，包括创建更复杂和更具代表性的组织模型的进展。本综述强调了类器官在疾病建模中的变革潜力，展示了它们复制复杂人类疾病状态的能力，并作为药物筛选和治疗测试的平台。此外，我们还探讨了类器官研究的新兴技术和未来方向，应对当前的挑战和进一步发展的机遇。通过整合最近的文献，本综述全面概述了类器官技术的最新进展及其彻底改变基础和应用生物医学研究的潜力。最近的进展包括解决缺氧诱导的细胞死亡和增强类器官内血管化的策略，从而改善了它们的生理相关性。关键词：类器官、疾病建模、药物发现、组织模型、药物筛选、治疗测试、新兴技术、缺氧诱导细胞死亡。国际卫生技术与创新杂志 (2024) 如何引用本文：Branham KS、Muddani SR、Saladula S、Parveen A。类器官技术的进步：创新、应用和未来方向。国际卫生技术与创新杂志。2024；3(3)：50-53。Doi：10.60142/ijhti.v3i03.08 支持来源：无。
新型药物研发平台：肿瘤类器官
胰腺导管腺癌 (PDAC) 是所有癌症类型中最致命的癌症之一，其 5 年相对生存率不足 8%。目前，手术是 PDAC 唯一可能的治愈方法，只有 10-15% 的确诊患者可以接受手术。类器官在形态上与原始组织相似，并具有自组织能力。类器官可以从单个患者来源的肿瘤组织中高效培养，这使其成为转化应用和个性化癌症医学改进的极其合适的模型。在基于类器官的个性化医学应用于临床之前，有必要在灵敏度和稳健性方面改进药物筛选平台。
量子机器学习：彻底改变药物发现
药物发现的每个阶段。其应用包括靶标识别、分子对接、药代动力学预测、毒性评估和加速药物筛选。这些发现的意义在于有望加快、经济高效且有针对性的药物开发。量子计算和机器学习的结合为精准医疗开辟了新领域，并有可能重塑制药业格局。本文深入探讨了 QML 在药物发现中实施的基本原理、实际案例研究和道德考虑，阐明了其彻底改变该领域和改善患者治疗效果的潜力。
HUB 肿瘤类器官用于肿瘤药物开发
由于我们的技术，HUB Organoids™ 可以直接从患者活检或切除组织中高效开发，这使我们能够从几乎所有癌症中生成遗传稳定、异质且与患者相关的生物库。此外，HUB Organoids 可以从正常和恶性患者组织中生成，从而提供独特的系统来评估抗肿瘤疗效和脱靶毒性。使用 HUB 的药物筛选平台和代表癌症患者中存在的多样化突变景观的独特模型，可以生成临床相关数据，让您能够确定新靶点、改进药物组合策略或自信地对患者群体进行分层。
● 在具有多种肿瘤类型的整个 PDO 队列中，我们观察到了对 SOC 疗法的一系列反应，这为更好地理解提供了一个平台
将患者肿瘤组织样本在细胞外基质 + 化学确定培养基中培养成肿瘤类器官。PDO 被鉴定为 Hoechst 阳性细胞簇，并使用荧光活力染色分别确定每个 PDO 的活细胞和死细胞数量。对每种化合物使用 3 个剂量进行药物筛选，并计算 TO-PRO-3 活细胞测量值的曲线下面积倒数以量化反应。使用 Tempus xT 和全转录组分析对类器官和配对患者肿瘤（如有）进行 NGS。通过我们的标准流程处理所得数据，以识别可靶向的突变、新抗原、CNV 和融合。
2022; 18(15): 5885-5896. doi: 10.7150/ijbs.78997 综述 器官型组织切片培养在抗癌药物开发中的新进展
器官型组织切片培养是从动物或患者组织中建立的，并在体外生态系统中培养。该技术具有众多优点，例如可以保存细胞库和免疫成分、识别肿瘤的侵袭能力、确定化合物的毒性、快速评估治疗效果以及对药物反应的高预测性能，为抗癌药物开发做出了无数贡献。重要的是，它是将治疗反应者与无反应者进行分层并选择最佳标准治疗方案的可靠工具，以实现个性化医疗，预计在不久的将来将成为个体化抗癌药物筛选的有力平台甚至金标准。
利用生物发光进行药物发现和表观遗传学研究
几十年来，自然发生的生物发光现象一直吸引着人们，如今，这种现象正被开发为医学研究和临床前成像的有力工具。荧光素酶在遇到底物时会发光，从而使其活性可以被可视化和动态跟踪。通过将荧光素酶基因插入基因组中的特定位点，可以设计报告基因来监测其原生环境中的基因表达，并检测体内的表观遗传变化。内源性生物发光报告基因可提供高灵敏度的定量基因表达读数，既非常适合纵向研究，也可用于高通量药物筛选。在本文中，我们概述了生物发光报告基因在表观遗传学研究中的一些应用和好处，特别关注揭示治疗遗传和表观遗传疾病的新治疗选择。
GPU 加速药物研发与 Summit 超级计算机对接：移植、优化和应用于 COVID-19 研究
蛋白质-配体对接是一种计算机模拟工具，用于在药物发现活动中筛选潜在药物化合物与给定蛋白质受体结合的能力。实验性药物筛选成本高昂且耗时，因此需要以高通量的方式进行大规模对接计算以缩小实验搜索空间。现有的计算对接工具中很少有考虑到高性能计算而设计的。因此，通过优化最大限度地利用领先级计算设施提供的高性能计算资源，可以使这些设施用于药物发现。在这里，我们介绍了 AutoDock-GPU 程序在 Summit 超级计算机上的移植、优化和验证，以及它在针对导致当前 COVID-19 大流行的 SARS-CoV-2 病毒蛋白的初步化合物筛选工作中的应用。1