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World File Search System进食
基因组规模的社区建模揭示了表皮细菌群社区中保守的代谢交叉进食
海洋微生物形成了相互作用的相互作用的复杂群落，这些群落影响了中央生态系统在海洋中的功能，例如主要的生产和营养循环。确定控制其组装和活动的机制是微生物生态学的主要挑战。在这里，我们整合了Tara Oceans Meta-Omics数据，以预测兴奋海洋中原核生物组合中的基因组规模社区相互作用。一个全球基因组分辨的共同活性网络揭示了各种系统发育距离之间存在显着数量的谱系关联。鉴定的共同活性群落包括显示较小基因组的物种，但编码更高的群体感应，生物膜形成和次生代谢的潜力。 社区代谢建模揭示了共同活性群落中相互作用的较高潜力，并指向保守的代谢交叉进食，特别是特定的氨基酸和B组B族维生素。 我们综合的生态和代谢建模方法表明，基因组的精简和代谢可营养噬菌体可能充当塑造全球海洋表面细菌群社区组装的联合机制。鉴定的共同活性群落包括显示较小基因组的物种，但编码更高的群体感应，生物膜形成和次生代谢的潜力。社区代谢建模揭示了共同活性群落中相互作用的较高潜力，并指向保守的代谢交叉进食，特别是特定的氨基酸和B组B族维生素。我们综合的生态和代谢建模方法表明，基因组的精简和代谢可营养噬菌体可能充当塑造全球海洋表面细菌群社区组装的联合机制。
神经免疫 Toll 样受体信号以饥饿状态依赖的方式调节秀丽隐杆线虫的进食行为
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明智地进食-CDPH
虽然总是很受欢迎，但请尝试避免含糖的红色番茄酱。询问您的服务器是否有无糖调味料。选择一种轻橄榄油和大蒜酱或香蒜酱。尝试记住面条（一杯）的允许部分，以避免吃太多意大利面。吃面食时避免添加法国面包。添加沙拉以完成饭菜。出去吃披萨时吃大沙拉，最多只能吃一二二片或一片披萨。用油和醋沙拉调味料作为沙拉。避免使用奶油沙拉敷料，因为它们通常含有淀粉作为增厚剂或额外的糖。喝水，避免饮料和酒精。
环境DNA作为生物多样性监测的互补工具：一种多技术和多营养学方法，用于研究鲸类分布和进食生态学
基础模型在几个领域取得了巨大的成功，例如自然语言处理，计算机视觉和最近的生物学。DNA粉底模型尤其是作为基因组学有前途的方法而出现的。然而，到目前为止，尚无模型在广泛的基因组和调节元素上提供了核苷酸级预测，从而限制了它们的实际实用性。在本文中，我们基于以前在核苷酸跨前（NT）上的工作，以开发分割模型分割，该模型将处理至30kb-long的输入DNA序列，以预测单核苷酸分辨率下的14种基因组元素类别类别。通过利用NT的预训练权重，分段超过了几种消融模型的性能，包括具有单热编码的核苷酸序列和从SCRATCH训练的模型的卷积网络。分段可以使用零射线通用的多个序列长度来处理高达50kb的序列。我们在整个基因组的剪接位点检测中显示出改善的性能，并表现出强核苷酸水平的精度。因为它同时评估所有基因元件，因此分段可以预测序列变体对剪接位点变化的影响，而且还可以预测转录本相工相的外显子和内含子重排的影响。最后，我们表明，对人类基因组元素进行训练的分段模型可以推广到不同的人和植物物种的元素，并且训练有素的多种阶段分段模型可以实现对不见物物种的所有基因元素的更强的概括。总而言之，分段表明DNA粉底模型可以在单核苷酸分辨率下处理基因组学中复杂的颗粒状任务。分段可以很容易地扩展到其他基因组元素和物种，从而代表了我们分析和解释DNA的新范式。我们使我们的jax的github存储库中可在pytorch的jax和huggingface空间上提供分段-30kb的人类和多物种模型。
筛查竞争和肠乳寡糖的使用过程中的交叉进食相互作用
摘要背景：婴儿肠道微生物组是一个复杂的社区，会影响短期和长期健康。它的组装和组成受诸如喂食类型之类的变量控制。母乳为婴儿提供了重要的人乳寡糖供应（HMO），这是一个宽阔的碳水化合物家族，其中包括中性，诱导和溶解的分子。HMO与婴儿肠道中双歧杆菌物种的过度分泌之间存在正相关，这是由这些物种基因组中存在的多种分子决定因素维持的。婴儿gut相关的双歧杆菌种类通常具有相似的利基市场，并显示出相似的HMO倾向，这表明它们争夺了这些资源。也有强有力的证据表明，HMO衍生分子和双歧杆菌之间的交叉相互作用。
通过智能实验室一体化系统推进食品现场监测，以整鸡中沙门氏菌的检测为例
随着食品生产从传统的从农场到餐桌的方式转向高效的多步骤供应链，食品污染的发生率有所增加。因此，尽管缺乏实时能力且需要集中设施，但通过低效的基于培养的方法进行的病原体检测有所增加。虽然原位病原体检测可以解决这些限制并实现单个产品监控，但事实证明，在未经加工的包装食品中无需用户操作即可进行准确检测。本文介绍了“包装实验室”，这是一个无需干预即可在封闭的食品包装内采样、浓缩和检测目标病原体的平台。该系统由新设计的包装托盘和注入试剂的膜组成，可与各种病原体传感器通用配对。倾斜的食品包装托盘可最大限度地将液体定位到传感界面上，而膜则充当试剂固定基质和传感器的防污屏障。该平台使用新发现的沙门氏菌反应性核酸探针进行验证，该探针可以免提检测包装整鸡中 10 3 个菌落形成单位 (CFU) g − 1 个目标病原体。当工具和表面引入污染时，该平台仍然有效，确保广泛有效。使用具有智能手机连接的手持式荧光扫描仪模拟其在现场检测的实际用途。
人类肠道中微生物交叉进食相互作用的特定疾病丧失
图2。全球分析揭示了健康的肠道微生物中最常见的代谢交流以及疾病特定的交叉进食伴侣的丧失。一张地图强调了我们分析中包括宏基因组的15个国家。b在871个健康个体的微生物中的代谢交换网络，强调了检索到的MAG的门和具有最高代谢物交易所得分（MES）的前15位代谢产物，这些代谢物（MES）预计将是维持健康的微生物社区结构的核心。c代谢产物明显降低，表明这些代谢物的微生物交叉喂养伴侣显着丧失。此处显示的代谢物小组包括每种疾病健康和患病组之间MES差异最高的前5个代谢产物。在考虑了多次比较后，精神分裂症患者的MES没有显着差异。Ank=ankylosing spondylitis, IBD=inflammatory bowel disease, NAFLD=non-alcoholic fatty liver disease, ME/CSF=myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome, T2D=type 2 diabetes, Arthero=atherosclerosis, CRC= colorectal cancer, Arthritis=rheumatoid arthritis.
高能量进食和晚期肾脏疾病
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