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World File Search System连接酶
使用固定的T4 DNA连接酶生成寡核苷酸探针最大程度地减少样品损失并节省时间
为了解决这个问题，并促进了对改良的寡核的快速，简单，高产的，荧光团的附件，我们在这里证明了固定的T4 DNA连接酶（IM T4 DNA连接酶，NEB＃M0569）的易于有效使用。目标寡聚包含一个昂贵且难以合同的环嘧啶二聚体（CPD）（2）我们附加了5´FAM荧光团以可视化相应酶促反应的修饰（图2，第2页）。采用相应片段的适当化学计量比，可以立即通过毛细管电泳进行筛查，从而可以立即进行纯化的无连接反应。重要的是要注意连接酶反应中3´的寡磷酸成分中5´磷酸盐的要求。可以化学引入磷酸盐或使用T4多核苷酸激酶（NEB＃M0201）添加。
使用固定的T4 DNA连接酶生成寡核苷酸探针最大程度地减少样品损失并节省时间
为了解决这个问题，并促进了对改良的寡核的快速，简单，高产的，荧光团的附件，我们在这里证明了固定的T4 DNA连接酶（IM T4 DNA连接酶，NEB＃M0569）的易于有效使用。目标寡聚包含一个昂贵且难以合同的环嘧啶二聚体（CPD）（2）我们附加了5´FAM荧光团以可视化相应酶促反应的修饰（图2，第2页）。采用相应片段的适当化学计量比，可以立即通过毛细管电泳进行筛查，从而可以立即进行纯化的无连接反应。重要的是要注意连接酶反应中3´的寡磷酸成分中5´磷酸盐的要求。可以化学引入磷酸盐或使用T4多核苷酸激酶（NEB＃M0201）添加。
一种用于优化和鉴定靶向蛋白质降解的新连接酶弹头的药物化学策略
在过去十年中，药物发现中最具变化的发明之一是靶向蛋白质降解（TPD）的方式。渴望拥有新颖的连接弹头，这是一个很好的起点，并且足够小，可以使良好的降级器产生。我们已经开始了一个程序筛选各种新型连接酶，以识别命中并将其变成可用于靶向蛋白质降解的小弹头。为了识别这些命中，我们一直在使用Del-Platform。DNA编码的库（DEL）筛选是一项出色的技术，可以筛选数十亿个分子的巨大化学空间，可识别各种靶标的新型小分子粘合剂。而，主要的Del-hit通常不是最佳
主题部分 UbE3-APA：定量蛋白质组学研究中阐明泛素 E3 连接酶活性的生物信息学策略
摘要 动机：泛素化广泛参与蛋白质稳态和细胞信号传导。泛素 E3 连接酶是泛素化的关键调节剂，可识别和招募特定的泛素化靶标，用于泛素转移反应的最终限速步骤。了解泛素 E3 连接酶活性将提供对泛素化途径上游调节剂的知识，并揭示生物过程和疾病进展中的潜在机制。基于质谱的蛋白质组学的最新进展使得能够定量深入分析泛素组。然而，泛素组动力学和途径活性的功能分析仍然具有挑战性。结果：在这里，我们开发了 UbE3-APA，一种用于 Ub E3 连接酶活性分析的计算算法和独立的基于 Python 的软件。 UbE3-APA 结合集成注释数据库和统计分析，基于定量泛素组蛋白质组学数据集识别出显著激活或抑制的 E3 连接酶。将该软件与已发表的定量泛素组分析进行基准测试，证实了 SPOP 酶活性是通过过表达和突变进行的遗传操作。该算法在大量泛素化蛋白质组学研究的重新分析中的应用揭示了 PARKIN 的激活以及其他 E3 连接酶的共同激活在线粒体去极化诱导的线粒体自噬过程中。我们进一步展示了该算法在基于 DIA 的定量泛素组分析中的应用。可用性：源代码和二进制文件可在以下网址免费下载：https://github.com/Chenlab-UMN/Ub-E3-ligase-Activity-Profiling-Analysis，以 python 实现并支持 Linux 和 MS Windows 联系方式：yuechen@umn.edu 补充信息：补充数据可用。
lig1失活选择性地抑制BRCA1突变细胞在体外和体内的生长
我们在11个BRCA1/2野生型和2个BRCA1突变癌细胞系中进行了CRISPR筛选，以识别与BRCA1突变合成致死的靶标。除了USP1，PARP1和POLQ外，我们还将DNA连接酶基因lig1确定为新的靶标，当被击倒后，会选择性地杀死BRCA1突变细胞。对乳腺癌和卵巢癌细胞系中Achilles数据库中BRCA突变的内部分析进一步验证了BRCA1突变细胞在LIG1上的超依赖性。使用CRISPRN，CRISPRI和RNAI对LIG1的单基因扰动证实了LIG1在BRCA1突变细胞系中失活的致命作用，但不能BRCA1/2野生型细胞系。可以通过与外源性野生型LIG1 cDNA相辅相成，证明遗传工具的目标性质可以挽救这种生存能力。使用可降解的DNA连接酶I融合蛋白，我们证明了DNA连接酶I蛋白水平与BRCA1突变细胞中的生存能力之间存在很强的相关性。酶上无活性的DNA连接酶I突变蛋白（LIG1 K568A）无法营救由内源性LIG1耗竭引起的生存力的损失，从而从小分子抑制剂的角度来支持该靶标的易生化性。使用BRCA1突变体MDA-MB-436衍生的肿瘤在体内复制这些数据，其中肿瘤生长在LIG1丢失后抑制了> 80％。
年度报告2024
生物医学研究所2025-01-06奖学金宣布 - 博士后同学项目标题：泛素蛋白 - 依比Quitasin sigase huwe1在免疫项目持续时间和日期中的作用和机制：6个月，01.03.2025-31.08.08.2025应用程序申请书： Anetta.hartlova@gu.se项目摘要：背景天生免疫系统要求严格的法规以确保对病原体的有效防御而不会引起自我伤害。泛素化是一种关键的翻译后修饰，它控制了包括先天免疫信号通路在内的差异细胞过程。泛素化涉及通过E3泛素连接酶将泛素肽偶联到靶蛋白上。尚未完全了解参与先天免疫调节的E3泛素连接酶。最近，我们确定E3连接酶Huwe1是先天免疫的基本调节剂，并且这种酶在小鼠中的消融导致保护与年龄相关的炎症。目的该项目的目的是研究E3连接酶在调节不同先天免疫途径及其对年龄相关炎症和生理功能下降的影响中的作用和机制。方法我们将区分骨髓巨噬细胞和小鼠胚胎成纤维细胞与WildType和Huwe1敲除小鼠，并将在应激挑战时进行比较其细胞因子反应，包括特定先天免疫途径的定义配体。申请应通过电子邮件发送至：anetta.hartlova@gu.se申请应包括：
MDC1将佩里诺的招募介导为DNA Double ...
泛素化与DNA双链断裂的识别和修复至关重要。衔接蛋白MDC1介导关键DNA损伤反应E3泛素连接酶RNF8的募集到断裂位点。它是通过涉及RNF8 FHA结构域的磷酸化依赖性方式直接与RNF8相互作用的，从而在休息位点启动了靶向的染色质Ubiq-脉络性。在这里，我们报告MDC1还直接与另外两个E3泛素连接酶，佩里诺1和2结合，这些连接酶最近与DNA损伤响应有关。通过生化，生物物理和X射线晶体学方法的结合，我们揭示了MDC1-Pellino复合物的分子细节。此外，我们表明，在哺乳动物细胞中，MDC1通过两种蛋白质之间的直接磷酸化相互作用介导了佩里诺募集到DNA双链断裂的位点。总的来说，我们的发现为控制基因组稳定性维持的泛素化途径提供了新的分子见解。