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World File Search System质谱法
使用稳定同位素标记标准和三重四极杆质谱法实施针对性和标准化临床代谢组学的指南
2. QC 样品 — 通常是该批次研究样品的混合样品，理想情况下结合同位素标记的代谢物混合物（例如 CIL 的 QReSS 混合物 25 ），每 8-10 个研究样品后运行一次。使用混合 QC 样品的主要优势在于，它能够评估所研究的每种代谢物的保留时间和信号稳定性（图 6）。对于大批次，在运行过程中观察到一些信号丢失并不罕见，QC 样品数据可用于有效地应用信号校正算法。还建议在运行开始时运行 QC 样品稀释系列，例如未稀释、2 倍稀释、4 倍稀释和 8 倍稀释。这有助于确认所研究代谢物的线性响应。
分析人和鼠组织中色氨酸代谢产物和相关化合物：使用高分辨率质谱法的定量和半定量方法的开发和验证
主要在肝脏中表达。TDO也可以存在于其他细胞类型中的神经元中。3 - 5此外，较小的kynurenine是由吲哚胺二氧酶（IDO）酶产生的，该酶存在于人体的各个部位。6在弹性信号（例如白细胞室）中增加水平可以激活IDO酶，而诸如皮质醇（Cortisol）等应激激素可以激活TDO酶。7 kynurenaine水平受到我们的饮食摄入，TDO和IDO活性，应力激素以及弹性信号的影响。kynurenine有两个主要途径：即通过kynurenine氨基转移酶（KAT）形成雌二酸，或通过kynureninase和OR/kynurenine 3-单发糖酶（KMO）形成3-羟基氰酸酯。8 Kynurenine途径在神经系统疾病的发展中起着至关重要的作用，包括阿尔茨海默氏病，9个帕金森氏病10
b'Abstract：模块化聚酮化合物合酶（PKS）是巨型组装线，产生了令人印象深刻的生物活性化合物。然而，我们对这些巨型thase的结构动力学的理解，特别是酰基载体蛋白（ACP）结合的构建块传递到酮类合酶（KS）结构域的催化位点的构建块仍然受到严格限制。使用多收益的结构方法，我们报告了在根瘤菌毒素PK的链分支模块中C C键形成后域间相互作用的详细信息。基于机理的工程模块的交联，使用合成底物室内室，该底物用作迈克尔受体。交联蛋白使我们能够通过低温电子显微镜（Cryo-EM）在C键形成时鉴定出二聚体蛋白复合物的不对称态。 Alphafold2预测也指示了两个ACP结合位点的可能性，其中一个是一个电位\ XE2 \ x80 \ x9cparking位置\ x9cparking位置\ xe2 \ x80 \ x9d用于底物加载，也用AlphaFold2预测表示。 NMR光谱表明，在溶液中形成了瞬态复合物，独立于接头结构域以及独立域的光化学交联/质谱法使我们能够查明域间相互作用位点。在C C键形成后捕获的分支PK模块的结构洞察力可以更好地理解域动力学，并为模块化装配线的合理设计提供了有价值的信息。
b'Abstract：模块化聚酮化合物合酶（PKS）是巨型组装线，产生了令人印象深刻的生物活性化合物。然而，我们对这些巨质的结构动力学的理解，特别是酰基载体蛋白（ACP）结合的构建块的递送到酮类合酶（KS）结构域的催化位点的构建块仍然受到严重限制。使用多管结构方法，我们报告了在根瘤菌毒素PK的链分支模块中C C键形成后域间相互作用的详细信息。基于机制的工程模块的交联，使用作为迈克尔受体的合成底物底座。交联蛋白使我们能够通过低温电子显微镜（Cryo-EM）在C键形成时鉴定出二聚体蛋白复合物的不对称态。AlphaFold2预测也指示了两个ACP结合位点的可能性，其中一个用于底物加载。NMR光谱表明，在溶液中形成了瞬态复合物，独立于接头结构域，并且具有独立域的光化学交联/质谱法使我们能够查明域间相互作用位点。在C C键形成后捕获的分支PK模块中的结构见解可以更好地理解域动力学，并为模块化装配线的合理设计提供了宝贵的信息。
3D 打印锥形喷雾电离质谱法用于快速、低成本、原位检测和绘制土壤中的 PFAS
泡沫。传统的 PFAS 检测分析方法采用耗时的提取方法，然后进行冗长的色谱分离和质谱检测。为了克服这些问题，锥形喷雾电离 (CSI) 由折叠滤纸制成的三维锥体组成，允许将固体样品放置在空心隔间内。将溶剂应用于固体样品，在那里发生液体萃取。在锥体的尖端有一个小孔，允许 PFAS 通过，同时保留土壤。施加高电压使分析物电离，然后通过质谱仪 (MS) 进行分析。虽然传统 CSI 在分析固体方面表现出色，但由于手动锥体结构的多变性，可重复性可能是一个限制。
利用三重四极杆质谱法定量测定尿液中的 106 种滥用药物
*除 1-(3-氯苯基)哌嗪、25I-NBOMe 和 N-去甲基-他喷他多外，每种目标分析物均使用其自己的标记内标，这三种分析物分别使用内标去甲氯胺酮-d4、氯氮卓-d5 和唑吡坦-COOH-d4。
使用非浓度独立（COIN）天然质谱法
摘要：天然质谱法（NMS）筛选天然聚糖库针对聚糖结合蛋白（GBPS）是配体发现的强大工具。但是，由于血糖浓度未知，因此不能直接从天然文库中测量亲和力。在这里，我们引入了依赖性（硬币）-NMS，通过利用在纳米流电喷雾电离发射器内的溶液的缓慢混合来实现自然聚糖库的定量筛选。通过对时间依赖性相对丰度变化的NMS分析，同时确定了检测到的GBP-聚糖相互作用的亲和力（K d）。我们使用具有已知K D值的纯化聚糖和GBP之间的相互作用来建立硬币-NMS的可靠性。我们还使用用于糖基化GBP的捕获和释放（CAR）-NMS分析来证明硬币-NMS。与含有数百种N-聚糖和糖肽的天然文库获得的植物，真菌，病毒和人类凝集素获得的硬币 - 核NMS结果突出了该测定的多功能性，以发现新的配体，可精确测量其亲属，并揭示“好”的特殊性。值得注意的是，硬币-CAR-NMS结果阐明了SARS-COV-2受体结合结构域的唾液酸结合特性，并确定了单溶解的杂种和二胞质N-聚糖的识别。此外，宿主复合物n-聚糖的药理耗竭可降低伪型病毒体和SARS -COV -2细胞的进入，这表明复杂的n-聚糖可以用作附着因子。■简介
电荷检测质谱法分析百万道尔顿大小的 DNA：纳电喷雾中的熵捕获和剪切
摘要：用传统质谱法分析核酸时，反离子会造成质量不均匀，限制可分析的 DNA 大小，因此分析起来十分复杂。在这项研究中，我们使用电荷检测质谱法分析兆道尔顿大小的 DNA，从而克服了这一限制。使用正模式电喷雾，我们发现 DNA 质粒的电荷分布截然不同。低电荷群体的电荷像紧凑的 DNA 折纸一样，而高电荷群体的电荷分布范围很广。对于高电荷群体，测量质量与 DNA 序列预期质量之间的偏差始终在 1% 左右。对于低电荷群体，偏差更大且变化更大。高电荷群体归因于随机卷曲配置中的超螺旋质粒，其宽电荷分布是由随机卷曲可以采用的丰富多样的几何形状造成的。高分辨率测量表明，随着电荷的增加，质量分布会略微向低质量方向移动。低电荷群体归因于质粒的浓缩形式。我们认为凝聚形式是由熵捕获引起的，其中随机线圈必须经历几何变化才能挤过泰勒锥并进入电喷雾液滴。对于较大的质粒，剪切（机械破碎）发生在电喷雾期间或电喷雾界面。降低盐浓度可以减少剪切。■简介质谱 (MS) 在核酸表征中发挥着重要作用。1、2 电喷雾和基质辅助激光解吸/电离 (MALDI) 都已用于将 DNA 和 RNA 离子引入气相进行分析，但 MALDI 与飞行时间 (TOF) MS 的组合应用最为广泛。例如，MALDI-TOF 继续用于表征单核苷酸多态性 (SNP)，这可提供有关疾病易感性遗传特征的重要信息。对于突变和 SNP 的分析，只需要分析小于 25 nt 的小寡核苷酸（核苷酸）。这是幸运的，因为反离子（通常是 Na +、K + 或 Mg 2+）与 DNA 和 RNA 的高电荷磷酸骨架结合，导致峰宽和灵敏度降低。已经开发出几种方法来脱盐核酸。3、4 然而，由金属离子加合引起的异质性会随着尺寸的增加而增加，并且由于电荷状态分辨率的丧失，常规 MS 不再可能分析兆道尔顿大小的 DNA 和 RNA 物种。另一方面，新型疫苗和基因疗法等新兴疗法携带着大量的遗传物质。基因组完整性对于有效的治疗是必不可少的，对完整基因组的质量测量提供了一种快速而直接的方法来检查缺失和添加。5
结构质谱法探测了抑制剂诱导的CDK12/CDK13-CYCLIN K解离的变构激活
摘要：对于细胞周期蛋白依赖性激酶12和13（CDK12和CDK13）的有效抑制剂的合理设计和开发在很大程度上取决于对动态抑制构象的理解，但很难通过常规特征工具来实现。在此，我们整合了赖氨酸反应性分析（LRP）和天然MS（NMS）的结构质谱法（MS）方法，以系统地询问动态分子相互作用和CDK12/CDK13-CYCLIN K（cyck）的整体蛋白质组装，而小型分解物的调节构成。基本结构见解，包括抑制剂结合袋，结合强度，界面分子细节和动态构象变化，可以从LRP和NMS的互补结果中得出。我们发现抑制剂SR-4835结合可以极大地破坏CDK12/CDK13-CYCK相互作用，以异常的变构激活方式，从而为激酶活性抑制提供了一种新颖的替代方法。我们的结果强调了LRP与NMS的巨大潜力，用于评估和合理设计分子水平的有效激酶抑制剂。
液相色谱-电感耦合等离子体质谱法定量分离未知有机金属配合物
摘要：人们普遍认为溶解有机物 (DOM) 可以控制环境中痕量金属的溶解度和反应性。然而，控制金属-DOM 络合的机制仍然不清楚，主要是因为在组成 DOM 的复杂有机化合物混合物中分离和定量金属-有机物种的分析难度很大。本文，我们描述了一种使用液相色谱在线电感耦合等离子体质谱 (LC-ICP-MS) 对有机-金属络合物进行定量分离和元素特异性检测的方法。该方法实施柱后补偿梯度以稳定整个 LC 溶剂梯度中的 ICP-MS 元素响应，从而克服了实现 LC-ICP-MS 定量准确度的主要障碍。通过外部校准和内部标准校正，该方法得到的有机-金属络合物浓度始终在其真实值的 6% 以内，无论络合物的洗脱时间如何。我们利用该方法评估了四种固定相（C18、苯基、酰胺和五氟酰基苯基丙基）对苏旺尼河富里酸和苏旺尼河天然有机质中环境相关痕量金属（Mn、Fe、Co、Ni、Cu、Zn、Cd 和 Pb）回收率和分离率的影响。C18、酰胺和苯基相通常可获得最佳的金属回收率（除 Pb 外，所有金属的回收率均 > 75%），其中苯基相分离极性物质的程度大于 C18 或酰胺相。我们还对氧化和还原土壤中有机结合的 Fe、Cu 和 Ni 进行了分馏，揭示了土壤氧化还原环境中金属-DOM 形态的不同。通过对 DOM 结合金属进行定量分馏，我们的方法为加深对整个环境中金属-有机络合物的机理理解提供了一种手段。■ 引言
通过电荷检测质谱法分析AAV提取的DNA揭示了基因组截断
摘要：腺相关病毒（AAV）是一种广泛使用的基因治疗载体。完整包装的基因组是有效治疗的关键质量属性，是必要的。在这项工作中，使用电荷检测质谱法（CDM）来测量从重组AAV（RAAV）向量提取的感兴趣基因组（GOI）的分子量（MW）分布。将测得的MWS与具有不同的Gois，血清型和生产方法（SF9和HEK293细胞系）的RAAV载体的序列质量进行了比较。在大多数情况下，测得的MW略大于序列质量，结果归因于柜台。但是，在少数情况下，测得的MW明显小于序列质量。在这些情况下，基因组截断是差异的唯一合理解释。这些结果表明，CDM对提取的GOI的直接分析提供了一种快速而有力的工具，可以评估基因组完整性中的基因组完整性。■简介