东尼罗河地区极易遭受洪水侵袭。据估计,苏丹青尼罗河和尼罗河主干道以及埃塞俄比亚塔那湖附近洪泛区的年均洪水损失超过 3000 万美元。2006 年埃塞俄比亚洪水造成塔那和巴罗-阿科博-索巴特子流域 700 人丧生,242,000 人流离失所。2005 年苏丹农业部门的洪水破坏了 115,000 公顷农作物。1998 年苏丹洪水造成的直接洪水损失达 2430 万美元。2020 年东尼罗河的洪水被描述为 30 年来最严重的洪水之一,造成 100 人死亡;摧毁了超过 166,000 户家庭,约 830,000 人受到严重影响。在南苏丹,三年(2019-2022)的洪水影响了9个州和阿卜耶伊行政区南部90多万人的生活。在埃塞俄比亚的甘贝拉,2022年8月初至10月的强降雨导致12个沃雷达和甘贝拉市被洪水淹没,约185,200人流离失所。此外,大片农田遭到破坏(主要是玉米主粮),据报道平均有8%的牲畜死亡,其中大部分是家禽。财产和社会基础设施的破坏也十分普遍。