自1960年以来,已经使用了另一种方法。这种方法将分裂的遗传组成作为标签,并衡量个体组之间的相似性(或差异)。这项工作导致了诸如f st的估计量,表明人群彼此之间的孤立程度以及基于种群或个人中等位基因频率的其他几种措施。这些方法通常是基于Sewall Wright和Ronald Fisher发明的简单种群模型。最常见的应用使用了Wright-Fisher种群模型,该模型假设人口不增长或收缩,每个人都有相同的机会再现的机会,并且每一代人的成年人都被其春季所取代。有趣的是,这个简单的模型是(并且)非常稳定,甚至是对这种模型似乎古怪(大象,人类等)的物种的应用,使人们对人口历史有很大的了解。不幸的是,尽管人口遗传理论取得了长足的进步,但从业者仍在使用这些方法。这些等位基因频率方法的问题问题主要源于以下事实:对称移民率和相等的人口规模需要完成以下事实(Beerli,2004)。