农田生态系统中的碳包含在地上和地下生物量,死去的有机物和土壤中。碳储存在土壤中的碳,主要作为有机分子,通常称为土壤有机物(SOM)。土壤有机碳(SOC)是SOM的碳部分,用于评估土壤中的碳固存和积累。碳库存变化可能是正的(导致碳的隔离)或负(导致二氧化碳的排放)。除碳外,SOM还包含其他几个元素,包括氮,磷,硫,钾和钙。从整体上讲,SOM是土壤碳长期存储的主要机制,而深层土壤可以存储数百年甚至几千年(Campbell等,1967; Scharpenseel和Becker-Heidmann,1989; Krull and Skjemstad,2003年)。但是,并非所有SOM碳都像深层土壤池一样耐用。在数十年的时间范围内,微生物可以迅速将存储在SOM中的碳迅速代谢和分解。