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微生物组 - 乳腺稳态和癌症转移的保健调节剂
摘要：累积证据证明了共生微生物在宿主生理学中的重要作用。尽管自路易斯·巴斯德（Luis Pasteur）和威廉·罗素（William Russell）自140年前以来，微生物组一直是一项重要的研究主题，但最近的发现，某些细胞内细菌有助于健康与患病组织的病理生理学，这使微生物组领域已成为一个新的研究时代。尤其是，在乳腺癌研究领域，乳腺癌居住的细菌现在被认为是肿瘤启动和进展的重要参与者。这是罗素的细菌癌症理论原因的复活，实际上，这实际上被100年前被放弃了。本综述将介绍一些最近的发现，这些发现说明了乳腺肿瘤居民微生物在乳腺癌发生和转移中的作用，并为这些现象提供了机械解释。此类信息将能够证明乳房居民微生物作为疾病进展和治疗靶标的生物标志物的效用。
![铁摄取调节剂（Fur）的C末端结构域结合了A [2FE-2S]](/simg/c\c903eaf948a8c6bf5be5cd11bfd902bd0d7df85c.webp)
铁摄取调节剂（Fur）的C末端结构域结合了A [2FE-2S]
建议基础模型利用大型语言模型（LLM）通过将建议任务转换为自然语言任务来推荐。它可以像传统推荐模型中直接生成项目的生成性建议，而不是为每个候选项目计算每个候选项目的排名分数，从而简化了从多阶段过滤到单阶段过滤的推荐管道。在决定要推荐的项目时，要避免产生过长的文本和幻觉推荐，请创建与LLM兼容的项目ID，以唯一地识别每个项目对于建议基础模型至关重要。在这项研究中，我们以P5为示例LLM的一个示例，从系统地检查了建议基础模型的项目ID创建和索引问题。要强调项目索引的重要性，我们首先讨论了几种微不足道的索引方法的问题，例如随机索引，标题索引和独立索引。然后，我们提出了四种简单但有效的解决方案，包括索引，协作索引，语义（基于内容）索引和混合索引。我们的研究强调了项目索引方法对基于LLM的建议性能的显着影响，而我们对现实世界数据集的结果验证了我们提出的解决方案的有效性。该研究还证明了语言建模和索引等传统IR原则的最新进展如何帮助彼此更好地学习和推论。源代码和数据可在https://github.com/wenyueh/llm-recsys-id上找到。
病毒介导的形态调节剂的递送使高粱双色（L.）
使用叶片组织作为外植物材料的单子蛋白转化的最新进展已扩大了能够转基因的草物种的数量。然而，矢量的复杂性和对基本形态调节剂的诱导切除率的依赖性迄今已有限的广泛应用。Plant RNA viruses, such as Foxtail Mosaic Virus (FoMV), present a unique opportunity to express morphogenic regulator genes, such as Babyboom ( Bbm ), Wuschel2 ( Wus2 ), Wuschel-like homeobox protein 2a ( Wox2a ), and the GROWTH- REGULATING FACTOR 4 (GRF4) GRF-INTERACTING FACTOR 1 (GIF1) fusion protein transiently在叶外植物组织中。此外，传统和病毒矢量的利他传递可以提供简化用于叶片转化的向量的机会 - 促进矢量优化并降低对形态学调节基因整合的依赖。在这项研究中，使用高粱双高粱叶叶植体促进胚胎calli的形成的能力，这是促进胚胎转化方案的关键步骤的能力。尽管传统的叶转换载体产生了可行的胚胎calli（43.2±2.9％：GRF4-GIF1，50.2±3％：BBM / WUS2），但采用GRF4-GIF1形态学调节剂的极端传统载体导致提高的效率，导致了改善的效率（61.3±4.7％）。无私的递送，分别为75.1±2.3％和79.2±2.5％的胚胎calli形成。由常规和病毒载体产生的胚胎calli产生了表达荧光记者的芽，并使用分子分析证实。这项工作为使用利他的载体和病毒表达的形态学调节剂提供了重要的概念证明，以改善植物转化。
昼夜节律作为发育期间和整个衰老期间大脑健康的调节剂
由于开发这些模型的个人重点，新鼠标模型的抽象全面详细表征可能会具有挑战性。经常设计用于在有限数量的组织，阶段和/或其他情况下测试特定假设的模型。该模型是否会产生所需的表型，超出所需环境的表型可能是非常重要的工作密集型，并且通常不进行这些研究。但是，更广泛的表型引起的一般信息对于更广泛的科学界来说是无价的。国际小鼠表型联盟（IMPC）及其子公司，例如淘汰小鼠项目（KOMP），在简化此过程方面取得了长足的进步。尤其是，在整个胎儿/发育阶段检查内部器官系统方面，Microct的使用一直是宝贵的资源。在这里，我们提供了几种新颖的小插曲，证明了Microct在基于人类疾病相关性和未预测的基于人类疾病相关性的心脏表型中的实用性。
识别3D组织模型中老化成纤维细胞激活的调节剂
该版本的版权持有人于2025年2月11日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.10.636275 doi：Biorxiv Preprint
重新利用的药物作为临床治疗的 MCU 通道调节剂的出现
线粒体 Ca 2 + 吸收由高度选择性通道线粒体钙单向转运体 (MCU) [1-4] 介导，并响应各种生理刺激而发生，这些刺激通常由内质网释放 Ca 2 + 触发。MCU 复合物的核心成分包括成孔亚基（即 MCU 和必需 MCU 调节器 [EMRE]）和调节蛋白（即 MCUb、MCUR1、MICU1、MICU2、MICU3、LETM1 和 SLC25A23）。多项研究已阐明了 MCU 单独和与 EMRE 结合的结构 [4]，揭示了与 EMRE 具有 1:1 化学计量的四聚体结构。MCU 复合物成分的遗传变异与多种疾病的发展有关，表明该通道在生物体生理学中发挥重要作用。例如，MCU 过表达与肺癌、胃癌和肝癌的进展有关。此外，MCU 正向调节肌纤维大小，而骨骼肌特异性 MCU 缺失会抑制肌纤维线粒体 Ca 2 + 摄取，导致肌肉力量和运动表现受损。据报道，近端肌病、学习困难和锥体外系运动障碍患者存在调节成分 MICU1 的突变 [5]。此外，MICU1 在 db/db 小鼠心脏中下调，这导致糖尿病患者心肌细胞凋亡。MICU2 的纯合截短突变会导致严重的神经发育障碍，影响近亲患者。此外，MICU2 的沉默最近与胰腺 β 细胞功能受损有关。总之，这些发现令人信服地描绘了 MCU 复合物在维持正常细胞功能方面的生理重要性。考虑到线粒体 Ca 2 +
prasad，vibhu。展开的蛋白质反应的传播 - 疾病进展的调节剂，
摘要展开的蛋白质反应（UPR）是一种细胞自主压力反应，旨在恢复稳态，这是由于内质网（ER）中错误折叠蛋白的积累。病毒经常劫持宿主细胞机制，导致ER中错误折叠的蛋白质积累。细胞自主UPR是感染细胞对这种压力的直接反应，旨在通过停止蛋白质翻译，降解错误折叠的蛋白质以及激活增加分子伴侣产生的信号通路来恢复正常功能。细胞 - 非摩托菌MOUS UPR涉及UPR信号从最初压力的细胞传播到缺乏压力源的无重大细胞。尽管病毒是已知的细胞自主UPR调节剂，但最近的进步强调，单个自主UPR在阐明局部感染如何引起全身作用方面起着至关重要的作用，从而有助于疾病症状和进展。另外，通过利用细胞 - 非自治UPR，病毒制定了新的策略来建立促病毒状态，从而促进病毒扩散。本综述讨论了通过超越细胞自主到非自主过程的细胞自主过程和诱导者，播种者和UPR信号接收器的机械细节，从而扩大了对UPR在病毒感染和疾病进展中的作用的理解。
人胎盘中合成肌细胞细胞谱系发育的关键调节剂
背景。胎盘是一种瞬态器官，在怀孕期间形成以支持胎儿发育并调节影响慢性疾病风险的环境线索的暴露。胎盘在许多方面支持胎儿发育，包括促进营养和氧气交换，去除有害废物产品，产生关键的激素（例如人类绒毛膜促性腺激素）以及提供免疫保护。这些功能在很大程度上是由被称为合胞素细胞和额外滋养细胞细胞的终末分化的滋养细胞执行的。尽管合成肌细胞细胞和跨性滋养细胞细胞的重要性，但仍不清楚它们如何专门支持最佳胎儿发育。目标。使用功能方法丧失来确定合成肌细胞细胞谱系发育的转录调节因子。方法。候选转录因子（TBX3，VGLL3和ATF3）使用慢病毒介导的短发蛋白RNA（SHTBX3，SHTBX3，SHVGLL3或SHATF3）使用胞质衍生的人滋养细胞干细胞中击倒。将非特异性shRNA（SHCONTROL）用作对照。转导后，使用紫霉素选择细胞，并分别通过RT-QPCR和Western印迹在转录本和蛋白质水平上确认敲低效率。通过功能和转录组评估评估了转录因子敲低对滋养细胞干细胞分化为合成型肉芽细胞的影响。结果。结论。未来的方向。与用SHControl转导的细胞相比，SHTBX3和SHVGLL3的转导在合成型细胞细胞分化后导致形态异常。 可以使用滋养细胞干细胞中的功能方法丧失来评估候选转录调节剂对合成细胞细胞谱系发育的关键贡献。 初步结果表明，TBX3和VGLL3对于建立合成型细胞细胞谱系至关重要。 然而，需要更深入的表征来识别TBX3和VGLL3调节合成细胞成分的发育的分子机制。 未来的研究将包括完成剩余的候选转录因子，ATF3，全基因组评估（例如ATAC-SEQ）的shRNA敲低，以及所有SHRNA转换的其他功能输出，例如人类绒毛膜促性腺激素的产生。在合成型细胞细胞分化后导致形态异常。可以使用滋养细胞干细胞中的功能方法丧失来评估候选转录调节剂对合成细胞细胞谱系发育的关键贡献。初步结果表明，TBX3和VGLL3对于建立合成型细胞细胞谱系至关重要。然而，需要更深入的表征来识别TBX3和VGLL3调节合成细胞成分的发育的分子机制。未来的研究将包括完成剩余的候选转录因子，ATF3，全基因组评估（例如ATAC-SEQ）的shRNA敲低，以及所有SHRNA转换的其他功能输出，例如人类绒毛膜促性腺激素的产生。
植物生长调节剂介导的反应在非生物压力下：审查
植物生长调节剂（PGR）对于通过激活其增殖和发育途径来调节植物如何应对植物至关重要。植物在开发周期中遇到的非生物压力源是由生长调节剂管理的。生长激素是控制植物的定期生长和对外部刺激的反应的化学信使。他们控制组织的发育和分化，从而控制植物的发展速度。PGR对于植物对非生物应激的反应是必需的。此外，植物中的激素使它们能够识别不利的环境环境。植物生物合成的能力使植物激素能够适应其环境。脱离的酸性辅助植物应对盐和干旱胁迫，而盐度，过度浇水，寒冷和干旱的乙烯艾滋病植物。植物可以借助茉莉酸从机械损伤和干旱胁迫中恢复。研究还提供了一些技巧，以最大程度地提高生长调节剂增强作物对非生物压力源的耐受性的能力。
新型磷酸酶NUDT5是三阴性乳腺癌生长的关键调节剂
将细胞周期同步48小时，使用1 M甲氯酸酯释放细胞24小时。根据制造商的说明，我们使用了溴脱氧尿苷（BRDU）检测试剂盒（Roche细胞增殖ELISA，BRDU（化学发光）套件）。DRAQ7™（ABCAM，AB109202）添加到细胞中。HOECHST（Hoechst（Thermo Fisher Scientific™，Hoechst 33342溶液，Waltham MA）根据制造商的建议来对抗染色核。使用ImageXpress®PICO显微镜（Molecular Devices，San Jose，CA）对染色的细胞进行成像，并使用CellReporterXpress图像采集和分析软件进行分析。根据制造商的建议，使用了膜联蛋白V-PI（Invitrogen，Annexin v-Fitc结合物，Waltham MA）凋亡测定法，并通过流量