XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System调节剂
项目标题：衰老中免疫功能障碍的因果调节剂的计算建模
衰老会影响多个器官和系统，但是对于许多与年龄相关的疾病，包括再生和伤口愈合受损，免疫系统的功能障碍可能是因果关系。了解这些变化是如何发生的，并以系统的方式评估它们的影响对于确定适当的治疗干预措施以促进健康的免疫功能至关重要。衰老免疫系统的当前模型依赖于免疫细胞的分析来推断衰老中改变的潜在分子调节剂。尽管信息丰富，但这些模型并不能代表组织修复期间暴露于高度专业的环境细胞。我们建议生成一个模型，用于对单核细胞和巨噬细胞的老化相关变化，这对于组织再生至关重要。该模型将是多尺度微分方程类型的，因为这些方法允许将模型参数与生物学数据进行稳健拟合。使用该模型，我们将旨在确定我们预测的分子对于老年人的单核细胞/巨噬细胞功能至关重要。项目描述
1型糖尿病中免疫检查点分子和调节剂的机制和治疗策略
1型糖尿病（T1D）被视为由T细胞驱动的自身免疫性疾病，导致缺乏胰岛素和外源性胰岛素依赖性，这是由于T细胞破坏了患者的S ISLET细胞（1-3）。尽管外源性胰岛素治疗代表了有效的治疗策略，但T1D的高发病率和死亡率不能忽略（4）。残留的胰岛细胞很少受到关注，仍然能够实现血糖控制并减少慢性炎症，因此，靶向胰岛细胞的免疫调节疗法对于维持残留的胰岛细胞可能至关重要，因为从外源性胰岛素到内源性胰岛素转换为焦点转换，则是至关重要的（5，6）。同时，越来越多地将缓解阶段（也称为蜜月，部分缓解或PR）被描述为血糖控制的阶段和胰岛B细胞的暂时恢复，这些胰岛B细胞可能在T1D中大约3个月的胰岛素治疗后可能发生（7）。PR可能持续6-9个月，发生35-43％的可能性，此阶段可能对T1D的预后产生深远的影响（8）。尽管PR的确切时机和机制尚不清楚，但仍有关于如何在此阶段进行个性化免疫疗法的个性化的研究，例如Teplizumab的最新FDA批准，Teplizumab的最新批准是在临床剧集之前显示出的第一个有效延迟高风险个体的疾病进展的免疫调节剂（9-11）。有人建议缺乏共抑制免疫检查点配体（例如pd-l1，hla-e，cd86和gal-9）在PR中的B细胞中，可以显着影响T1D的发展（12-14）。免疫检查点（ICP）是一系列在Treg细胞表面和其他免疫细胞表面表达的分子，可防止人体过度激活而损害其正常细胞（15）。在早期研究中，免疫检查点抑制剂（ICI）（例如抗CTLA-4，抗PD-1，抗PD-L1）与ICP结合使用，ICP可以用于通过免疫检查点阻断（ICB）治疗治疗肿瘤免疫逃生（15，16）。对于T1D，激活ICP的表达以保护胰岛B-细胞免受T细胞攻击的可能性可能有可能反向早期发作T1D或改善预后（9、17、18）。ICP还可以保护人类胰岛样的器官移植免受T细胞攻击，诱导抗原特异性免疫耐受性，并在生物工程的B细胞中反向早期发作高血糖（6，18）。尽管如此，由于其内分泌毒性，ICI的使用不当可能会增加开发T1D的机会，而ICIS诱发的糖尿病或ICI相关糖尿病似乎与T1D有所不同，尽管这必须通过其他研究得到证明（19-23）。有趣的是，也有证据表明T1D可以通过改变ICP的活性来影响ICIS对肿瘤的治疗作用（24）。将在本研究中详细审查和讨论与自身免疫性糖尿病相关的个人免疫检查点和共同调节剂。未来的研究可能能够通过检查过程来确定避免T1D的方法，并
diaPASEF 蛋白质组学证实 Caspase-9 是成骨细胞迁移的正调节剂
摘要：传统上，Caspase-9 被认为是内在凋亡途径的启动蛋白酶。然而，在过去十年中，除了启动/执行细胞死亡之外，还描述了其他功能，包括细胞类型依赖性的增殖、分化/成熟、线粒体和内体/溶酶体稳态调节。由于先前的研究揭示了 caspase 在成骨和骨稳态中的非凋亡功能，因此进行了这项研究以识别小鼠 MC3T3-E1 成骨细胞中 caspase-9 敲除导致失调的蛋白质和途径。使用数据独立采集 - 并行累积连续碎片 (diaPASEF) 蛋白质组学来比较对照和 caspase-9 敲除细胞的蛋白质谱。总共量化了 7669 个蛋白质组，其中 283 个上调/141 个下调蛋白质组与 caspase-9 敲除表型相关。失调的蛋白质主要富集在与细胞迁移和运动以及 DNA 复制/修复相关的蛋白质中。在 MC3T3-E1 细胞中，通过基因和药理学抑制 caspase-9 证实了迁移的改变。ABHD2 是一种已确定的细胞迁移调节剂，被确定为 caspase-9 的可能底物。我们得出结论，caspase-9 可作为成骨细胞 MC3T3-E1 细胞迁移的调节剂，因此可能参与骨重塑和骨折修复。关键词：ABHD2、Caspase 9、diaPASEF、迁移、成骨细胞、蛋白质组学 ■ 简介
染色质调节剂 HELLS 介导 SSB 修复和对 DNA 烷基化损伤的反应
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2024 年 12 月 21 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.12.19.629292 doi：bioRxiv preprint
天然植物提取物作为合成植物生长调节剂的可持续替代品：评论
Parul Singh，Manish Bakshi和Anmol doi：https：//doi.org/10.33545/26174693.2024.v8.i7d.1471摘要摘要全球可持续农业方法的扩展需求促进了对传统工厂增长调节器的基于工厂的替代方案的研究。传统的PGR虽然有效，但由于其合成成分以及残留污染的可能性，可以提供环境和健康危害。因此，将天然植物提取物作为一种对环境有益且环保的替代方案的好奇心增加。从各种植物来源产生的植物提取物包含各种生物活性化学物质，例如植物激素，酚类，类黄酮和生物碱，这些化学物质会影响植物的生长和发育。从海藻，辣木和印em等植物中提取的提取物在提高发芽率，提高根系结构和增加压力抗性方面表现出了希望。这些提取物是通过模仿或改变天然激素（如生长素，gibberellins，cytokinin和bubscisic Acid）的作用来起作用的。此外，它们还提供了其他好处，例如抗菌能力，可以降低植物疾病的发生和抗氧化活性，从而提高植物对环境压力源的耐受性。植物提取物作为合成PGR的天然替代品具有巨大的希望，为提高植物的生长和生产力提供了可持续的解决方案。由于其具有遗传均匀性的父植物克隆的能力而受到高度重视（Abhinav等，2016）[2]。，2013年）[20]。尽管在标准化和大规模应用方面仍然存在挑战，但持续的研究和创新可以释放其全部潜力，从而有助于更可持续的农业实践并改善环境健康。关键词：生物活性化学物质，环保化学物质，植物提取物，海藻，可持续的耕作引入植物之间的茎切割传播是园艺和农业中最基本的方法之一，可快速增加父植物的数量。剪切很难在没有生长兴奋剂的帮助的情况下开发，并且通常需要大量的努力（Uddin等，2020）[49]。生长素可促进血管组织分化，抑制分支分化，并抑制叶片中脱落层的产生。生长素是用于加快不定根发展的茎插条中最关键的激素之一（Sahin and Uysal 2018）[45]。生长素会影响根部发育并增强切割生根百分比（Ahmed等，2017）[3]。年轻的植物芽和叶子会产生天然的生长素，但是，插曲的成功生根需要合成生长素的应用，例如萘 - 乙酸（NAA）和吲哚-3-丁酸（IAA）（Galavi等人 然而，尽管合成生根激素的使用对环境，人类健康和经济限制的影响很高，但它们的使用却引起了许多问题（Dunsin等，2014）[11]。 ，而天然根刺激剂是生根园艺作物的安全且具有成本效益的方法。 它们对环保，可以替代合成植物生长激素。然而，尽管合成生根激素的使用对环境，人类健康和经济限制的影响很高，但它们的使用却引起了许多问题（Dunsin等，2014）[11]。，而天然根刺激剂是生根园艺作物的安全且具有成本效益的方法。它们对环保，可以替代合成植物生长激素。因此，植物提取物的使用被认为是一种避免使用合成激素的园艺作物的重要非化学方法（Rajan and Singh 2021）[39]。一些天然植物提取物是芦荟，椰子水，大蒜，柳叶提取物，海藻提取物，莫林加叶提取物，肉桂粉，姜和甘草（Khalid and Ahmed 2022; Aryan等，2023）[27，6]。它们含有生根激素，例如生长素，gibberellins，cytokinin，许多复杂成分，包括多糖，糖蛋白，酚类化合物，酚类，乙烯，脱甲酸，水杨酸，
植物天然产物化合物作为微生物多药耐药调节剂的成功案例
由于抗生素耐药性的威胁迅速蔓延，近几十年来新抗生素开发急剧下降，许多制药公司放弃了抗生素研发项目。由于抗生素开发的衰退，需要替代疗法来治疗 MDR 细菌，而抗菌管理需要采取紧急行动来阻止耐药性的演变并防止出现新的耐药性。天然化合物有助于药物开发，特别是在抗菌药物的研发方面。7 – 9 微生物的耐药性越来越强，抗生素的使用引起了许多副作用，因此必须使用植物衍生物开发新的和改良的抗菌剂。10,11 本综述旨在讨论天然产物化合物和植物衍生物，这些化合物已被研究通过抑制或以其他方式停止其活性来调节 MDR。
耐用基因激活的超紧缩表观遗传调节剂的发现和工程
为了解决这些局限性，在这里，我们进行了高吞吐量筛选，以发现人，病毒和古细菌蛋白质组之间的新型转录调节剂，并在多种内源性人类环境中表征其功能。我们使用不同的DCAS系统中的病毒蛋白质组中识别出具有特殊鲁棒性的紧凑，有效的活化剂，其在各种细胞类型中具有出色的鲁棒性。从预测的三维结构和机器学习模型中获得的见解使我们能够在效力和持久性方面合理地改善激活剂。值得注意的是，工程活化剂在短暂递送后实现了有丝分裂耐用的基因激活。
有针对性的witturb-seq揭示了EGR1和FOS作为转录RAF-MAPK响应的关键调节剂
MAPK途径是重要的细胞信号级联，其功能障碍会导致多种疾病。虽然该级联反应的上游调节剂已得到广泛的特征，但对其激活方式转化为不同的转录响应的理解仍然很众所周知。这项研究试图通过使用靶向的wisturb-seq来填补这一知识空白，以针对Raf-Mapk信号的诱导模型系统中的22个转录因子。基于拓扑的建模方法应用于获得的数据以构建方向交互网络。通过删除连贯的前馈回路并整合了转录因子的表达动力学，得出了一个简约的网络结构，该结构将直接与研究的转录因子及其靶标之间的间接相互作用区分开来。特别是，发现EGR1和FOS充当RAF-MAPK响应的正交上游调节剂。此处提供的结果为RAF-MAPK信号下游的转录网络的组织提供了宝贵的见解，从而为更好地理解这一复杂过程提供了基础。
细胞间CRISPR筛查显示癌细胞吞噬作用的调节剂
✉函数和材料请求应发给迈克尔·C·巴西克（Michael C. Bassik）。bassik@stanford.edu。作者贡献R.A.K.和M.C.B.构思并设计了这项研究。R.A.K. 为全基因组CRISPR筛选设计了癌症 - 巨噬细胞共培养系统。 R.A.K. 在S.L.的帮助下，在Ramos细胞和J774细胞中进行了CRISPR屏幕。 和K.S.和B.M. 在KARPAS-299细胞中进行了CRISPR屏幕。 Y.N. 在J.S.的建议下，在NSG小鼠中进行了体内小鼠实验。 a.m.m. 和A.A.B. 通过I.L.W.的建议进行了合成小鼠实验。 和F.V.-C。 D.F. 生成了APMAP同源模型。 J.A.S. 在C.C.的建议下分析了不同癌症类型中差异表达的TCGA数据。 L.J.-A. 分析了单细胞RNA-sequering数据。 R.A.K. 和M.G. 进行了incucyte分析以验证CRISPR淘汰赛。 R.A.K，M.G。 和S.L. 克隆的sgrna载体和产生的基因敲除细胞系。 R.A.K. 进行了蛋白质印迹，共聚焦显微镜和药物滴定。 M.G.，S.L。 和R.A.K. 进行了流式细胞仪分析。 R.A.K. 和S.L. 执行了RNA-sequest，D.Y. 和K.L. 分析了RNA测序数据。 D.Y. 帮助设计了寡核苷酸子图和K.S. 克隆了子图。R.A.K.为全基因组CRISPR筛选设计了癌症 - 巨噬细胞共培养系统。R.A.K. 在S.L.的帮助下，在Ramos细胞和J774细胞中进行了CRISPR屏幕。 和K.S.和B.M. 在KARPAS-299细胞中进行了CRISPR屏幕。 Y.N. 在J.S.的建议下，在NSG小鼠中进行了体内小鼠实验。 a.m.m. 和A.A.B. 通过I.L.W.的建议进行了合成小鼠实验。 和F.V.-C。 D.F. 生成了APMAP同源模型。 J.A.S. 在C.C.的建议下分析了不同癌症类型中差异表达的TCGA数据。 L.J.-A. 分析了单细胞RNA-sequering数据。 R.A.K. 和M.G. 进行了incucyte分析以验证CRISPR淘汰赛。 R.A.K，M.G。 和S.L. 克隆的sgrna载体和产生的基因敲除细胞系。 R.A.K. 进行了蛋白质印迹，共聚焦显微镜和药物滴定。 M.G.，S.L。 和R.A.K. 进行了流式细胞仪分析。 R.A.K. 和S.L. 执行了RNA-sequest，D.Y. 和K.L. 分析了RNA测序数据。 D.Y. 帮助设计了寡核苷酸子图和K.S. 克隆了子图。R.A.K.在S.L.的帮助下，在Ramos细胞和J774细胞中进行了CRISPR屏幕。和K.S.和B.M.在KARPAS-299细胞中进行了CRISPR屏幕。Y.N. 在J.S.的建议下，在NSG小鼠中进行了体内小鼠实验。 a.m.m. 和A.A.B. 通过I.L.W.的建议进行了合成小鼠实验。 和F.V.-C。 D.F. 生成了APMAP同源模型。 J.A.S. 在C.C.的建议下分析了不同癌症类型中差异表达的TCGA数据。 L.J.-A. 分析了单细胞RNA-sequering数据。 R.A.K. 和M.G. 进行了incucyte分析以验证CRISPR淘汰赛。 R.A.K，M.G。 和S.L. 克隆的sgrna载体和产生的基因敲除细胞系。 R.A.K. 进行了蛋白质印迹，共聚焦显微镜和药物滴定。 M.G.，S.L。 和R.A.K. 进行了流式细胞仪分析。 R.A.K. 和S.L. 执行了RNA-sequest，D.Y. 和K.L. 分析了RNA测序数据。 D.Y. 帮助设计了寡核苷酸子图和K.S. 克隆了子图。Y.N.在J.S.的建议下，在NSG小鼠中进行了体内小鼠实验。a.m.m.和A.A.B.通过I.L.W.的建议进行了合成小鼠实验。和F.V.-C。 D.F.生成了APMAP同源模型。J.A.S. 在C.C.的建议下分析了不同癌症类型中差异表达的TCGA数据。 L.J.-A. 分析了单细胞RNA-sequering数据。 R.A.K. 和M.G. 进行了incucyte分析以验证CRISPR淘汰赛。 R.A.K，M.G。 和S.L. 克隆的sgrna载体和产生的基因敲除细胞系。 R.A.K. 进行了蛋白质印迹，共聚焦显微镜和药物滴定。 M.G.，S.L。 和R.A.K. 进行了流式细胞仪分析。 R.A.K. 和S.L. 执行了RNA-sequest，D.Y. 和K.L. 分析了RNA测序数据。 D.Y. 帮助设计了寡核苷酸子图和K.S. 克隆了子图。J.A.S.在C.C.的建议下分析了不同癌症类型中差异表达的TCGA数据。L.J.-A. 分析了单细胞RNA-sequering数据。 R.A.K. 和M.G. 进行了incucyte分析以验证CRISPR淘汰赛。 R.A.K，M.G。 和S.L. 克隆的sgrna载体和产生的基因敲除细胞系。 R.A.K. 进行了蛋白质印迹，共聚焦显微镜和药物滴定。 M.G.，S.L。 和R.A.K. 进行了流式细胞仪分析。 R.A.K. 和S.L. 执行了RNA-sequest，D.Y. 和K.L. 分析了RNA测序数据。 D.Y. 帮助设计了寡核苷酸子图和K.S. 克隆了子图。L.J.-A.分析了单细胞RNA-sequering数据。R.A.K. 和M.G. 进行了incucyte分析以验证CRISPR淘汰赛。 R.A.K，M.G。 和S.L. 克隆的sgrna载体和产生的基因敲除细胞系。 R.A.K. 进行了蛋白质印迹，共聚焦显微镜和药物滴定。 M.G.，S.L。 和R.A.K. 进行了流式细胞仪分析。 R.A.K. 和S.L. 执行了RNA-sequest，D.Y. 和K.L. 分析了RNA测序数据。 D.Y. 帮助设计了寡核苷酸子图和K.S. 克隆了子图。R.A.K.和M.G.进行了incucyte分析以验证CRISPR淘汰赛。R.A.K，M.G。 和S.L. 克隆的sgrna载体和产生的基因敲除细胞系。 R.A.K. 进行了蛋白质印迹，共聚焦显微镜和药物滴定。 M.G.，S.L。 和R.A.K. 进行了流式细胞仪分析。 R.A.K. 和S.L. 执行了RNA-sequest，D.Y. 和K.L. 分析了RNA测序数据。 D.Y. 帮助设计了寡核苷酸子图和K.S. 克隆了子图。R.A.K，M.G。和S.L.克隆的sgrna载体和产生的基因敲除细胞系。R.A.K. 进行了蛋白质印迹，共聚焦显微镜和药物滴定。 M.G.，S.L。 和R.A.K. 进行了流式细胞仪分析。 R.A.K. 和S.L. 执行了RNA-sequest，D.Y. 和K.L. 分析了RNA测序数据。 D.Y. 帮助设计了寡核苷酸子图和K.S. 克隆了子图。R.A.K.进行了蛋白质印迹，共聚焦显微镜和药物滴定。M.G.，S.L。 和R.A.K. 进行了流式细胞仪分析。 R.A.K. 和S.L. 执行了RNA-sequest，D.Y. 和K.L. 分析了RNA测序数据。 D.Y. 帮助设计了寡核苷酸子图和K.S. 克隆了子图。M.G.，S.L。和R.A.K.进行了流式细胞仪分析。R.A.K. 和S.L. 执行了RNA-sequest，D.Y. 和K.L. 分析了RNA测序数据。 D.Y. 帮助设计了寡核苷酸子图和K.S. 克隆了子图。R.A.K.和S.L.执行了RNA-sequest，D.Y.和K.L.分析了RNA测序数据。D.Y. 帮助设计了寡核苷酸子图和K.S. 克隆了子图。D.Y.帮助设计了寡核苷酸子图和K.S.克隆了子图。R.A.K. 和M.C.B. 写了手稿。 所有作者都讨论了结果和手稿。R.A.K.和M.C.B.写了手稿。所有作者都讨论了结果和手稿。
过氧化物酶体酰基肉碱穿梭 CROT 和 CRAT 的调节剂促进黑色素瘤转移
循环肿瘤细胞是原发性肿瘤和远处转移之间的关键环节，但一旦进入血液，粘附力丧失就会诱导细胞死亡。为了确定与黑色素瘤循环肿瘤细胞存活相关的机制，我们进行了 RNA 测序，发现分离的黑色素瘤细胞和分离的黑色素瘤循环肿瘤细胞通过上调脂肪酸 (FA) 转运和 FA β 氧化相关基因来重新连接脂质代谢。在黑色素瘤患者中，FA 转运蛋白和 FA β 氧化酶的高表达与无进展生存期和总生存期的降低显着相关。黑色素瘤循环肿瘤细胞中表达最高的调节剂包括肉碱转移酶肉碱 O-辛酰基转移酶和肉碱乙酰转移酶，它们控制过氧化物酶体衍生的中链 FA 向线粒体的穿梭，为线粒体 FA β 氧化提供能量。抑制肉碱 O-辛酰转移酶或肉碱乙酰转移酶，并用过氧化物酶体或线粒体脂肪酸β-氧化抑制剂硫利达嗪或雷诺嗪进行短期治疗，可抑制小鼠黑色素瘤转移。肉碱 O-辛酰转移酶和肉碱乙酰转移酶耗竭可通过补充中链脂肪酸来挽救，这表明过氧化物酶体脂肪酸供应对于非粘附性黑色素瘤细胞的存活至关重要。我们的研究发现，针对过氧化物酶体和线粒体之间基于脂肪酸的串扰是抑制黑色素瘤进展的潜在治疗机会。此外，发现美国食品和药物管理局批准的药物雷诺嗪具有抗转移活性，具有转化潜力。