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通过传统育种将新特性引入作物通常需要几十年的时间,但最近开发的基因组序列修饰技术有可能加速这一过程。这些新育种技术之一依赖于 RNA 指导的 DNA 核酸酶 (CRISPR/Cas9) 在体内切割基因组 DNA,以促进序列的删除或插入。这种序列特异性靶向由向导 RNA (gRNA) 决定。然而,选择最佳 gRNA 序列有其挑战。几乎所有当前用于植物的 gRNA 设计工具都是基于动物实验数据,尽管许多工具允许使用植物基因组来识别潜在的脱靶位点。在这里,我们检查了八种不同的在线 gRNA 位点工具的预测一致性和性能。不幸的是,不同算法的排名之间几乎没有共识,排名与体内有效性之间也没有统计学上显着的相关性。这表明,影响植物中 gRNA 性能和/或靶位点可及性的重要因素尚未阐明并纳入 gRNA 位点预测工具中。

纳伊姆,法蒂玛

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