请注意,这些可变大小的结构可以出现在输入级别、输出级别或两者。例如,翻译问题可以看作是序列到序列的问题。输入和输出序列不必具有相同的长度。蛋白质二级结构的预测可以看作是从具有 20 个字母的字母表(每个字母代表一种天然存在的氨基酸)到具有三个字母的字母表(对应于三个主要的二级结构类别(α-螺旋、β-链和卷曲))的翻译问题。在这种特殊情况下,输入序列和输出序列具有相同的长度。在解析问题中,输入是序列,输出是树。在蛋白质接触图预测中,输入是序列,输出是矩阵,依此类推。在所有这些问题中,标签可以存在于节点上、边缘上或两者上。有机化学中的小分子可以在节点上具有与原子类型(例如 C,N,O,H)相对应的标签,也可以在边缘上具有与键类型(例如单键,双键,三键和芳香键)相对应的标签。