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抽象随机DNA条形码是用于跟踪细胞谱系的多功能工具,其应用从发育到癌症到进化。在这里,我们审查并进行了批判性评估条形码设计以及条形码测序和条形码数据的初始处理方法。我们首先演示各种条形码设计决策如何影响数据质量,并提出一种平衡我们当前知道的所有考虑因素的新设计。然后,我们讨论准备条形码测序文库的各种选择,包括内联指数和唯一的分子标识符(UMIS)。最后,我们测试了几种已建立和新的生物信息学管道的表现,以从原始测序读取和误差校正中提取条形码。我们发现,对齐和基于正则表达式的方法都适合条形码提取,并且专门针对条形码数据设计的错误校正管道优于通用数据。总的来说,这项审查将帮助研究人员以故意和系统的方式进行条形码实验。

设计,测序和识别随机DNA条形码

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