FSIS 在减少食品病原体方面面临两个持续的挑战:(1) 如上所述,制定和更新标准,以及 (2) 对其监管的屠宰和加工厂以外的控制有限。美国农业部动植物卫生检验局 (APHIS) 对农场拥有管辖权,而农场里的动物在被送去屠宰和加工之前可能会被病原体污染。FSIS 和 APHIS 于 2014 年签署了关于协调应对食源性疾病爆发的谅解备忘录 (MOU),但并未明确或详细说明各机构在处理和应对农场中出现并随后进入工厂的特定病原体方面的责任。更新谅解备忘录或制定新协议将使 FSIS 和 APHIS 能够更好地减少肉类和家禽产品中的病原体。