主要的文献参考和用于编译SDS毒物和疾病注册机构(ATSDR)的数据来源危险物质数据库国际化学信息数据库(IUCLID)国家技术与评估研究所(NITE)澳大利亚国家工业化学化学通知和评估计划(NICNAS)NIOSH(国家职业安全与健康研究所国家医学研究所)经济合作环境,健康与安全出版物组织经济合作与开发组织的数据库(CCID)组织高产量化学批量化学计划组织的经济合作和发展筛查信息数据集
结直肠癌(CRC)约占所有新诊断的癌症病例的11%,并且是全球第三大癌症,导致与癌症相关的死亡人数第二高(1)。CRC的发病机理包括无数的因素,这些因素有助于复杂的遗传和表观遗传机制,最终导致正常结肠粘膜转化为恶性组织(2)。不足的DNA修复能力与基因组不稳定性和对癌症的敏感性增强密切相关(3-5)。此外,新兴的证据强调了DNA损伤反应,微卫星不稳定性状态与线粒体拷贝数和其他途径之间的遗传变异之间的强相关性,这是CRC患者的至关重要的决定因素(6-11)。
在过去十年中,药物发现中最具变化的发明之一是靶向蛋白质降解(TPD)的方式。渴望拥有新颖的连接弹头,这是一个很好的起点,并且足够小,可以使良好的降级器产生。我们已经开始了一个程序筛选各种新型连接酶,以识别命中并将其变成可用于靶向蛋白质降解的小弹头。为了识别这些命中,我们一直在使用Del-Platform。DNA编码的库(DEL)筛选是一项出色的技术,可以筛选数十亿个分子的巨大化学空间,可识别各种靶标的新型小分子粘合剂。而,主要的Del-hit通常不是最佳
摘要:E3泛素连接酶在植物免疫中起重要作用,但以前尚未研究它们在大豆中的作用。在这里,我们使用了豆荚病毒病毒(BPMV)介导的病毒诱导的基因沉默(VIGS)来研究大豆中GM Saul1(衰老相关的E3泛素连接酶1)同源物的功能。同时同时沉默了两个密切相关的SAUL1同源物时,大豆植物显示出自动免疫表型,这些表型显着缓解了高温,这表明GM Saul1a/1b可能会受到R蛋白的保护。有趣的是,沉默的GMSAUL1A/1B导致GM MPK6的激活降低,但GM MPK3的激活增加而响应于GMMPK22,这表明GM MPK3的激活很可能导致GM Saul1a/1b-Sbiled植物中观察到的激活免疫。此外,我们提供了GM Saul1a是一个振奋的E3连接酶的证据。共同表明,GM Saul1在调节大豆的细胞死亡和免疫力中起负面作用。
非同源末端连接(NHEJ)在修复DNA双链断裂中起主要作用,并且是基因组稳定性和编辑的关键。最小的核心NHEJ蛋白,即Ku70,Ku80,DNA连接酶IV和XRCC4,但其他因素在不同的真核生物组中有所不同。在植物中,唯一已知的NHEJ蛋白是核心因素,而植物NHEJ的分子机制仍然不清楚。在这里,我们报告了先前未知的PAXX植物直系同源物,其晶体结构显示出与人类“ PAXX”相似的折叠。然而,通过与KU70/80和XRCC4相互作用,植物PAXX具有与人XLF相似的分子函数。这表明植物PAXX结合了哺乳动物PAXX和XLF的作用,并且这些功能在进化过程中合并为单个蛋白质。这与PAXX和XLF在哺乳动物中的重新效力一致。
靶向蛋白质降解 (TPD) 代表了一种有效的化学生物学范例,它利用细胞降解机制以药理学方式消除特定的目标蛋白质。尽管已发现多种 E3 连接酶可促进 TPD,但仍迫切需要使可用于此类应用的 E3 连接酶库多样化。这种扩展将扩大潜在蛋白质靶标的范围,以适应具有不同亚细胞定位和表达模式的靶标。在本研究中,我们描述了一种基于 CRISPR 的转录激活筛选,重点是人类 E3 连接酶,目的是识别可以促进异双功能化合物介导的靶标降解的 E3 连接酶。这种方法使我们能够解决在缺乏所需 E3 连接酶或所需 E3 连接酶水平较低的特定细胞系中研究候选降解分子的局限性。通过这种方法,我们确定了一种候选的蛋白水解靶向嵌合体 (PROTAC),22-SLF,当 FBXO22 基因转录被激活时,它会诱导 FKBP12 的降解。22-SLF 以 FBXO22 依赖的方式在多种癌细胞系中诱导内源性 FKBP12 的降解。后续的机制研究表明,22-SLF 与 FBXO22 中的 C227 和/或 C228 相互作用以实现目标降解。最后,我们通过有效降解另一种内源性蛋白质 BRD4 证明了基于 FBXO22 的 PROTAC 的多功能性。这项研究揭示了 FBXO22 是一种 E3 连接酶,能够通过亲电 PROTAC 支持配体诱导的蛋白质降解。我们开发的平台可以通过识别促进小分子诱导或内源性蛋白质降解的 E3 连接酶来轻松应用于阐明蛋白质降解途径。
摘要:DNA连接酶是所有生物体中与DNA复制和修复过程有关的必不可少的酶。这些酶通过催化在双链DNA中并置了5'磷酸盐和3'羟基末端之间的磷酸二酯键来密封DNA。除了它们在维持基因组完整性方面的关键作用外,DNA连接酶最近已被确定为几种类型的癌症的诊断生物标志物,并被认为是治疗各种疾病的潜在药物靶标。尽管DNA连接在基础研究和医学应用中是显着的,但开发有效检测和精确量化这些关键酶的策略仍然具有挑战性。在这里,我们报告了高度敏感和特定生物传感器的设计和制造,其中利用稳定的DNA发夹来刺激荧光信号的产生。在广泛的实验条件下,验证了该探测器是稳定的,并且在检测DNA连接酶时表现出有希望的性能。我们预计,基于发夹的生物传感器将显着发展针对某些疾病的新靶向策略和诊断工具。
大肠杆菌DNA污染单元测试了N/A N/A 100 100 100规格> 99%13,333 U/mg功能性功能性NO conversion <10份蛋白质来源:重组大肠杆菌菌株,携带毒液T7基因5和E. coli trxa基因。单位定义:1个单位定义为将10 nmol的总DNTPS转换为酸不溶性材料所需的聚合酶量,在37°C下30分钟内。分子量:92.1 KDA质量控制分析:使用2倍连续稀释方法测量单位活动。稀释酶,并将其添加到含有小腿胸腺DNA,1x T7 DNA聚合酶单位表征缓冲液(20 mM Tris-HCl,100 mm KCl,6 mM MGCL,6 mM MGCL 2,6mmmmmgcl 2,0.1 mm EDTA,5 mmβ-MMβ-MERCAPTOETOETHANANOL),3 H-DTT的反应中,3 H-DTT,在37°C下孵育10分钟,浸入冰上,并使用Sambrook和Russell的方法进行分析(6)。蛋白浓度(OD 280)由OD 280吸光度确定。物理纯度,然后进行银色染色检测。通过比较浓缩样品中污染物带的聚集质量与稀释样品中蛋白蛋白蛋白带的质量来评估纯度。单链核酸酶在含有放射性标记的单链DNA底物的50 µL反应中确定,在37°C下孵育4小时4小时。双链外切核酸酶在50 µL反应中确定,该反应含有放射性标记的双链DNA底物和10 µL的酶溶液在37°C下孵育4小时。双链核酸内切酶在50 µL反应中确定,该反应含有0.5 µg质粒DNA和10 µL的酶溶液在37°C下孵育4小时。大肠杆菌16S rDNA的污染是使用5 µL r菌酸溶液的样品变性的样品,并在Taqman QPCR分析中筛选,以使用与16S rRNA locus相应的寡核苷酸引物,使用污染的大肠杆菌Genomic DNA。
蛋白质的来源:一种带有克隆的T7 DNA连接酶基因的重组大肠杆菌菌株。单位定义:1个单位定义为在30分钟内在23°C下在30分钟内将100 ng DNA片段的50%结合的T7 DNA连接酶的量。分子量:41.1 kDa质量控制分析:使用2倍连续稀释方法测量单位活动。稀释液,并添加到含有双链DNA片段和1倍快速连接缓冲液的20 µL反应中。在23°C(室温)下孵育30分钟,浸在冰上,并在用溴化乙锭染色的1%琼脂糖凝胶上进行分析。蛋白浓度(OD 280)由OD 280吸光度确定。物理纯度,然后进行银色染色检测。通过比较浓缩样品中污染物带的聚集质量与稀释样品中蛋白蛋白蛋白带的质量来评估纯度。单链核酸酶在含有放射性标记的单链DNA底物的50 µL反应中确定,在37°C下孵育4小时4小时。双链外切核酸酶在50 µL反应中确定,该反应含有放射性标记的双链DNA底物和10 µL的酶溶液在37°C下孵育4小时。双链核酸内切酶在50 µL反应中确定,该反应含有0.5 µg质粒DNA和10 µL的酶溶液在37°C下孵育4小时。大肠杆菌16S rDNA的污染是使用5 µL r菌酸溶液的样品变性的样品,并在Taqman QPCR分析中筛选,以使用与16S rRNA locus相应的寡核苷酸引物,使用污染的大肠杆菌Genomic DNA。
蛋白质的来源:带有克隆的T4 DNA连接酶基因的重组大肠杆菌菌株。单位定义:1个单位定义为将100 ng的DNA片段中的50%与粘性末端连接到50 µl 1x 1x DNA连接酶缓冲液后30分钟在23°C分子重量下孵育后所需的50%的DNA片段:55,292 DALTONS质量控制分析:使用2ffliutial serial dilitial doldutial doldiques soge。在1x DNA连接酶反应缓冲液中制作酶批次的稀释液,并添加到含有双束DNA片段和1X DNA连接酶反应缓冲液的20 µL反应中。在23°C下孵育30分钟,停止并在用溴化乙锭染色的1%琼脂糖凝胶上进行分析。蛋白浓度(OD 280)由OD 280吸光度确定。物理纯度,然后进行银色染色检测。通过比较浓缩样品中污染物带的聚集质量与稀释样品中蛋白蛋白蛋白带的质量来评估纯度。单链核酸酶在含有放射性标记的单链DNA底物的50 µL反应中确定,在37°C下孵育4小时4小时。双链外切核酸酶在50 µL反应中确定,该反应含有放射性标记的双链DNA底物和10 µL的酶溶液在37°C下孵育4小时。