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World File Search System载玻片
尤文氏肉瘤中的 IGF1R 免疫组织化学可作为靶向治疗反应的预测指标。
经机构审查委员会批准后，在 13 年期间（1995-2007 年）收集了原发性和转移性 EST 患者的组织微阵列 (TMA) 载玻片。由于研究的存档性质，无需征得患者同意。在通过免疫组织化学 (IHC) 和分子方法确认诊断后，从莫菲特癌症中心病理科档案中收集初始诊断活检和切除标本。排除标准包括肿瘤体积不足以用于微阵列。还汇编了患者的年龄、性别、临床分期和随访数据以及诊断后长达 14 年的随访信息。计算从初次诊断到死亡或最后一次已知随访的总生存期 (OS)（以天为单位）。在确认尤文氏肉瘤的诊断后，根据先前描述的方法，从初次诊断和治疗前标本中汇编代表性石蜡包埋肿瘤核心（直径 0.6 毫米）以构建 TMA 块。 [7] 从每个肿瘤获取两个核心，并将其相邻地放置在 TMA 块中。
罗伯特·科赫（Robert Koch）是德国医师和微生物学家。
原理：复合显微镜具有透镜的组合，可以增强放大力和分辨能力。要检查的样品或物体通常安装在透明的载玻片上，并位于冷凝器镜头和客观镜头之间的试样阶段。从底座上的一束可见光束由冷凝器透镜聚焦到样品上。物镜镜头拾取样品传递的光，并创建了称为主管内主图像的样品的放大图像。此图像再次被眼镜镜头或目镜放大。当需要更高的放大倍率时，低功率聚焦后旋转鼻子，以使较高功率（通常为45倍）的目标与幻灯片的照明部分保持一致。偶尔需要很高的放大倍数（例如观察细菌细胞）。在这种情况下，采用了油浸入物镜（通常为100倍）。公共光显微镜也称为明亮场显微镜，因为在明亮的磁场中产生了图像。图像看起来更暗，因为标本或物体比周围环境更密集并且有些不透明。通过或物体的光的一部分被吸收。应用：复合显微镜在各个领域广泛用于一系列应用，因为它们可以放大小样品以仔细观察。化合物显微镜的一些最常见的应用是：
案例报告
，我们使用Samson的解决方案在Fuchs-Rosenthal（Fuchs-Rosenthal（Fuchs-Rosenthal）计数室中，在新生儿部的样品中进行了总白细胞计数。萨姆森的解决方案是细胞计数染色，主要成分是冰乙酸和洋红色染料。该组合物允许红细胞（RBC）融合和单核（MN）和包括分化的多形核（PMN）细胞。我们使用细胞增生技术制备了曙红 - 硫素染色的载玻片，并在光学显微镜下检查了它们。MN和PMN细胞的差异进行了亚分析评估。使用体液（BF）模式，同时在血液分析仪SYSMEX XN-1000（Sysmex，Cobe，Japan）上同时分析了本地CSF样品。SYSMEX XN-1000是一种独立的ana-ana-lyzer，它结合了电障碍，激光光散射和染料结合进行测量。该分析仪通常用于在全血模式下从全血中计数元素。但是，SYSMEX XN-1000可以在BF模式下使用，以测量除全血以外的其他体液。这项工作得到了比尔森大学医院和医学院伦理委员会的批准，参考号为62/23。从患者的亲戚那里获得书面知情同意书，以在医学期间出版。
口腔鳞状细胞癌 17 号染色体原位杂交网格分析
摘要。背景/目的：口腔鳞状细胞癌 (OSCC) 是一种侵袭性恶性肿瘤，因为其局部转移和远处淋巴结转移的能力增强。广泛的细胞遗传学分析已检测到 OSCC 中的染色体不稳定性 (CI) 模式，包括大量染色体数值改变，例如多体性和偶尔的单体性，这些改变对恶性肿瘤的生物学行为产生负面影响。我们的目的是研究 OSCC 中 17 号染色体 (Chr 17) 数值失衡的频率和影响。材料和方法：使用 50 (n=50) 个福尔马林固定、石蜡包埋的原发性 OSCC 组织切片。实施显色原位杂交 (CISH) 来检测 Chr 17 着丝粒数值失衡。关于 CISH 载玻片中的筛选过程，实施了一种新颖的实时参考和校准网格平台。结果：在所检测的 50 个病例中，有 12 个（24%）观察到 Chr 17 的多拷贝。在 50 个组织切片中，有 10 个（20%）观察到多体性，在 50 个组织切片中，有 2 个（4%）观察到单体性，而其余的病例呈现正常的二倍体模式（38/50-76%）。
证据评估报告1人工智能（AI）...
前列腺癌是英国男性最常见的癌症，每年威尔士在2000多名男性中被诊断出。怀疑前列腺癌的患者通常接受血液检查，以评估前列腺特异性抗原（PSA）的水平。如果提出了这一点，则提供了许多多参数MRI（MPMRI）扫描。如果在mpMRI之后被认为是适当的，则患者进行前列腺活检。活检被转化为载玻片，并用降血石和曙红（H＆E）染色，随后病理学家通过数字或显微镜下对形态进行了评估。然后使用格里森分级系统和等级组对幻灯片进行分级，并在病理报告中包含的结果供患者的临床医生和多学科团队进行审查。病理报告中通常还提供包括含有癌症核心数量和最大癌症长度的信息。在某些情况下，如果初始结果尚不清楚，则可以要求进行其他测试，例如免疫组织化学（IHC）或其他活检。分配给活检的疾病等级与其他信息（例如PSA水平和疾病的任何传播）一起考虑，以分配整体风险组。此信息用于确定向患者提供哪些治疗方法。
引用为：Hellen，D。J.和Karpen，S。J.（2023）。 Liverquant：改进的肝脏病理定量分析方法。 Bio-Protocol 13（14）：E47
量化细胞，基因表达和肝组织学载玻片的纤维化的当前手段在研究界未标准化，通常依赖于从每张幻灯片中确定的随机区域中获得的数据中获取的数据。因此，分析受到选择偏差以及整个幻灯片可用数据元素的有限亚集。对细胞和纤维化的全面分析将提供更准确，完整的定量分析，以及最小化和实验性变量的最小化。在此，我们提出了Liverquant，一种量化数字化组织学图像的全片扫描的方法，以对提出的数据元素进行更全面的分析。在加载图像并在Qupath计划中准备项目后，每个分析提供了一到两个脚本，为其染色，自动化组织注释和下游检测其预期的细胞矩阵产生平均强度阈值。与两种用于组织学定量的标准方法相比，Liverquant具有两个显着的优势：速度增加和组织面积覆盖范围50倍。使用公开可用的开源代码（GITHUB），Liverquant提高了实验结果的可靠性和可重复性，同时减少了科学家对肝组织学进行批量分析所需的时间。此分析过程很容易受到大多数实验室的适应性，需要最小的优化，并且可以优化其原理和代码以在其他器官中使用。
原始人的自然经济
焦磷酸测序：Roche模板由EMPCR 1制备，其中1-20万珠沉积在PTP井中。较小的珠，带有连接的硫酸酶和荧光素酶围绕模板珠。单个DNTP依次流过井，以预定的顺序分配。在掺入补体DNTP时，释放的PP I被转换为ATP，从荧光素蛋白到羟基二耐蛋白的氧化产生光。读取平均400个基础作为流程图。对于均聚物，重复多达六个核苷酸，添加的DNTP的数量与光信号成正比。插入是最常见的错误类型，其次是删除。通过连接测序：将约1亿个EMPCR的模板珠沉积在载玻片上。在退火时，添加了1,2个探针的库。适当的条件使选择性杂交和探针结扎到互补位置。1,2探针的第一个（y）和第二（z）位置被设计为审讯库，因此16个二核苷酸由四种染料编码。在四色成像之后，将带状的1,2探针化学裂解以产生5'-PO 4组（P）。杂交，连接，成像和裂解的循环又重复了六次。然后从模板中剥离扩展引物，并使用N – 1底漆进行第二个连接弹，该底漆将询问底座重置为左侧的一个位置。询问每个基础两倍，提高了颜色调用的准确性。随后发生了七个连接周期，然后再进行三个结扎弹。然后将35个数据位组成的字符串在色彩空间中编码，然后对准参考基因组以解码DNA序列。替换是最常见的错误类型。可逆终结器：DNA片段的Illumina Bridge放大是在载玻片的八个通道上随机分布的，高密度向前和反向引物共价附加到其上。固相扩增可从单个ssDNA模板产生约8000万个MC。将底漆退火到每个MC中模板的自由末端。聚合酶延伸，然后终止从四个RTs组中的DNA合成，每组用不同的染料标记。未合并的RT被洗净，通过四颜色成像进行基础识别，并通过化学裂解去除阻塞和染料组以允许下一个周期。给定MC的颜色图像提供了〜45个基础的读取。替换是最常见的错误类型。使用RTS进行单分子测序：Helicos数十亿个未夸大的ssDNA模板是用poly（da）尾巴制备的，这些尾巴与聚（DT）引物杂交，共同连接到载玻片上。对于一通测序，该引物 - 模板复合物就足够了。两通序测序涉及复制模板链，删除原始模板，并退火向表面（未显示）。与Illumina的RT不同，这四个Helicos RT用相同的染料标记，并以预定的顺序单独分配。融合事件导致荧光信号。使用单分子消除了Dephasing的问题，其中给定MC内的数千个复制模板不会有效地扩展其引物。删除是最常见的误差类型，可以通过提供约25个基本共识读取的两次测序可大大降低。的应用和挑战100篇论文描述了这些创新的成果。虽然改进继续，但读取长度限制，错误类型和频率显着影响组装策略。对于简短（<100个基本）读取平台，通过映射到参考基因组来指导组装。结合Sanger和Roche数据（100个基本读数）改善了从头组件2，并且随着焦磷酸测序读取长度的改进，使用混合Roche（250键读数）和Illumina数据进行了改善，已经描述了从头组装。最近使用Roche 4和Illumina平台报告了第一个个性化基因组测序项目。Roche，Illumina和AB平台在1,000个基因组项目中被用于生成人类遗传变异的详细图表以及人类微生物组项目，以将微生物组动态与人类健康相关联。应用不限于测序基因组。共识计数分析5最近出现了，从而实现了转录因子结合，mRNA剪接，DNA甲基化，小RNA，染色质结构和DNase超敏位点的全局分析。配对的测序方案。这些不仅对从头组件很重要，而且对于识别结构变化和映射mRNA剪接同工型。展望未来，太平洋生物科学，多佛系统（Polonator G.007），Visigen Biotechnologies，Lasergen，Inc。，Intelligent Bio-Symys，完整的基因组学和牛津Nanopore技术等公司的平台开发。
CytoRADx：高通量、标准化生物剂量测定...
在大规模灾难中，例如大城市发生核爆炸，准确诊断大量人员的伤情，将稀缺的医疗资源用于最需要的人，至关重要。目前尚无经 FDA 批准的检测方法可用于诊断辐射暴露，而辐射暴露可能会导致复杂的、危及生命的伤害。为了弥补这一缺陷，我们通过改进和改进胞质分裂阻滞微核 (CBMN) 检测方法，将其作为一种高通量定量诊断检测，在辐射生物剂量测定方面取得了重大进展。经典的 CBMN 方法可量化由 DNA 损伤引起的微核 (MN)，这种方法需要大量时间和专业人员，而且缺乏跨实验室的通用方法。我们开发了 CytoRADx e 系统来解决这些缺点，它采用标准化试剂盒、优化的检测方案、全自动显微镜和图像分析以及集成剂量预测。这些增强功能使 CytoRADx 系统能够获得高通量、标准化的结果，而无需专业劳动力或实验室特定的校准曲线。CytoRADx 系统已针对人类和非人类灵长类动物 (NHP) 进行了优化，以量化淋巴细胞中辐射剂量依赖性微核的形成，使用全血样本进行观察。细胞核和产生的微核使用我们提供的材料进行荧光染色并保存在耐用的显微镜载玻片上
使用带有可变形天花板的微设备来探测3D细胞骨料内的刚度异质性
摘要机械生物学领域的最新进展已导致开发了表征单细胞或单层机械性能并将其链接到其功能行为的方法。但是，仍然需要建立三维（3D）多细胞聚集体的联系，从而更好地模拟组织功能。在这里，我们提出了一个平台，以在一个可变形的微设备中启动并观察许多此类骨料。该平台由在3D打印的模具上铸造的单个聚二甲基硅氧烷片组成，并粘合到载玻片或盖玻片上。它由一个包含细胞球体的腔室组成，该腔室与流体独立的空气腔相邻。控制这些空气腔中的气压会导致房间天花板的垂直位移。该设备可以在秒钟到小时的时间尺度上以静态或动态模式使用，并且位移幅度从几µm到几十万微米。此外，我们通过比较不同级别的压缩级别的球体的图像相关性与有限元仿真来展示如何使用压缩方案来获得单个共培养球体内刚度异质性的测量。将细胞的标记及其细胞骨架与图像相关方法结合使用，以将共培养球体的结构与其在不同位置的机械性能相关联。该设备与各种显微镜技术兼容，包括共聚焦显微镜，可用于观察聚集体内单细胞和邻域的位移和重排。现在可以使用完整的实验和成像平台来提供多尺度的测量，这些测量将单细胞行为与聚集体的全局机械响应联系起来。
细菌清除率和评估虾免疫刺激活性的新鉴别血细胞染色方法
摘要：开发了评估黑虎虾（Penaeus monodon）免疫刺激剂功效的新方法。试验虾饲喂 2% 或 4% 酵母提取物 (YE) 涂层饲料，而对照组饲喂无涂层饲料。喂养 4 周后，对单只虾进行总血细胞计数 (THC)、颗粒血细胞 (GH) 数量和细菌清除率评估。对于血细胞计数，在室温下用 50% 乙醇中的 1.2% 玫瑰红对福尔马林固定的血淋巴染色 20 分钟。一部分混合物用血细胞计数器进行 THC 计数，一部分涂在显微镜载玻片上晾干，然后用苏木精复染进行 GH 计数。通过这种技术，可以获得高质量的涂片以进行准确的分类计数。细菌清除试验用于评估体液和细胞防御机制的总体效果。每只虾肌肉注射 1 × 10 8 个哈维氏弧菌，注射后 0、15、30 和 60 分钟收集抗凝血淋巴，在 TCBS 琼脂上进行四次滴数计数（20 µl）。饲喂 4% YE 的虾的总血细胞计数显著高于（p < 0.05）饲喂无涂层饲料的虾。饲喂 YE 的虾的颗粒细胞百分比和细菌清除率高于饲喂对照饲料的虾。这两种方法可以简单快速地比较虾组抗菌防御能力的差异。